2024/05/20 更新

写真a

ニシムラ カズサ
西村 和紗
Nishimura Kazusa
所属
環境生命自然科学学域 助教
職名
助教
プロフィール

作物の栽培と遺伝解析を行っております。

 

パンコムギの祖先種の四倍体コムギを材料に、コムギ育種に有用な遺伝子の同定、単離を進めております。

また、イネ、ダイズを材料に、遺伝子型情報を用いた作物発育予測モデルの構築も行っています。

 

2023年4月からは岡山大学でオオムギの育種上有用な遺伝子の単離を進めております。

 

最近は、NGSライブラリー構築法の開発・改良を行なっており

共同研究者の方とともに、様々な作物の遺伝解析を進めております。

 

MIG-seq(Suyama et al. 2022, Nishimura et al. 2022)、

dpMIG-seq(Nishimura et al. 2024)を用いた共同研究、技術移転のご相談は

 

knishimura[a]okayama-u.ac.jpまでメールをください([a]を@に変えて下さい)。

 

品質がそれほど良くないDNAからでもddRAD-seqのような多型検出が可能です。

高価なKITなどを使う必要がないので、DNA抽出のコストを抑えることができます。

親の遺伝的な距離にも依存しますが、QTL解析に十分な多型を検出できます。

 

 

 

外部リンク

学位

  • 博士(農学) ( 2022年11月   京都大学 )

研究キーワード

  • 四倍体コムギ

  • 合成六倍体コムギ

  • MIG-seq

  • GBS

  • カンキツ

  • コムギ

  • 作物発育モデル

  • 育種学

  • QTL解析

  • 品種識別法

  • オオムギ

研究分野

  • 環境・農学 / 作物生産科学

  • 環境・農学 / 遺伝育種科学  / 育種学

  • 環境・農学 / 遺伝育種科学

 

論文

  • Degenerate oligonucleotide primer MIG‐seq: an effective PCR‐based method for high‐throughput genotyping 査読

    Kazusa Nishimura, Hiroyuki Kokaji, Ko Motoki, Akira Yamazaki, Kyoka Nagasaka, Takashi Mori, Rihito Takisawa, Yasuo Yasui, Takashi Kawai, Koichiro Ushijima, Masanori Yamasaki, Hiroki Saito, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    The Plant Journal   2024年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley  

    SUMMARY

    Next‐generation sequencing (NGS) library construction often involves using restriction enzymes to decrease genome complexity, enabling versatile polymorphism detection in plants. However, plant leaves frequently contain impurities, such as polyphenols, necessitating DNA purification before enzymatic reactions. To overcome this problem, we developed a PCR‐based method for expeditious NGS library preparation, offering flexibility in number of detected polymorphisms. By substituting a segment of the simple sequence repeat sequence in the MIG‐seq primer set (MIG‐seq being a PCR method enabling library construction with low‐quality DNA) with degenerate oligonucleotides, we introduced variability in detectable polymorphisms across various crops. This innovation, named degenerate oligonucleotide primer MIG‐seq (dpMIG‐seq), enabled a streamlined protocol for constructing dpMIG‐seq libraries from unpurified DNA, which was implemented stably in several crop species, including fruit trees. Furthermore, dpMIG‐seq facilitated efficient lineage selection in wheat and enabled linkage map construction and quantitative trait loci analysis in tomato, rice, and soybean without necessitating DNA concentration adjustments. These findings underscore the potential of the dpMIG‐seq protocol for advancing genetic analyses across diverse plant species.

    DOI: 10.1111/tpj.16708

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  • Introduction of a diverse genetic background of Pyrus into Malus through intergeneric hybridization. 査読

    Takuya Morimoto, Ryuya Narazaki, Hiroaki Okabe, Lumin Zhang, Kazusa Nishimura, Akihiro Itai

    Molecular Genetics and Genomics   299   21   2024年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s00438-024-02131-8

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  • Pollen Dispersion is a Key Factor for Autonomous Fruit Set Under High Temperatures in the Capsicum annuum ‘Takanotsume’ 査読

    Akira Yamazaki, Ao Takezawa, Kazusa Nishimura, Ko Motoki, Kyoka Nagasaka, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki, Munetaka Hosokawa

    The Horticulture Journal   QH-094   2023年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Japanese Society for Horticultural Science  

    DOI: 10.2503/hortj.QH-094

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  • Genome sequencing reveals the genetic architecture of heterostyly and domestication history of common buckwheat. 査読 国際誌

    Jeffrey A Fawcett, Ryoma Takeshima, Shinji Kikuchi, Euki Yazaki, Tomoyuki Katsube-Tanaka, Yumei Dong, Meifang Li, Harriet V Hunt, Martin K Jones, Diane L Lister, Takanori Ohsako, Eri Ogiso-Tanaka, Kenichiro Fujii, Takashi Hara, Katsuhiro Matsui, Nobuyuki Mizuno, Kazusa Nishimura, Tetsuya Nakazaki, Hiroki Saito, Naoko Takeuchi, Mariko Ueno, Daiki Matsumoto, Miyu Norizuki, Kenta Shirasawa, Chengyun Li, Hideki Hirakawa, Tatsuya Ota, Yasuo Yasui

    Nature plants   2023年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Common buckwheat, Fagopyrum esculentum, is an orphan crop domesticated in southwest China that exhibits heterostylous self-incompatibility. Here we present chromosome-scale assemblies of a self-compatible F. esculentum accession and a self-compatible wild relative, Fagopyrum homotropicum, together with the resequencing of 104 wild and cultivated F. esculentum accessions. Using these genomic data, we report the roles of transposable elements and whole-genome duplications in the evolution of Fagopyrum. In addition, we show that (1) the breakdown of heterostyly occurs through the disruption of a hemizygous gene jointly regulating the style length and female compatibility and (2) southeast Tibet was involved in common buckwheat domestication. Moreover, we obtained mutants conferring the waxy phenotype for the first time in buckwheat. These findings demonstrate the utility of our F. esculentum assembly as a reference genome and promise to accelerate buckwheat research and breeding.

    DOI: 10.1038/s41477-023-01474-1

    PubMed

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  • A simple method for measuring pollen germination rate using machine learning 査読

    Akira Yamazaki, Ao Takezawa, Kyoka Nagasaka, Ko Motoki, Kazusa Nishimura, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    Plant Reproduction   36 ( 4 )   355 - 364   2023年6月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1007/s00497-023-00472-9

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    その他リンク: https://link.springer.com/article/10.1007/s00497-023-00472-9/fulltext.html

  • Indicator Candidate Traits for Autonomous Fruit Set Ability Under High Temperatures in Capsicum 査読

    Akira Yamazaki, Ao Takezawa, Ryohei Nakano, Kazusa Nishimura, Ko Motoki, Munetaka Hosokawa, Tetsuya Nakazaki

    Journal of Horticultural Research   30 ( 2 )   105 - 116   2023年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Walter de Gruyter GmbH  

    Abstract

    “Autonomous fruit set” refers to self-pollination and fruit set without pollen vectors such as vibration or insects. Autonomous fruit set under high-temperature stress is an important breeding goal as climate change can reduce fruit yields in Capsicum. We screened Capsicum cultivars for autonomous fruit set ability in a greenhouse environment and investigated pollen germination, viability, pollen grains number, chlorophyll fluorescence (Fv/Fm), style length, anther cone length, and anthesis stage under high temperatures in order to identify indicator traits for screening more genotypes with autonomous fruit set ability. The fruit set of the ‘Takanotsume’ (57.7 ± 20.6%) and ‘Goshiki Kyokko’ (52.2 ± 14.2%) cultivars (both C. annuum) were higher than those of other cultivars. Correlation analysis showed that pollen germination had the highest correlation with fruit set in C. annuum cultivars (r = 0.63). These results indicate that ‘Takanotsume’ and ‘Goshiki Kyokko’ are useful cultivars for novel breeding programs focusing on autonomous fruit sets under high temperatures, and pollen germination in C. annuum was a convincing candidate for an indicator trait of autonomous fruit set ability under high temperatures.

    DOI: 10.2478/johr-2022-0017

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  • Analysis of mechanism regulating high total soluble solid content in the parthenocarpic tomato fruit induced by pat-k gene 査読

    Chiaki Fukudome, Rihito Takisawa, Ryohei Nakano, Miyako Kusano, Makoto Kobayashi, Ko Motoki, Kazusa Nishimura, Tetsuya Nakazaki

    Scientia Horticulturae   301   111070 - 111070   2022年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.scienta.2022.111070

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  • MIG-seq is an effective method for high-throughput genotyping in wheat (Triticum spp.) 査読 国際誌

    Kazusa Nishimura, Ko Motoki, Akira Yamazaki, Rihito Takisawa, Yasuo Yasui, Takashi Kawai, Koichiro Ushijima, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    DNA Research   29 ( 2 )   2022年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    MIG-seq (Multiplexed inter-simple sequence repeats genotyping by sequencing) has been developed as a low cost genotyping technology, although the number of polymorphisms obtained is assumed to be minimal, resulting in the low application of this technique to analyses of agricultural plants. We applied MIG-seq to 12 plant species that include various crops and investigated the relationship between genome size and the number of bases that can be stably sequenced. The genome size and the number of loci, which can be sequenced by MIG-seq, are positively correlated. This is due to the linkage between genome size and the number of simple sequence repeats (SSRs) through the genome. The applicability of MIG-seq to population structure analysis, linkage mapping, and quantitative trait loci (QTL) analysis in wheat, which has a relatively large genome, was further evaluated. The results of population structure analysis for tetraploid wheat showed the differences among collection sites and subspecies, which agreed with previous findings. Additionally, in wheat biparental mapping populations, over 3,000 SNPs/indels with low deficiency were detected using MIG-seq, and the QTL analysis was able to detect recognized flowering-related genes. These results revealed the effectiveness of MIG-seq for genomic analysis of agricultural plants with large genomes, including wheat.

    DOI: 10.1093/dnares/dsac011

    PubMed

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    その他リンク: https://academic.oup.com/dnaresearch/article-pdf/29/2/dsac011/43439343/dsac011.pdf

  • Geographical distribution and adaptive variation of VRN-A3 alleles in worldwide polyploid wheat (Triticum spp.) species collection 査読 国際誌

    Nishimura, K, H. Handa, N. Mori, K. Kawaura, A. Kitajima, T, Nakazaki

    Planta   256 ( 6 )   132 - 132   2021年5月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    MAIN CONCLUSION: The distribution of early flowering alleles of VRN-A3 was found to be biased to low latitudes, and these alleles may contribute to environmental adaptability to low latitudes in cultivated emmer wheat. In wheat (Triticum spp.), the flowering time is an important trait for successful seed production and yield by adapting to the regional environment. An early flowering allele of VRN-A3 with 7- and 25-bp insertions in the promoter region (Vrn-A3a-h1) has recently been reported from the analysis of an emmer wheat (Triticum turgidum L. ssp. dicoccum) accession, TN26. This early flowering allele of VRN-A3 might be associated with the regional adaptation of wheat. In this study, we elucidated its geographic distribution to assess the importance of the early flowering allele of VRN-A3 in worldwide wheat collection. From sequence analysis, we identified six VRN-A3 alleles with the 7- and 25-bp insertions, namely, Vrn-A3a-h2, Vrn-A3a-h3, Vrn-A3a-h4, Vrn-A3a-h5, Vrn-A3a-h6, and Vrn-A3c-h2 from wild emmer wheat, while we identified two VRN-A3 alleles with these insertions, Vrn-A3a-h2 and Vrn-A3c-h1 from cultivated tetraploid and hexaploid wheat species in addition to Vrn-A3a-h1. Among VRN-A3 alleles distributed in cultivated wheat, we found that Vrn-A3a-h2 promoted early heading, whereas Vrn-A3c-h1 did not affect heading time. Our analysis showed that the distribution of early flowering alleles of VRN-A3 dominated in cultivated emmer wheat in Ethiopia and India, which actually showed an early flowering phenotype. This implied that the early flowering alleles of VRN-A3 contribute to adaptability to a low-latitude environment in cultivated emmer wheat. We could not find durum (T. turgidum L. ssp. durum) and bread wheat (T. aestivum L. ssp. aestivum) accessions with these early flowering alleles. Our findings indicated that Vrn-A3a-h1 and Vrn-A3a-h2 were useful for breeding of early flowering cultivars in durum and bread wheat varieties.

    DOI: 10.1007/s00425-021-03646-9

    PubMed

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  • De Novo Genome Assembly of the Japanese Wheat Cultivar Norin 61 Highlights Functional Variation in Flowering Time and Fusarium-Resistant Genes in East Asian Genotypes. 査読

    Kentaro K Shimizu, Dario Copetti, Moeko Okada, Thomas Wicker, Toshiaki Tameshige, Masaomi Hatakeyama, Rie Shimizu-Inatsugi, Catharine Aquino, Kazusa Nishimura, Fuminori Kobayashi, Kazuki Murata, Tony Kuo, Emily Delorean, Jesse Poland, Georg Haberer, Manuel Spannagl, Klaus F X Mayer, Juan Gutierrez-Gonzalez, Gary J Muehlbauer, Cecile Monat, Axel Himmelbach, Sudharsan Padmarasu, Martin Mascher, Sean Walkowiak, Tetsuya Nakazaki, Tomohiro Ban, Kanako Kawaura, Hiroyuki Tsuji, Curtis Pozniak, Nils Stein, Jun Sese, Shuhei Nasuda, Hirokazu Handa

    Plant & cell physiology   62 ( 1 )   8 - 27   2021年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Bread wheat is a major crop that has long been the focus of basic and breeding research. Assembly of its genome has been difficult because of its large size and allohexaploid nature (AABBDD genome). Following the first reported assembly of the genome of the experimental strain Chinese Spring (CS), the 10+ Wheat Genomes Project was launched to produce multiple assemblies of worldwide modern cultivars. The only Asian cultivar in the project is Norin 61, a representative Japanese cultivar adapted to grow across a broad latitudinal range, mostly characterized by a wet climate and a short growing season. Here, we characterize the key aspects of its chromosome-scale genome assembly spanning 15 Gb with a raw scaffold N50 of 22 Mb. Analysis of the repetitive elements identified chromosomal regions unique to Norin 61 that encompass a tandem array of the pathogenesis-related 13 family. We report novel copy-number variations in the B homeolog of the florigen gene FT1/VRN3, pseudogenization of its D homeolog and the association of its A homeologous alleles with the spring/winter growth habit. Furthermore, the Norin 61 genome carries typical East Asian functional variants different from CS, ranging from a single nucleotide to multi-Mb scale. Examples of such variation are the Fhb1 locus, which confers Fusarium head-blight resistance, Ppd-D1a, which confers early flowering, Glu-D1f for Asian noodle quality and Rht-D1b, which introduced semi-dwarfism during the green revolution. The adoption of Norin 61 as a reference assembly for functional and evolutionary studies will enable comprehensive characterization of the underexploited Asian bread wheat diversity.

    DOI: 10.1093/pcp/pcaa152

    PubMed

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  • Characterization of Parthenocarpic Fruit of 'Miyazaki-wase No. 1', a Tropical Squash (Cucurbita moschata L.) Cultivar 査読

    Rihito Takisawa, Megumi Ogawa, Eri Maai, Kazusa Nishimura, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    HORTICULTURE JOURNAL   90 ( 1 )   68 - 74   2021年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPAN SOC HORTICULTURAL SCI  

    Parthenocarpy is a trait in which fruit set and development are induced without fertilization, thereby contributing to labor saving in fruit production. In Cucurbita species, parthenocarpic cultivars have been reported in Cucurbita pepo, but not in Cucurbita maxima and Cucurbita moschata. In this regard, the identification of parthenocarpic cultivars and clarification of their characteristics will contribute greatly to the research and breeding of the parthenocarpic trait in Cucurbita species. In this study, we aimed to genetically screen diverse Cucurbita accessions for high parthenocarpic ability and to elucidate the characteristics of the parthenocarpic cultivars discovered by the screening. We screened 33 accessions from squash genetic resources and found that a Cucurbita moschata cultivar, `Miyazaki-wale No. 1', exhibited parthenocarpy. In order to clarify the characteristics, we examined the fruit set rate, fruit expansion, and fruit quality of `Miyazaki-wase No. 1'. In the spring and fall experiments, the fruit set rate of parthenocarpic fruit was lower than that of pollinated fruit. On the other hand, there was no significant difference in the transverse diameter and weight of parthenocarpic and pollinated fruits at harvest. These results indicated that the fruit set ability of parthenocarpic fruit is inferior to that of pollinated fruit, although the fruit expansion ability of parthenocarpic fruit was almost the same as that of pollinated fruit. In addition, we compared the composition of parthenocarpic fruit with that of pollinated fruit at harvest and after storage in the fall experiment. The results demonstrated that there was no significant difference in all the examined compositions between the parthenocarpic and pollinated fruits at harvest. On the other hand, the beta-carotene concentration of parthenocarpic fruit was significantly lower than that of pollinated fruit one month and two months after harvest. These results indicated that parthenocarpic fruit development did not affect fruit quality at harvest, but had an effect on beta-carotene metabolism during storage. We showed that 'Miyazaki-wase No.1' is a parthenocarpic cultivar and clarified its characteristics. Based on the results, progress in research and breeding of parthenocarpic cultivars in Cucurbita species is anticipated in the future.

    DOI: 10.2503/hortj.UTD-219

    Web of Science

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  • Identification of Genetic Factors Affecting Fruit Weight in the Tomato (Solanum lycopersicum L.) Cultivar 'Micro-Tom' 査読

    Rihito Takisawa, Atsushi Nishida, Eri Maai, Kazusa Nishimura, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

    HORTICULTURE JOURNAL   90 ( 2 )   209 - 214   2021年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPAN SOC HORTICULTURAL SCI  

    'Micro-Tom', a dwarf tomato cultivar, has been used as a convenient model system in tomato research. Previous studies have shown that several genes are involved in the phenotype, but to date no studs has focused on the fruit weight. In this study, we tried to clarify genetic factors that regulate the fruit weight of 'Micro-Tom' using an F-2 population derived from 'Micro-Tom' and `MPK-1', a mid-size tomato cultivar. The F-2 population showed a continuous and transgressive segregation in terms of fruit weight, suggesting that the fruit weight was regulated by multiple loci. To identify these loci, quantitative trait loci (QTL) analysis was performed. Three QTLs located on chromosomes 4, 7, and 9 were found to regulate fruit weight, and were designated as qfw4.1, qfw7.1, and qfw9.1. Of these QTLs, qfw4.1 exhibited the highest logarithm of the odds score. We confirmed the effect of qfw4.1 in the F3 population and showed that it regulates fruit weight without affecting locule number. In addition, being homozygous for the Micro-Tom allele at the marker linked to qfw4.1 reduced vegetative size, suggesting that qfw4.1 regulates not only fruit weight, but also vegetative size in 'Micro-Tom'.

    DOI: 10.2503/hortj.UTD-252

    Web of Science

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  • Diurnal changes in chloroplast positioning and photosynthetic traits of C-4 grass finger millet 査読

    Eri Maai, Kazusa Nishimura, Rihito Takisawa, Tetsuya Nakazaki

    PLANT PRODUCTION SCIENCE   23 ( 4 )   477 - 489   2020年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Mesophyll (M) chloroplasts in finger millet are known to aggregate to the bundle sheath side when leaves are constantly irradiated with extremely high-intensity light. This aggregative movement of M chloroplasts is also observed in natural environment, but whether a natural light regime is effective in inducing the response remains unclear. Abscisic acid is reported to trigger not only the aggregative movement but also stomatal closure, but photosynthetic responses accompanying the aggregative movement also remain unknown.We investigated changes in chloroplast positioning and photosynthetic traits under diurnal patterns of light, mimicking the natural light environment. M chloroplasts showed the aggregative movement with increasing light intensity whether it frequently fluctuated or not, and kept their aggregative positions in the midday. With decreasing light intensity, M chloroplasts returned to the random position in the evening. These results suggest that M chloroplasts often rearrange their intracellular positions during the daytime and that the chloroplast aggregative movement can be induced by a natural regime of light. The chloroplast aggregative movement was observed with increasing stomatal conductance, suggesting that stomatal closure is not crucial to trigger the chloroplast response.

    DOI: 10.1080/1343943X.2020.1758171

    Web of Science

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  • Light stress-induced chloroplast movement and midday depression of photosynthesis in sorghum leaves 査読

    Eri Maai, Kazusa Nishimura, Rihito Takisawa, Tetsuya Nakazaki

    PLANT PRODUCTION SCIENCE   23 ( 2 )   172 - 181   2020年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD  

    Plants are exposed to high light intensity, high leaf temperatures and high air-to-leaf water vapor pressure deficit (ALVPD) during the day. These environmental stresses cause stomatal closure and photoinhibitory damage, leading to midday depression of photosynthesis. Chloroplast positioning is essential for the efficient operation of photosynthesis. However, chloroplast behavior before, during, and even after the midday depression of photosynthesis remains unknown. We investigated changes in the intracellular positioning of chloroplasts and photosynthetic traits under a diurnal pattern of light. Sorghum leaves were exposed to a 12-h regime of light mimicking the natural light environment, with constant leaf temperature and ALVPD. Net photosynthetic rate (P-n) showed a diurnal pattern, and midday depression in P-n was observed at 3.8 h of irradiation. Depression in P-n was attributed to stomatal limitation because the decrease in P-n was in accordance with the decrease in stomatal conductance. The maximum efficiency of photosystem II decreased with the increase in light intensity and remained low after 12 h of irradiation. Bundle sheath chloroplasts swelled after 8 h of irradiation, representing the accumulation of starch. Conversely, mesophyll chloroplasts exhibited avoidance response after 4 h of irradiation, and the avoidance position was maintained during the remainder of the daytime. These data suggest that chloroplasts are subject to light stress during and after the midday depression of photosynthesis. The intensity of natural light is excessive for most of the day and this light stress induces chloroplast avoidance response and depression of photosynthesis.

    DOI: 10.1080/1343943X.2019.1673666

    Web of Science

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  • The early flowering trait of an emmer wheat accession (Triticum turgidum L. ssp. dicoccum) is associated with the cis-element of the Vrn-A3 locus 査読

    K. Nishimura, R. Moriyama, K. Katsura, H. Saito, R. Takisawa, A. Kitajima, T. Nakazaki

    Theoretical and Applied Genetics   131 ( 10 )   2037 - 2053   2018年10月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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MISC

  • P6-1-10 新規造成水田における初期土壌生成プロセスの解明−京都大学附属農場の事例−(6-1 水田土壌肥沃度 2023年度愛媛大会)

    保科 萌, 松岡 かおり, 岩橋 優, 西村 和紗, 中﨑 鉄也, 森塚 直樹

    日本土壌肥料学会講演要旨集   69   94 - 94   2023年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:一般社団法人 日本土壌肥料学会  

    DOI: 10.20710/dohikouen.69.0_94_3

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  • 四倍体ブルーベリーにおける高密度連鎖地図を用いた遺伝様式の検討

    長坂京香, 西村和紗, 元木航, 山形啓悟, 西山総一郎, 山根久代, 田尾龍太郎, 中野龍平, 中崎鉄也

    園芸学研究 別冊   22 ( 1 )   2023年

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  • AuAuBBAmAm合成六倍体コムギとパンコムギの間でみられる雑種ネクローシス原因遺伝子座領域の同定

    與田悠人, 野口微風子, 古村翔也, 村田和樹, 岡田萌子, 岡田萌子, 岡田萌子, 水野信之, 小林史典, 西村和紗, 井上喜博, 那須田周平, 松岡由浩, 吉田健太郎

    育種学研究   25   2023年

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  • Pairing homoeologous 2次失変異体を利用したパンコムギへの異種染色体断片導入

    田渕雅啓, 岡田萌子, 岡田萌子, 岡田萌子, 道川麻美, 井上喜博, 西村和紗, 水野信之, 清水健太郎, 清水健太郎, 小林史典, 宅見薫雄, 吉田健太郎

    育種学研究   25   2023年

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  • NGS-TILLINGを利用したモチ性フツウソバの開発

    安井康夫, FAWCETT J., 田中朋之, 西村和紗, 西村和紗, 中崎鉄也, 岩橋優, 齊藤大樹, 竹内直子, 上野まりこ, 上野まりこ, 白澤健太, 平川英樹, 大田竜也

    育種学研究   25   2023年

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  • De novoアセンブリとbulked segregant 解析を用いたキヌア本葉の赤色色素生産に関わる遺伝子の同定

    久篠 沙耶子, 水野 信之, 西村 和紗, 上野 まりこ, 中崎 鉄矢, 小林 安文, 藤田 泰成, 白澤 健太, 平川 英樹, 安井 康夫, 桂 圭佑

    日本作物学会講演会要旨集   254   70 - 70   2022年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.254.0_70

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  • 15 新規造成水田における作土の色の時空間変動−京都大学附属農場の事例(関西支部講演会 2020年度支部講演会)

    森塚 直樹, 西村 和紗, 中﨑 鉄也

    日本土壌肥料学会講演要旨集   67   222 - 222   2021年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:一般社団法人 日本土壌肥料学会  

    DOI: 10.20710/dohikouen.67.0_222_3

    CiNii Article

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  • イネ出穂・開花関連遺伝子の遺伝子型情報を活用した発育予測モデル

    西村 和紗, 小梶 裕之, 齊藤 大樹, 山崎 将紀, 吉田 ひろえ, 清水 顕史, 永野 惇, 中川 博視, 中﨑 鉄也

    日本作物学会講演会要旨集   251   91 - 91   2021年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.251.0_91

    CiNii Article

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  • 遺伝子情報と作物生育モデルを組み合わせた水稲の生育・収量予測シミュレーター開発

    矢部 志央理, 鐘ヶ江 弘美, 齊藤 大樹, 中﨑 鉄也, 青木 直大, 山崎 将紀, 中川 博視, 澤田 寛子, 吉田 ひろえ, 西村 和紗, 小梶 裕之, 森田 隆太郎, 岡村 昌樹, 後藤 明俊, 江花 薫子

    日本作物学会講演会要旨集   251   93 - 93   2021年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本作物学会  

    DOI: 10.14829/jcsproc.251.0_93

    CiNii Article

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  • イネ品種台中65号の出穂日はBVPにおける日長条件によって変化する

    安部学, 小梶裕之, 齋藤大樹, 西村和紗, 清水顕史, 中川博視, 矢部志央理, 中野龍平, 間合絵里, 元木航, 永野惇, 中崎鉄也

    育種学研究   22   2020年

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  • ソバにおける異型花型自家不和合性遺伝子座のゲノム解析

    大田竜也, 相井城太郎, 上野まりこ, 大澤良, 齊藤大樹, 白澤健太, 竹島亮馬, 中崎鉄也, 西村和紗, 原尚資, 平川英樹, FAWCETT J, 松井勝弘, 水野信之, 安井康夫

    育種学研究   21   2019年

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講演・口頭発表等

  • デュラムコムギにおける出穂期関連遺伝子の発現解析による相互作用メカニズムの解析

    藤岡 明雅, 門田 有希, 西村 和紗, 西田 英隆, 加藤 鎌司

    日本育種学会第144回講演会  2023年9月17日 

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    開催年月日: 2023年9月16日 - 2023年9月17日

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  • メロンにおけるワタアブラムシ抵抗性遺伝子座周辺配列の比較解析および選抜マーカーの開発

    十河奈々, 大熊眞歩, Odirichi Nnennaya IMOH, 長井朋美, 鴫田玄太, 田中克典, 西村和紗, 清古貴, 武藤千秋, 内藤健, 門田有希, 杉山充啓, 西田英隆, 川頭洋一, 友岡憲彦, 加藤鎌司

    日本育種学会第144回講演会  2023年9月16日 

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    開催年月日: 2023年9月16日 - 2023年9月17日

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  • 三倍体コムギのゲノム倍加能を活用したNAM集団構築法の開発

    西村 和紗, 中野 龍平, 中﨑 鉄也

    日本育種学会第143回講演会  2023年3月17日 

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    開催年月日: 2023年3月16日 - 2023年3月18日

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  • 単為結果性カボチャ品種‘宮崎早生1号’の果実特性

    小川 萌, 滝澤理仁, 間合絵里, 西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄也

    近畿作物育種研究会第189回講演会  2020年12月12日 

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    開催年月日: 2020年12月12日

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  • トマトの単為結果性遺伝子pat-kが果実内の糖代謝へ及ぼす影響

    福留千映, 滝澤理仁, 間合絵里, 元木航, 西村和紗, 中野龍平, 中崎鉄也

    日本育種学会第138回講演会  2020年10月 

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    開催年月日: 2020年10月10日 - 2020年10月11日

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  • イネ品種台中65号の出穂日はBVPにおける日長条件によって変化する

    安部学, 小梶裕之, 齋藤大樹, 西村和紗, 清水顕史, 中川博視, 矢部志央理, 中野龍平, 間合絵里, 元木航, 永野惇, 中﨑鉄也

    日本育種学会第138回講演会  2020年10月 

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    開催年月日: 2020年10月10日 - 2020年10月11日

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  • 未精製DNAを用いた迅速・簡便なMIG-seqライブラリー構築法の開発

    西村 和紗, 元木 航, 長坂 京香, 滝澤 理仁, 張 芸瑄, 森 崇, 中野 龍平, 中﨑 鉄也

    日本育種学会第144回講演会  2023年9月17日 

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  • 通常経費で実現できるNGSを使った育種事業 招待

    西村和紗

    近畿作物育種現地検討会  2023年9月 

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    記述言語:日本語  

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  • トウガラシ‘タカノツメ’が有する高温期の自動着果性の遺伝解析

    山崎 彬, 武澤亜緒, 西村和紗, 長坂京香, 岩橋 優, 井上博茂, 元木 航, 中野龍平, 細川宗孝, 中﨑鉄也

    園芸学会令和5年度春季大会  2023年3月19日 

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  • 四倍体コムギが保有する種間雑種生育不全に関する遺伝子の解析

    西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄也

    第17 回 ムギ類研究会  2022年12月17日 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • MIG-seqの改良法 “degenerate oligonucleotide primer MIG-seq” の開発と作物の遺伝解析に対する応用

    西村和紗, 小梶裕之, 元木航, 山崎彬, 長坂京香, 滝澤理仁, 安井康夫, 河井崇, 牛島耕一郎, 山崎将紀, 齊藤大樹, 中野龍平, 中﨑鉄也

    日本育種学会第142回講演会  2022年9月24日 

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    記述言語:日本語  

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  • 迅速、簡単なNGSライブラリー構築 作物学研究におけるMIG-seqの可能性 招待

    西村和紗

    日本作物学会第254回講演会 若手の会企画による小集会(31)  2022年9月20日 

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  • De novoアセンブリとbulked segregant 解析を用いたキヌア本葉の赤色色素生産に関わる遺伝子の同定

    久篠 沙耶子, 水野 信之, 西村 和紗, 上野 まりこ, 中崎 鉄矢, 小林 安文, 藤田 泰成, 白澤 健太, 平川 英樹, 安井 康夫, 桂 圭佑

    日本作物学会第254回講演会  2022年9月18日 

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  • コムギの異質倍数性を活用した効率的遺伝解析手法の開発

    西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄也

    高次倍数体をどうにかする会2022夏  2022年8月26日 

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  • 無核性カンキツ新品種「瑞季」の品種識別CAPSマーカーのNGSを用いた迅速な開発

    西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄矢

    日本育種学会第141回講演会  2022年3月 

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  • 三倍体コムギを活用して三度の採種によってNAM集団を構築する手法の開発

    西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄也

    第16 回 ムギ類研究会  2021年12月 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • ‘紅博桃’の新規枝変わりの第4染色体に検出された大規模なヘテロ接合性の消失

    谷口裕起, 牛島幸一郎, 河井 崇, 田村尚之, 福田文夫, 髙田大輔, 佐藤 守, 西村和紗, 間合絵里, 元木 航, 山崎 彬, 中﨑鉄也, 中野龍平

    園芸学会令和3年度秋季大会  2021年9月11日 

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  • MIG-seqの作物ゲノムへの応用;コムギのハイスループットジェノタイピングはMIG-seqによって実現する

    西村和紗, 元木航, 山崎彬, 安井康夫, 滝澤理仁, 河井崇, 牛島幸一郎, 中野龍平, 中﨑鉄也

    日本育種学会第140回講演会  2021年9月 

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  • トマトの単為結果性遺伝⼦pat-kによる高糖度化の機構解明に向けたメタボローム解析

    福留千映, 滝澤理仁, 草野都, 小林誠, 斎藤和季, 間合絵里, 元木航, 西村和紗, 山崎彬, 中野龍平, 中﨑鉄也

    園芸学会令和 3 年度春季大会  2021年3月 

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  • 変動光環境におけるシコクビエの葉緑体配置および光合成動態

    間合絵里, 西村和紗, 滝澤理仁, 中﨑鉄也

    第251回日本作物学会講演会  2021年3月 

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  • 単為結果性ニホンカボチャ‘OM1-P’の果実形成に関するオミックス解析

    小川萌, 滝澤理仁, 永野惇, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 榊原均, 元木航, 間合絵里, 西村和紗, 山崎彬, 中野龍平, 中﨑鉄也

    園芸学会令和 3 年度春季大会  2021年3月 

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  • イネ出穂開花関連遺伝子の遺伝子型情報を活用した発育予測モデルの構築

    西村和紗, 小梶裕之, 斎藤大樹, 清水顕史, 矢部志央, 山崎将紀, 後藤明俊, 永野惇, 中川博視, 中崎鉄也

    第251回日本作物学会講演会  2021年3月 

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  • 野⽣エンマーコムギにおけるVRN-A3座の変異と栽培コムギにおける分布

    ⻄村和紗, 森 直樹, 半⽥ 裕⼀, 川浦 ⾹奈⼦, 北島 宣, 中﨑 鉄也

    第139回日本育種学会講演会  2021年3月 

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  • トマト品種‘Micro-Tom’の果実重を制御するQTLの同定

    西田 敦, 滝澤理仁, 間合絵里, 西村和紗, 中野龍平, 中﨑鉄也

    近畿作物育種研究会第189回講演会  2020年12月12日 

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  • 同祖性を考慮したGenotyping-by-Sequencing法によるデュラムコムギの早生QTLの同定

    平尾友識, 西村和紗, 永野惇, 滝澤理仁, 間合絵里, 中野龍平, 中﨑鉄也

    日本育種学会第136回講演会  2019年9月 

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  • Distribution of a Vrn-A3 allele with an insertion in the promoter region in wheat and its potential to apply for wheat breeding

    Kazusa Nishimura, Hirokazu Handa, Naoki Mori, Kanako Kawaura, Tetsuya Nakazaki

    1st International Wheat Congress  2019年9月 

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  • 栽培エンマーコムギ(Triticum turgidum L. ssp. dicoccum)におけるVrn-A3ハプロタイプの地理的偏り

    西村和紗, 滝澤理仁, 鍋島朋之, 間合絵里, 中﨑鉄也

    日本育種学会第135回春季大会  2019年3月 

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  • デュラムコムギが保有するPpd-A1aの早生効果を超える開花期遺伝子の探索

    平尾友識, 西村和紗, 中野龍平, 鍋島朋之, 滝澤理仁, 間合絵里, 中崎鉄也

    第13回ムギ類研究会  2018年11月 

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  • 四倍体コムギ系統TN26が保有する3座の早生QTLの集積効果は不感光性Ppd-A1aの早生効果に匹敵する

    西村和紗, 平尾友識, 滝澤理仁, 鍋島朋之, 間合絵里, 中崎鉄也

    日本育種学会第134回秋季大会  2018年9月 

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  • スペルトコムギ(Triticum aestivum L. ssp. spelta) 系統KT19-1 が保有する新規Vrn-A3座アレルの早生化効果

    西村和紗, 齊藤隆成, 半田裕一, 森直樹, 川浦香奈子, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第133回講演会  2018年3月 

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  • 六倍体コムギ系統(Triticum aestivum L.)におけるTN26型Vrn-A3早生アレルの分布.

    西村和紗, 齊藤隆成, 森直樹, 半田裕一, 北島宣, 中﨑鉄也

    第12回ムギ類研究会  2017年12月 

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  • 四倍体コムギの純粋早晩性QTL qEpse3が開花まで日数におよぼす効果

    齊藤隆成, 西村和紗, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第131回講演会  2017年4月 

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  • Identification of novel QTL for early flowering in a variety of “Emmer” wheat.

    13th International Wheat Genetics Symposium  2017年4月 

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    記述言語:英語  

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  • 四倍体コムギにおけるVrn-A3上流域の欠失がVrn3の発現に与える影響

    西村和紗, 齊藤隆成, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第131回講演会  2017年4月 

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  • 止葉展開から出穂までの期間を短縮する四倍体コムギの純粋早晩性遺伝子

    齊藤隆成, 西村和紗, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第130回講演会  2016年9月 

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  • Vrn-A3座上流域に存在する挿入配列の四倍体コムギにおける分布

    西村和紗, 桂圭佑, 齊藤大樹, 北島宣, 河原太八, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第129回講演会  2016年3月 

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  • 四倍体コムギ7A染色体に座乗する感光性QTLはPpd-A1と相互作用を示す

    西村和紗, 桂圭佑, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第128回講演会  2015年9月 

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  • ・中_鉄也 (2015) 四倍体コムギ7A染色体に座乗する感光性遺伝子

    西村和紗, 桂圭佑, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    近畿作物・育種研究会第 179回例会  2015年5月 

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  • 不感光性Ppd-A1アレルの早生化作用を超える四倍体コムギの早生遺伝子

    西村和紗, 桂圭佑, 齊藤大樹, 北島宣, 中﨑鉄也

    日本育種学会 第126回講演会  2014年9月 

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  • 四倍体コムギにおける出穂開花関連遺伝子の探索

    西村和紗, 桂圭佑, 齊藤大樹, 北島宣, 河原太八, 中﨑鉄也

    近畿作物・育種研究会 第177回例会  2014年7月 

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  • 簡単、安価な新規多型検出法“dpMIG-seq”の多様な作物の遺伝解析への応⽤

    西村和紗, 滝澤理仁, 中野龍平, 中﨑鉄也

    近畿作物・育種研究会 第193回例会講演 

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  • オオムギ出穂期突然変異体のエキソーム解析による原因遺伝子の探索及び遺伝解析

    大熊 眞歩, 西村 和紗, 門田 有希, 加藤 鎌司, 西田 英隆

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受賞

  • 第144回講演会日本育種学会優秀発表賞

    2023年9月   日本育種学会   未精製DNAを用いた迅速・簡便なMIG-seqライブラリー構築法の開発

    西村 和紗, 元木 航, 長坂 京香, 滝澤 理仁, 張 芸瑄, 森 崇, 中野 龍平, 中﨑 鉄也

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  • 第12回ムギ類研究会若手ポスター賞,

    2017年12月   ムギ類研究会   六倍体コムギ系統(Triticum aestivum L.)におけるTN26型Vrn-A3早生アレルの分布

    西村和紗, 齊藤隆成, 森直樹, 半田裕一, 北島宣, 中﨑鉄也

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 未利用遺伝資源と数理モデリングの活用によるコムギ出穂期の自在制御法の開発

    研究課題/領域番号:23K13929  2023年04月 - 2026年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究

    西村 和紗

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    配分額:4680000円 ( 直接経費:3600000円 、 間接経費:1080000円 )

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  • モモのPan-genomeの構築とその利用による主要形質の制御遺伝子の特定

    研究課題/領域番号:22H00368  2022年04月 - 2027年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    中野 龍平, 牛島 幸一郎, 山本 幹博, 福田 文夫, 西村 和紗, 高田 大輔, 鵜木 悠治郎, 森本 拓也, 小田 賢司

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    配分額:41860000円 ( 直接経費:32200000円 、 間接経費:9660000円 )

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  • カンキツの起源と分類の再構築‐田中長三郎のさく葉標本と研究ノートの解析‐

    研究課題/領域番号:20H02980  2020年04月 - 2023年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    北島 宣, 山本 雅史, 伊藤 謙, 深尾 葉子, 中村 彰宏, 田中 圭子, 中野 道治, 西村 和紗, 福田 智子, 清水 徳朗

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    配分額:17420000円 ( 直接経費:13400000円 、 間接経費:4020000円 )

    東アジアの在来カンキツのDNA解析では、359個体について131のSSRマーカーについての調査が終了し、これまでほとんど研究が行われていなかったライム、リモニア、イーチャンパペダ、カシーパペダ、シキキツについて、その分布や類縁関係について考察することができた。また、田中の分類はゲノム分析においてそれらの密接な類縁関係が示されており、新たな分類体系を構築する際に、田中の分類は重要な基盤になることが示唆された。一方、田中が作製した標本数の経年的変化と国立台湾大学における田中の著作の調査により、田中のカンキツ分類研究の概要を把握することができた。また、和歌山の橘本神社に開設されたカンキツ博物館である「常世館」に保存されている橘本神社所有の田中資料の調査により、その文化的価値を広く一般にアピールし、世界農業遺産認定に向けた取り組みを行った。これらの成果は、2022年3月21日の園芸学会春季大会テーマセッションにおいて口頭発表した。
    田中のスケッチブックは11冊、940ページあり、各ページにカンキツ種のスケッチと手書きの英文によって説明文が記述されている。この手書き英文の活字化を行うとともに、英文の和訳を行い、現在、4冊目の172ページ分まで進捗している。国内の在来ユズの調査では、京都、兵庫、福井、石川の日本海沿岸地域とユズの主要産地である高知の古木調査を行い、48個体を調査して推定樹齢100年以上の4個体を発見した。そのうち、高知県北川村には樹齢300年といわれている古木が存在した。クローンであるユズの多型マーカー解析では、ddRAD-seq法に基づき100種類のCAPsマーカー候補を作成した。これらのマーカーについて、再現性を確認中である。一方、古文におけるユズ記載の調査では、平安時代に京都にユズが存在しており、貴族の酒宴の席での話や室町時代の料理書などに記載されてた。

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  • 異質倍数性を逆手に取る:コムギNAM集団の効率的作出による有用遺伝子の網羅的探索

    研究課題/領域番号:20K15502  2020年04月 - 2023年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究

    西村 和紗

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

    令和3年度の春に19系統の四倍体コムギとLangdonとのF1個体を種子親、タルホコムギ系統KU-2098を花粉親として交配を行った。8328小花を交配した結果、1594粒の三倍体種子を得ることができた。四倍体コムギの系統間にはタルホコムギとの交配の成功率に差が認められることが知られているが、本研究では、どの組み合わせにおいても三倍体種子を得ることができた。一方で、これらの種子を発芽させた結果、1594粒中、503粒しか発芽しなかった。そのため、当初はファイトトロン内で三倍体を育てて合成六倍体を得ることを計画していたが、できる限り分げつ数を増やして、各三倍体個体から確実に合成六倍体を得るために、ハウス内に三倍体を移植した。三倍体個体は健全に生育しているが、一部の個体に異常分げつ矮性と見られる雑種生育不全が認められた。今後は、これらの雑種生育不全に関わる遺伝子座およびその原因遺伝子の同定も、NAM集団の作出と並行して試みる予定である。
    また、ゲノム中の限られた領域を効率良く次世代シーケンサーでシーケンスする手法の一つである、MIG-seq(Suyama and Matsuki 2015)はddRAD-seqなどの手法と比較して得られる多型数が少ないと報告されているが、コムギにおいては比較的低コストで、QTL解析やアソシーエーション解析に十分な多型が得られることを令和2年度に明らかにした。令和3年度には、この成果に加えて、MIG-seqでは1stPCRに用いるDNAの濃度を揃えずとも欠損データの少ないジェノタイピングができることを明らかにした。これらの成果について論文に取りまとめ、DNA research誌に投稿し、審査中である。

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