2024/11/08 更新

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オオクボ　ユウサク
大久保　祐作
Ohkubo Yusaku
所属
環境生命自然科学学域 講師
職名
講師
外部リンク

学位

  • 博士（環境科学） （ 2019年9月   北海道大学 ）

研究分野

  • 自然科学一般 / 応用数学、統計数学  / 応用統計学

  • 人文・社会 / 哲学、倫理学  / 科学哲学、統計学の哲学、モデルの哲学

  • ライフサイエンス / 生態学、環境学  / 生態統計学

学歴

  • 北海道大学   Graduate School of Environmental Science  

    2017年4月 - 2019年9月

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経歴

  • 統計数理研究所   学際統計数理研究系   客員講師

    2024年4月 - 現在

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  • 岡山大学   工学部   講師

    2023年4月 - 現在

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  • 統計数理研究所   統計思考院   特任研究員

    2022年7月 - 2023年3月

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  • データサイエンス共同利用基盤施設   データ同化研究支援センター   特任研究員

    2020年5月 - 2023年4月

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    国名：日本国

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  • 統計数理研究所   モデリング研究系   特任研究員

    2020年5月 - 2023年3月

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    国名：日本国

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  • 北海道大学   人間知・脳・AI研究教育センター   博士研究員

    2019年11月 - 2020年4月

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    国名：日本国

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  • 株式会社調和技研   リサーチャー

    2019年2月 - 2019年10月

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    国名：日本国

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所属学協会

委員歴

  • 応用統計学会   応用統計学会誌編集委員  

    2024年5月 - 現在   

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    団体区分：学協会

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  • 日本生態学会   大会企画委員会シンポジウム部会  

    2024年4月   

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    団体区分：学協会

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論文

  • Hereditary nature of death-feigning frequency in a parasitoid wasp Heterospilus prosopidis using sib analysis 査読

    Haruna Fujioka, Takahisa Miyatake, Yusaku Ohkubo, Masakazu Shimada

    Journal of Evolutionary Biology   2024年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Death feigning, a state of immobility observed in many animals in response to external stimuli, is an anti-predator behaviour. Although previous studies showed that death-feigning behaviours are quantitative genetic traits, the knowledge of the heritable basis of death-feigning behaviour is lacking. To investigate the heritable basis of death-feigning behaviour, we used 3 laboratory strains of a braconid parasitoid wasp, Heterospilus prosopidis. The heritable basis using half-sib analysis, and the effects of different geographical backgrounds, rearing conditions in the laboratory, and host age were evaluated. The results of the half-sib analysis showed that the frequency of death feigning varied among sires, suggesting a certain extent of additive genetic variance. Also, the frequency of death feigning varied between geographical backgrounds and among strains. Death-feigning frequency was not affected by the age of the host. Our findings highlight the importance of genetic factors underlying the basis of the death-feigning behaviour and provide support for the genetic alterations of traits from the perspective of evolution in various animal species.

    DOI： 10.1093/jeb/voae079

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  • Foraging predicts the evolution of warning coloration and mimicry in snakes 査読

    Yosuke Kojima, Ryosuke K. Ito, Ibuki Fukuyama, Yusaku Ohkubo, Andrew M. Durso

    Proceedings of the National Academy of Sciences   2024年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1073/pnas.2318857121

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  • Heritable effects on caste determination and colony-level sex allocation in termites under field conditions 査読

    Mamoru Takata, Shuya Nagai, Tatsuya Inagaki, Yusaku Ohkubo, Eisuke Tasaki, Kenji Matsuura

    iScience   26 ( 3 )   106207 - 106207   2023年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.isci.2023.106207

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  • A novel phylogenetic comparative method for evaluating the strength of branch-specific directional selection 査読

    Yusaku Ohkubo, Nobuyuki Kutsukake, Itsuro Koizumi

    Evolution   77 ( 1 )   63 - 82   2022年12月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Phylogenetic comparative methods (PCMs) have played a central role in studying the evolution of phenotypic traits. However, when a trait experienced directional selection, previous PCMs have faced a dilemma between mathematically tractable but restrictive models (i.e., simple Gaussian process models) and flexible but intractable approaches (i.e., a simulation-based process model of phenotype evolution built on population genetics frameworks). This paper proposes a novel Gaussian process macroevolutionary model, called the “branch-specific directional selection (BSDS),” for evaluating the strength of directional selection to reconcile these two approaches. This model is based on a second-order approximation of a previous simulation-based process model but has a closed-form likelihood function. This can also be extended to incorporate intraspecies variations and to linear mixed models, which are necessary for meta-analysis. We conduct numerical experiments to validate the proposed method and apply it to the brain volume of Hominidae species. The results show that the proposed methods yield statistically more reliable inferences and computational time is about hundred thousand times faster than the previous simulation-based methods. Further extensions of the BSDS model are expected to provide a clearer picture of the connection of microevolutionary processes and macroevolutionary patterns.

    DOI： 10.1093/evolut/qpac015

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  • Spillover and spillback risks of ectoparasites by an invasive squirrel Callosciurus erythraeus in Kanto region of Japan 査読

    Hirotaka Katahira, Yuya Eguchi, Saki Hirose, Yukino Ohtani, Azusa Banzai, Yusaku Ohkubo, Tatsuki Shimamoto

    International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife   19   1 - 8   2022年12月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.ijppaw.2022.07.006

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  • The habitat use and trophic niche comparisons among closely related land snails in Northeast Asia 査読

    Yuta Morii, Yusaku Ohkubo, Gen Kanaya, Larisa Prozorova

    Population Ecology   64 ( 4 )   282 - 299   2022年10月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    DOI： 10.1002/1438-390X.12127

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/1438-390X.12127

  • Revisiting the Two Predominant Statistical Problems: The Stopping-rule Problem and the Catch-all Hypothesis Problem 招待 査読

    Yusaku OHKUBO

    Annals of the Japan Association for Philosophy of Science   30   23 - 41   2021年9月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：The Japan Association for Philosophy of Science  

    DOI： 10.4288/jafpos.30.0_23

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  • Do green park characteristics influence human-wildlife distance in arboreal squirrels? 査読

    Kenta Uchida, Takahiro Yamazaki, Yusaku Ohkubo, Hisashi Yanagawa

    Urban Forestry & Urban Greening   58   126952 - 126952   2021年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.ufug.2020.126952

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  • p 値とは何だったのか (Fisher の有意性検定と Neyman-Pearson の仮説検定を超えるために) 査読

    Yusaku Ohkubo

    生物科学   70 ( 4 )   238 - 251   2019年3月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • The benefits of grouping as a main driver of social evolution in a halictine bee 査読

    Yusaku Ohkubo, Tatsuhiro Yamamoto, Natsuki Ogusu, Saori Watanabe, Yuuka Murakami, Norihiro Yagi, Eisuke Hasegawa

    Science Advances   4 ( 10 )   2018年10月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science ({AAAS})  

    DOI： 10.1126/sciadv.1700741

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  • Cricket mate selection as a spatial discounting phenomenon without learning 査読

    Yusaku Ohkubo, Jin Yoshimura, Eisuke Hasegawa

    Journal of Ethology   36 ( 3 )   229 - 233   2018年6月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Nature America, Inc  

    DOI： 10.1007/s10164-018-0552-1

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  • Activity of invasive slug Limax maximus in relation to climate conditions based on citizen's observations and novel regularization based statistical approaches 査読

    Morii, Y., Ohkubo, Y., Watanabe, S.

    Science of the Total Environment   637-638   1061 - 1068   2018年

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.scitotenv.2018.04.403

    Scopus

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  • Morph-Specific weapon-correlated traits in a male dimorphic stag beetle prosopocoilus inclinatus, (Coleoptera: Lucanidae) 査読

    Ito, J., Ohkubo, Y., Hasegawa, E.

    Annals of the Entomological Society of America   110 ( 3 )   2017年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/aesa/saw096

    Scopus

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  • Male guppies change courtship behaviour in response to their own quality relative to that of a rival male 査読

    Yoshikawa, T., Ohkubo, Y., Karino, K., Hasegawa, E.

    Animal Behaviour   118   2016年8月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.anbehav.2016.05.022

    Scopus

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  • Difference in evolutionary patterns of strongly or weakly selected characters among ant populations 査読

    Imai Shuichiro, Kobayashi Kazuya, Ohkubo Yusaku, Yagi Norihiro, Hasegawa Eisuke

    Scientific reports   6   39451 - 39451   2016年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Publishing Group  

    Despite being a central issue in evolutionary biology, few studies have examined the stasis of characters in populations with no gene flow. A possible mechanism of such stasis is stabilizing selection with similar peaks in each population. This study examined the evolutionary patterns of morphological characters with and without strong selection in ant populations. We show that compared to a character that seems to be less important, characters that are more important were less variable within and among populations. Microsatellite analyses showed significant genetic differences between populations, implying limited gene flow between them. The observed levels of genetic differentiation cannot be attributed to recent population separations. Thus, the observed differences in morphological variance seem to reflect the degree of selection on each character. The less important character changed proportionately with time, but such a pattern was not observed in more important characters. These results suggest that stabilizing selection maintains morphological stasis between populations of the same species with minimal gene flow independent of divergence times.

    DOI： 10.1038/srep39451

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    CiNii Article

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書籍等出版物

  • 生物学者のための科学哲学

    鈴木 大地, 森元 良太, 三中 信宏, 大久保 祐作, 吉田 善哉（ 担当： 共訳 ,  範囲: 第2章、第3章、第4章）

    勁草書房  2023年2月  （ ISBN:9784326103195 ）

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MISC

  • On the “expectation” of Bayesian methods: how the prior is chosen in “objective” manner in practices of statistics. 招待

    Ohkubo Yusaku

    Linkage   1 ( 1 )   9 - 14   2021年4月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）  

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  • マクロ進化の大規模種間比較研究における枝特異的方向性淘汰モデルの提案

    大久保祐作

    2020 年度科学研究費シンポジウム「大規模複雑データの理論と方法論:最前線の動向と新たな展開」予稿集   2020年12月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等  

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講演・口頭発表等

  • The status of the statistical predictionalism on the philosophy of scientific model representations 招待

    Ohkubo Yusaku

    the 17th edition of the International Congress on Logic, Methodology and Philosophy of Science and Technology.  2023年7月28日 

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    開催年月日： 2023年7月25日

    記述言語：英語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

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  • マクロ進化の大規模種間比較研究における枝特異的方向性淘汰モデルの提案

    大久保祐作

    2020 年度科学研究費シンポジウム 「大規模複雑データの理論と方法論:最前線の動向と新たな展開」  2020年12月5日 

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    開催年月日： 2020年12月4日 - 2020年12月5日

    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

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  • Recent advances in the Phylogenetic Comparative Methods 招待

    CMStatistics 2023  2023年12月18日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Frequentist predictionalism: the role of model selection criterion and its ontology

    Ohkubo Yusaku, Otsuka Jun

    Philosophy of Science around the world  2023年11月11日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • ベイズモデルを用いたマクロ進化の種間比較研究とBSDSモデルによる祖先形質の推定

    大久保祐作

    統計関連連合大会  2022年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • なぜ私はフィールドワーカーから聞かれた質問に応えられないのか 招待

    大久保祐作

    第69回日本生態学会年次大会  2022年3月18日 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • 近年の系統比較法における動向 招待

    MIMS現象数理カフェセミナー  2021年11月22日 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • ミクロ進化とマクロ進化を結ぶ統計モデリング：連続形質の系統比較法 招待

    大久保祐作

    統計物理と統計科学のセミナー  2021年6月15日 

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    記述言語：日本語  

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  • 枝特異的な方向性淘汰の推定について

    大久保祐作, 沓掛展之, 小泉逸郎

    日本生態学会  2021年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • ランダム効果×ベイズ推定 招待

    大久保祐作

    日本比較生理学会若手の会オンライン勉強会  2020年5月14日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • データ生成過程という考え方：近似ベイズ 計算による 系統比較法 招待

    大久保祐作

    統計数理研究所共同利用研究集会「生態データ統計モデルの包括的推進：個体群・群集・行動」  2020年1月10日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • Revisiting the two major statistical problems, stopping-rule and the catch-all hypothesis, from the viewpoint of neo-Bayesian statistics.

    Ohkubo Yusaku

    16th Congress of Logic, Methodology and Philosophy of Science and Technology  2019年8月10日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • p値とはなんだったのか 招待

    大久保祐作

    日本生態学会  2018年3月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 地域知と科学との対話による公正で持続的な狩猟マネジメント

    2024年04月 - 2030年03月

    総合地球環境学研究所  実践プロジェクト 

    連携研究者

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  • 計算統計の観点からのベイズ統計と頻度論の融合

    研究課題/領域番号：24K15120  2024年04月 - 2029年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    伊庭 幸人, 矢野 恵佑, 大久保 祐作

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    配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）

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  • データサイエンスにおけるモデルの役割と表象理論

    研究課題/領域番号：2023-ISMCRP-4202  2023年04月

    情報システム研究機構統計数理研究所  公募型共同利用研究 

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    担当区分：研究代表者 

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  • データ同化による数理モデリングと統計モデリングの融合

    研究課題/領域番号：21K15170  2021年04月 - 2026年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 若手研究  若手研究

    大久保 祐作

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：3510000円 （ 直接経費：2700000円 、 間接経費：810000円 ）

    生態学のあつかう自然現象を説明するには、主に二つのアプローチが考えられる。ひとつはロトカ＝ヴォルテラモデルに代表される数理モデルで、もうひとつは階層ベイズモデルに代表される統計モデルである。いずれも生態学を支える礎で同じ「数学」という道具に基づいているにも関わらず、両者には著しい溝がある。
    <BR>
    異なる2つの数理アプローチを「融合」させることは、生態学がフィールドの複雑な現象を理解する上で不可欠である。特に数理モデルの知見を近年発達の著しい統計モデルに組み込むことは、分析結果の解釈性や一般性を高めるために有効な戦略であると考えられる。本研究では、近年の生態学研究で大きな役割を果たしている二つの手法に注目し、2つのアプローチの融合へ向けた新たな手法の確立を目指す。

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  • 統計学的観点を加味した科学哲学による「科学的推論」教育プログラムの構築

    研究課題/領域番号：20H01736  2020年04月 - 2024年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    松王 政浩, 島谷 健一郎, 森元 良太, 川本 思心, 大久保 祐作

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    担当区分：研究分担者 

    配分額：9620000円 （ 直接経費：7400000円 、 間接経費：2220000円 ）

    本研究は、これまで科学哲学で議論されてきた科学の方法論に、数理的および統計学的な視点をプラスして、最終的に科学教育に応用することを目的とする。この目的を果たす上で、二つの大きな課題がある。一つは科学哲学の概念的な議論の中に、科学における数理モデル、統計モデルとの接点を見出すこと。もう一つは、逆に数理・統計モデルに関してその概念的意味を明らかにして科学哲学で扱う問題に接続することである。
    本年は、特に後者に関して重要な成果を上げることができた。これまで本研究のメンバーで研究会等で議論してきた内容を、科学基礎論学会の英文誌 Annalsに、Special Edition: Philosophy of Statistics として５本の論文を掲載した（いずれも査読付き論文）。島谷は科学における統計モデルの位置づけについて、松王は尤度主義の概念的問題について、森元は頻度主義における根本的対立の意味について、また大久保はベイズ主義と頻度主義の対立解消の糸口について、そして尾崎はベイズ主義の実践科学における意味について、それぞれ論じた。このような統計学の哲学的解題は、これまで日本ではほとんど例がなく、画期的である。
    上記成果に加え、代表者の松王は、科学哲学教育の試行の一環として、最高裁判所下の司法研修所における講演を請け負った。講演では、科学哲学の伝統的な問題の一つである、「科学者が科学的判断において価値判断を行うことは適切か」という問題をめぐって、これが実際の科学においていかに問題になりうるかを、統計的な視点を交えつつ、イタリアの「ラクイラ地震裁判」を例として論じた。参加した裁判官の方々に、司法の場で「科学者の価値判断」の可否、是非について考察するよい機会になったものと考える。

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その他研究活動

  • サントリー財団 若手研究者のためのチャレンジ研究助成

    2019年04月
    -
    2020年03月

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担当授業科目

  • データ活用実践演習 （2024年度） 第１学期  - 火3～4,金5～6

  • ベイズ統計基礎 （2024年度） 第４学期  - 火3～4,金3～4

  • 多変量データ解析Ｂ （2024年度） 第２学期  - 月3～4,木5～6

  • 専門英語 （2024年度） ３・４学期  - [第３学期]水3～4, [第４学期]水1～2

  • 教養数理特論 （2024年度） 第３学期  - 水3～4

  • 数理プログラミング１ （2024年度） 第１学期  - 水3～4

  • 数理プログラミング２ （2024年度） 第２学期  - 水3～4

  • 時空間統計学演習 （2024年度） 通年  - その他

  • 時空間統計学演習 （2024年度） 通年  - その他

  • 環境統計科学Ｉ-1 （2024年度） 第４学期  - 火3,金3

  • 環境統計科学Ｉ-2 （2024年度） 第４学期  - 火4,金4

  • 統計データ解析学概論 （2024年度） 前期  - 火5～6

  • 計算機統計学演習 （2024年度） 通年  - その他

  • 計算機統計学演習 （2024年度） 通年  - その他

  • 計算統計学A-1 （2024年度） 第２学期  - 月3,木5

  • 計算統計学A-2 （2024年度） 第２学期  - 月4,木6

  • 計算統計学Ａ （2024年度） 第３学期  - 火1～2,金1～2

  • 多変量データ解析Ｂ （2023年度） 第２学期  - 月3～4,木5～6

  • 教養数理特論 （2023年度） 第３学期  - 水3～4

  • 時空間統計学演習 （2023年度） 通年  - その他

  • 時空間統計学演習 （2023年度） 通年  - その他

  • 計算機統計学演習 （2023年度） 通年  - その他

  • 計算機統計学演習 （2023年度） 通年  - その他

  • 計算統計学A-1 （2023年度） 第２学期  - 月3,木5

  • 計算統計学A-2 （2023年度） 第２学期  - 月4,木6

  • 計算統計学Ａ （2023年度） 第３学期  - 火1～2,金1～2

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メディア報道

  • ヘビの警告色・擬態の進化は目立つコストで予測できる インターネットメディア

    時事ドットコムニュース  PR TIMES  2024年3月

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  • ヘビの警告色・擬態の進化は目立つコストで予測できる インターネットメディア

    岡山大学プレスリリース  2024年3月

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