Organization
Faculty of Environmental, Life, Natural Science and Technology Lecturer
Position
Lecturer
External link
Ohkubo Yusaku
Degree
-
Ph.D. ( 2019.9 Hokkaido University )
Research Areas
-
Humanities & Social Sciences / Philosophy and ethics / 科学哲学、統計学の哲学、モデルの哲学
-
Life Science / Ecology and environment / Ecostatistics
Education
-
Hokkaido University 環境科学院
2017.4 - 2019.9
Research History
-
The Institute of Statistical Mathematics 学際統計数理研究系 Visiting Lecturer
2024.4
-
Okayama University Faculty of Engineering Senior Assistant Professor
2023.4
-
The Institute of Statistical Mathematics 統計思考院
2022.7 - 2023.3
-
Joint Support-Center for Data Science Research Center for Data Assimilation Research and Applications Specially Appointed Researcher
2020.5 - 2023.4
Country：Japan
-
The Institute of Statistical Mathematics Modeling Research Group Specially Appointed Researcher
2020.5 - 2023.3
Country：Japan
-
Hokkaido University Center for Human Nature, Artificial Intelligence, and Neuroscience Doctoral Researcher
2019.11 - 2020.4
Country：Japan
-
CHOWA GIKEN Corporation Researcher
2019.2 - 2019.10
Country：Japan
Professional Memberships
-
日本統計学会
2021.5
-
Society of Evolutionary Studies Japan
2021
-
Philosophy of Science Society of Japan
2018
-
日本生態学会
Papers
-
Foraging predicts the evolution of warning coloration and mimicry in snakes Reviewed
Yosuke Kojima, Ryosuke K. Ito, Ibuki Fukuyama, Yusaku Ohkubo, Andrew M. Durso
Proceedings of the National Academy of Sciences 2024.3
-
Heritable effects on caste determination and colony-level sex allocation in termites under field conditions Reviewed
Mamoru Takata, Shuya Nagai, Tatsuya Inagaki, Yusaku Ohkubo, Eisuke Tasaki, Kenji Matsuura
iScience 26 ( 3 ) 106207 - 106207 2023.3
-
Yusaku Ohkubo, Nobuyuki Kutsukake, Itsuro Koizumi
Evolution 77 ( 1 ) 63 - 82 2022.12
-
Spillover and spillback risks of ectoparasites by an invasive squirrel Callosciurus erythraeus in Kanto region of Japan Reviewed
Hirotaka Katahira, Yuya Eguchi, Saki Hirose, Yukino Ohtani, Azusa Banzai, Yusaku Ohkubo, Tatsuki Shimamoto
International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife 19 1 - 8 2022.12
-
The habitat use and trophic niche comparisons among closely related land snails in Northeast Asia Reviewed
Yuta Morii, Yusaku Ohkubo, Gen Kanaya, Larisa Prozorova
Population Ecology 64 ( 4 ) 282 - 299 2022.10
-
Revisiting the Two Predominant Statistical Problems: The Stopping-rule Problem and the Catch-all Hypothesis Problem Invited Reviewed
Yusaku OHKUBO
Annals of the Japan Association for Philosophy of Science 30 23 - 41 2021.9
-
Do green park characteristics influence human-wildlife distance in arboreal squirrels? Reviewed
Kenta Uchida, Takahiro Yamazaki, Yusaku Ohkubo, Hisashi Yanagawa
Urban Forestry & Urban Greening 58 126952 - 126952 2021.3
-
p 値とは何だったのか (Fisher の有意性検定と Neyman-Pearson の仮説検定を超えるために) Reviewed
Yusaku Ohkubo
生物科学 70 ( 4 ) 238 - 251 2019.3
-
The benefits of grouping as a main driver of social evolution in a halictine bee Reviewed
Yusaku Ohkubo, Tatsuhiro Yamamoto, Natsuki Ogusu, Saori Watanabe, Yuuka Murakami, Norihiro Yagi, Eisuke Hasegawa
Science Advances 4 ( 10 ) 2018.10
-
Cricket mate selection as a spatial discounting phenomenon without learning Reviewed
Yusaku Ohkubo, Jin Yoshimura, Eisuke Hasegawa
Journal of Ethology 36 ( 3 ) 229 - 233 2018.6
-
Morii, Y., Ohkubo, Y., Watanabe, S.
Science of the Total Environment 637-638 1061 - 1068 2018
-
Ito, J., Ohkubo, Y., Hasegawa, E.
Annals of the Entomological Society of America 110 ( 3 ) 2017
-
Yoshikawa, T., Ohkubo, Y., Karino, K., Hasegawa, E.
Animal Behaviour 118 2016.8
-
Difference in evolutionary patterns of strongly or weakly selected characters among ant populations Reviewed
Imai, S., Kobayashi, K., Ohkubo, Y., Yagi, N., Hasegawa, E.
Scientific Reports 6 39451 - 39451 2016
Books
-
生物学者のための科学哲学
鈴木 大地, 森元 良太, 三中 信宏, 大久保 祐作, 吉田 善哉（ Role： Joint translator , 第2章、第3章、第4章）
勁草書房 2023.2 （ ISBN:9784326103195 ）
MISC
-
On the “expectation” of Bayesian methods: how the prior is chosen in “objective” manner in practices of statistics. Invited
Ohkubo Yusaku
Linkage 1 ( 1 ) 9 - 14 2021.4
-
マクロ進化の大規模種間比較研究における枝特異的方向性淘汰モデルの提案
大久保祐作
2020 年度科学研究費シンポジウム「大規模複雑データの理論と方法論:最前線の動向と新たな展開」予稿集 2020.12
Presentations
-
The status of the statistical predictionalism on the philosophy of scientific model representations Invited
Ohkubo Yusaku
the 17th edition of the International Congress on Logic, Methodology and Philosophy of Science and Technology. 2023.7.28
-
マクロ進化の大規模種間比較研究における枝特異的方向性淘汰モデルの提案
大久保祐作
2020 年度科学研究費シンポジウム 「大規模複雑データの理論と方法論:最前線の動向と新たな展開」 2020.12.5
-
Recent advances in the Phylogenetic Comparative Methods Invited
CMStatistics 2023 2023.12.18
-
Frequentist predictionalism: the role of model selection criterion and its ontology
Ohkubo Yusaku, Otsuka Jun
Philosophy of Science around the world 2023.11.11
-
ベイズモデルを用いたマクロ進化の種間比較研究とBSDSモデルによる祖先形質の推定
大久保祐作
統計関連連合大会 2022.9
-
なぜ私はフィールドワーカーから聞かれた質問に応えられないのか Invited
大久保祐作
第69回日本生態学会年次大会 2022.3.18
-
Recent advancements of phylogenetic method Invited
OHKUBO Yusaku
2021.11.22
-
ミクロ進化とマクロ進化を結ぶ統計モデリング：連続形質の系統比較法 Invited
大久保祐作
統計物理と統計科学のセミナー 2021.6.15
-
枝特異的な方向性淘汰の推定について
大久保祐作, 沓掛展之, 小泉逸郎
日本生態学会 2021.3
-
ランダム効果×ベイズ推定 Invited
大久保祐作
日本比較生理学会若手の会オンライン勉強会 2020.5.14
-
データ生成過程という考え方：近似ベイズ 計算による 系統比較法 Invited
大久保祐作
統計数理研究所共同利用研究集会「生態データ統計モデルの包括的推進：個体群・群集・行動」 2020.1.10
-
Revisiting the two major statistical problems, stopping-rule and the catch-all hypothesis, from the viewpoint of neo-Bayesian statistics.
Ohkubo Yusaku
16th Congress of Logic, Methodology and Philosophy of Science and Technology 2019.8.10
-
p値とはなんだったのか Invited
大久保祐作
日本生態学会 2018.3
Research Projects
-
The role of scientific modeling and the representation theory in the Data Science.
Grant number：2023-ISMCRP-4202 2023.04
the Institute of Statistical Mathematics 公募型共同利用研究
Authorship：Principal investigator
-
データ同化による数理モデリングと統計モデリングの融合
Grant number：21K15170 2021.04 - 2026.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究 若手研究
大久保 祐作
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\3510000 （ Direct expense: \2700000 、 Indirect expense：\810000 ）
生態学のあつかう自然現象を説明するには、主に二つのアプローチが考えられる。ひとつはロトカ＝ヴォルテラモデルに代表される数理モデルで、もうひとつは階層ベイズモデルに代表される統計モデルである。いずれも生態学を支える礎で同じ「数学」という道具に基づいているにも関わらず、両者には著しい溝がある。
<BR>
異なる2つの数理アプローチを「融合」させることは、生態学がフィールドの複雑な現象を理解する上で不可欠である。特に数理モデルの知見を近年発達の著しい統計モデルに組み込むことは、分析結果の解釈性や一般性を高めるために有効な戦略であると考えられる。本研究では、近年の生態学研究で大きな役割を果たしている二つの手法に注目し、2つのアプローチの融合へ向けた新たな手法の確立を目指す。 -
Construction of scientific inference program based on philosophy of science and of statistics
Grant number：20H01736 2020.04 - 2024.03
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B) Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
松王 政浩, 島谷 健一郎, 森元 良太, 川本 思心, 大久保 祐作
Authorship：Coinvestigator(s)
Grant amount：\9620000 （ Direct expense: \7400000 、 Indirect expense：\2220000 ）
本研究は、これまで科学哲学で議論されてきた科学の方法論に、数理的および統計学的な視点をプラスして、最終的に科学教育に応用することを目的とする。この目的を果たす上で、二つの大きな課題がある。一つは科学哲学の概念的な議論の中に、科学における数理モデル、統計モデルとの接点を見出すこと。もう一つは、逆に数理・統計モデルに関してその概念的意味を明らかにして科学哲学で扱う問題に接続することである。
本年は、特に後者に関して重要な成果を上げることができた。これまで本研究のメンバーで研究会等で議論してきた内容を、科学基礎論学会の英文誌 Annalsに、Special Edition: Philosophy of Statistics として５本の論文を掲載した（いずれも査読付き論文）。島谷は科学における統計モデルの位置づけについて、松王は尤度主義の概念的問題について、森元は頻度主義における根本的対立の意味について、また大久保はベイズ主義と頻度主義の対立解消の糸口について、そして尾崎はベイズ主義の実践科学における意味について、それぞれ論じた。このような統計学の哲学的解題は、これまで日本ではほとんど例がなく、画期的である。
上記成果に加え、代表者の松王は、科学哲学教育の試行の一環として、最高裁判所下の司法研修所における講演を請け負った。講演では、科学哲学の伝統的な問題の一つである、「科学者が科学的判断において価値判断を行うことは適切か」という問題をめぐって、これが実際の科学においていかに問題になりうるかを、統計的な視点を交えつつ、イタリアの「ラクイラ地震裁判」を例として論じた。参加した裁判官の方々に、司法の場で「科学者の価値判断」の可否、是非について考察するよい機会になったものと考える。
Other research activities
-
Suntory Foundation Grant for the Groundbreaking Young Researchersun
2019.04-2020.03
Class subject in charge
-
Multivariate Data Analysis B （2023academic year） Second semester - 月3～4,木5～6
-
Advanced Mathematical Science in Liberal Arts （2023academic year） Third semester - 水3～4
-
Seminar in Spatio-Temporal Statistics （2023academic year） Year-round - その他
-
Seminar in Spatio-Temporal Statistics （2023academic year） Year-round - その他
-
Seminar in Computational Statistics （2023academic year） Year-round - その他
-
Seminar in Computational Statistics （2023academic year） Year-round - その他
-
Computational Statistics A-1 （2023academic year） Second semester - 月3,木5
-
Computational Statistics A-2 （2023academic year） Second semester - 月4,木6
-
Computational Statistics A （2023academic year） Third semester - 火1～2,金1～2