2026/08/04 更新

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イシダ タスク
石田 祐
Ishida Tasuku
所属
環境生命自然科学学域 助教(特任)
職名
助教(特任)

学位

  • 博士(理学) ( 2026年3月   京都大学 )

研究キーワード

  • 神経板境界

  • 尾芽

  • ナメクジウオ

  • 遺伝子制御ネットワーク

  • ホヤ

学歴

  • 京都大学   Graduate School of Science   Division of Biological Sciences

    2023年4月 - 2026年3月

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  • 京都大学   Graduate School of Science   Division of Biological Sciences

    2021年4月 - 2023年3月

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  • 京都大学   Faculty of Science  

    2017年4月 - 2021年3月

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経歴

  • 岡山大学   学術研究院環境生命自然科学学域(理)   研究助教(特任)

    2026年4月 - 現在

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所属学協会

  • 日本進化学会

    2023年7月 - 現在

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  • 日本動物学会

    2022年5月 - 現在

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論文

  • The tripartite neural plate border is a common trait of vertebrates and tunicates

    Tasuku Ishida, Yutaka Satou

    2026年7月

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    出版者・発行元:openRxiv  

    Abstract

    The neural crest and neurogenic placodes, which arise from the neural plate border, give rise to morphological characteristics that distinguish vertebrates from invertebrates (Gans & Northcutt, 1983). Recent studies have suggested that embryos of ascidians, a group of tunicates that are the closest invertebrate relatives of vertebrates, possess cells that share an evolutionary origin with vertebrate neural crest cells (Abitua et al., 2012; Fatieieva et al., 2025; Ishida & Satou, 2024; Stolfi et al., 2015; Todorov et al., 2024; Waki et al., 2015) and neurogenic placode cells (Abitua et al., 2015; Ikeda et al., 2013; Liu et al., 2023; Liu & Satou, 2019; Manni et al., 2004; Mazet et al., 2005; Papadogiannis et al., 2022; Wagner & Levine, 2012). To dissect the neural plate border of ascidian embryos at the molecular level, and to gain deeper insights into evolutionary origins of the neural crest and neurogenic placodes, we comprehensively analyzed expression patterns of transcription factor genes at single-cell resolution. We demonstrated that the ascidian neural plate border consists of three domains with distinct gene expression profiles: the anterior, inner lateral, and outer lateral domains. A cross-species comparison of transcriptomes from ascidians and zebrafish suggests that the anterior domain is homologous to zebrafish neurogenic placodes, the inner lateral domain to the neural crest and tail bud and the outer lateral domain to the median fin fold ectoderm. We propose that a tripartite neural plate border was present in the last common ancestor of vertebrates and tunicates, providing a blueprint for evolutionary emergence of vertebrate morphological novelties.

    DOI: 10.64898/2026.07.29.740271

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  • Ascidian embryonic cells with properties of neural-crest cells and neuromesodermal progenitors of vertebrates 査読

    Tasuku Ishida, Yutaka Satou

    Nature Ecology & Evolution   8 ( 6 )   1154 - 1164   2024年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1038/s41559-024-02387-8

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    その他リンク: https://www.nature.com/articles/s41559-024-02387-8

  • Animals have expanded the evolutionary legacy of unicellular ancestors in blood cells

    Yosuke Nagahata, Yuji Nishimura, Ryota Kaitani, Jason Cheok Kuan Leong, Izumi Oda-Ishii, Hisanori Kohtsuka, Shinya Abe, Tasuku Ishida, Marina Carmona-Rivas, Sebastián R. Najle, Elena Casacuberta, Koichi Ikuta, Toru Miura, Michio Ogasawara, Naoki Irie, Yutaka Satou, Iñaki Ruiz-Trillo, Hiroshi Kawamoto

    Proceedings of the National Academy of Sciences   123 ( 23 )   2026年5月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:National Academy of Sciences  

    Blood cells are common and unique to animals, enabling them to address critical challenges of defense and transport. Thus, their evolution represents a defining innovation in metazoan multicellular life. However, their evolutionary trajectory about how blood cells emerged and diversified throughout animal history remains unclear. Here, we present a combination of bioinformatics and functional data that demonstrate that the metazoan blood cell program most likely originated through the repurposing of an ancestral premetazoan toolkit governed by Fos . This primordial program established the macrophage-like initial blood cells at the metazoan root. Then, the first lineage bifurcation at the origin of Bilateria drove the emergence of a specialized mast/killer lineage, characterized by acquisition of granular proteases for antiparasitic defense. Subsequent deuterostome/vertebrate innovations branched T/NK and erythrocyte/thrombocyte lineages from mast cells while B cells derived from macrophages. Our data also show that a prototypic thymus formed at the gill edges of a chordate ancestor. In line with the evolutionary history, the modern hematopoietic pathway shows a vestige of the phylogeny; differentiation potentials of phylogenetically old cell lineages expressing Fos such as macrophages and mast cells are widely retained, and ancient HSCs with limited lineage potentials have been inherited as origo-lineage progenitors. Our framework provides the history of blood cells showing an adaptive innovation built upon ancient unicellular foundations.

    DOI: 10.1073/pnas.2528110123

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  • Meeting Report: The First Evo‐Devo Young Researchers Meeting 査読

    Yui Uchida, Tasuku Ishida, Satomi Ono, Shunya Kuroda, Aimi Kobayashi, Naoki Konno, Yoshitaka Tanaka, Tetsuro Nishizawa, Junki Yoshida, Ken‐ichiro Yoshimoto, Mizuho Yoneda

    Development, Growth & Differentiation   67 ( 6 )   331 - 335   2025年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley  

    DOI: 10.1111/dgd.70016

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  • A Manually Curated Gene Model Set for an Ascidian, Ciona robusta (Ciona intestinalis Type A) 査読

    Yutaka Satou, Miki Tokuoka, Izumi Oda-Ishii, Sinichi Tokuhiro, Tasuku Ishida, Boqi Liu, Yuri Iwamura

    Zoological Science   39 ( 3 )   2022年3月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Zoological Society of Japan  

    DOI: 10.2108/zs210102

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受賞

  • 理学研究科銀楓賞

    2025年2月   京都大学大学院理学研究科  

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  • 国際会議発表支援川口賞

    2024年3月   日本動物学会  

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  • 学生ポスター発表賞 最優秀賞

    2023年9月   日本進化学会  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 尾索動物をモデルとした神経堤細胞の幹細胞性の進化的起源の解明

    研究課題/領域番号:25KJ1652  2025年04月 - 2027年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    石田 祐

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    配分額:1600000円 ( 直接経費:1600000円 )

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  • 神経中胚葉前駆細胞の進化的起源

    2024年08月 - 2025年03月

    京都大学大学院理学研究科  京都大学大学院理学研究科 銀楓ファンド 

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    担当区分:研究代表者 

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その他研究活動

  • 令和6年度 京都大学教育研究振興財団 国際研究集会発表助成

    2024年06月

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