2025/05/17 更新

写真a

ウエキ ショウコ
植木 尚子
UEKI Shoko
所属
学術研究院先鋭研究領域(資源植物) 准教授
職名
准教授

学位

  • 博士(理学) ( 東京工業大学 )

研究キーワード

  • Heterosigma akashiwo

  • ecophysiology

  • cell biology

  • molecular biology

  • microbial ecology

研究分野

  • 環境・農学 / 環境農学  / 水圏生命科学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 細胞生物学

学歴

  • 東京工業大学   Graduate School of Bioscience and Biotechnology  

    1994年4月 - 1997年3月

      詳細を見る

  • 筑波大学   Master's Program in Environmental Sciences  

    1992年4月 - 1994年7月

      詳細を見る

  • 名古屋大学   School of Science  

    1988年4月 - 1992年3月

      詳細を見る

    国名: 日本国

    researchmap

経歴

  • 岡山大学   資源植物科学研究所   准教授

    2017年9月 - 現在

      詳細を見る

  • 岡山大学   資源植物科学研究所   助教

    2011年9月 - 2017年7月

      詳細を見る

  • ニューヨーク州立大学ストーニーブルック校   生化学・細胞生物学部

    2007年8月 - 2011年8月

      詳細を見る

    国名:アメリカ合衆国

    researchmap

  • ニューヨーク州立大学ストーニーブルック校   生化学・細胞生物学部

    1998年9月 - 2007年7月

      詳細を見る

    国名:アメリカ合衆国

    researchmap

  • 日本学術振興会   東京工業大学 生命理工学部   特別研究員

    1997年4月 - 1998年8月

      詳細を見る

所属学協会

  • 日本微生物生態学会

    2016年 - 現在

      詳細を見る

 

論文

  • Differentiation of microbial community in coastal seawater samples before and during a Akashiwo sanguinea (Dinophyceae) bloom in urban area of Antofagasta city (northern Chile) 査読

    Jingming Hua, Henry Camerónc, Joaquín I. Rillingd, Marco Camposd, Tay Ruiz-Gild, Mariela A. Gonzaleze, Gonzalo Gajardo, Karen Vergarad, Leonardo Guzmán, Oscar Espinoza-González, Gonzalo Fuenzalida, Carlos Riquelme, Shoko Ueki, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama, So Fujiyoshi, Kyoko Yarimizum, Ishara Pereram, Andrés Ávilae, Jacquelinne J. Acuñad, Qian Zhanga, Milko A. Jorquera

    Harmful Algae   2024年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.hal.2024.102782

    researchmap

  • The dataset of de novo assembly and inferred functional annotation of the transcriptome of Heterosigma akashiwo, a bloom-forming, cosmopolitan raphidophyte. 査読 国際誌

    Masanao Sato, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Shoko Ueki

    Data in brief   48   109071 - 109071   2023年6月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Heterosigma akashiwo is a eukaryotic, cosmopolitan, and unicellular alga (class: Raphidophyceae), and produces fish-killing blooms. There is a substantial scientific and practical interest in its ecophysiological characteristics that determine bloom dynamics and its adaptation to broad climate zones. A well-annotated genomic/genetic sequence information enables researchers to characterize organisms using modern molecular technology. In the present study, we conducted H. akashiwo RNA sequencing, a de novo transcriptome assembly of 84,693,530 high-quality deduplicated short-read sequences. Obtained RNA reads were assembled by Trinity assembler and 144,777 contigs were identified with N50 values of 1085. Total 60,877 open reading frames with the length of 150 bp or greater were predicted. For further analyses, top Gene Ontology terms, pfam hits, and blast hits were annotated for all the predicted genes. The raw data were deposited in the NCBI SRA database (BioProject PRJDB6241 and PRJDB15108), and the assemblies are available in NCBI TSA database (ICRV01). The annotation information can be obtained in Dryad and can be accessed via doi: 10.5061/dryad.m0cfxpp56.

    DOI: 10.1016/j.dib.2023.109071

    PubMed

    researchmap

  • The holobiome of marine harmful algal blooms (HABs): A novel ecosystem-based approach for implementing predictive capabilities and managing decisions 査読

    Gonzalo Gajardo, Jesús Morón-López, Karen Vergara, Shoko Ueki, Leonardo Guzmán, Oscar Espinoza-González, Alondra Sandoval, Gonzalo Fuenzalida, Alejandro A. Murillo, Carlos Riquelme, Henry Camerón, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama, So Fujiyoshi, Kyoko Yarimizu, Ishara Perera, Mikihiko Kawai, Andrés Ávila, Giovanni Larama, Mariela A. Gonzalez, Joaquín I. Rilling, Marco Campos, Tay Ruiz-Gil, Benjamin Durán-Vinet, Jacquelinne J. Acuña, Milko A. Jorquera

    Environmental Science & Policy   143   44 - 54   2023年5月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.envsci.2023.02.012

    researchmap

  • Intraspecies variation of the mitochondrial genome: An evaluation for phylogenetic approaches based on the conventional choices of genes and segments on mitogenome. 査読 国際誌

    Jesús Morón-López, Karen Vergara, Masanao Sato, Gonzalo Gajardo, Shoko Ueki

    PloS one   17 ( 8 )   e0273330   2022年

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Intraspecies nucleotide sequence variation is a key to understanding the evolutionary history of a species, such as the geographic distribution and population structure. To date, numerous phylogenetic and population genetics studies have been conducted based on the sequences of a gene or an intergenic region on the mitochondrial genome (mtDNA), such as cytochrome c oxidase subunits or the D-loop. To evaluate the credibility of the usage of such 'classic' markers, we compared the phylogenetic inferences based on the analyses of the partial and entire mtDNA sequences. Importantly, the phylogenetic reconstruction based on the short marker sequences did not necessarily reproduce the tree topologies based on the analyses of the entire mtDNA. In addition, analyses on the datasets of various organisms revealed that the analyses based on the classic markers yielded phylogenetic trees with poor confidence in all tested cases compared to the results based on full-length mtDNA. These results demonstrated that phylogenetic analyses based on complete mtDNA sequences yield more insightful results compared to those based on mitochondrial genes and segments. To ameliorate the shortcomings of the classic markers, we identified a segment of mtDNA that may be used as an 'approximate marker' to closely reproduce the phylogenetic inference obtained from the entire mtDNA in the case of mammalian species, which can be utilized to design amplicon-seq-based studies. Our study demonstrates the importance of the choice of mitochondrial markers for phylogenetic analyses and proposes a novel approach to choosing appropriate markers for mammalian mtDNA that reproduces the phylogenetic inferences obtained from full-length mtDNA.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0273330

    PubMed

    researchmap

  • Suitcase Lab: new, portable, and deployable equipment for rapid detection of specific harmful algae in Chilean coastal waters 査読

    So Fujiyoshi, Kyoko Yarimizu, Yohei Miyashita, Joaquín Rilling, Jacquelinne J. Acuña, Shoko Ueki, Gonzalo Gajardo, Oscar Espinoza-González, Leonardo Guzmán, Milko A. Jorquera, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama

    Environmental Science and Pollution Research   2020年11月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    <title>Abstract</title>Phytoplankton blooms, including harmful algal blooms (HABs), have serious impacts on ecosystems, public health, and productivity activities. Rapid detection and monitoring of marine microalgae are important in predicting and managing HABs. We developed a toolkit, the Suitcase Lab, to detect harmful algae species in the field. We demonstrated the Suitcase Lab’s capabilities for sampling, filtration, DNA extraction, and loop-mediated isothermal amplification (LAMP) detection in cultured <italic>Alexandrium catenella</italic> cells as well as Chilean coastal waters from four sites: Repollal, Isla García, Puerto Montt, and Metri. A LAMP assay using the Suitcase Lab in the field confirmed microscopic observations of <italic>A. catenella</italic> in samples from Repollal and Isla García. The Suitcase Lab allowed the rapid detection of <italic>A. catenella</italic>, within 2 h from the time of sampling, even at a single cell per milliliter concentrations, demonstrating its usefulness for quick and qualitative on-site diagnosis of target toxic algae species. This method is applicable not only to detecting harmful algae but also to other field studies that seek a rapid molecular diagnostic test.

    DOI: 10.1007/s11356-020-11567-5

    researchmap

    その他リンク: http://link.springer.com/article/10.1007/s11356-020-11567-5/fulltext.html

▼全件表示

講演・口頭発表等

  • 赤潮原因藻ヘテロシグマによる細菌貪食と栄養摂取についての研究

    植木尚子

    令和6年度漁場環境保全関係研究開発推進会議 赤潮・貝毒部会  2024年12月4日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2024年12月3日 - 2024年12月4日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • リン⽋乏状態における海洋細菌による⾚潮原因藻の増殖促進機構の解明

    福山 誠也, 宇佐美 文子, 小原 静香, 隠塚 俊光, 近藤 健, 小池 和彦, 植木 尚子

    おかやまバイオアクティブ研究会  2024年6月6日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2024年6月6日

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • リン酸欠乏条件下で赤潮原因藻増殖を促進する海洋細菌についての研究

    第36回 日本微生物生体学会年会  2023年11月28日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年11月28日 - 2023年11月30日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Characterization of marine bacteria that support growth of Heterosigma akashiwo under phosphate-limiting conditions

    Shoko Ueki

    International Conference on Harmful Algae 2023  2023年11月6日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年11月6日 - 2023年11月10日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Characterization of Marine Bacteria That Support Growth of Harmful Algae Under Nutritionally Limiting Conditions. 招待

    Shoko Ueki

    Annual Meeting of Society of Microbiology in Chile  2021年11月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年11月29日 - 2021年11月30日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    researchmap

▼全件表示

受賞

  • 長瀬研究振興賞

    2013年3月   公益財団法人長瀬科学技術振興財団  

    植木尚子

     詳細を見る

共同研究・競争的資金等の研究

  • ラフィド藻ヘテロシグマをモデルとした赤潮形成を支える増殖加速と代謝機構の解明

    研究課題/領域番号:25K02346  2025年04月 - 2029年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    植木 尚子

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    配分額:18720000円 ( 直接経費:14400000円 、 間接経費:4320000円 )

    researchmap

  • 赤潮原因藻ヘテロシグマの赤潮形成期における増殖加速機構の解明を目指した研究

    研究課題/領域番号:24K21840  2024年06月 - 2026年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    植木 尚子

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    配分額:6370000円 ( 直接経費:4900000円 、 間接経費:1470000円 )

    researchmap

  • アスタキサンチン産生海洋細菌と赤潮原因藻の共生による赤潮の新規発生機構の解明

    研究課題/領域番号:21K19148  2021年07月 - 2024年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    植木 尚子

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    配分額:6240000円 ( 直接経費:4800000円 、 間接経費:1440000円 )

    researchmap

  • 赤潮発生に必要な栄養基盤形成機構に海洋環境微生物の物質代謝が果たす役割の解明

    研究課題/領域番号:21H02285  2021年04月 - 2025年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    植木 尚子, 隠塚 俊満, 小原 静夏, 近藤 健

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    配分額:17160000円 ( 直接経費:13200000円 、 間接経費:3960000円 )

    researchmap

  • 人為起源化学物質が沿岸域の基礎生産に及ぼす影響:低栄養や強光との複合影響の解明

    研究課題/領域番号:20H03067  2020年04月 - 2023年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    隠塚 俊満, 小池 一彦, 植木 尚子, 小原 静夏

      詳細を見る

    担当区分:研究分担者 

    配分額:17550000円 ( 直接経費:13500000円 、 間接経費:4050000円 )

    和歌山市から広島県呉市にかけて陸域から瀬戸内海本州側の採水調査を実施し,昨年度確立した人為起源化学物質(AC)である抗生物質および除草剤の分析法を用いて環境水中濃度を測定した。その結果,広島県三原市,兵庫県姫路市,大阪府忠岡町から合計濃度100-250ng/Lと,比較的高濃度でACが検出された。これらの調査地点は下水処理場や下水汚泥処理場から直線距離で概ね500m未満であり,これらの処理水の影響が推定された。
    瀬戸内海で検出されるACと本海域で優占する植物プランクトン種を用いて影響試験を行った。除草剤ジウロンとブロマシルの50%光合成阻害濃度(EC50-ETR)は珪藻2種よりも鞭毛藻2種で低くかった一方で,50%増殖阻害濃度(EC50-μ)は種間差がほぼ無いか,寧ろ珪藻2種の方が低かった。これは珪藻が除草剤による光合成阻害によって増殖も阻害される一方で,鞭毛藻は光合成を阻害されても増殖速度をある程度維持できることを示唆した。抗生物質クラリスロマイシン,クリンダマイシン,アジスロマイシンのEC50-ETRおよびEC50-μはどちらも珪藻2種の方が鞭毛藻2種よりも低く,光合成阻害と増殖阻害で同じ傾向を示した。これは抗生物質が光合成だけでなく他の代謝経路(呼吸など)も阻害する可能性を示唆した。植物プランクトン種ごとに比較すると,何れの指標を用いても珪藻Skeletonema costatumは抗生物質に対する感受性が特に高かった。
    2021年6-10月に月1回,広島県福山市の一級河川芦田川河口と河口近くに位置する田尻港の表層水を採取し,現場海水の化学物質を等倍,5倍,10倍,50倍に濃縮した濃縮液を珪藻S. costatumに曝露し培養試験を行った。芦田川河口試水では6月の10, 50倍,8月の50倍で,田尻港試水では7, 8, 10月の50倍濃縮区で50%以上増殖が阻害された。

    researchmap

▼全件表示

その他研究活動

  • Heterosigma akashiwo transcriptome assembly and annotation

    2023年03月

     詳細を見る

    Transcriptome shotgun assembly (TSA) can be obateinded from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/ICRV01
    Annotation for the TSAa can be obtained from 10.5061/dryad.m0cfxpp56

    researchmap

  • ラボHP

     詳細を見る

    https://www.rib.okayama-u.ac.jp/inv/index-j.html

    researchmap

 

担当授業科目

  • 植物微生物相互作用特論 (2024年度) 前期  - その他

  • 植物微生物相互作用特論 (2024年度) 前期  - その他

  • 植物環境微生物学演習 (2024年度) 前期  - その他

  • 植物環境微生物学演習 (2024年度) 後期  - その他

  • 植物環境微生物学特別演習 (2024年度) 前期  - その他

▼全件表示

 

社会貢献活動

  • 大原サマーサイエンスインターンシップ

    役割:企画, 運営参加・支援

    岡山大学 資源植物科学研究所  大原サマーサイエンスインターンシップ  2023年8月29日 - 2023年9月1日

     詳細を見る

    対象: 大学生

    種別:その他

    公益財団法人 大原奨農会より助成を受け、大学生10名に3泊4日の研究インターンシップを開催した。参加者は、植物研の2研究グループを選択し、大学院レベルの研究活動を体験した。

    researchmap

  • 大原サマーサイエンスインターンシップ

    役割:企画, 運営参加・支援

    岡山大学 資源植物科学研究所  大原サマーサイエンスインターンシップ  2022年9月5日 - 2022年9月8日

     詳細を見る

    種別:その他

    researchmap

メディア報道

  • 岡山大学 植木博士による赤潮プロジェクトの紹介 テレビ・ラジオ番組

    サンマテオ高等学校放送局  岡山大学 植木博士による赤潮プロジェクトの紹介  https://www.youtube.com/watch?v=I6puTGg5Azc  2023年3月

     詳細を見る