2021/12/14 更新

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イビ タカユキ
揖斐 隆之
IBI Takayuki
所属
環境生命科学学域 准教授
職名
准教授
外部リンク

学位

  • 博士(農) ( 2002年3月   京都大学 )

  • 博士(農学) ( 2002年3月   京都大学 )

研究キーワード

  • 量的遺伝学

  • 集団遺伝学

  • 動物育種学

研究分野

  • ライフサイエンス / 動物生産科学  / 動物遺伝育種

  • ライフサイエンス / 動物生産科学  / 動物遺伝育種

学歴

  • 京都大学    

    1997年4月 - 2001年3月

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  • 京都大学    

    1995年4月 - 1997年3月

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  • 京都大学   Faculty of Agriculture  

    1991年4月 - 1995年3月

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経歴

  • 岡山大学   大学院環境生命科学研究科   准教授

    2012年4月 - 現在

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  • 岡山大学   大学院自然科学研究科   准教授

    2010年7月 - 2012年3月

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  • 京都大学大学院   農学研究科   助手

    2001年4月 - 2003年3月

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所属学協会

委員歴

  • 関西畜産学会   会計  

    2017年4月 - 2019年3月   

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  • 日本動物遺伝育種学会   会計  

    2010年7月 - 2012年9月   

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  • 日本動物遺伝育種学会   会計  

    2001年4月 - 2002年3月   

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論文

  • A genome-wide association study reveals a quantitative trait locus for calf mortality on chromosome 9 in Japanese Black cattle

    S. Sasaki, T. Ibi

    ANIMAL GENETICS   52 ( 2 )   214 - 216   2021年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Calf mortality is a major problem affecting cattle production. To identify genetic variants associated with calf mortality in Japanese Black cattle, we evaluated calf mortality as a categorical trait using a threshold model and conducted a GWAS. We identified two SNPs between 32 549 297 and 32 606 924 bp on bovine chromosome 9 that were significantly associated with calf mortality from 61 to 180 days after birth. The SNP showing the highest association was localized at a region 624 bp downstream of exon 4 of the anti-silencing function 1A histone chaperone gene (ASF1A) that promotes DNA damage repair, and the null mice, which exhibit pre- and postnatal lethality. This association was also detected using the breeding value of 334 sires. The frequency of the risk allele in Japanese Black cattle from locations across Japan was 0.013; although the frequency of ASF1A risk allele was low, it is widespread in the Japanese Black cattle population. Thus, it may be necessary to routinely monitor the cattle population for the presence of this allele.

    DOI: 10.1111/age.13048

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  • Identification of deleterious recessive haplotypes and candidate deleterious recessive mutations in Japanese Black cattle

    Shinji Sasaki, Toshio Watanabe, Takayuki Ibi, Kiyotoshi Hasegawa, Yoichi Sakamoto, Shunsuke Moriwaki, Kazuhito Kurogi, Atsushi Ogino, Takanori Yasumori, Hiroyuki Wakaguri, Eiji Muraki, Youko Miki, Yuichi Yoshida, Yoshinobu Inoue, Ichiro Tabuchi, Ken Iwao, Taichi Arishima, Keisuke Kawashima, Manabu Watanabe, Sumio Sugano, Yoshikazu Sugimoto, Yutaka Suzuki

    SCIENTIFIC REPORTS   11 ( 1 )   2021年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE RESEARCH  

    Intensive use of a few elite sires has increased the risk of the manifestation of deleterious recessive traits in cattle. Substantial genotyping data gathered using single-nucleotide polymorphism (SNP) arrays have identified the haplotypes with homozygous deficiency, which may compromise survival. We developed Japanese Black cattle haplotypes (JBHs) using SNP array data (4843 individuals) and identified deleterious recessive haplotypes using exome sequencing of 517 sires. We identified seven JBHs with homozygous deficiency. JBH_10 and JBH_17 were associated with the resuming of estrus after artificial insemination, indicating that these haplotypes carried deleterious mutations affecting embryonic survival. The exome data of 517 Japanese Black sires revealed that AC_000165.1:g.85341291C>G of IARS in JBH_8_2, AC_000174.1:g.74743512G>T of CDC45 in JBH_17, and a copy variation region (CNVR_27) of CLDN16 in JBH_1_1 and JBH_1_2 were the candidate mutations. A novel variant AC_000174.1:g.74743512G>T of CDC45 in JBH_17 was located in a splicing donor site at a distance of 5 bp, affecting pre-mRNA splicing. Mating between heterozygotes of JBH_17 indicated that homozygotes carrying the risk allele died around the blastocyst stage. Analysis of frequency of the CDC45 risk allele revealed that its carriers were widespread throughout the tested Japanese Black cattle population. Our approach can effectively manage the inheritance of recessive risk alleles in a breeding population.

    DOI: 10.1038/s41598-021-86225-y

    Web of Science

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  • A 44-kb deleted-type copy number variation is associated with decreasing complement component activity and calf mortality in Japanese Black cattle

    Shinji Sasaki, Youko Miki, Takayuki Ibi, Hiroyuki Wakaguri, Yuichi Yoshida, Yoshikazu Sugimoto, Yutaka Suzuki

    BMC GENOMICS   22 ( 1 )   2021年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BMC  

    Background Calf mortality generally occurs in calves prior to weaning, which is a serious problem in cattle breeding. Several causative variants of monogenic Mendelian disorders in calf mortality have been identified, whereas genetic factors affecting the susceptibility of calves to death are not well known. To identify variants associated with calf mortality in Japanese Black cattle, we evaluated calf mortality as a categorical trait with a threshold model and performed a genome-wide copy number variation (CNV) association study on calf mortality. Results We identified a 44-kb deleted-type CNV ranging from 103,317,687 to 103,361,802 bp on chromosome 5, which was associated with the mortality of 1-180-day-old calves. The CNV harbored C1RL, a pseudogene, and an IncRNA localized in the C1R and C1S gene cluster, which is a component of the classical complement activation pathway for immune complexes for infectious pathogens. The average complement activity in CNVR_221 homozygotes at postnatal day 7 was significantly lower than that of wild-type animals and heterozygotes. The frequency of the risk allele in dead calves suffering from diarrhea and pneumonia and in healthy cows was 0.35 and 0.28, respectively (odds ratio = 2.2, P = 0.016), suggesting that CNVR_221 was associated with the mortality of Japanese Black calves suffering from an infectious disease. Conclusions This study identified a deleted-type CNV associated with the mortality of 1-180-day-old calves. The complement activity in CNVR_221 homozygotes was significantly lower than that in heterozygotes and wild type animals. The frequency of the risk allele was higher in dead calves suffering from an infectious disease than in healthy cows. These results suggest that the existence of CNVR_221 in calves could be attributed to a reduction in complement activity, which in turn leads to susceptibility to infections. Thus, the risk allele could serve as a useful marker to reduce the mortality of infected Japanese Black calves.

    DOI: 10.1186/s12864-021-07415-6

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  • Loss of maternal ANNEXIN A10 via a 34-kb deleted-type copy number variation is associated with embryonic mortality in Japanese Black cattle 査読

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Takayuki Akiyama, Moriyuki Fukushima, Yoshikazu Sugimoto

    BMC GENOMICS   17 ( 1 )   968   2016年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: Conception is a fundamental trait for successful cattle reproduction. However, conception rates in Japanese Black cattle have been gradually declining over the last two decades. Although conception failures are mainly caused by embryonic mortality, the role of maternal genetic factors in the process remains unknown. Copy number variation (CNV), defined as large-scale genomic structural variants, contributes to several genetic disorders. To identify CNV associated with embryonic mortality in Japanese Black cattle, we evaluated embryonic mortality as a categorical trait with a threshold model and conducted a genome-wide CNV association study for embryonic mortality using 791 animals.Results: We identified a deleted-type CNV ranging from 378,127 to 412,061 bp on bovine chromosome 8, which was associated with embryonic mortality at 30-60 days after artificial insemination (AI). The CNV harbors exon 2 to 6 of ANNEXIN A10 (ANXA10). Analysis of sequence traces from the CNV identified that 63 bp reads bridging the breakpoint were present on both sides of the CNV, indicating that the CNV was generated by non-allelic homologous recombination using the 63 bp homologous sequences. Western blot analysis showed that the CNV results in a null allele of ANXA10. This association was replicated using a sample population size of 2552 animals. To elucidate the function of ANXA10 in vivo, we generated Anxa10 null mice using the CRISPR/Cas9 system. Crossbreeding experiments showed that litter size from crosses of both Anxa10(-/-) and Anxa10(+/-) females had fewer pups than did Anxa10(+/+) females, and embryos of Anxa10(-/-) females died between implantation stages E4.5 and E12.5. These results indicate that loss of maternal Anxa10 causes embryonic mortality.Conclusions: This study identified a deleted-type CNV encompassing ANXA10 in cows that was associated with embryonic mortality at 30-60 days after AI. Using a mouse model, we confirmed that litter sizes were smaller in crosses of both Anxa10(-/-) and Anxa10(+/-) females relative to those of wild females. These results indicate that ANXA10 is a maternal factor that is critical for embryo development.

    DOI: 10.1186/s12864-016-3312-z

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  • Allelic frequencies and association with carcass traits of six genes in local subpopulations of Japanese Black cattle 査読

    Takahiro Nishimaki, Takayuki Ibi, Siqintuya, Naohiko Kobayashi, Tamako Matsuhashi, Takayuki Akiyama, Emi Yoshida, Kazumi Imai, Mayu Matsui, Keiichi Uemura, Hisayoshi Eto, Naoto Watanabe, Tatsuo Fujita, Yosuke Saito, Tomohiko Komatsu, Hiroshi Hoshiba, Hideyuki Mannen, Shinji Sasazaki, Tetsuo Kunieda

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   87 ( 4 )   469 - 476   2016年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Marker-assisted selection (MAS) is expected to accelerate the genetic improvement of Japanese Black cattle. However, verification of the effects of the genes for MAS in different subpopulations is required prior to the application of MAS. In this study, we investigated the allelic frequencies and genotypic effects for carcass traits of six genes, which can be used in MAS, in eight local subpopulations. These genes are SCD, FASN and SREBP1, which are associated with the fatty acid composition of meat, and NCAPG, MC1R and F11, which are associated with carcass weight, coat color and blood coagulation abnormality, respectively. The frequencies of desirable alleles of SCD and FASN were relatively high and that of NCAPG was relatively low, and NCAPG was significantly associated with several carcass traits, including carcass weight. The proportions of genotypic variance explained by NCAPG to phenotypic variance were 4.83 for carcass weight. We thus confirmed that NCAPG is a useful marker for selection of carcass traits in these subpopulations. In addition, we found that the desirable alleles of six genes showed no negative effects on carcass traits. Therefore, selection using these genes to improve target traits should not have negative impacts on carcass traits.

    DOI: 10.1111/asj.12453

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  • A genome-wide association study reveals a quantitative trait locus for days open on chromosome 2 in Japanese Black cattle 査読

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Takatoshi Kojima, Yoshikazu Sugimoto

    ANIMAL GENETICS   47 ( 1 )   102 - 105   2016年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-BLACKWELL  

    Days open (DO), which is the interval from calving to conception, is an important trait related to reproductive performance in cattle. To identify quantitative trait loci for DO in Japanese Black cattle, we conducted a genome-wide association study with 33303 single nucleotide polymorphisms (SNPs) using 459 animals with extreme DO values selected from a larger group of 15488 animals. We identified a SNP on bovine chromosome 2 (BTA2) that was associated with DO. After imputation using phased haplotype data inferred from 586812 SNPs of 1041 Japanese Black cattle, six SNPs associated with DO were located in an 8.5-kb region of high linkage disequilibrium on BTA2. These SNPs were located on the telomeric side at a distance of 177kb from the parathyroid hormone 2 receptor (PTH2R) gene. The association was replicated in a sample of 1778 animals. In the replicated population, the frequency of the reduced-DO allele (Q) was 0.63, and it accounted for 1.72% of the total genetic variance. The effect of a Q-to-q allele substitution on DO was a decrease of 3.74days. The results suggest that the Q allele could serve as a marker in Japanese Black cattle to select animals with superior DO performance.

    DOI: 10.1111/age.12360

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  • Genetic variants in the upstream region of activin receptor IIA are associated with female fertility in Japanese Black cattle 査読

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Tamako Matsuhashi, Kenji Takeda, Shogo Ikeda, Mayumi Sugimoto, Yoshikazu Sugimoto

    BMC GENETICS   16   123   2015年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BMC  

    Background: Female fertility, a fundamental trait required for animal reproduction, has gradually declined in the last 2 decades in Japanese Black cattle. To identify associated genetic variants in Japanese Black cattle, we evaluated female fertility as a metric to describe the average inverse of the number of artificial inseminations required for conception from the first through the fourth parity (ANAI(4)) and conducted a genome-wide association study (GWAS) using 430 animals with extreme ANAI(4) values from 10,399 animals.Results: We found that 2 variants, namely a single-nucleotide polymorphisms (SNP; g.48476925C > T) and a 3-bp indel (g.48476943_48476946insGGC), in the upstream region of the activin receptor IIA gene (ACVR2A) were associated with ANAI(4). ACVR2A transcripts from Japanese Black cattle of the Q haplotype, defined by the SNP and the 3-bp indel, with increased ANAI(4) were 1.29-1.32-fold more abundant than q-derived transcripts. In agreement, reporter assay results revealed that the activity of the ACVR2A promoter was higher in reporter constructs with the Q haplotype than in those with the q haplotype by approximately 1.2 fold. Expression of exogenous ACVR2A induced dose-dependent increases of reporter activity from the follicle-stimulating hormone, beta polypeptide (FSHB) promoter in response to activin A in a pituitary gonadotrophic cell line. The findings suggested that sequence variations in the upstream region of ACVR2A with the Q haplotype increased ACVR2A transcription, which in turn induced FSHB expression. This association was replicated using a sample population size of 1,433 animals; the frequency of the Q haplotype was 0.39, and Q-to-q haplotype substitution resulted in an increase of 0.02 in terms of ANAI(4).Conclusions: This GWAS identified variants in the upstream region of ACVR2A, which were associated with female fertility in Japanese Black cattle. The variants affected the level of ACVR2A mRNA expression, which could lead to an allelic imbalance. This association was replicated with a sample population of 1,433 animals. Thus, the results suggest that the Q haplotype could serve as a useful marker to select Japanese Black cattle with superior female fertility.

    DOI: 10.1186/s12863-015-0282-0

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  • Genetic parameters of postnatal mortality and birth weight in Japanese Black calves 査読

    Takayuki Ibi, Alexander K. Kahi, Hiroyuki Hirooka

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   86 ( 1 )   25 - 30   2015年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-BLACKWELL  

    Postnatal mortality (PM) of calves is an economically important trait, because a high mortality rate of calves decreases farm income and significantly increases production costs. In spite of the economic importance of PM, genetic studies on PM have been scarce for Japanese Black cattle. The objectives of this study were to estimate the direct and maternal heritability for PM using a Bayesian threshold model with Gibbs sampling in Japanese Black cattle. The original data consisted of 43723 records of animals born from January 2005 to June 2006. Four binary traits of mortality were considered: D1-14, D15-60, D61-180 and D1-180 with numbers indicating the period of risk in days after birth. Direct heritabilities for PM ranged from 0.12 to 0.31 and maternal heritabilities for PM were lower than the direct heritabilities and ranged from 0.02 to 0.16. Direct genetic correlations between D1-14 and D15-60, between D15-60 and D61-180, and between D1-14 and D61-180 were 0.501, 0.689 and 0.062, respectively. Direct genetic correlations of birth weight with D1-14, D15-60, D61-180 and D1-180 were 0.089, 0.482, 0.434 and 0.394, respectively. These results indicated that different genes were responsible for early and late PM and early PM (D1-14) can be genetically reduced without influencing birth weight.

    DOI: 10.1111/asj.12233

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  • A genome-wide association study reveals a quantitative trait locus for age at first calving in delta/notch-like EGF repeat containing on chromosome 2 in Japanese Black cattle 査読

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Shogo Ikeda, Yoshikazu Sugimoto

    ANIMAL GENETICS   45 ( 2 )   285 - 287   2014年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Age at first calving (AFC) is an important trait for achieving earlier reproductive performance in cattle. To identify quantitative trait loci for AFC in Japanese Black cattle, we conducted a genome-wide association study using 866 animals with extreme AFC values selected from a larger group of 52009 animals. We identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) on bovine chromosome 2 that were associated with AFC. These SNPs were located within 112.8-kbp intronic region of delta/notch-like EGF repeat containing (DNER) and proved to be in a state of high linkage disequilibrium. The association was replicated in an independent sample of 2963 animals. In the replicated population, the frequency of the reduced AFC allele (Q) was 0.463, and the allele accounts for 8% of the total genetic variance. The effect of allele substitution on AFC was a decrease of 11.54days. The results suggest that the Q allele could serve as a useful marker in Japanese Black cattle to select animals with superior AFC performance.

    DOI: 10.1111/age.12109

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  • Multiple marker effects of single nucleotide polymorphisms in three genes, AKIRIN2, EDG1 and RPL27A, for marbling development in Japanese Black cattle 査読

    Shin Sukegawa, Takeshi Miyake, Takayuki Ibi, Yoichi Takahagi, Hiroshi Murakami, Fumiki Morimatsu, Takahisa Yamada

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   85 ( 3 )   193 - 197   2014年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-BLACKWELL  

    DOI: 10.1111/asj.12108

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  • The assessment of genetic diversity within and among the eight subpopulations of Japanese Black cattle using 52 microsatellite markers 査読

    Takahiro Nishimaki, Takayuki Ibi, Yoshihiro Tanabe, Yoshiyuki Miyazaki, Naohiko Kobayashi, Tamako Matsuhashi, Takayuki Akiyama, Emi Yoshida, Kazumi Imai, Mayu Matsui, Keiichi Uemura, Naoto Watanabe, Tatsuo Fujita, Yosuke Saito, Tomohiko Komatsu, Takahisa Yamada, Hideyuki Mannen, Shinji Sasazaki, Tetsuo Kunieda

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   84 ( 8 )   585 - 591   2013年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Japanese Black cattle are at risk for genetic homogeneity due to intensive use of a few sires. Therefore, assessment of the actual genetic diversity of this breed is important for future breeding plans. In the present study, we investigated the genetic diversity within and among eight subpopulations of Japanese Black cattle using 52 microsatellite markers. The parameters for genetic diversity of Japanese Black cattle were comparable to those of other cattle breeds, suggesting that the relatively high genetic diversity of the breed. However, upon comparison among the eight subpopulations, the Hyogo subpopulation showed markedly low genetic diversity. The results of the pairwise F-ST values, phylogenetic network and structure analysis indicated that the Hyogo population has remarkably high level of genetic differentiation from other populations, while Yamagata, Niigata, Hiroshima and Kagawa populations have low levels of genetic differentiation. Furthermore, multidimensional scaling plots indicated that individuals in some subpopulations were separated from individuals in the other subpopulations. We conclude that while the overall genetic diversity of Japanese Black cattle is still maintained at a relatively high level, that of a particular subpopulation is significantly reduced, and therefore the effective population size of the breed needs to be controlled by correct mating strategies.

    DOI: 10.1111/asj.12045

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  • Variants in the 3 ' UTR of General Transcription Factor IIF, polypeptide 2 affect female calving efficiency in Japanese Black cattle 査読

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Toshio Watanabe, Tamako Matsuhashi, Shogo Ikeda, Yoshikazu Sugimoto

    BMC GENETICS   14   41   2013年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD  

    Background: Calving efficiency can be described as the measure of a cow's ability to produce viable offspring within a specific period of time. This trait is crucial in beef cattle because calves are necessary both for the production of beef and for heifer replacements. Recently, the number of calves produced at 4 years of age (NCP4) has been used to evaluate the calving efficiency of Japanese Black cattle. To identify variants associated with calving efficiency in Japanese Black cattle, we conducted a genome-wide association study (GWAS) using 688 animals with extreme NCP4 values selected from 15,225 animals.Results: We identified genetic variants on bovine chromosome 12 (BTA12) that were associated with NCP4. The General Transcription Factor IIF, polypeptide 2 (GTF2F2), located in the 132 kbp-associated region, proved to be in strong linkage disequilibrium. We found 15 associated variants in the promoter and the 3' UTR regions. Consistent with this finding, transcripts of GTF2F2 derived from the haplotype (Q) with the increased number of calves were 1.33-fold more abundant than q-derived transcripts. Furthermore, luciferase assays revealed that the activity of the 3' UTR, a region that includes nine SNPs, was higher in constructs with the Q haplotype than in those with the q haplotype by approximately 1.35-fold. In contrast, the activity of the promoter region did not differ between haplotypes. The association was replicated in an independent sample of 827 animals that were randomly selected from the remainder of the cohort from the same farms used in the GWAS. In the replicated population, the frequency of the Q haplotype is 0.313, and this haplotype accounts for 2.69% of the total phenotypic variance. The effect of the Q to q haplotype substitution on NCP4 was 0.054 calves. These findings suggest that variants in the 3' UTR of GTF2F2 affect the level of GTF2F2 mRNA, which is associated with calving efficiency.Conclusions: This GWAS has identified variants in the 3' UTR of GTF2F2 that were associated with the NCP4 of Japanese Black cattle, and this association was validated in an independent sample. The Q haplotype will be immediately useful in improving the calving efficiency of Japanese Black cattle.

    DOI: 10.1186/1471-2156-14-41

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  • Genetic relationship of body measurement traits at early age with carcass traits in Japanese black cattle 査読

    Tahmina Munim, Takuro Oikawa, Takayuki Ibi, Tetsuo Kunieda

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   84 ( 3 )   206 - 212   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-BLACKWELL  

    Estimates of genetic parameters were obtained for body measurement traits of 648 animals at 4 months of age, of 545 at 8 months and carcass traits of 14972 animals with the use of an animal model by the restricted maximum likelihood procedure. The estimated heritabilities for carcass traits were high (0.41 to 0.54). At 4 months the estimated direct heritabilities for body measurement traits were moderate to high (0.28 to 0.64), except for chest width (0.19); at 8 months they were also moderate to high (0.23 to 0.49), except for chest depth and chest width (0.18 and 0.06, respectively). Maternal heritabilities for all body measurement traits were low at both ages. The results indicate that because of their moderate direct genetic correlations with body measurement traits, carcass weight, rib thickness and subcutaneous fat thickness can be improved; however, rib eye area and beef marbling standard show little such possibility considering their correlation with body measurement traits.

    DOI: 10.1111/asj.12005

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  • Genetic variability of maternal effect on body measurements and its intra- and inter-genetic relationship with direct effect in Japanese Black calves 査読

    Tahmina Munim, Takuro Oikawa, Takayuki Ibi, Tetsuo Kunieda, Md. Azharul Hoque

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   83 ( 3 )   199 - 206   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    This study was conducted to evaluate the importance of maternal effect on body measurement traits at an early stage of growth, and to estimate the genetic relationships between direct and maternal effects and among body measurement traits at 0 month (0-mo) and 4 months (4-mo) of age in a population of Japanese Black calves. Body measurements and body weight of 889 Japanese Black calves were estimated with the use of an animal model by the Residual Maximum Likelihood procedure. Direct heritabilities were low to moderate, ranging between 0.17 +/- 0.09 and 0.48 +/- 0.13 at 0-mo, and slightly lower, ranging between 0.15 +/- 0.07 and 0.33 +/- 0.13 at 4-mo. Estimated maternal heritabilities were low to moderate, ranging between 0.08 +/- 0.07 and 0.33 +/- 0.07 at 0-mo and 0.13 +/- 0.06 to 0.33 +/- 0.06 at 4-mo. The direct genetic correlations between 0-mo and 4-mo were moderate to highly positive, ranging from 0.53 +/- 0.23 to 0.96 +/- 0.09. The estimated direct genetic correlation of chest width with other width traits was low and positive at both ages, whereas with hip width it was high and positive (0.80 +/- 0.09) at 0-mo, suggesting that simultaneous improvement of body width of the front and back parts is possible. Maternal genetic effects were relatively independent of direct genetic effects for body measurement traits and can be considered in genetic evaluation.

    DOI: 10.1111/j.1740-0929.2011.00936.x

    Web of Science

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  • Optimal culling strategy in relation to biological and economic efficiency and annualized net revenue in the Japanese Black cow–calf production system

    OISHI K., IBI T., KAHI A. K., HIROOKA H.

    The Journal of Agricultural Science   149 ( 6 )   783 - 799   2011年12月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Cambridge University Press  

    The objective of the present study was to determine the optimal culling strategy in relation to biological and economic efficiency (BE and EE, respectively) and annualized net revenue (AN) in the Japanese Black cow–calf production system with special reference to the beef quality of culled cows. The herd model focused on two ways of mating: one-mating trial system (ONE) and continuous-mating trial system (CON). ONE assumed that heifers that fail to conceive are culled and cows that fail to conceive are culled at weaning of their calves, while CON assumed that mating continues until all females theoretically conceive. Least square means of carcass data of Japanese Black cows collected from a cooperative farm in Japan were used to estimate the carcass price of a cow by parity and Beef Marbling Standard (BMS) number. The simulation, assuming the current production situation in Japan, indicated that sales of culled cows accounted for 0·10–0·20 of total sales and was an important element in total production. Comparisons between ONE and CON showed that production efficiency in the current situation is higher in CON. The BE, EE and AN were higher in CON than in ONE. The two economic indicators were less sensitive to changes in annual discount rate but highly sensitive to changes in female calf price and BMS number of cows, indicating the importance of considering fluctuations in calf price and potential quality of culled cows' carcasses when estimating the economically optimal parity of culling. The three indicators derived different optimal solutions even in the same mating trial systems, stressing the importance of choice of production indicators when determining the culling strategy and evaluating animal production.

    DOI: 10.1017/S0021859611000347

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  • The use of link provider data to improve national genetic evaluation across weakly connected subpopulations. 査読

    Nakaoka H, Gaillard C, Fujinaka K, Watanabe N, Ito M, Kawada K, Ibi T, Sasae Y, Sasaki Y

    Journal of Animal Science   87 ( 1 )   62 - 71   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2527/jas.2008-0948

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  • Adjusting for heterogeneity of variance for carcass traits affects single and multiple trait selections in genetic evaluation of Japanese Black cattle 査読

    Hirofumi Nakaoka, Claude Gaillard, Takayuki Ibi, Yotaro Sasae, Yoshiyuki Sasaki

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   79 ( 6 )   645 - 654   2008年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Heterogeneity of variance among subclasses of an effect is a potential source of bias in genetic evaluation. Degrees of the heterogeneity of variance among farm-market-year-sex (FMYS) subclasses for carcass weight, beef marbling standard number, rib-eye area, rib thickness and subcutaneous fat thickness were investigated in Japanese Black cattle. Consequences of adjusting for the heterogeneity on the predicted breeding values (PBVs) or on the genetic indexes derived from the PBVs of the five carcass traits were assessed. A total of 57 461 records were collected between 1997 and 2002 from steers and heifers fattened at farms across Japan. These records were grouped into 1591 FMYS subclasses. Bartlett's test showed that the degree of the heterogeneity of variance among the FMYS subclasses was sizeable in all traits (P < 0.0001). By applying a two-step adjustment procedure it was possible to reduce the standard deviation, the coefficient of variation and the Gini coefficient of the phenotypic variances by 67.5% to 75.0% in the different traits. The applied adjustment caused a substantial re-ranking of elite dams in the PBV for each trait as well as in the genetic index. This study provided evidence that the applied adjustment reduces the bias in the PBVs due to heterogeneous variances and increases the accuracy of bull-dam selection.

    DOI: 10.1111/j.1740-0929.2008.00576.x

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  • Genetic parameters for gestation length and the relationship with birth weight and carcass traits in Japanese Black cattle 査読

    Takayuki Ibi, Alexander K. Kahi, Hiroyuki Hirooka

    ANIMAL SCIENCE JOURNAL   79 ( 3 )   297 - 302   2008年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    The objectives of this study were to estimate genetic parameters for gestation length (GL), including estimation of maternal effects, and to investigate the genetic relationships of GL with birth weight and carcass traits in a Japanese Black cattle population. The original data comprised 34 775 records of animals born from October 1999 to August 2003. Two different models were used to analyze the data for GL. The first model (M1) included direct genetic effect of the calf and maternal genetic effect as random effects. The second model (M2) treated GL as a trait of the dam and included direct genetic effects only. M1 was used in bi-variate analysis. The direct and maternal heritabilities for GL estimated from M1 were 0.53 and 0.14, respectively. This result shows that GL is moderately inherited and can be controlled genetically. The direct x maternal genetic correlation for GL was -0.73. Direct genetic correlations of GL with carcass traits were close to zero. However, genetic correlation of maternal GL with carcass weight was moderate (0.25).

    DOI: 10.1111/j.1740-0929.2008.00530.x

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  • Effectiveness of adjusting for heterogeneity of variance in genetic evaluation of Japanese Black cattle. 査読

    Nakaoka H, Narita A, Ibi T, Sasae Y, Miyake T, Yamada T, Sasaki Y

    Journal of Animal Science   85 ( 10 )   2429 - 2436   2007年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2527/jas.2007-0063

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  • Effect of carcass price fluctuations on genetic and economic evaluation of carcass traits in Japanese Black cattle 査読

    T. Ibi, A. K. Kahi, H. Hirooka

    Journal of Animal Science   84 ( 12 )   3204 - 3211   2006年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The objectives of this study were 1) to investigate the effect of changes in carcass market prices due to bovine spongiform encephalopathy (BSE) occurrences on estimates of genetic parameters and economic weights for carcass traits
    and 2) to compare direct and indirect approaches for prediction of genetic merit of Japanese Black cattle for profitability of their progeny. The direct approach utilized estimated breeding values of carcass prices, whereas in the indirect approach, selection indices were constructed as products of economic weights and breeding values of component traits. Data were composed of 80,191 carcass records divided into 5 periods based on changes in carcass prices as a result of occurrences of BSE in Japan and the United States. The periods ranged from a period before occurrence of BSE in Japan to a period of beef import restrictions and a rise in prices. Carcass traits analyzed included HCW, LM area, rib thickness, subcutaneous fat thickness, and marbling score (MS). Price traits included carcass unit price and carcass sale price. Estimates of heritability for price traits were moderate (0.32 to 0.46) and slightly sensitive to changes in carcass market prices. Genetic correlations of HCW and LM area with price traits increased and that between MS and carcass sale price decreased with period, whereas estimates of genetic correlation between MS and carcass unit price were high in all periods (0.96 to 0.98). Economic weights for carcass traits varied with periods because carcass prices were highly sensitive to economic importance of traits. Nevertheless, correlations between within-period breeding values for price traits estimated using direct and indirect approaches were high (0.92 to 0.99). This result indicates that selection realized by direct and indirect approaches will provide very similar results. A comparison among within-approach breeding values estimated in different periods showed that the largest differences in breeding values of sires for price traits were between the periods after occurrences of BSE in Japan and in the United States. Economic effects of BSE occurrences influenced the importance of carcass traits and economic merits of price traits through a change of carcass prices from period to period, irrespective of the approach taken in determining the genetic merit of breeding animals for profitability of their progeny. ©2006 American Society of Animal Science. All rights reserved.

    DOI: 10.2527/jas.2005-610

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  • Genotype × environment interaction effects on carcass traits in Japanese Black cattle 査読

    T. Ibi, H. Hirooka, A. K. Kahi, Y. Sasae, Y. Sasaki

    Journal of Animal Science   83 ( 7 )   1503 - 1510   2005年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The importance of genotype × environment (region or management system) interactions for carcass traits in Japanese Black cattle was investigated using both univariate and multivariate animal models. The univariate approach was used mainly to test the significance of interaction effects. The multivariate approach was used to estimate genetic correlations, which indicated the magnitude of genotype × environment (GE) interactions. The more a genetic correlation deviates from 1, the larger the interaction. From the univariate approach, the addition of genotype × environment (region or management system) interaction (co)variance components resulted in an improved fit of the model for all traits in both cases (P &lt
    0.001). However, estimates of genetic correlation between regions obtained from the multivariate approach for hot carcass weight, LM area, rib thickness, s.c. fat thickness, and marbling score were 0.97, 0.95, 0.93, 0.97, and 0.93, respectively. The corresponding estimates between management systems were 0.84, 0.92, 0.84, 0.90, and 0.97, respectively. These results indicate that GE interaction effects on carcass traits of Japanese Black cattle may be biologically unimportant. Therefore, breeding values obtained using the multivariate method would rank sires similarly in all environments. Consequently, carcass traits measured in these two different regions or management systems can be treated as the same traits. ©2005 American Society of Animal Science. All rights reserved.

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書籍等出版物

  • 動物遺伝育種学

    祝前, 博明, 国枝, 哲夫, 野村, 哲郎, 万年, 英之, 西堀, 正英, 下桐, 猛, 揖斐, 隆之, 石川, 明, 大山, 憲二, 三宅, 武, 古川, 力, 長嶺, 慶隆, 山田, 宜永, 広岡, 博之

    朝倉書店  2017年3月  ( ISBN:9784254450309

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    総ページ数:vi, 204p   記述言語:日本語

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MISC

  • 岡山県固有の黒毛和種希少系統の遺伝学的特徴の解析

    米田一裕, 奥田ゆう, Siqintuya, 西牧孝洋, 松本大和, 宮崎義之, 揖斐隆之, 辻岳人, 国枝哲夫

    日本畜産学会報   87 ( 1 )   1‐10(J‐STAGE) - 10   2016年2月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本畜産学会  

    黒毛和種では遺伝的多様性の確保が育種上の重要な課題となっているが,そのためには,固有の遺伝的特徴を持つ多様な系統を交配に利用することで,集団の遺伝的構成の均質化を防ぐことが重要であり,本研究では岡山県の希少系統の集団の遺伝的特徴について解析した.マイクロサテライトマーカーの解析では,アレリックリッチネスと平均ヘテロ接合度は,いずれも他の黒毛和種の地域集団と比べて低い値であった.集団の構造解析では,他の地域集団とは異なる単一のクラスターよりなる集団を形成した.ミトコンドリアDループ領域では,80%の個体が単一のハプロタイプを持っていたが,一方で新規のハプロタイプが存在していた.生産形質に関連する遺伝子では,調べた6遺伝子のうち2遺伝子で単一のアリルに固定されていた.以上のことから,本希少系統集団の遺伝的多様性は他の黒毛和種の集団と比べて低いが,他の集団とは異なる遺伝的特徴を持つことから,黒毛和種の遺伝的多様性を維持する上で貴重な集団であると考えられた.

    DOI: 10.2508/chikusan.87.1

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  • 大学生の朝食欠食習慣の統計解析と改善への新指針

    田村隆, 揖斐隆之, 稲垣賢二, 久保康隆, 奥田潔

    岡山大学農学部学術報告(Web)   105 ( 105 )   1-5 (WEB ONLY) - 5   2016年2月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:岡山大学農学部  

    This study investigated the current status and causes underneath the life of university students who tend to lack breakfast at a relatively high frequency, and statistical analysis on consequences leading to such lack of well-nourished eating habitat in their university life. In October 2014, self-assessed questionnaires were administered to over 150 faculty students. It contained questions about breakfast habits, time allowance for the morning class, and lunchtime setting in their high school timetable. Breakfast states were clearly separated in three groups : 68% of students regularly have breakfast throughout the weekdays, 21% students skipping the breakfast occasionally, and 11% student no habit for breakfast at all. The survey on the high school lives revealed that 70% students used to have lunch 30 min later than the lunchtime set in the university timetable, 7% of them had the lunch time even more than 1 h later. Lunchtime varies among high schools, and statistical significance was revealed (p&lt;0.01) that schools with higher deviation scores tend have late lunch beyond 12: 30. Accordingly, university students were given directions to prepare for the timetable reform on postulation of having lunch time over one o&#039;clock. After continuous survey on the breakfast habits during the second semester, more than 90% of students established the habit of breakfast regularly in their university lives with the improved consciousness toward well-balanced healthy breakfast contents for their higher level of education quality.

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  • 「豊味(うま)いの証」豊後牛肉生産技術の確立―牛肉中のオレイン酸含有率を取り入れた産肉能力育種価手法の検討―

    志村英明, 利光昭彦, 衞藤央好, 安高康幸, 揖斐隆之

    九州農業研究発表会専門部会発表要旨集   78th   71   2015年8月

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    記述言語:日本語  

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  • 岡山県のジャージー集団におけるBCO2遺伝子の新たな変異と脂肪淡黄色との関連性

    清水佑起, 石倉健一, 揖斐隆之, 国枝哲夫, 辻岳人

    日本畜産学会大会講演要旨   119th   115   2015年3月

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    記述言語:日本語  

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  • オレイン酸含有率を用いた新たな育種価評価の確立

    利光昭彦, 手島久智, 衛藤央好, 三輪友樹, 藤田達男, 揖斐隆之

    九州沖縄農業試験研究の成果情報(Web)   2015   WEB ONLY   2015年

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    記述言語:日本語  

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  • 口之島牛集団における経済形質,遺伝性疾患および毛色に関連する遺伝子の対立遺伝子頻度とその分布

    SIQINTUYA, 西牧孝洋, 揖斐隆之, 辻岳人, 米田一裕, 大島一郎, 片平清美, 万年英之, 下桐猛, 印牧美佐生, 国枝哲夫

    動物遺伝育種研究   42 ( 1 )   11 - 19   2014年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本動物遺伝育種学会  

    口之島牛は鹿児島県トカラ列島の口之島において、明治から大正期にかけて放牧されていた日本在来牛が野生化した日本で唯一の野生化牛の集団である。これまでに、我が国の主要な肉用牛である黒毛和種や日本在来牛といわれる見島牛等においては経済形質や遺伝性疾患に関する種々の遺伝子の遺伝子頻度と分布は明らかにされているが、口之島牛におけるそれらに関する報告は少ない。そこで、本研究では口之島牛の集団における経済形質、遺伝性疾患および毛色に関与する遺伝子の対立遺伝子頻度と分布を調べ、それらを黒毛和種および見島牛の集団と比較することで、口之島牛の集団の遺伝的特徴について検討した。32 頭の口之島牛より採取されたDNAサンプルを用い、脂肪酸組成や枝肉形質に関与することが報告されている&lt;I&gt;NCAPG&lt;/I&gt;、&lt;I&gt;FASN&lt;/I&gt;、&lt;I&gt;SCD&lt;/I&gt; および&lt;I&gt;SREBP-1&lt;/I&gt; 遺伝子、遺伝性疾患の第XI 因子欠乏症の原因遺伝子である&lt;I&gt;F11&lt;/I&gt; 、毛色に関与する&lt;I&gt;MC1R&lt;/I&gt; 遺伝子についてPCR 法あるいはPCR-RFLP法により遺伝子型判定を行い、黒毛和種および見島牛の集団の結果と比較した。その結果、&lt;I&gt;NCAPG&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種では&lt;I&gt;G&lt;/I&gt; および&lt;I&gt;T&lt;/I&gt; の両対立遺伝子が検出されたのに対し、口之島牛と見島牛では&lt;I&gt;T&lt;/I&gt; に固定され、&lt;I&gt;FASN&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種では&lt;I&gt;TW&lt;/I&gt; および&lt;I&gt;AR&lt;/I&gt; の両対立遺伝子が検出されたのに対し、口之島牛では&lt;I&gt;AR&lt;/I&gt; に、見島牛では&lt;I&gt;TW&lt;/I&gt; に固定されていた。&lt;I&gt;SCD&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種、口之島牛、見島牛のいずれでも&lt;I&gt;A&lt;/I&gt; と&lt;I&gt;V&lt;/I&gt; の両対立遺伝子が検出され、&lt;I&gt;SREBP-1&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種および見島牛では&lt;I&gt;S&lt;/I&gt; および&lt;I&gt;L&lt;/I&gt; の両対立遺伝子が検出されたのに対し、口之島牛では&lt;I&gt;L&lt;/I&gt; に固定されていた。&lt;I&gt;F11&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種では(+) および(-) の両対立遺伝子が検出されたのに対し、口之島牛、見島牛では(+) に固定され、&lt;I&gt;MC1R&lt;/I&gt; 遺伝子については、黒毛和種では&lt;I&gt;E&lt;/I&gt;&lt;SUP&gt;D&lt;/SUP&gt; および&lt;I&gt;E&lt;/I&gt;&lt;SUP&gt;+&lt;/SUP&gt; 対立遺伝子が検出され、口之島牛では&lt;I&gt;E&lt;/I&gt;&lt;SUP&gt;+&lt;/SUP&gt; および&lt;I&gt;e&lt;/I&gt; 対立遺伝子が検出され、見島牛では&lt;I&gt;E&lt;/I&gt;&lt;SUP&gt;+&lt;/SUP&gt; 対立遺伝子に固定されていた。これらの結果より、口之島牛は他のウシの集団と地理的に隔離された環境で、小さな集団として維持されてきたこと等の理由により、黒毛和種や見島牛とは異なる遺伝的特徴を持つ集団を形成していると考えられた。

    DOI: 10.5924/abgri.42.11

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  • 和牛の胚死滅を引き起こす劣性変異の探索

    佐々木慎二, 渡邊敏夫, 揖斐隆之, 杉本喜憲

    日本畜産学会大会講演要旨   116th   155   2013年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種の胚死滅を引き起こす劣性変異の探索

    佐々木慎二, 渡邊敏夫, 揖斐隆之, 杉本喜憲

    動物遺伝育種研究   40 ( 2 )   69   2012年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種の枝肉形質に対するSCD,SREBP1,FASNおよびNCAPG遺伝子多型の関連解析

    西牧孝洋, 揖斐隆之, 斯琴図雅, 小林直彦, 松橋珠子, 今井佳積, 松井茉由, 上村圭一, 衛藤央好, 渡邉直人, 藤田達男, 齊藤陽介, 小松智彦, 万年英之, 笹崎晋史, 国枝哲夫

    動物遺伝育種研究   40 ( 2 )   71   2012年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における第XI因子欠乏症と異常産,新生仔死との関連

    斯琴図雅, 緒方良彦, 森友靖生, 三浦潔, 西牧孝洋, 揖斐隆之, 国枝哲夫

    動物遺伝育種研究   40 ( 2 )   78   2012年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種・雌牛の受胎率を低下させる遺伝的要因の解明

    佐々木慎二, 揖斐隆之, 松橋珠子, 池田省吾, 小林直彦, 杉本喜憲

    日本畜産学会大会講演要旨   115th   166   2012年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における各地域集団の遺伝的多様性と類縁関係の解析

    西牧孝洋, 揖斐隆之, 田邉義弘, 宮崎義之, 小林直彦, 松橋珠子, 秋山敬孝, 吉田恵実, 今井佳積, 松井茉由, 上村圭一, 渡邉直人, 藤田達男, 齊藤陽介, 万年英之, 笹崎晋史, 国枝哲夫

    動物遺伝育種研究   39 ( 2 )   142   2011年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における雌牛の繁殖能力に関するゲノム解析

    佐々木慎二, 揖斐隆之, 松橋珠子, 池田省吾, 小林直彦, 渡邊敏夫, 杉本喜憲

    動物遺伝育種研究   39 ( 2 )   132   2011年12月

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    記述言語:日本語  

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  • Genome-Wide Association Study for Female Reproductive Efficiency in Japanese Black Cattle

    Shinji Sasaki, Takayuki Ibi, Toshio Watanabe, Yoshikazu Sugimoto

    BIOLOGY OF REPRODUCTION   85   2011年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:SOC STUDY REPRODUCTION  

    Web of Science

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  • 黒毛和牛におけるBMSおよびモモヌケの遺伝的パラメータの推定

    揖斐隆之

    岡山大学農学部学術報告   100   61 - 65   2011年2月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:岡山大学農学部  

    Japanese Black cattle are the predominant beef breed in Japan. This breed has excellent meat quality, especially degree of (intramuscular) marbling. Degree of marbling was measured at the 6th to 7th rib section and according to the Beef Marbling Standard with scores 1 to 12 (so-called BMS), with number 12 being the best. BMS is used with business deal of beef carcass and has strongly effect on selling price of carcass. On the other hands, more degree of marbling on top round (MTR) is better carcass unit price in same BMS, because of good price of part of thigh. MTR has been focused in recent years. However, MTR is unclear how to evaluate, therefore, collection of records and genetic evaluations are not enough. In this study, records of MTR were collected and then, genetic parameters for BMS and MTR of Japanese Black were estimated. The original data were 11,052 carcass records collected from April in 2008 to June in 2009 at the Agura Farm. Only information from abattoirs having more than 20 records and feedlot farms having more than 10 records were used. This resulted in a total of 10,990 records. In this study, pedigree information was traced back to two generations. An animal model that included all relationships among all animals was used as a statistical model. The fixed effects included sex, farm, abattoir and the combination of slaughter year and month. Slaughter age was fitted as linear covariables. Genetic parameters were estimated using REMLF90 and THRGIBBS1F90 programs. The estimates of heritability were moderately high (0.37 to 0.44) for MTR treated as threshold traits. The estimates of phenotypic and genetic correlations between BMS and MTR were very high (0.87 and 0.98, respectively). These indicate that MTR can be improved genetically and improvement of MTR can treat BMS as indicator.

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  • 黒毛和午におけるBMSおよびモモヌケの遺伝的パラメータの推定

    揖斐 隆之

    岡山大學農學部學術報告 = Scientific report of the Faculty of Agriculture, Okayama University   ( 100 )   61 - 65   2011年2月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:岡山大學農學部  

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  • 黒毛和種における雌牛の繁殖能力に関するゲノム解析

    佐々木慎二, 揖斐隆之, 渡邊敏夫, 松橋珠子, 中藤由紀, 小林直彦, 杉本喜憲

    動物遺伝育種研究   38 ( 2 )   131   2010年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 3.黒毛和牛におけるBMSおよびモモヌケの遺伝的パラメータの推定

    揖斐隆之

    肉用牛研究会報   ( 88 )   67 - 68   2010年1月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和牛におけるBMSおよびモモヌケの遺伝的パラメータの推定

    揖斐 隆之

    肉用牛研究会報   88   67 - 68   2010年1月

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    記述言語:日本語  

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  • 性判別技術や双子生産技術の導入が黒毛和種繁殖生産の経済性に及ぼす影響

    大石風人, 揖斐隆之, 熊谷元, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   110th   158   2009年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 安愚楽共済牧場における家畜育種の取り組み

    揖斐隆之

    動物遺伝育種研究   36 ( 1 )   29 - 37   2008年6月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本動物遺伝育種学会  

    DOI: 10.5924/abgri2000.36.29

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  • 繁殖雌牛の経産回数と繁殖性,割引率の変化が和牛繁殖生産の経済性に及ぼす影響

    大石風人, 揖斐隆之, 熊谷元, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   109th   95   2008年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種の子牛における初期の生存性に関する遺伝的パラメータの推定

    揖斐隆之, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   109th   95   2008年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 安愚楽共済牧場における家畜育種の取り組み

    揖斐 隆之

    動物遺伝育種研究   36 ( 1 )   29 - 37   2008年

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    出版者・発行元:動物遺伝育種研究  

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  • 黒毛和種における広域種牛評価の精度に関する研究

    中岡博史, 藤中邦則, 渡邉直人, 川田啓介, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    動物遺伝育種研究   35 ( 2 )   232   2007年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 和牛繁殖生産における繁殖雌牛の供用年数と繁殖率の変化が生産効率に及ぼす影響

    大石風人, 揖斐隆之, 熊谷元, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   108th   38   2007年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 肉用牛経営の個別属性や経営意識が家畜排泄物の処理・利用に及ぼす影響

    長命 洋佑, 揖斐 隆之, 仙田 徹志, 森 佳子, 広岡 博之

    農林業問題研究   43 ( 1 )   51 - 56   2007年6月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:地域農林経済学会  

    DOI: 10.7310/arfe1965.43.51

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  • 家畜育種における遺伝と環境の交互作用

    揖斐隆之, 広岡博之

    動物遺伝育種研究   35 ( 1 )   25 - 31   2007年6月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本動物遺伝育種学会  

    DOI: 10.5924/abgri2000.35.25

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  • 黒毛和種の妊娠期間に関する遺伝的パラメータの推定と生時体重や枝肉形質との遺伝的関連性

    揖斐隆之, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   107th   64   2007年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 肉用牛経営における潜在的窒素負荷量が家畜排泄物の処理・利用の意向に及ぼす影響

    長命洋佑, 揖斐隆之, 熊谷元, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   107th   156   2007年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 家畜育種における遺伝と環境の交互作用

    揖斐 隆之, 広岡 博之

    動物遺伝育種研究   35 ( 1 )   25 - 31   2007年

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    出版者・発行元:動物遺伝育種研究  

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  • 和牛繁殖生産における繁殖雌牛の供用年数と生産効率との関係

    大石風人, 熊谷元, 揖斐隆之, 広岡博之

    システム農学会シンポジウム要旨集   2007   22 - 23   2007年

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    記述言語:日本語  

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  • 肉用牛経営の個別属性や経営意識が家畜排泄物の処理・利用に及ぼす影響

    長命 洋佑, 揖斐 隆之, 仙田 徹志, 森 佳子, 広岡 博之

    農林業問題研究   43 ( 1 )   51 - 56   2007年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:地域農林経済学会  

    DOI: 10.7310/arfe1965.43.51

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  • 黒毛和種集団の広域種牛評価によるサブクラス間不均一分散の補正の有効性

    中岡博史, 三宅武, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 山田宜永, 佐々木義之

    動物遺伝育種研究   34 ( 2 )   119   2006年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 肥育農家の属性や意識が枝肉成績に及ぼす影響

    長命 洋佑, 揖斐 隆之, 広岡 博之

    日本畜産學會報 = The Japanese journal of zootechnical science   77 ( 2 )   289 - 294   2006年5月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本畜産学会  

    本研究の目的は,アンケート調査を行い,肉牛飼養者の属性や意識の差異が農家ごとの枝肉価格と枝肉形質の最良線形不偏推定値(BLUE)に与える影響を調べることであった.アンケート調査は,安愚楽牧場と契約している農家を対象に行い,分析には肥育農家91戸のデータを用いた.最良線形不偏推定値(BLUE)の推定には,安愚楽牧場で2004年1月から2005年3月までに出荷された20,346頭の枝肉成績を用いた.農家ごとの枝肉価格と枝肉形質に関するBLUE値を目的変数とし,農家の属性や意識を取り入れ最小2乗分散分析を行った.分析の結果,経済性と生きがいをともに重視している農家の方が良質の枝肉を生産していることが明らかとなった.さらに,枝肉単価と飼養規模の間には2次曲線の関係があり,規模が大きくなるにつれ,枝肉単価は逓減し,932頭を境に増加していくことが明らかとなった.

    DOI: 10.2508/chikusan.77.289

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  • 黒毛和種牛の産肉性に関する選抜指数の設定

    DORONBEKOV Kanat, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 三宅武, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   106th   58   2006年3月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Samplingによる黒毛和種枝肉におけるかしの遺伝率推定

    揖斐隆之, 三宅武, 佐々木義之

    肉用牛研究会報   ( 80 )   69 - 73   2005年12月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Sampling による黒毛和種枝肉における瑕疵の遺伝率推定

    揖斐 隆之, 三宅 武, 佐々木 義之

    肉用牛研究会報   80   69 - 73   2005年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 枝肉形質間の遺伝相関係数に基づく肉牛品種間系統樹の作成ならびに遺伝的距離の検討

    三宅武, 中岡博史, 小谷基, 広岡博之, 小邦朋子, 住尾善彦, 松本道夫, 伊藤雅之, 倉原貴美, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 藤中邦則, 太田垣進, 道後泰治, 佐々木義之

    肉用牛研究会報   80 ( 80 )   23 - 25   2005年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種集団の全国的な種牛評価におけるサブクラス間の不均一分散の影響~不均一分散が複数形質を考慮した総合評価に及ぼす影響

    中岡博史, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    肉用牛研究会報   80 ( 80 )   4 - 6   2005年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和牛における枝肉価格に関する遺伝的パラメータのBSEの発生による変遷

    揖斐隆之, 広岡博之

    日本畜産学会大会講演要旨   105th   57   2005年8月

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    記述言語:日本語  

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  • 全国的な黒毛和種集団の種牛評価における不均一分散の補正

    中岡博史, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   105th   52   2005年8月

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    記述言語:日本語  

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  • サブクラス間の分散成分不均一性を考慮した種牛評価法とその予測育種価への影響

    中岡博史, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   104th   43   2005年3月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Samplingによる黒毛和牛枝肉におけるかしの遺伝率推定

    揖斐隆之, 三宅武, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   104th   84   2005年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種集団の全国的な種牛評価におけるサブクラス間の不均一分散の影響~不均一分散が複数形質を考慮した総合評価に及ぼす影響

    中岡博史, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    肉用牛研究会大会   43rd   1 - 4   2005年

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    記述言語:日本語  

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  • 枝肉形質間の遺伝相関係数に基づく肉牛品種間系統樹の作成ならびに遺伝的距離の検討

    三宅武, 中岡博史, 小谷基, 広岡博之, 小邦朋子, 住尾善彦, 松本道夫, 伊藤雅之, 倉原貴美, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 藤中邦則, 太田垣進, 道後泰治, 佐々木義之

    肉用牛研究会大会   43rd   23 - 26   2005年

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における全国的な種牛評価の可能性および数学モデルに関する研究

    小谷基, 中岡博史, 成田暁, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会報   75 ( 3 )   353 - 361   2004年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本畜産学会  

    全国的な種牛評価の可能性を遺伝的結合度および遺伝率推定値の点から検討し,その結果をふまえて全国的な種牛評価のための最適な数学モデルに関して検討した.1997&amp;sim;2002年までに全国に分布する(有)安愚楽共済牧場傘下の肥育農家から出荷された黒毛和種肥育牛のフィールド記録を用いた.数学モデルとして,母数効果の取り上げ方が異なる6つのモデルを設定し,産肉性形質に関する遺伝率を推定し,育種価を予測した.肥育農家を単位とする分集団間の遺伝的結合度が確認できたことおよび遺伝率の推定値が中程度であったことから,全国規模での種牛評価が可能であると推察される.また,予測育種価の予測誤差分散(PEV),赤池の情報量規準(AIC)および自由度調整済寄与率を指標としてモデルの選択を行った結果,全ての母数効果を組み合わせ効果として取り上げたモデルもしくは性の効果のみを組み合わせ効果から外したモデルが最適なモデルであると推察される.種牛評価を全国規模に拡大することで,より効率的な育種改良を行うことができると考えられる.

    DOI: 10.2508/chikusan.75.353

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  • 黒毛和種および褐毛和種の枝肉形質に関する遺伝性の類似

    三宅武, 揖斐隆之, 松本道夫, 藤中邦則, 山田宜永, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   103rd   137   2004年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種の枝肉形質における遺伝と管理システムの交互作用に関する研究

    揖斐隆之, 広岡博之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   103rd   138   2004年3月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Samplingによる競走馬における上喉頭片麻痺の遺伝率推定

    揖斐 隆之, 三宅 武, 帆保 誠二

    馬の科学   41 ( 3 )   155 - 162   2004年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本中央競馬会競走馬総合研究所  

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  • 黒毛和種の枝肉形質における遺伝と地域の交互作用に関する研究

    揖斐隆之, 広岡博之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   102nd   39   2003年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における全国的な種牛評価に関する研究 その2 最適な数学モデルに関する検討

    小谷基, 中岡博史, 成田暁, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   102nd   39   2003年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種における全国的な種牛評価に関する研究 その1 遺伝的結合度の検討と数学モデルの遺伝率推定値への影響

    中岡博史, 小谷基, 成田暁, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   102nd   39   2003年9月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Sampling による競走馬における上部気道疾患の遺伝率の推定

    揖斐 隆之, 三宅 武, 帆保 誠二, 沖 博憲, 石田 信繁, 佐々木 義之

    Journal of equine science   14 ( 3 )   81 - 86   2003年9月

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  • Gibbs Samplingによる競走馬における上部気道疾患の遺伝率の推定

    揖斐 隆之, 三宅 武, 帆保 誠二

    Journal of equine science   14 ( 3 )   81 - 86   2003年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本ウマ科学会  

    DOI: 10.1294/jes.14.81

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  • 岩手県南地方における黒毛和種集団の産肉性形質に関する統計遺伝学的解析

    川田啓介, 兼松重任, 黒沢弥悦, 揖斐隆之, 佐々木義之

    日本畜産学会報   74 ( 2 )   187 - 193   2003年5月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本畜産学会  

    岩手県南地方における黒毛和種集団の育種の妥当性を検証するため岩手県前沢町から出荷された黒毛和種肥育牛3,467頭のフィールド記録を用いて,産肉性形質に関する遺伝的パラメータ,育種価および遺伝的趨勢を推定した.産肉性形質に与える有意な環境要因の影響では,BMSの最良線形不偏推定量が年を経るごとに減少することが注目された.産肉性形質の遺伝率はBMS 0.66, DG 0.51,枝肉重量0.64,ロース芯面積0.36,バラ厚0.25,皮下脂肪厚0.33といずれも中程度から高めであった.BMSとその他の産肉性形質の間の遺伝相関はDG 0.1,枝肉重量0.18,ロース芯面積0.48,バラ厚0.37,皮下脂肪厚-0.24であった.遺伝的趨勢を見ると1991年を境としてBMSと皮下脂肪厚を重視した改良が進められ,枝肉重量は考慮されていない様子がうかがえた.一方,同年を境に同町産の肥育牛の肉質等級は年々低下する傾向にあるが,この原因は改良以外の要因にあると推察された.

    DOI: 10.2508/chikusan.74.187

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  • 黒毛和種における全国的な種牛評価のための数学モデルに関する予備的検討

    小谷基, 成田暁, 揖斐隆之, 佐々江洋太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   101st   107   2003年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 遺伝子発現量の多サンプル間での比較のためのディファレンシャルディスプレイ法に関する検討

    永田幸洋, 揖斐隆之, 谷口幸雄, 山田宜永, 佐々木義之

    動物遺伝育種研究   30 ( 1 )   11 - 18   2002年11月

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  • Gibbs samplingにより混合遺伝子モデルを用いたQTL遺伝子型推定法の検討

    大野涼太, 成田暁, 揖斐隆之, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   100th   108   2002年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 非近交系集団における混合遺伝モデルを用いた複数のQTL解析法に関する研究 RJMCMCを応用したQTL数の推定

    成田暁, 大野涼太, 揖斐隆之, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   100th   109   2002年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 黒毛和種におけるウシClaudin‐16(CL‐16)欠損症遺伝子型と産肉成績との間のアソシエーション解析

    小林直彦, 平野貴, 揖斐隆之, 大谷健, 杉本喜憲

    Animal Science Journal   73 ( 1 )   19 - 23   2002年2月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本畜産学会  

    黒毛和種の常染色体性劣性遺伝性疾患である&lt;i&gt;Claudin-16&lt;/i&gt; (&lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; ) 欠損症の原因となる変異遺伝子 (原因遺伝子&lt;i&gt;d&lt;/i&gt; ) と産肉成績との関連性についてアソシエーション解析を行った. 原因遺伝子&lt;i&gt;d&lt;/i&gt; キャリア種雄牛3頭 (Sire-1~-3) の産子である肥育牛464頭とSire-1の産子である繁殖雌牛140頭の&lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 遺伝子型を検査した結果, 肥育牛では正常遺伝子ホモ型 (&lt;i&gt;DD&lt;/i&gt; ) 234頭およびキャリア (&lt;i&gt;Dd&lt;/i&gt; ) 230頭であった. 繁殖雌牛では正常遺伝子ホモ型 (&lt;i&gt;DD&lt;/i&gt; ) 60頭およびキャリア (&lt;i&gt;Dd&lt;/i&gt; ) 80頭であった. 3頭のキャリア種雄牛は共通した祖先を持ち, その共通祖先牛はキャリア牛であることが確認されている. &lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 遺伝子型と産肉成績との関連性を調べるため, &lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 遺伝子型を要因として, 産肉成績について最小二乗分散分析を行った. 種雄牛間の変動は皮下脂肪厚を除いてすべての形質で有意であった. 性の影響は枝肉重量で, 農家についてはBMSナンバー, 枝肉重量及びバラの厚さで有意差が認められた. このように産肉成績に関与する環境要因を取り除いても&lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 遺伝子型の産肉成績には有意差は見られなかった. 繁殖雌牛のSire-1産子140頭の産肉形質に関する予測育種価も, 原因遺伝子&lt;i&gt;d&lt;/i&gt; と有意に関連する結果は得られなかった (P&gt;0.05). また, 136頭で構成されるSire-1の父方半兄弟家系を用いて連鎖解析を行ったが, &lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 遺伝子座領域 (約30cM) は上記の形質に関する有意な連鎖は認められなかった (P&gt;0.05). したがって, &lt;i&gt;CL-16&lt;/i&gt; 欠損症の発症を避けるため原因遺伝子&lt;i&gt;d&lt;/i&gt; を集団から排除しても産肉成績に影響する危険性は少ないと考えられる.

    DOI: 10.2508/chikusan.73.19

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  • 遺伝子発現量の多サンプル間での比較のためのディファレンシャルディスプレイ法に関する検討

    永田 幸洋, 揖斐 隆之, 谷口 幸雄, 山田 宜永, 佐々木 義之

    動物遺伝育種研究   30 ( 1 )   11 - 18   2002年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:動物遺伝育種研究  

    ディファレンシャルディスプレイ (DD) 法が遺伝子発現量を多サンプル間で比較するために使われるには、得られたPCR産物の鎖長 (BP) のデータに再現性があること、並びに発現量が定量的に捉えられることが必要である。&lt;BR&gt;まず、PCR産物のBPと遺伝子発現量に相当するその産物の生成量 (IOD) についての電気泳動像の画像解析による最適な数値化の方法を検討した。BPについては、PCR産物の移動度とゲル両端と中央の3つのレーンで泳動した分子量マーカーの移動度の情報を用いて計算するBP (A) が最適な数値化の方法であり、IODについては、PCR産物のバンドにおけるシグナル強度の測定値をそのまま用いるIOD (A) およびその測定値を同一レーン上にある全てのバンドのシグナル強度の和で割るIOD (P) がそれぞれ準最適および最適とされた。次に、BP (A) 、IOD (A) およびIOD (P) について、ゲル間、泳動レーン間およびRT-PCR反応間の変動を検討した結果、BP (A) についてはゲル間と泳動レーン間において有意な変動が検出されたが、RT-PCR反応間では有意な変動は検出されなかった。一方、IOD (A) とIOD (P) については泳動レーン間では有意な変動は検出されなかったが、ゲル間とRT-PCR反応間で有意な変動が検出された。これら分散分析の結果から各要因の分散成分を推定した。最後に、それらの結果を受けて、4通りの反復パターンで得られたBPおよびIODの測定値の変動係数から、大規模遺伝子発現プロファイリング作成に最適な反復回数について考察した。

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  • 多サンプル間での遺伝子発現量の比較に適用可能な半定量的デイファレンシャルディスプレイ法の確立

    永田幸洋, 揖斐隆之, 谷口幸雄, 山田宜永, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   99th   46   2001年8月

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    記述言語:日本語  

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  • Gibbs Samplingによる競走馬における上部気道疾患の遺伝率の推定

    揖斐隆之, 三宅武, 楠瀬良, 帆保誠二, 沖博憲, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   99th   45   2001年8月

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    記述言語:日本語  

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  • 近交係数の上昇を抑え遺伝的改良を最大にする育種計画

    揖斐隆之, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   98th   93   2001年3月

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    記述言語:日本語  

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  • ラット最長筋内脂肪量の組織化学的測定法の確立ならびにOLETF,F344およびそれらのF1間の比較

    田之村秀樹, 三宅武, 谷口幸雄, 揖斐隆之, 真鍋昇, 山田宜永, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   97th   61   2000年3月

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    記述言語:日本語  

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  • 近交係数の上昇を抑え遺伝的改良を最大にする育種システム

    揖斐隆之, 守田智, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   96th   67   1999年9月

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    記述言語:日本語  

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  • 熊本系褐毛和種における遺伝的評価システムの構築に伴なう集団の変遷

    揖斐隆之, 守田智, 守屋和幸, 佐々木義之

    肉用牛研究会報   66 ( 66 )   8 - 9   1998年12月

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    記述言語:日本語  

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  • 肉牛育種システムの構築 2. 近交係数の上昇を抑え遺伝的改良を最大にする交配システム

    揖斐隆之, 守田智, 守屋和幸, 佐々木義之

    システム農学会シンポジウム要旨集   1998   44 - 45   1998年11月

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    記述言語:日本語  

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  • 肉牛育種システムの構築 1. 遺伝的評価システムの構築に伴なう集団の変遷

    佐々木義之, 揖斐隆之, 守田智, 守屋和幸

    システム農学会シンポジウム要旨集   1998   42 - 43   1998年11月

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    記述言語:日本語  

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  • 代表的な始祖種雄牛の遺伝的寄与率を用いた熊本県褐毛和種集団の集団構造の解明

    揖斐隆之, 守屋和幸, 松本道夫, 木場俊太郎, 佐々木義之

    日本畜産学会大会講演要旨   91st   175   1996年3月

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  • 熊本県褐毛和種集団の集団構造の変化ならびに産地間の遺伝的関連性

    佐々木義之, 揖斐隆之, 守屋和幸, 高柳誠二, 松本道夫, 木場俊太郎

    日本畜産学会大会講演要旨   90th   144   1995年3月

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 動物集団における近交退化の分子メカニズムの解明

    研究課題/領域番号:20H00446  2020年04月 - 2024年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(A)  基盤研究(A)

    国枝 哲夫, 大月 純子, 佐々木 慎二, 桃沢 幸秀, 藤原 靖浩, 揖斐 隆之, 辻 岳人

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    配分額:44720000円 ( 直接経費:34400000円 、 間接経費:10320000円 )

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  • 黒毛和種における遺伝性疾患の原因遺伝子解明と遺伝子診断法の確立

    研究課題/領域番号:16H05016  2016年04月 - 2019年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    国枝 哲夫, 揖斐 隆之

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    配分額:16900000円 ( 直接経費:13000000円 、 間接経費:3900000円 )

    本研究は、黒毛和種に発生する下顎短小・腎低形成症の原因遺伝子の同定と遺伝子診断法の確立を目的としている。発症個体を含む家系の連鎖解析により原因遺伝子の染色体上の位置を特定し、原因となる可能性のある候補遺伝子を特定した。この遺伝子の正確な構造、塩基配列は明らかとなっていなかったため、次にその正確な塩基配列を明らかにした。これらに基づいて原因変異が存在するかについて探索したが、遺伝子機能に大きな影響を与える突然変異はエキソン上には存在していなかった。 そこで、当該遺伝子のイントロン等に原因となる変異が存在しているかを調べたところ、発症個体に特異的と考えられるいくつかの塩基置換が同定された。

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  • カザフスタン在来馬を用いた家畜馬の起源に関する研究

    研究課題/領域番号:26660257  2014年04月 - 2017年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究  挑戦的萌芽研究

    国枝 哲夫, 揖斐 隆之, 戸崎 晃明

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    配分額:4030000円 ( 直接経費:3100000円 、 間接経費:930000円 )

    カザフスタン在来馬は、祖先としての野生馬の遺伝的影響を強く残している可能性が推測されている。そこで、本研究ではこの在来馬集団の遺伝的特徴を明らかにすることを試みた。106個体の在来馬について、ミトコンドリアDNAおよびY染色体マーカーのハプロタイプ、特定の形質に関わる遺伝子の遺伝子型を調べた。その結果、ミトコンドリアDNAのハプロタイプから、母系の遺伝的多様性は高く、固有の特徴をもつことが明らかとなった。一方、Y染色体ハプロタイプから、父系では西洋系品種との関連性が示唆された。歩様、運動特性、体高に関わる遺伝子の遺伝子型からは、これらの形質について強い選抜が行われていない可能性が示唆された。

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  • 和牛の遺伝的改良を目的とした血液凝固第XI因子欠乏症の生産性に与える影響の解明

    研究課題/領域番号:23380166  2011年04月 - 2014年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    国枝 哲夫, 辻 岳人, 揖斐 隆之, 舟橋 弘晃, アコスタ トマス

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    配分額:18200000円 ( 直接経費:14000000円 、 間接経費:4200000円 )

    血液凝固第XI因子欠乏症は黒毛和種牛に見られる出血性の遺伝性疾患である。本疾患の出血傾向自体は軽微であるが、その遺伝子頻度はきわめて高く、もし本疾患が肉牛の生産性に影響を与えるなら、経済的損失は多大となる。そこで本研究では、第XI因子欠乏症と異常産や肉の形質との関連について大規模な調査を行った。その結果、第XI因子欠乏症では流産等の異常産の発生頻度が高い傾向があるが、新生仔の異常やの瑕疵等の枝肉形質には顕著な影響は与えないことが明らかとなった。

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  • 多因子疾患発現機構解明のための混合遺伝モデルによる複数QTL解析法の開発

    研究課題/領域番号:13204044  2001年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特定領域研究(C)  特定領域研究(C)

    佐々木 義之, 揖斐 隆之

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    配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )

    1)シミュレーション実験の中で、F2の個体数、QTL分散の大きさおよびQTLの組み合わせを変化させてデータを発生し、解析を行った。その結果、F2個体が1,000頭の場合、主効果に関しては2〜3%以上、エピスタシス効果については、4%以上の寄与のある効果の検出が可能であり、F2個体が200頭の場合でも、主効果に関して10%以上、エピスタシス効果に関して15〜20%以上の寄与の効果を検出できることが分かった。また、近交系間F2ラットのデータを分析した結果、インターバルマッピング法で検出されなかったQTLおよびQTL間のエピスタシスが検出され、MC-IM法の有効性が示された。
    2)ポリジーン効果ならびに環境効果を取り上げた混合遺伝モデルによる多因子疾患発現機構解明のための新たなQTL解析法の開発に対して、Metropolis-Hastings(MH)アルゴリズムおよびリバーシブルジャンプマルコフ連鎖モンテカルロ(RJMCMC)を用いたベイズ推定法に基づく手法を開発した。この方法により、想定したQTLの数、また各々のもつ効果の大きさ、染色体上の位置がいずれも偏りなく推定可能であることがシミュレーション実験によって示された。また、ポリジーン分散および環境分散についてもほぼ真値通りの結果が得られた。

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  • 熊本県褐毛和種における育種計画に関する研究

    研究課題/領域番号:97J03331  1998年 - 1999年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費  特別研究員奨励費

    揖斐 隆之

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    配分額:1800000円 ( 直接経費:1800000円 )

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担当授業科目

  • コース演習4 (2021年度) 3・4学期  - その他

  • 動物育種学1 (2021年度) 第3学期  - 木5,木6

  • 動物育種学2 (2021年度) 第4学期  - 木5,木6

  • 動物遺伝・育種学特論 (2021年度) 後期  - 月5,月6,月7,月8

  • 動物遺伝育種学演習 (2021年度) 前期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2021年度) 後期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2021年度) 後期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2021年度) 前期  - その他

  • 卒業論文 (2021年度) 1~4学期  - その他

  • 基礎遺伝学1 (2021年度) 第3学期  - 金3,金4

  • 基礎遺伝学1 (2021年度) 第3学期  - 金3~4

  • 基礎遺伝学2 (2021年度) 第4学期  - 金3,金4

  • 基礎遺伝学2 (2021年度) 第4学期  - 金3~4

  • 応用生物データサイエンス学1 (2021年度) 第3学期  - 火1,火2

  • 応用生物データサイエンス学2 (2021年度) 第4学期  - 火1,火2

  • 生物生産科学特別研究 (2021年度) 通年  - その他

  • 生物資源保護 (2021年度) 第3学期  - 金1~2

  • 研究科目演習1 (2021年度) 1・2学期  - その他

  • 研究科目演習2 (2021年度) 3・4学期  - その他

  • コース演習4 (2020年度) 3・4学期  - その他

  • 動物育種学特論 (2020年度) 後期  - その他

  • 動物育種学1 (2020年度) 第3学期  - 木5,木6

  • 動物育種学2 (2020年度) 第4学期  - 木5,木6

  • 動物遺伝・育種学特論 (2020年度) 後期  - 月5,月6,月7,月8

  • 動物遺伝育種学演習 (2020年度) 前期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2020年度) 後期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2020年度) 後期  - その他

  • 動物遺伝育種学演習 (2020年度) 前期  - その他

  • 卒業論文 (2020年度) 1~4学期  - その他

  • 基礎遺伝学1 (2020年度) 第3学期  - 金3,金4

  • 基礎遺伝学1 (2020年度) 第3学期  - 金3,金4

  • 基礎遺伝学2 (2020年度) 第4学期  - 金3,金4

  • 基礎遺伝学2 (2020年度) 第4学期  - 金3,金4

  • 家畜育種学特論 (2020年度) 後期  - 火3,火4

  • 応用生物データサイエンス学1 (2020年度) 第3学期  - 火1,火2

  • 応用生物データサイエンス学2 (2020年度) 第4学期  - 火1,火2

  • 生物生産科学特別研究 (2020年度) 通年  - その他

  • 生物資源保護 (2020年度) 第3学期  - 金1,金2

  • 研究科目演習1 (2020年度) 1・2学期  - その他

  • 研究科目演習2 (2020年度) 3・4学期  - その他

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