2024/03/12 更新

写真a

オオタ ジュン
太田 潤
OHTA Jun
所属
医歯薬学域 助教
職名
助教
外部リンク

学位

  • 医学博士 ( 1989年   岡山大学 )

研究キーワード

  • アミノ酸

  • 医化学一般

  • 病態医化学

  • ケモインフォマティクス

  • バイオインフォマティクス

  • 代謝

  • 代謝ネットワーク

  • システイン

  • グルタチオン

研究分野

  • ライフサイエンス / 医化学

  • ライフサイエンス / 病態医化学

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

学歴

  • 岡山大学    

    1985年4月 - 1989年3月

      詳細を見る

    国名: 日本国

    researchmap

  • 岡山大学   Graduate School, Division of Medicine  

    - 1989年

      詳細を見る

  • 岡山大学   Medical School   Faculty of Medicine

    1979年4月 - 1985年3月

      詳細を見る

    国名: 日本国

    researchmap

  • 岡山大学   Faculty of Medicine  

    - 1985年

      詳細を見る

経歴

  • 岡山大学   学術研究院・医歯薬学域   助教

    2021年4月 - 現在

      詳細を見る

  • 岡山大学   大学院・医歯薬学総合研究科   助教

    2007年4月 - 2021年3月

      詳細を見る

  • 岡山大学   大学院・医歯薬学総合研究科   助手

    2005年4月 - 2007年3月

      詳細を見る

  • - Assistant Professor,Graduate School of Medicine, Dentistry and Pharmaceutical Sciences,Okayama University

    2004年

      詳細を見る

  • 岡山大学   大学院・医歯学総合研究科   助手

    2001年4月 - 2005年3月

      詳細を見る

  • Cornell University   Division of Nutritional Sciences   Visiting Fellow

    1994年5月 - 1995年3月

      詳細を見る

  • 岡山大学   医学部   助手

    1989年4月 - 2001年3月

      詳細を見る

▼全件表示

所属学協会

  • 日本栄養・食糧学会

      詳細を見る

  • 日本生化学会

      詳細を見る

  • Japanese Society of Nutrition and Food Science

      詳細を見る

  • Japanese Biochemical Society

      詳細を見る

  • 日本分子生物学会

      詳細を見る

  • 日本バイオインフォマティクス学会

      詳細を見る

  • 情報処理学会バイオ情報学研究会

      詳細を見る

  • 日本ゲノム微生物学会

      詳細を見る

  • 日本菌学会関東支部

      詳細を見る

  • CBI(シービーアイ)学会

      詳細を見る

▼全件表示

 

論文

  • A novel variant of the Calvin–Benson cycle bypassing fructose bisphosphate 査読

    Jun Ohta

    Scientific Reports   12   3984   2022年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:英語  

    DOI: 10.1038/s41598-022-07836-7

    researchmap

  • Single-atom Tracing in a Model Network of Carbohydrate Metabolism and Pathway Selection 査読

    太田 潤

    IPSJ Transactions on Bioinformatics   11   1 - 13   2018年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2197/ipsjtbio.11.1

    researchmap

  • Connectivity matrix method for analyses of biological networks and its application to atom-level analysis of a model network of carbohydrate metabolism 査読

    J. Ohta

    IEE PROCEEDINGS SYSTEMS BIOLOGY   153 ( 5 )   372 - 374   2006年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:INSTITUTION ENGINEERING TECHNOLOGY-IET  

    An approach for analysis of biological networks is proposed. In this approach, named the connectivity matrix (CM) method, all the connectivities of interest are expressed in a matrix. Then, a variety of analyses are performed on GNU Octave or Matlab. Each node in the network is expressed as a row vector or numeral that carries information defining or characterising the node itself Information about connectivity itself is also expressed as a row vector or numeral. Thus, connection of node n(1) to node n(2) through edge e is expressed as [n(1), n(2), e], a row vector formed by the combination of three row vectors or numerals, where n(1), n(2) and e indicate two different nodes and one connectivity, respectively. All the connectivities in any given network are expressed as a matrix, CM, each row of which corresponds to one connectivity. Using this CM method, intermetabolite atom-level connectivity is investigated in a model metabolic network composed of the reactions for glycolysis, oxidative decarboxylation of pyruvate, citric acid cycle, pentose phosphate pathway and gluconeogenesis.

    DOI: 10.1049/ip-syb:20060018

    Web of Science

    researchmap

  • Cysteine dioxygenase and γ-glutamylcysteine synthetase activities in primary cultured hepatocytes respond to sulfur amino acid supplementation in a reciprocal manner 査読

    Ohta J, Kwon Y-H, Stipanuk MH

    Amino Acids   19 ( 3-4 )   705 - 728   2000年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

    researchmap

  • Formation of γ-glutamylpropargylglycylglycine from propargylglycine in human blood and erythrocytes 査読

    Acta Medica Okayama   53 ( 1 )   19 - 25   1999年2月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

    researchmap

  • A new metabolite of propargylglycine, gamma-glutamylpropargylglycylglycine, in liver of D,L-propargylglycine-administered rats 査読

    J Ohta, T Ubuka, H Kodama, K Sugahara, N Nagamine

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS   1334 ( 2-3 )   240 - 246   1997年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BV  

    A new metabolite of propargylglycine (2-amino-4-pentynoic acid, a natural and synthetic inhibitor of cystathionine gamma-lyase) was isolated from liver of rats intraperitoneally administered D,L-propargylglycine with ion-exchange chromatography, and identified as a glutathione analogue, N-[N-gamma-glutamyl(propargylglycyl)]glycine (gamma-Glu-PPG-Gly), by fast-atom-bombardment-mass spectrometry and reactions of the compound including acid hydrolysis, carboxypeptidase reaction, and gamma-glutamyltranspeptidase reaction. The content of gamma-Glu-PPG-Gly in rat liver increased dose-dependently with the increase of D,L-propargylglycine. When the dose of D,L-propargylglycine was 50 mg/kg of body weight, the increase of gamma-Glu-PPG-Gly was proportional to the time after the administration of D,L-propargylglycine, up to 8 h, and then gradually decreased to about 50% of the maximum at 24 h, where the maximum level of gamma-Glu-PPG-Gly at 8 h was 1.15+/-0.08 mu mol/g of liver. The propargylglycine moiety of gamma-Glu-PPG-Gly in rat liver at 14 h after the administration of D,L-propargylglycine corresponded to 2-7% of the propargylglycine administered when the dose of D,L-propargylglycine was 3.125-200 mg/kg of body weight. The present results indicate that gamma-Glu-PPG-Gly is a major intermediate of propargylglycine metabolism in rat liver. The structural resemblance between glutathione and gamma-Glu-PPG-Gly suggests a possible involvement of propargylglycine and gamma-Glu-PPG-Gly as cysteine and glutathione analogues, respectively, in sulfur amino-acid metabolism.

    DOI: 10.1016/S0304-4165(96)00100-6

    Web of Science

    researchmap

  • INCREASE IN CYSTATHIONINE CONTENT IN RAT-LIVER MITOCHONDRIA AFTER D,L-PROPARGYLGLYCINE ADMINISTRATION 査読

    J OHTA, T UBUKA, H KODAMA, K SUGAHARA, K YAO, N MASUOKA, M KINUTA

    AMINO ACIDS   9 ( 2 )   111 - 122   1995年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER VERLAG  

    Intraperitoneal administration of D,L-propargylglycine to rats resulted in an increase in the cystathionine content of whole liver and liver mitochondria. Cystathionine in mitochondria was identified by amino acid analysis, thin layer chromatography, high-voltage paper electrophoresis and liquid chromatography-mass spectrometry. The cystathionine content of whole liver was 5.37 +/- 1.59 mu mol per g of fresh liver at 14 h after the administration of 50 mg of D,L-propargylglycine per kg of body weight, while 0.07 +/- 0.02 mu mol of cystathionine per g of fresh liver was detected in the control rats. The cystathionine content of liver mitochondria from both groups of rats was 9.40 +/- 1.20 and 0.19 +/- 0.04 nmol of cystathionine per mg of protein, respectively. The mitochondrial cystathionine increased dose-dependently with the increase of D,L-propargylglycine administered. The increase was proportional to the time after the administration up to 12 h, and then decreased. The increase of cystathionine in the liver mitochondria was linearly proportional to that in the whole liver. These results suggest that cystathionine in liver mitochondria is in an equilibrium with that in the cytosol.

    Web of Science

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける原子レベル経路の活性比率:半定量的活性比率と定量的活性比率

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2024-BIO-77 ( 30 )   1 - 5   2024年2月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Single-atom tracingにより算出される代謝経路の活性比率

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2023-BIO-76 ( 9 )   1 - 3   2023年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Single-atom tracingにより算出される代謝経路の収支の計算

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2023-BIO-75 ( 2 )   1 - 3   2023年8月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 化学量論に基づく代謝経路の探索

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2022-BIO-70 ( 59 )   1 - 3   2022年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造における非分岐直鎖部分構造

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2022-BIO-69 ( 10 )   1 - 4   2022年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造variantの対称性の数

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2021-BIO-68 ( 4 )   1 - 3   2021年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショットとしての化学量論的な代謝ネットワーク構造

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2021-BIO-66 ( 22 )   1 - 7   2021年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定のためのアルゴリズムの最適化

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2021-BIO-65 ( 4 )   1 - 8   2021年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定の高速化

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2020-BIO-64 ( 5 )   1 - 7   2020年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造算出の高速化

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2020-BIO-63 ( 1 )   1 - 7   2020年8月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造の算出

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2020-BIO-62 ( 3 )   1 - 6   2020年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 対称性のある代謝産物を通るelementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピング

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2020-BIO-61 ( 9 )   1 - 8   2020年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピングの高速化

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2019-BIO-60 ( 6 )   1 - 7   2019年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおけるelementary flux mode型経路の完全原子レベルマッピング

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2019-BIO-59 ( 2 )   1 - 6   2019年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける原子レベル完全生合成経路の算出

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2019-BIO-58 ( 59 )   1 - 6   2019年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおけるisotopomer分布シミュレーションの収束性

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2019-BIO-57 ( 1 )   1 - 6   2019年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける同位体分布の経時変化シミュレーション

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2018-BIO-56 ( 5 )   1 - 6   2018年12月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • EMU tracing: 与えられた代謝ネットワークにより原料elementary metabolite unit (EMU)から生成し得る代謝産物EMUの列挙

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2018-BIO-55 ( 6 )   1 - 7   2018年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Isotopomer tracing:与えられた代謝ネットワークにより原料isotopomerから生成し得るisotopomerの列挙

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2018-BIO-54 ( 48 )   1 - 6   2018年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Different effect of diastereoisomers of L-cystathionine sulfoxide on the stimulus coupled responses of human neutrophils 査読

    Yosei Shimazaki, Jianying Zhang, Hiroshi Wakiguchi, Takanobu Kurashige, Yasuhiro Sagara, Noriyoshi Masuoka, Jun Ohta, Toshihiko Ubuka, Hiroyuki Kodama

    Biochemical and Biophysical Research Communications   247 ( 2 )   387 - 391   1998年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Academic Press Inc.  

    The priming effect of L-cystathionine sulfoxide, which is one of the unusual cystathionine metabolites found in the urine of patients with cystathioninuria, on the stimulus-induced superoxide generation by human neutrophils was examined. The synthetic L-cystathionine sulfoxide significantly enhanced the superoxide generations induced by N-formyl-methionyl-leucyl-phenylalanine [fMLP], opsonized zymosan [OZ], arachidonic acid [AA], and phorbol 12-myristate 13-acetate [PMA]. Then the synthetic L-cystathionine sulfoxide was separated into two diastereoisomers, CS-I and CS-II, which showed a peak at 76 and 83 min on chromatogram by amino acid analyzer, respectively. CS-I enhanced the superoxide generations induced by AA and PMA but not those induced by fMLP and OZ. On the contrary, CS-II enhanced the superoxide generations induced by fMLP and OZ but not those induced by AA and PMA. The superoxide generation induced by PMA with CS-I was suppressed by H-7 and was enhanced by genistein, while that by fMLP with CS-II was suppressed by genistein and was enhanced by H-7.

    DOI: 10.1006/bbrc.1998.8796

    Scopus

    PubMed

    researchmap

  • Characterization of hydrogen peroxide removal activities in mouse hemolysates: catalase activity and hydrogen peroxide removal activity by hemoglobin 査読

    N Masuoka, M Wakimoto, J Ohta, K Ishii, T Nakano

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR BASIS OF DISEASE   1361 ( 2 )   131 - 137   1997年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BV  

    Hydrogen peroxide removal activities in normal and acatalasemic mouse hemolysates were examined to determine the optimal temperature of catalase. From thermal stability of the removal activities in hemolysates, the removal activities were divided into two activities. The removal activity deactivated at lower temperature was catalase, and the 50% inactivation was observed after 10 min incubation at 47.2 +/- 0.5 degrees C for normal hemolysates and 34.0 +/- 0.8 degrees C for acatalasemic ones. The removal activity deactivated at a higher temperature remained after the addition of sodium azide, and the 50% inactivation was observed at 63.5 +/- 1.4 degrees C. After separation of the removal activities by carboxymethyl-cellulose column chromatography, the removal activity deactivated at higher temperature was attributed to the activity by hemoglobin. From Lineweaver-Burk plot analysis of the removal rates by hemoglobin at 37 degrees C, the Michaelis constant for hydrogen peroxide and the maximum velocity were 201 +/- 53 mu M and 5.37 +/- 1.39 mu mol/s per g of Hb, respectively. Removal rates by hemoglobin in mouse hemolysates at 37 degrees C in 70 mu M hydrogen peroxide were 1.32 +/- 0.12 mu mol/s per g of Hb. Catalase activity (k/g Hb: rate constant related to the hemoglobin content) in normal mouse hemolysates was 104 +/- 12 at 25 degrees C and 117 +/- 10 at 37 degrees C, and that in acatalasemic hemolysates was 10.5 +/- 1.7 at 25 degrees C. These results indicate that activity of hydrogen peroxide removal by hemoglobin is substantial and the activity in acatalasemic hemolysates is predominant at low concentration of hydrogen peroxide. (C) 1997 Elsevier Science B.V.

    Web of Science

    researchmap

  • Identification of S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-3-mercaptopyruvic acid with a metabolic intermediate between S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-L-cysteine and S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-3-mercaptolactic acid 査読

    M Kinuta, H Shimizu, N Masuoka, J Ohta, WB Yao, T Ubuka

    AMINO ACIDS   13 ( 2 )   163 - 169   1997年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER VERLAG  

    S-[2-Carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-3-mercaptopyruvic acid (I) was chemically synthesized in 15% yield by incubating a reaction mixture of trans-urocanic acid and 3-fold excess of 3-mercaptopyruvic acid at 45 degrees C for 6 days. The synthesized compound was characterized by fast-atom-bombardment mass spectrometry and high-voltage paper electrophoresis. Compound I was identified with a product of an enzymatic reaction of S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-L-cysteine (II) with rat liver homogenate in a phosphate buffer, pH 7.4. Compound I was degraded to S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-3-mercaptolactic acid (III), a compound previously found in human urine [Kinuta et al. (1994) Biochem J 297: 475-478], by incubation with rat liver homogenate. From these results, we suggest that compound I is a metabolic intermediate for the formation of compound III from compound II. The present pathway follows a formation of compound II from S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]gluthathione [Kinuta et al. (1993) Biochim Biophys Acta 1157: 192-198], a proposed metabolite of L-histidine.

    Web of Science

    researchmap

  • Taurine production in rat primary hepatocytes 査読

    J Ohta, MH Stipanuk

    TAURINE 2   403   69 - 71   1996年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)   出版者・発行元:PLENUM PRESS DIV PLENUM PUBLISHING CORP  

    Web of Science

    researchmap

  • INCREASE IN TISSUE CYSTEINE LEVEL AND EXCRETION OF SULFATE AND TAURINE AFTER INTRAGASTRIC ADMINISTRATION OF L-2-OXOTHIAZOLIDINE-4-CARBOXYLATE IN RATS 査読

    S YAMADA, T ABE, J OHTA, N MASUOKA, T UBUKA

    AMINO ACIDS   8 ( 1 )   37 - 45   1995年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SPRINGER VERLAG  

    Five mmol of L-2-oxothiazolidine-4-carboxylate (OTC)/kg of body weight was administered into the stomach of rats, and cysteine levels in tissues and sulfate and taurine excreted in the urine were determined. The cysteine (plus cystine expressed as cysteine) concentration in the liver increased to 170-200% of the original level at 30 min and that in the blood to 160% at 60 min after the OTC administration. These high levels were maintained until 8 h after the administration and decreased gradually thereafter. Excretion of sulfate and taurine increased after the OTC administration and the increase corresponded to 26% and 15%, respectively, of the OTC administered. These findings suggest that at least about 40% of the OTC administered into the stomach was taken up and converted to cysteine, which was metabolized to sulfate and taurine.

    Web of Science

    researchmap

  • HIGH-PERFORMANCE LIQUID-CHROMATOGRAPHIC DETERMINATION OF TAURINE AND HYPOTAURINE USING 3,5-DINITROBENZOYL CHLORIDE AS DERIVATIZING REAGENT 査読

    N MASUOKA, K YAO, M KINUTA, J OHTA, M WAKIMOTO, T UBUKA

    JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY B-BIOMEDICAL APPLICATIONS   660 ( 1 )   31 - 35   1994年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BV  

    A method for the determination of taurine and hypotaurine in biological samples involving the preparation of their 3,5-dinitrobenzoyl derivatives followed by HPLC was established. Taurine and hypotaurine in aqueous media were reacted with 3,5-dinitrobenzoyl chloride in the presence of triethylamine to prepare 3,5-dinitrobenzoyl derivatives. These derivatives were separated on a C-18 reversed-phase column and detected by recording the absorbance at 254 nm. Derivatives of taurine and hypotaurine were obtained in yields of 91.4 +/- 3.3 and 85.6 +/- 2.6%, respectively. The calibration graphs for taurine and hypotaurine were linear between 2.5 and 500 mu M with correlation coefficients of 0.999. The method was applied to the determination of taurine and hypotaurine in human and rat urine and blood and in rat liver and heart.

    Web of Science

    researchmap

  • Inhibition of sulfate-forming activity in rat liver mitochondria by (aminooxy)acetate 査読

    T. Teraoka, J. Ohta, T. Abe, H. Inoue, T. Ubuka

    Amino Acids   5 ( 2 )   245 - 251   1993年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer-Verlag  

    The effect of (aminooxy)acetate, an inhibitor of aminotransferases, on the sulfate formation from l-cysteine and l-cysteinesulfinate in rat liver mitochondria was studied. Incubation of 10 mM l-cysteine with rat liver mitochondria at 37°C in the presence of 10 mM 2-oxoglutarate and 10 mM glutathione resulted in the formation of 4.60 and 1.52 μmol of sulfate and thiosulfate, respectively, per 60 min per mitochondria obtained from 1 g of liver. Under the same conditions sulfate formation from l-cysteinesulfinate was 24.96 μmol, but thiosulfate was not formed. The addition of (aminooxy)acetate at 2 mM or more completely inhibited the sulfate and thiosulfate formation from l-cysteine and the sulfate formation from l-cysteinesulfinate. These findings support our previous conclusion that cysteine transamination and 3-mercaptopyruvate pathway (MP pathway) are involved in the sulfate formation from l-cysteine in rat liver mitochondria (Ubuka et al., 1992). © 1993 Springer-Verlag.

    DOI: 10.1007/BF00805987

    Scopus

    researchmap

  • ASSAY OF SIALIDASE ACTIVITY USING ION-EXCHANGE CHROMATOGRAPHY AND ACIDIC NINHYDRIN REACTION 査読

    K YAO, T UBUKA, N MASUOKA, M KINUTA, J OHTA, T TERAOKA, S FUTANI

    JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY-BIOMEDICAL APPLICATIONS   581 ( 1 )   11 - 15   1992年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BV  

    A new assay method for sialidase (EC 3.2.1.18) activity using ion-exchange chromatography and acidic ninhydrin reaction has been developed. Fetuin, 4-methylumbelliferyl-N-acetylneuraminic acid (MUB-NANA), gangliosides and N-acetylneuramin-lactose were examined as substrates. Free sialic acid liberated from these substrates by sialidase reaction was isolated with a Dowex 1-X8 column (trifluoroacetate form, 1.5 cm x 0.5 cm I.D.) and determined by acidic ninhydrin reaction. Among the substrates tested. MUB-NANA was the best in the present method. N-Acetylneuramin-lactose could not be used as the substrate, because it was not separated from liberated sialic acid under the conditions used. The recovery of N-acetylneuraminic acid was above 88%, and the sensitivity of the method was 20 nmol in 300 mul of the reaction mixture. The method was applied to the sialidase assay during its purification from rat skeletal muscle, and a Michaelis constant of 1.15 mM was obtained with MUB-NANA as the substrate. The method using the acidic ninhydrin reaction was simple and exhibited good reproducibility.

    Web of Science

    researchmap

  • l-Cysteine metabolism via 3-mercaptopyruvate pathway and sulfate formation in rat liver mitochondria 査読

    T. Ubuka, J. Ohta, W. B. Yao, T. Abe, T. Teraoka, Y. Kurozumi

    Amino Acids   2 ( 1-2 )   143 - 155   1992年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer-Verlag  

    We have studied the 3-mercaptopyruvate pathway (transamination pathway) of l-cysteine metabolism in rat liver mitochondria. l-Cysteine and other substrates at 10 mM concentration were incubated with mitochondrial fraction at pH 8.4, and sulfate and thiosulfate were determined by ion chromatography. When l-cysteine alone was incubated, sulfate formed was 0.7 μmol per mitochondria from one g of liver per 60 min. Addition of 2-oxoglutarate and GSH resulted in more than 3-fold increase in sulfate formation, and thiosulfate was formed besides sulfate. The sum (A + 2B) of sulfate (A) and thiosulfate (B) formed was approximately 7-times that with l-cysteine alone. Incubation with 3-mercaptopyruvate resulted in sulfate and thiosulfate formation, and sulfate was formed with thiosulfate. These reactions were stimulated with glutathione. Sulfate formation from l-cysteinesulfinate and 2-oxoglutarate was not enhanced by glutathione and thiosulfate was not formed. These findings indicate that l-cysteine was metabolized and sulfate was formed through 3-mercaptopyruvate pathway in mitochondria. © 1992 Springer-Verlag.

    DOI: 10.1007/BF00806085

    Scopus

    researchmap

  • CHEMICAL S-THIOLATION OF REDUCED RIBONUCLEASE-A WITH GLUTATHIONE AND CYSTEINE 査読

    T UBUKA, J OHTA, N MASUOKA, T ABE, T TERAOKA, WB YAO, YQ CHAO

    FRONTIERS AND NEW HORIZONS IN AMINO ACID RESEARCH   595 - 598   1992年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)   出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE PUBL B V  

    Web of Science

    researchmap

  • S-[2-Carboxy-1-(1 H-imidazol-4-yl)ethyl]cysteine in normal human urine 査読

    M. Kinuta, N. Masuoka, K. Yao, J. Ohta, S. Yoshida, S. Futani, T. Ubuka

    Amino Acids   1 ( 2 )   259 - 262   1991年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer-Verlag  

    A compound, which had the same mobility on a high-voltage paper electrophoretogram and the same RF value on a thin-layer chromatogram as those of S-[2-carboxy-1-(1 H-imidazol-4-yl)ethyl]cysteine (I), was partially purified from human urine by ion-exchange column chromatography. The compound gave a signal at m/z 260 on its FAB mass spectrum, which was assigned as MH+ of compound I. These results suggest that the urinary compound is compound I and it is a physiological precursor of 3-[(carboxymethyl)thio]-3-(1 H-imidazol-4-yl)propanoic acid [Kinuta et al., (1991) Biochem J 275: 617-621]. © 1991 Springer-Verlag.

    DOI: 10.1007/BF00806924

    Scopus

    researchmap

  • ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF 3-[(CARBOXYMETHYL)THIO]-3-(1H-IMIDAZOL-4-YL)PROPANOIC ACID FROM HUMAN URINE AND PREPARATION OF ITS PROPOSED PRECURSOR, S-[2-CARBOXY-1-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ETHYL]CYSTEINE 査読

    M KINUTA, K YAO, N MASUOKA, J OHTA, T TERAOKA, T UBUKA

    BIOCHEMICAL JOURNAL   275   617 - 621   1991年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PORTLAND PRESS  

    3-[(Carboxymethyl)thio]-3-(1 H-imidazol-4-yl)propanoic acid (I) was isolated from healthy human urine by using ion-exchange column chromatography, and characterized by physicochemical analysis involving i.r., m.s. and n.m.r. spectrometrices as well as chemical synthesis. The urinary content was 0.04-0.07-mu-mol/l. Compound (I) was synthesized by the addition of mercaptoacetic acid to urocanic acid. In order to establish the origin of the compound, S-[2-carboxyl-(1 H-imidazol-4-yl)ethyl]cysteine (II) and S-[2-carboxy-1-(1 H-imidazol-4-yl)ethyl]glutathione (III) were produced by similar reactions of urocanic acid with cysteine and GSH respectively. The yield of compound (II) was markedly increased by sunlight irradiation of the reaction mixture or by the use of cis-urocanic acid rather than the trans isomer. Incubation of compound (II) with rat liver homogenate in a phosphate buffer, pH 7.40, formed a major and some minor products of enzymic degradation, one of which was identified with compound (I). Exposure of rats to the sunlight for 2 days resulted in increase of the epidermal content of trans-urocanic acid from the normal value of 0.38 to 1.70-mu-g/mg wet wt. of skin, accompanied by formation de novo of the epidermal cis isomer. After sunlight irradiation, the content of the trans isomer decreased at a constant rate of 0.03-mu-g/mg wet wt. of skin per day, whereas the cis isomer was eliminated more quickly, having a phase of rapid decrease in the early period. From these results we suggest that compound (I) may participate in the metabolism of urocanic acid and natural thiol compounds such as cysteine and GSH.

    Web of Science

    researchmap

  • FORMATION OF SULFATE FROM L-CYSTEINE IN RAT-LIVER MITOCHONDRIA 査読

    T UBUKA, S YUASA, J OHTA, N MASUOKA, K YAO, M KINUTA

    ACTA MEDICA OKAYAMA   44 ( 2 )   55 - 64   1990年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OKAYAMA UNIV MED SCHOOL  

    Web of Science

    researchmap

  • VISUALIZATION OF SIALOGLYCOPROTEINS IN POLYACRYLAMIDE GELS BY ACIDIC NINHYDRIN REACTION 査読

    K YAO, T UBUKA, N MASUOKA, M KINUTA, J OHTA, K ISHINO

    ACTA MEDICA OKAYAMA   44 ( 2 )   65 - 70   1990年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OKAYAMA UNIV MED SCHOOL  

    Web of Science

    researchmap

  • REDUCTION OF 3-MERCAPTOPYRUVATE IN RAT-LIVER IS CATALYZED BY LACTATE-DEHYDROGENASE 査読

    J OHTA, T UBUKA

    ACTA MEDICA OKAYAMA   43 ( 2 )   89 - 95   1989年4月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OKAYAMA UNIV MED SCHOOL  

    DOI: 10.18926/AMO/30871

    Web of Science

    researchmap

▼全件表示

書籍等出版物

  • IMAC, Inter- and Intra-Metabolite Atom-level Connectivity Database (2003-)

    2003年からインターネット上に公開しているデータベースである。随時データを更新追加している。  2003年 

     詳細を見る

  • Taurine production in rat primary hepatocytes

    Jun Ohta, Martha Stipanuk( 担当: 共著 ,  範囲: pp.69-71)

    Advances in experimental medicine and biology, vol. 403 Taurine2 : basic and clinical aspects, Plenum Press  1996年 

     詳細を見る

MISC

  • Stoichiometric Metabolic-Network Generation from Given Metabolites 査読

    Jun Ohta

    The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics   P064-1-P064-2   2008年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • A Strategy for Metabolic Pathway Prediction: Generation of Metabolic Networks by Network Expansion 査読

    Jun Ohta

    The Proceedings of the 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics   P018-1-P018-2   2007年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • Visualization of Metabolic Networks as Networks of Atoms by Pajek: An Application of Connectivity Matrix Method 査読

    Jun Ohta

    Genome Informatics, Volume 17 Poster and Software demonstrations, 17th International Conference on Genome Informatics   P146   2006年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • 原子のネットワークとしての代謝ネットワークと社会的ネットワークの類似性について 自分が原子になったと考えてみる

    太田潤

    日本ソフトウェア科学会研究会資料 JWEIN2006 講演論文集   2006年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Theoretical Analysis of Metabolic Networks: Attempt to Express Topological Position of Individual Atoms in a Given Network 査読

    Jun Ohta

    16th International Conference on Genome InformaticsPoster and Software demonstrations   2005年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • Toward Complete Structural Analyses of Metabolic Networks: Prototype Data Format for Describing Both Inter- and Intra-Metabolite Atom-level Connectivities

    Ohta J

    Proceedings for 5th International Conference on Systems Biology   141-141   2004年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • Data Format for Computational Analysis of Intermetabolite Atom-level Connectivity in Metabolic Networks

    Ohta J

    Molecular & Cellular Proteomics   2,9,830-830   2003年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者  

    researchmap

  • タンパク質の立体構造情報の活用:複雑な条件を満たすタンパク質構成原子の列挙

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2023-BIO-73 ( 23 )   1 - 1   2023年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Single-atom tracingにより算出される原子レベル経路を与える代謝フラックスについて

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2022-BIO-72 ( 9 )   1 - 1   2022年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝マップと代謝経路図が表現するもの

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2022-BIO-71 ( 4 )   1 - 1   2022年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • COVID-19感染者間の関係のPajekによる可視化

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2021-BIO-67 ( 5 )   1 - 1   2021年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • 糖質代謝モデルネットワーク上のsingle-atom tracingによる経路計算と経路選択

    太田 潤

    情報処理学会研究報告   2018-BIO-53 ( 6 )   1 - 6   2018年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    researchmap

  • Strategy for Exploring Metabolic Pathways: Generation of Hypothetical Metabolic Network. 査読

    Ohta J

    J Comput Sci Syst Biol   8 ( 1 )   55 - 58   2015年

     詳細を見る

  • Attempt of stoichiometric extension of amino acid metabolism-related model metabolic network

    Jun Ohta

    AMINO ACIDS   37 ( 1 )   95 - 95   2009年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:SPRINGER WIEN  

    Web of Science

    researchmap

  • IMAC, Inter- And Intra-Metabolite Atom-Level Connectivity Database

    Jun Ohta

    IFMBE (ISSN 1727-1983, ISBN 3-540-36839-6 Springer Berlin Heidelberg New York)   Volume 14, 4131-4131   2006年

     詳細を見る

  • A new dipeptide, O-phosphoserylethanolamine isolated from Agkistroden blomhoffi (mamushi) 査読

    N Masuoka, JY Zhang, L Partoo, J Ohta, K Sasaki, H Ebinuma, H Kodama

    ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS   407 ( 2 )   184 - 188   2002年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   出版者・発行元:ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE  

    A new dipeptide was isolated from several tissues of Agkistroden blomhoffi (mamushi: a venomous snake in Japan), using ion-exchange resins and thin-layer chromatography. It was identified as O-phosphoserylethanolamine by mass spectrometry and comparison with synthetic compounds using several methods. This compound was contained in several mamushi tissues including the liver, heart, brain, bile, and muscle. The concentrations of O-phosphoserylethanolamine in the liver, brain, muscle, skin, heart, and bile were 7.17 +/- 3.11, 16.98 +/- 4.25, 37.37 +/- 7.88, 37.56 +/- 8.97, 23.93 +/- 6.11, and 22.21 +/- 5.76 mumol/g, respectively. (C) 2002 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

    DOI: 10.1016/S0003-9861(02)00485-X

    Web of Science

    researchmap

  • Cdk5/p35 regulates neurotransmitter release through phosphorylation and downregulation of P/Q-type voltage-dependent calcium channel activity 査読

    K Tomizawa, J Ohta, M Matsushita, A Moriwaki, ST Li, K Takei, H Matsui

    JOURNAL OF NEUROSCIENCE   22 ( 7 )   2590 - 2597   2002年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   出版者・発行元:SOC NEUROSCIENCE  

    Cyclin-dependent kinase 5 (Cdk5) is a proline-directed serine/ threonine kinase with close structural homology to the mitotic Cdks. The complex of Cdk5 and p35, the neuron-specific regulatory subunit of Cdk5, plays important roles in brain development, such as neuronal migration and neurite outgrowth. Moreover, Cdk5 is thought to be involved in the promotion of neurodegeneration in Alzheimer's disease.
    Cdk5 is abundant in mature neurons; however, its physiological functions in the adult brain are unknown. Here we show that Cdk5/p35 regulates neurotransmitter release in the presynaptic terminal. Both Cdk5 and p35 were abundant in the synaptosomes. Roscovitine, a specific inhibitor of Cdk5 in neurons, induced neurotransmitter release from the synaptosomes in response to membrane depolarization and enhanced the EPSP slopes in rat hippocampal slices. The electrophysiological study using each specific inhibitor of the voltage-dependent calcium channels (VDCCs) and calcium imaging revealed that roscovitine enhanced Ca2+ influx from the P/Q-type VDCC. Moreover, Cdk5/p25 phosphorylated the intracellular loop connecting domains II and III (LII-III) between amino acid residues 724 and 981 of isoforms cloned from rat brain of the alpha(1A) subunit of P/Q-type Ca2+ channels. The phosphorylation inhibited the interaction of LII-III with SNAP-25 and synaptotagmin I, which were plasma membrane soluble N-ethylmaleimide- sensitive factor attachment protein (SNAP) receptor (SNARE) proteins and were required for efficient neurotransmitter release. These results strongly suggest that Cdk5/p35 inhibits neurotransmitter release through the phosphorylation of P/Q-type VDCC and downregulation of the channel activity.

    Web of Science

    researchmap

  • Determination of S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]glutathione, a novel metabolite of L-histidine, in tissue extracts from sunlight-irradiated rat by capillary electrophoresis 査読

    M Kinuta, J Ohta, H Yamada, K Kinuta, T Abe, SA Li, A Otsuka, A Nakanishi, K Takei

    ELECTROPHORESIS   22 ( 16 )   3365 - 3370   2001年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   出版者・発行元:WILEY-V C H VERLAG GMBH  

    Exposure of the skin to sunlight results in an increase in the content of epidermal Urocanic acid, a key metabolite Of L-histidine, and some portions of the metabolite penetrate into the body fluid. S-[2-Carboxy-1 -(1H-imidazol-4-yl)ethyl]glutathione (GS(CIE)), an adduct of glutathione and urocanic acid, was proposed to be an origin of a urinary compound, S-[2-carboxy-1-(1H-imidazol-4-yl)ethyl]-L-cysteine (Cys(CIE)). Various catabolites of Cys(CIE) were also isolated from human urine previously. However, no direct evidence to show the existence of GS(CIE) as a biological material had been found. By using capillary electrophoresis, the glutathione adduct has now been found in the extracts of rat tissues from the kidney, liver, skin and blood when the rat was kept under conditions of sunlight irradiation after the fur on the dorsal skin had been clipped. On the other hand, no or a trace of GS(CIE) was determined in rat tissue extracts when the animal was kept indoor in usual manner. The glutathione adduct was isolated from the kidney extract of the sunlight-irradiated rat using ion-exchangers and high-voltage paper electrophoresis, and determined by fast-atom-bombardment mass spectrometry. These results indicate that GS(CIE) formation actually occurs in the body and that the formation is accelerated by exposing the rat to sunlight irradiation. From these findings, we propose an alternative pathway of histidine metabolism which is initiated by the adduction of urocanic acid to glutathione to form GS(CIE) and terminates with the formation of the urinary compounds via Cys(CIE).

    DOI: 10.1002/1522-2683(200109)22:16<3365::AID-ELPS3365>3.0.CO;2-M

    Web of Science

    researchmap

  • Reciprocal regulation of cysteine dioxygenase (CDO) and gamma-glutamylcysteine synthetase (gamma GCS) in rat hepatocytes.

    YH Kwon, DL Bella, J Ohta, MH Stipanuk

    FASEB JOURNAL   10 ( 3 )   2724 - 2724   1996年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:FEDERATION AMER SOC EXP BIOL  

    Web of Science

    researchmap

▼全件表示

講演・口頭発表等

  • Single-atom tracingにより算出される代謝経路の収支の計算

    太田 潤

    情報処理学会「第75回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2023年9月6日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年9月6日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Single-atom tracingにより算出される原子レベル経路を与える代謝フラックスについて

    太田 潤

    情報処理学会「第72回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2022年11月29日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年11月29日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝マップと代謝経路図が表現するもの

    太田 潤

    情報処理学会「第71回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2022年9月12日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月12日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 化学量論に基づく代謝経路の探索

    太田 潤

    情報処理学会「第70回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2022年6月29日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年6月27日 - 2022年6月29日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • COVID-19感染者間の関係のPajekによる可視化

    太田 潤

    情報処理学会「第67回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Pajekを使う

    太田 潤

    第25回オープンバイオ研究会  2021年3月13日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月13日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける原子レベル経路の活性比率:半定量的活性比率と定量的活性比率

    太田 潤

    情報処理学会「第77回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2024年3月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2024年3月7日 - 2024年3月8日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Single-atom tracingにより算出される代謝経路の活性比率

    太田 潤

    情報処理学会「第76回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2023年11月29日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年11月29日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • タンパク質の立体構造情報の活用:複数の座標条件のそれぞれを満たすタンパク質構成原子の列挙

    太田 潤

    第27回オープンバイオ研究会  2023年3月11日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年3月11日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • タンパク質の立体構造情報の活用:複雑な条件を満たすタンパク質構成原子の列挙

    太田 潤

    情報処理学会「第73回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2023年3月9日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年3月9日 - 2023年3月10日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造における非分岐直鎖部分構造

    太田 潤

    情報処理学会「第69回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2022年3月10日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年3月10日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Calvin-Benson回路の反応によるリブロース1,5-ビスリン酸新規生成:Rubiscoを6回利用する原子レベル経路

    太田 潤

    第16回日本ゲノム微生物学会年会  2022年3月2日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年3月2日 - 2022年3月4日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Calvin-Benson回路の"transaldolase variant"によるglyceraldehyde 3-phosphate生成の原子レベル経路

    太田 潤

    第44回日本分子生物学会年会  2021年12月2日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年12月1日 - 2021年12月3日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造variantの対称性の数

    太田 潤

    情報処理学会「第68回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2021年11月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年11月30日

    researchmap

  • 原子レベル情報を用いることなく、解糖系とペントースリン酸経路の非酸化的反応によりグルコースからリボース5-リン酸が生成する経路を列挙する

    太田 潤

    第94回日本生化学会大会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年11月3日 - 2021年11月5日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Elementary flux mode型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショットとしての化学量論的な代謝ネットワーク構造

    太田 潤

    情報処理学会「第66回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2021年6月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年6月30日

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定のためのアルゴリズムの最適化

    太田 潤

    情報処理学会「第65回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2021年3月11日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月11日

    researchmap

  • Calvin-Benson回路の反応によるCO2からのリブロース1,5-ビスリン酸新規生成の原子レベル経路

    太田 潤

    第15回日本ゲノム微生物学会年会  2021年3月4日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月4日 - 2021年3月6日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定の高速化

    太田 潤

    情報処理学会「第64回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2020年12月7日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年12月7日

    researchmap

  • ペントースリン酸経路の非酸化的反応による解糖系代謝産物からのリボース5-リン酸生成経路の複雑性

    太田 潤

    第43回日本分子生物学会年会  2020年12月2日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年12月2日 - 2020年12月4日

    記述言語:英語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造算出の高速化

    太田 潤

    情報処理学会「第63回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2020年9月4日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年9月4日

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造の算出

    太田 潤

    情報処理学会「第62回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2020年6月29日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年6月29日

    researchmap

  • 原子レベル情報を用いる化学量論的に釣り合った生合成代謝経路算出

    太田 潤

    第61回日本生化学会中国・四国支部例会  2020年6月10日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年5月23日 - 2020年7月

    researchmap

  • 生命科学系公共データベースによる実習を立案した経験

    太田 潤

    第24回オープンバイオ研究会  2020年3月14日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年3月14日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 合流する生合成代謝経路の算出

    太田 潤

    第70回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)  2020年3月13日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年3月13日

    researchmap

  • 対称性のある代謝産物を通るelementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピング

    太田 潤

    情報処理学会「第61回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2020年3月13日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年3月12日 - 2020年3月13日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 化学量論的に釣り合った生合成代謝経路の原子レベルマッピング:その応用

    太田 潤

    第14回日本ゲノム微生物学会年会  2020年3月7日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年3月6日 - 2020年3月8日

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 原子レベル情報を用いる、解糖系とペントースリン酸経路の非酸化的反応によりグルコースからリボース5-リン酸を生成する経路の列挙

    太田 潤

    第93回日本生化学会大会  2020年9月16日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Elementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピングの高速化

    太田 潤

    情報処理学会「第60回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2019年12月2日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • ペントースリン酸経路反応による非酸化的リボース5-リン酸生成のための原子レベル経路

    太田 潤

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおけるelementary flux mode型経路の完全原子レベルマッピング

    太田 潤

    情報処理学会「第59回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2019年9月8日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Acetyl-CoAのacetyl部分の炭素原子のin silicoモデル糖質代謝ネットワーク内の代謝産物への取込

    太田 潤

    第92回日本生化学会大会  2019年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 糖質代謝モデルネットワークにおけるグルコースの酸素原子の二酸化炭素への経路

    澤江誠吾, 太田潤

    第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)  2019年9月 

     詳細を見る

    記述言語:英語  

    researchmap

  • Transketolase-like protein 1の代謝機能に関する13C代謝フラックス解析によるエビデンスの検討

    太田 潤

    第7回がんと代謝研究会  2019年8月2日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける原子レベル完全生合成経路の算出

    太田 潤

    情報処理学会「第58回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2019年6月19日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • In silico 糖質代謝モデルネットワークにおける acetyl-CoA の acetyl部分の炭素のグルコースへのグルコース非産生的取込

    太田 潤

    第60回日本生化学会 中国・四国支部例会  2019年5月18日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • ノードの二項関係リストから所属ネットワーク別のノードリストを作成する

    太田 潤

    第23回オープンバイオ研究会  2019年3月10日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • “原子=人”とみてみることから垣間見える代謝ネットワークと社会的ネットワークの比喩的類似性

    太田 潤

    第68回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)  2019年3月9日 

     詳細を見る

    会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおけるisotopomer分布シミュレーションの収束性

    太田 潤

    情報処理学会「第57回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2019年3月8日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • メタノール利用反応を含む 糖質代謝モデルネットワークにおける メタノールからのグルコース完全合成

    太田 潤

    第13回日本ゲノム微生物学会年会  2019年3月6日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 代謝ネットワーク:特定原料代謝産物からの目的代謝産物完全合成の可能性

    太田 潤

    JSBi九州地域部会セミナー@福岡市  2018年12月17日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおける同位体分布の経時変化シミュレーション

    太田 潤

    情報処理学会「第56回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2018年12月14日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 糖質代謝モデルネットワークにおけるアセチルCoAのアセチル部分の炭素のグルコースへの取込について

    太田 潤

    第41回日本分子生物学会年会  2018年11月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • EMU tracing: 与えられた代謝ネットワークにより原料elementary metabolite unit (EMU)から生成し得る代謝産物EMUの列挙

    太田 潤

    情報処理学会「第55回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2018年9月18日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Isotopomer tracingによる、メタノール利用反応を含む糖質代謝モデルネットワークにおけるメタノールからのグルコース完全合成の経路の検討

    太田 潤

    第91回日本生化学会大会  2018年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Octave/Matlab上での生化学反応のbrute force生成の試み-4本の結合が切断される場合について

    大槻和平, 太田潤

    第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)  2018年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Isotopomer tracing: 与えられた代謝ネットワークにより原料isotopomerから生成し得るisotopomerの列挙

    太田 潤

    情報処理学会「第54回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2018年6月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 代謝ネットワークのsingle-atom tracingにより計算される経路の働きの指標について

    太田 潤

    JSBi九州地域部会セミナー鹿児島2018  2018年5月25日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 糖質代謝のモデルネットワークにおける原子レベルの経路の算出と化学量論収支計算

    太田 潤

    第72回日本栄養・食糧学会大会  2018年5月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 生物ネットワーク情報の行列表現について

    太田 潤

    第22回オープンバイオ研究会  2018年3月9日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 新代謝経路発見のための仮想代謝ネットワーク生成について

    太田 潤

    第65回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)  2018年3月8日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • メタノール利用反応を含む糖質代謝モデルネットワークにおけるメタノールからグルコースへの経路の検討

    太田 潤

    第12回日本ゲノム微生物学会年会  2018年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 糖質代謝モデルネットワーク上のsingle-atom tracingによる経路計算と経路選択

    太田 潤

    情報処理学会「第53回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」  2018年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Generation of hypothetical reactions from a set of metabolites based on stoichiometry

    太田 潤

    APBC 2018(The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference)  2018年1月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Atom Mapping MatrixとConnectivity matrixの相互変換

    太田 潤

    ConBio2017 2017年度生命科学系学会合同年次大会(第40回日本分子生物学会年会・第90回日本生化学会大会)  2017年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 代謝ネットワークのsingle-atom tracingにより計算される経路の生化学的意味について

    太田 潤

    日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)九州地域部会セミナー @宮崎  2017年10月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 代謝ネットワーク:原子ネットワーク構造と化学結合間のつながりによるネットワーク構造

    太田 潤

    JSBi 九州地域部会セミナー2017  2017年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • 酵母においてプロパルギルグリシンから生成するγ-グルタミルプロパルギルグリシンのプロパルギルグリシン部分の立体配置

    太田 潤

    第39回日本分子生物学会年会  2016年11月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 仮想代謝ネットワークの分類

    太田 潤

    第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会  2015年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 糖質代謝のモデルネットワーク中のグルコースの炭素原子間のatomic tracing

    太田 潤

    第37回日本分子生物学会年会  2014年11月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Toward Manipulating Biochemical Reactions on Octave/Matlab

    HYODO Yuki, OHTA Jun

    Metabolomics 2014: The 10th International Conference of the Metabolomics Society  2014年6月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • IMAC, Inter- And Intra-Metabolite Atom-Level Connectivity Database

    太田 潤

    第85回日本生化学会大会  2012年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 未知代謝経路予測のための仮想代謝ネットワーク生成に関する研究

    太田 潤

    第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会  2010年12月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Attempt of stoichiometric extension of amino acid metabolism-related model metabolic network

    太田 潤

    11th International Congress on Amino Acids, Peptides and Proteins  2009年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語  

    researchmap

  • 代謝ネットワークを原子ネットワークとみる考え方から“合成的”代謝ネットワーク研究へ

    太田 潤

    第9回日本蛋白質科学会年会  2009年5月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • 新代謝経路探索のための化学量論的代謝ネットワーク拡張

    太田 潤

    第3回日本ゲノム微生物学会年会  2009年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • コンピュータ上での生化学反応生成から代謝ネットワーク研究へ

    太田 潤

    JSBi システムバイオロジー研究会  2009年1月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    researchmap

  • Manipulating Biochemical Reactions on Octave/Matlab

    HYODO Yuki, OHTA Jun

    The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008)  2008年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • メタボローム情報とstoichiometryに基づく仮想代謝ネットワーク生成法

    太田 潤

    第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会  2008年12月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Generation of hypothetical metabolic networks for pathway prediction

    OHTA Jun

    2008年CBI学会, Chem-Bio Informatics Society  2008年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 代謝ネットワークを原子ネットワークとみる考え方とそのポテンシャルについて

    太田 潤

    高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第7回連携研究会  2008年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Strategy for exploring new metabolic pathways: Generation of hypothetical metabolic networks

    OHTA Jun

    IECA2008 (International E. Coli allianace)  2008年9月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Concept of metabolic networks as atom networks and generation of metabolic networks by network expansion

    OHTA Jun

    ICSB2008 (International Conference on Systems Biology)  2008年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 代謝ネットワークにおけるノードの「機能」とネットワーク内での「位置」の関係に関する研究

    太田 潤

    第2回日本ゲノム微生物学会年会  2008年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Metabolic networks as atom networks and balanced reaction pattern

    太田 潤

    第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会  2007年12月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Concept of metabolic networks as atom networks

    OHTA Jun

    Nishinomiya-Yukawa International & Interdisciplinary Symposium 2007, What is Life? Yukawa Institute for Theoretical Physics, Kyoto University  2007年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Visualization of atom network structure of metabolic networks by Pajek

    OHTA Jun

    CBI2007 Proceedings, Quantum Chemistry & Computational Chemistry to Life, Chem-Bio Informatics Society  2007年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • A Strategy for Metabolic Pathway Prediction: Generation of Metabolic Networks Using Balanced Reaction Pattern

    OHTA Jun

    The Seventh International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology  2007年7月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Connectivity matrix method and atom mapping matrices

    OHTA Jun

    Second FEBS Advanced Course on Systems Biology: From Molecules To Life  2007年3月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 生物ネットワーク情報の行列表現とその代謝ネットワークへの応用

    太田 潤

    第1回日本ゲノム微生物学会年会  2007年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Visualization of Metabolic Networks as Networks of Atoms by Pajek: An Application of Connectivity Matrix Method

    OHTA Jun

    The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006)  2006年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Metabolic Networks: Connectivity Matrix-Based Isotopomer Analysis on Matlab/Octave

    OHTA Jun

    The 7th International Conference on Systems Biology  2006年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Attempt to express topological position of individual metabolites in the whole metabolic network of Escherichia coli.

    OHTA Jun

    IECA2006, 3rd International E.Coli Alliance Conference on Systems Biology  2006年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 原子のネットワークとしての代謝ネットワークと社会的ネットワークの類似性について 自分が原子になったと考えてみる

    太田 潤

    日本ソフトウェア科学会 ネットワークが創発する知能研究会 第2回国内ワークショップ  2006年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Connectivity matrix method for analyses of biological networks and its application to atom-level analysis of a model network of carbohydrate metabolism

    OHTA Jun

    12th BTK meeting, Systems Biology: Redefining Biothermokinetics, International Study Group on Systems Biology  2006年9月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • ネットワークを構成するノードの「機能」とネットワーク内での「位置」の関係の研究に向けて

    太田 潤

    日本バイオインフォマティクス学会 システムバイオロジー研究会サテライトミーティング In 秋田  2006年8月31日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • IMAC, Inter- And Intra-Metabolite Atom-Level Connectivity Database

    OHTA Jun

    World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2006  2006年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Connectivity Matrix 法によるネットワーク解析 - 原子レベル代謝ネットワーク解析への応用 -

    太田 潤

    日本バイオインフォマティクス学会・夏の学校  2006年8月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Application of Connectivity Matrix Method to Atom-level Analysis of Metabolic Networks: Calculation of Paths Connecting Two Metabolites

    OHTA Jun

    CBI2006, Integration of Chem-Bio-Pharma Informatics for Rational Drug Development and e-ADMET, Chem-Bio Informatics Society  2006年7月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Atom-level and Metabolite-level Analyses of Metabolic Networks using Matlab and Octave

    OHTA Jun

    20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress  2006年6月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 化学構造を含む原子レベル代謝ネットワーク全構造の記述と解析

    太田 潤

    文部科学省研究費補助金・特定領域研究ゲノム「4領域」第8回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア  2006年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Octave, Matlabを用いる代謝ネットワークの研究

    太田 潤

    日本バイオインフォマティクス学会 第9回システムバイオロジー研究会  2006年1月18日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Theoretical Analysis of Metabolic Networks: Attempt to Express Topological Position of Individual Atoms in a Given Network

    OHTA Jun

    The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW2005)  2005年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Development of "connectivity matrix" method for theoretical analyses of metabolic networks

    OHTA Jun

    第78回日本生化学会大会  2005年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 数値計算ソフトOctave/Matlabを用いる原子レベルでの代謝ネットワークの研究

    太田 潤

    第一回 プロテイン・インフォマティクスワークショップ in 九州  2005年10月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • "Connectivity Matrix" Method: Analysis of Metabolic Networks on GNU Octave/Matlab

    OHTA Jun

    SYMBIONIC COURSE 2005: Methods, Data Handling and Standards in Neuronal Systems Biology  2005年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • ネットワーク構造の記述法の開発

    太田 潤

    日本バイオインフォマティクス学会・夏の学校  2005年8月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Matlab/GNU Octave as a Platform for Analyses of Metabolic Networks

    OHTA Jun

    CBI学会2005年大会, Chem-Bio Informatics in the Post-Genome Era, Chem-Bio Informatics Society  2005年8月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • "Connectivity matrix" method for theoretical analyses of metabolic networks

    OHTA Jun

    Metabolomics 2005, The First Annual Meeting of the Metabolomics Society  2005年6月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Connectivity matrix for describing all the atom-level connectivities in a given metabolic network and its use for analysis of the network structure

    OHTA Jun

    First FEBS Advanced Course on Systems Biology: From Molecules & Modeling To Cells  2005年3月 

     詳細を見る

    記述言語:英語  

    researchmap

  • Metabolic Networks: Use of Matrix Expression for Structural Analyses

    OHTA Jun

    第27回日本分子生物学会年会  2004年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Atom-level Analysis of Metabolic Networks Consisting of Multiple Compartments

    OHTA Jun

    第77回日本生化学会大会  2004年10月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • Toward Complete Structural Analyses of Metabolic Networks: Prototype Data Format for Describing Both Inter- and Intra-Metabolite Atom-level Connectivities

    OHTA Jun

    5th International Conference on Systems Biology  2004年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Structural analyses of metabolic networks using GNU Octave

    OHTA Jun

    CBI学会2004年大会, New Technologies for Drug Design and Discovery in the Post-Genome Era, Chem-Bio Informatics Society  2004年7月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Atom-level Analysis of Metabolic Networks using GNU Octave and IMAC, A Database of Inter-Metabolite Atom-level Connectivity 招待

    OHTA Jun

    IECA2004, 2nd International E.Coli Alliance Conference on Systems Biology  2004年6月 

     詳細を見る

    記述言語:英語  

    researchmap

  • Intermetabolite atom-level connectivity in metabolic network Pathways from 6 carbon atoms of D-Glucose to CO2 in a model network of carbohydrate metabolism

    OHTA Jun

    第76回日本生化学会大会  2003年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Data Format for Computational Analysis of Intermetabolite Atom-level Connectivity in Metabolic Networks

    OHTA Jun

    HUPO 2nd Annual & IUBMB XIX World Congress  2003年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • A Role of Gamma-Glutamylcysteine Synthetase in Propargylglycine Metabolism

    OHTA Jun

    HUPO 2nd Annual & IUBMB XIX World Congress  2003年10月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 代謝ネットワークの構造解析:Intermetabolite atom-level connectivityを表現するformat

    太田 潤

    CBI2003 情報計算化学生物学会2003年大会  2003年9月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Intermetabolite atom-level connectivity in a model metabolic network of carbohydrate metabolism

    OHTA Jun

    IECA2003, First IECA Conference on Systems Biology of E. Coli  2003年6月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • ラット初代培養肝細胞によるシステイン代謝調節に関する研究

    太田 潤, Young Hye Kwon, Martha, H. Stipanuk

    第44回日本生化学会中国・四国支部例会  2003年5月 

     詳細を見る

    会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

  • プロパルギルグリシン投与ラット肝臓ミトコンドリア内のγ―グルタミルプロパルギルグリシルグリシン

    太田 潤

    第75回日本生化学会大会  2002年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • 赤血球による過酸化水素の分解について 8.ヘモグロビンによる分解

    益岡典芳, 太田潤, 汪達紘, 竹居孝二, 中野琢, 児玉裕敬

    第74回日本生化学会大会  2001年10月 

     詳細を見る

  • 酵母におけるプロパルギルグリシンのγ-グルタミルプロパルギルグリシンへの代謝

    太田 潤

    第74回日本生化学会大会  2001年10月 

     詳細を見る

    会議種別:ポスター発表  

    researchmap

  • Amanita pseudoporphyriaおよびAmanita abruptaに含まれる非タンパク性アミノ酸、プロパルギルグリシンの哺乳動物におけるグルタチオン類似体への代謝

    太田 潤

    平成13年度日本菌学会関東支部年次大会(日本大学薬学部)  2001年4月21日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    researchmap

▼全件表示

Works(作品等)

  • システイン代謝の調節

     詳細を見る

  • プロパルギルグリシンの代謝

     詳細を見る

共同研究・競争的資金等の研究

  • 代謝ネットワークの構造と機能の関係に関する理論的研究

    2002年

    経常研究 

      詳細を見る

    資金種別:競争的資金

    原子レベルの代謝データベースをつくり、代謝ネットワークの構造と機能の関係に関する理論的研究を行っている。

    researchmap

  • 非タンパク性アミノ酸の生化学

    1994年

    経常研究 

      詳細を見る

    資金種別:競争的資金

    researchmap

  • 含硫アミノ酸の生化学

    1985年

    経常研究 

      詳細を見る

    資金種別:競争的資金

    researchmap

 

担当授業科目

  • 生化学 (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2023年度) 集中  - その他

  • 生化学実習 (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学実習 (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学演習 (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学I(演習・実習) (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学I(講義・演習) (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学II(演習・実習) (2023年度) 特別  - その他

  • 生化学II(講義・演習) (2023年度) 特別  - その他

  • 基礎病態演習 (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2022年度) 集中  - その他

  • 生化学・分子医化学実習 (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学実習 (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学I(演習・実習) (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学I(講義・演習) (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学II(演習・実習) (2022年度) 特別  - その他

  • 生化学II(講義・演習) (2022年度) 特別  - その他

  • 基礎病態演習 (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2021年度) 集中  - その他

  • 生化学・分子医化学実習 (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学実習 (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学I(演習・実習) (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学I(講義・演習) (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学II(演習・実習) (2021年度) 特別  - その他

  • 生化学II(講義・演習) (2021年度) 特別  - その他

  • 基礎病態演習 (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学 (2020年度) 集中  - その他

  • 生化学・分子医化学実習 (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学I(演習・実習) (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学I(講義・演習) (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学II(演習・実習) (2020年度) 特別  - その他

  • 生化学II(講義・演習) (2020年度) 特別  - その他

▼全件表示

 

メディア報道

  • 技術の森 代謝について(2) テレビ・ラジオ番組

    RSK山陽放送  RSKラジオ 朝耳らじおGoGo 技術の森  午前7時15分頃から15分間  2023年3月15日

     詳細を見る

    執筆者:本人 

    ラジオ番組に、2日間、それぞれ15分間生出演し、2人のアナウンサーの方々の質問に答える形で代謝について説明した2日目。

    researchmap

  • 技術の森 代謝について(1) テレビ・ラジオ番組

    RSK山陽放送  RSKラジオ 朝耳らじおGoGo 技術の森  午前7時15分頃から15分間  2023年3月8日

     詳細を見る

    執筆者:本人 

    ラジオ番組に、2日間、それぞれ15分間生出演し、2人のアナウンサーの方々の質問に答える形で代謝について説明した1日目。

    researchmap