2022/06/18 更新

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モリタ ミズキ
森田 瑞樹
MORITA Mizuki
所属
ヘルスシステム統合科学学域 教授
職名
教授
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プロフィール

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■ 研究室(生体情報科学): https://www.bilab.jp
■ 岡山大学病院バイオバンク: http://biobank.ccsv.okayama-u.ac.jp
■ ヘルスシステム統合科学研究科: http://www.gisehs.okayama-u.ac.jp

外部リンク

学位

  • 博士 ( 東京大学 )

研究キーワード

  • タンパク質

  • 情報システム

  • 意思決定

  • 医療情報

  • 自然言語処理

  • バイオバンク

  • 生体情報

  • 生体信号処理

  • バイオインフォマティクス

  • バイオマーカー

  • デジタルバイオマーカー

 

論文

  • Initial evaluation of a novel electrocardiography sensor-embedded fabric wear during a full marathon 査読 国際誌

    Daiki Ousaka, Kenta Hirai, Noriko Sakano, Mizuki Morita, Madoka Haruna, Kazuya Hirano, Takahiro Yamane, Akira Teraoka, Kazuo Sanou, Susumu Oozawa, Shingo Kasahara

    Heart and Vessels   37   443 - 450   2022年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s00380-021-01939-3

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  • Multiple cancer type classification by small RNA expression profiles with plasma samples from multiple facilities 査読 国際誌

    Kuno Suzuki, Hideyoshi Igata, Motoki Abe, Yusuke Yamamoto, small RNA based cancer classification project

    Cancer Science   2022年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley  

    DOI: 10.1111/cas.15309

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  • Predicting Anesthetic Infusion Events Using Machine Learning 査読 国際誌

    Naoki Miyaguchi, Koh Takeuchi, Hisashi Kashima, Mizuki Morita, Hiroshi Morimatsu

    Scientific Reports   11   23648   2021年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-021-03112-2

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  • The Data Use Ontology to streamline responsible access to human biomedical datasets 査読 国際共著 国際誌

    Jonathan Lawson, Moran N. Cabili, Giselle Kerry, Tiffany Boughtwood, Adrian Thorogood, Pinar Alper, Sarion R. Bowers, Rebecca R. Boyles, Anthony J. Brookes, Matthew Brush, Tony Burdett, Hayley Clissold, Stacey Donnelly, Stephanie O.M. Dyke, Mallory A. Freeberg, Melissa A. Haendel, Chihiro Hata, Petr Holub, Francis Jeanson, Aina Jene, Minae Kawashima, Shuichi Kawashima, Melissa Konopko, Irene Kyomugisha, Haoyuan Li, Mikael Linden, Laura Lyman Rodriguez, Mizuki Morita, Nicola Mulder, Jean Muller, Satoshi Nagaie, Jamal Nasir, Soichi Ogishima, Vivian Ota Wang, Laura D. Paglione, Ravi N. Pandya, Helen Parkinson, Anthony A. Philippakis, Fabian Prasser, Jordi Rambla, Kathy Reinold, Gregory A. Rushton, Andrea Saltzman, Gary Saunders, Heidi J. Sofia, John D. Spalding, Morris A. Swertz, Ilia Tulchinsky, Esther J. van Enckevort, Susheel Varma, Craig Voisin, Natsuko Yamamoto, Chisato Yamasaki, Lyndon Zass, Jaime M. Guidry Auvil, Tommi H. Nyrönen, Mélanie Courtot

    Cell Genomics   1 ( 2 )   100028 - 100028   2021年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.xgen.2021.100028

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  • Simple Wearable Device to Reduce Stress When Delivering a Speech without Pre-Training 査読 国際誌

    Takahiro Yamane, Yuma Nakadoi, Mina Takagi, Mizuki Morita

    Healthcare Informatics Research   27 ( 3 )   231 - 240   2021年7月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Korean Society of Medical Informatics  

    DOI: 10.4258/hir.2021.27.3.231

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    その他リンク: https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/WOS:000684600200008

  • パンデミックへの備えとしての医療資材の循環備蓄:モデル化とシミュレーション 査読

    森田 瑞樹

    統合科学   1   17 - 20   2021年3月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(大学,研究機関等紀要)  

    感染症の世界的な大流行(パンデミック)が発生すると,マスク,消毒液,個人保護具などの医療資材の需要が平時の生産能力を超えるため,必要量を確保することが一時的に困難になる。このような事態に備えるためには備蓄が必要となる。しかし,パンデミックは発生頻度が低く,いつ発生するか予測できないため,パンデミックの際に備蓄した医療資材が古くなっている可能性がある。本稿では,備蓄した医療資材が消費期限を過ぎることを防ぐ工夫として「循環備蓄(ローリングストック)」を提案し,循環備蓄のモデル化とそれに基づいたシミュレーションを示す。これを,循環備蓄用の倉庫の設計,感染症の流行開始における医療資材の減少のモニタリング,医療資材の生産能力が増強された後の備蓄量の回復過程のモニタリングに適用する例を示す。

    DOI: 10.18926/interdisciplinary/61886

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  • 遠隔での見守りのための機器・サービスの調査と訪問看護での利用を想定した分類 査読

    坂本 年生, 平田 晶奈, 森田 瑞樹

    統合科学   1   47 - 63   2021年3月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(大学,研究機関等紀要)  

    DOI: 10.18926/interdisciplinary/61889

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  • De-identifying free text of Japanese electronic health records 査読 国際誌

    Kohei Kajiyama, Hiromasa Horiguchi, Takashi Okumura, Mizuki Morita, Yoshinobu Kano

    Journal of Biomedical Semantics   11 ( 1 )   11 - 11   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s13326-020-00227-9

    PubMed

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  • DV200 index for assessing RNA integrity in next-generation sequencing 査読 国際誌

    Takehiro Matsubara, Junichi Soh, Mizuki Morita, Takahiro Uwabo, Shuta Tomida, Toshiyoshi Fujiwara, Susumu Kanazawa, Shinichi Toyooka, Akira Hirasawa

    BioMed Research International   2020   9349132   2020年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Hindawi  

    DOI: 10.1155/2020/9349132

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  • Search for Therapeutic Agents for Cardiac Arrest Using a Drug Discovery Tool and Large-Scale Medical Information Database. 査読 国際誌

    Yoshito Zamami, Takahiro Niimura, Toshihiro Koyama, Yuta Shigemi, Yuki Izawa-Ishizawa, Mizuki Morita, Ayako Ohshima, Keisaku Harada, Toru Imai, Hiromi Hagiwara, Naoto Okada, Mitsuhiro Goda, Kenshi Takechi, Masayuki Chuma, Yutaka Kondo, Koichiro Tsuchiya, Shiro Hinotsu, Mitsunobu R Kano, Keisuke Ishizawa

    Frontiers in pharmacology   10   1257 - 1257   2019年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The survival rate of cardiac arrest patients is less than 10%; therefore, development of a therapeutic strategy that improves their prognosis is necessary. Herein, we searched data collected from medical facilities throughout Japan for drugs that improve the survival rate of cardiac arrest patients. Candidate drugs, which could improve the prognosis of cardiac arrest patients, were extracted using "TargetMine," a drug discovery tool. We investigated whether the candidate drugs were among the drugs administered within 1 month after cardiac arrest in data of cardiac arrest cases obtained from the Japan Medical Data Center. Logistic regression analysis was performed, with the explanatory variables being the presence or absence of the administration of those candidate drugs that were administered to ≥10 patients and the objective variable being the "survival discharge." Adjusted odds ratios for survival discharge were calculated using propensity scores for drugs that significantly improved the proportion of survival discharge; the influence of covariates, such as patient background, medical history, and treatment factors, was excluded by the inverse probability-of-treatment weighted method. Using the search strategy, we extracted 165 drugs with vasodilator activity as candidate drugs. Drugs not approved in Japan, oral medicines, and external medicines were excluded. Then, we investigated whether the candidate drugs were administered to the 2,227 cardiac arrest patients included in this study. The results of the logistic regression analysis showed that three (isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine) of seven drugs that were administered to ≥10 patients showed significant association with improvement in the proportion of survival discharge. Further analyses using propensity scores revealed that the adjusted odds ratios for survival discharge for patients administered isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine were 3.35, 5.44, and 4.58, respectively. Thus, it can be suggested that isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine could be novel therapeutic agents for improving the prognosis of cardiac arrest patients.

    DOI: 10.3389/fphar.2019.01257

    PubMed

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  • 市民マラソンでの遠隔モニタリングを用いた安全安心の循環管理

    笠原 真悟, 坂野 紀子, 大澤 晋, 逢坂 大樹, 森田 瑞樹, 珠玖 隆行, 佐能 量雄

    日本遠隔医療学会学術大会プログラム・抄録集   23回   64 - 64   2019年10月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本遠隔医療学会  

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  • バイオバンクでの長期保存生体試料の品質管理標準化のための予備的検討

    山本 英喜, 松原 岳大, 森田 瑞樹, 冨田 秀太, 豊岡 伸一, 平沢 晃

    臨床病理   67 ( 補冊 )   283 - 283   2019年10月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本臨床検査医学会  

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  • Challenges in Building and Maintaining Rare Disease Patient Registries: Results of a Questionnaire Survey in Japan at 2012

    Mizuki Morita, Soichi Ogishima

    medRxiv   19004770   2019年8月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1101/19004770

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  • A new approach to prevent critical cardiac accidents in athletes by real-time electrocardiographic tele-monitoring system: Initial trial in full marathon 査読 国際誌

    Daiki Ousaka, Noriko Sakano, Mizuki Morita, Takayuki Shuku, Kazuo Sanou, Shingo Kasahara, Susumu Oozawa

    Journal of Cardiology Cases   20 ( 1 )   35 - 38   2019年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.jccase.2019.03.008

    PubMed

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  • チームアプローチで実現するゲノム医療と薬剤師の役割 ゲノム医療におけるデータサイエンティストの役割と育成

    冨田 秀太, 森田 瑞樹, 山下 範之, 平沢 晃, 豊岡 伸一

    日本薬学会年会要旨集   139年会 ( 1 )   264 - 264   2019年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  • Tweet Classification Toward Twitter-Based Disease Surveillance: New Data, Methods, and Evaluations 査読 国際誌

    Shoko Wakamiya, Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma, Eiji Aramaki

    Journal of Medical Internet Research   21 ( 2 )   e12783   2019年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2196/12783

    PubMed

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  • 【動き始めたがんゲノム医療 深化と普及のための基礎研究課題】(第3章)倫理・遺伝カウンセリング がんゲノム医療におけるプライバシー保護

    森田 瑞樹, 荻島 創一

    実験医学   36 ( 15 )   2605 - 2610   2018年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(株)羊土社  

    がんゲノム医療およびそのための基礎研究は、患者の臨床データやゲノムデータの解析を伴い、ときにそれは大規模に行われる。データの漏洩やプライバシーの侵害は、患者・家族および社会にとってはもちろん懸案事項であるが、医療や研究に従事する関係者が故意もしくは過失によりそれらを引き起こす可能性もあるため、すべての関係者にかかわる問題である。本稿では、がんゲノム医療におけるプライバシー保護について、法律・指針と技術のそれぞれの面から現状と課題を紹介する。(著者抄録)

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  • 腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を含んだ腫瘍解離細胞(DTC)の保存

    渡邊 元嗣, 高橋 優太, 冨田 秀太, 宗 淳一, 松原 岳大, 難波 圭, 佐藤 博紀, 森田 瑞樹, 枝園 和彦, 山本 寛斉, 鵜殿 平一郎, 豊岡 伸一

    日本がん免疫学会総会プログラム・抄録集   22回   161 - 161   2018年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本がん免疫学会  

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  • Change Detection in Vital Signs Associated with Impending Death for Homecare Patients Using a Pressure-Sensing Mat 査読 国際誌

    Takayuki Shuku, Noriko Sakano, Mizuki Morita, Shingo Kasahara

    European Journal for Biomedical Informatics   14 ( 1 )   52 - 57   2018年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.24105/ejbi.2018.14.1.9

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  • Medical Attitudes Survey for Female Dystrophinopathy Carriers in Japan 査読 国際誌

    Michio Kobayashi, Tomoyuki Hatakeyama, Masatoshi Ishizaki, Katsuhito Adachi, Mizuki Morita, Naohiro Yonemoto, Tsuyoshi Matsumura, Itaru Toyoshima, En Kimura

    Internal Medicine   57 ( 16 )   2325 - 2332   2018年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:JAPAN SOC INTERNAL MEDICINE  

    Objective This study attempted to clarify the current status of female dystrophinopathy carriers, including the numbers of patients, the status of genetic screening, the status of counseling. physicians' understanding. and barriers to registration.Methods We sent out questionnaires to 402 physicians registered in the Remudy dystrophinopathy registry. The total number of responses received was 130 (response rate: 32%).Result In total, 1,212 cases of Duchenne muscular dystrophy, 365 cases of Becker muscular dystrophy, and 132 cases of female dystrophinopathy with a confirmed genetic mutation were encountered, and genetic testing was performed in the mother in 137, 23, and 12 cases, respectively. With respect to the risk of the onset of health problems, 25% of physicians always explained, 29% usually explained, 29% sometimes explained, and 13% never explained the risk to the mothers and female siblings of dystrophinopathy patients. The most common reason for not explaining the risk was a lack of knowledge/information. Thirty-five percent were familiar with the guidelines for testing the heart function of carriers.Conclusion Fewer mothers of dystrophinopathy patients have undergone genetic testing in Japan than in other countries. A significant portion of doctors did not explain the risks of health problems due to a lack of knowledge. We hope this survey will lead to an increased discussion of female dystrophinopathy patients.

    添付ファイル: advpub_0163-17.pdf

    DOI: 10.2169/internalmedicine.0163-17

    Web of Science

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  • Effects of Cold Ischemia on RNA Stability and Quality of Lung Tissues Based on Standard PREanalytical Code Categorization 査読 国際誌

    Takehiro Matsubara, Shuta Tomida, Junichi Soh, Takahiro Uwabo, Yoshiko Mori, Mizuki Morita, Yasutomo Nasu, Susumu Kanazawa, Shinichi Toyooka

    Biopreservation and Biobanking   15 ( 5 )   484 - 486   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:MARY ANN LIEBERT, INC  

    添付ファイル: 17BIO484%組織検体の処理までの時間とRNAの安定性に関する研究(岡大バイオバンク).pdf

    DOI: 10.1089/bio.2017.0076

    Web of Science

    PubMed

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  • MedNLPDoc: Japanese Shared Task for Clinical NLP 査読 国際誌

    Eiji Aramaki, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma, Mizuki Morita

    Proceedings of the Clinical Natural Language Processing Workshop at the 26th International Conference on Computational Linguistics (COLING 2016)   13 - 16   2016年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

    添付ファイル: W16-4203.pdf

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  • バイオリソースと診療情報との結合 収集から連携へ

    美代 賢吾, 小南 亮太, 渡辺 浩, 森田 瑞樹, 荻島 創一, 島貫 秀之

    医療情報学連合大会論文集   36回 ( 1 )   232 - 234   2016年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • Overview of the NTCIR-12 MedNLPDoc Task. 査読

    Eiji Aramaki, Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma

    Proceedings of the 12th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies, National Center of Sciences, Tokyo, Japan, June 7-10, 2016   2016年

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    出版者・発行元:National Institute of Informatics (NII)  

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    その他リンク: http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ntcir/ntcir2016.html#conf/ntcir/AramakiMKO16

  • Antitumor effect of afatinib, as a human epidermal growth factor receptor 2-targeted therapy, in lung cancers harboring HER2 oncogene alterations 査読 国際誌

    Ken Suzawa, Shinichi Toyooka, Masakiyo Sakaguchi, Mizuki Morita, Hiromasa Yamamoto, Shuta Tomida, Tomoaki Ohtsuka, Mototsugu Watanabe, Shinsuke Hashida, Yuho Maki, Junichi Soh, Hiroaki Asano, Kazunori Tsukuda, Shinichiro Miyoshi

    CANCER SCIENCE   107 ( 1 )   45 - 52   2015年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY  

    Human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) is a member of the HER family of proteins containing four receptor tyrosine kinases. It plays an important role in the pathogenesis of certain human cancers. In non-small-cell lung cancer (NSCLC), HER2 amplification or mutations have been reported. However, little is known about the benefit of HER2-targeted therapy for NSCLCs harboring HER2 alterations. In this study, we investigated the antitumor effect of afatinib, an irreversible epidermal growth factor receptor (EGFR)-HER2 dual inhibitor, in lung cancers harboring HER2 oncogene alterations, including novel HER2 mutations in the transmembrane domain, which we recently identified. Normal bronchial epithelial cells, BEAS-2B, ectopically overexpressing wild-type HER2 or mutants (A775insYVMA, G776VC, G776LC, P780insGSP, V659E, and G660D) showed constitutive autophosphorylation of HER2 and activation of downstream signaling. They were sensitive to afatinib, but insensitive to gefitinib. Furthermore, we examined the antitumor activity of afatinib and gefitinib in several NSCLC cell lines, and investigated the association between their genetic alterations and sensitivity to afatinib treatment. In HER2-altered NSCLC cells (H2170, Calu-3, and H1781), afatinib downregulated the phosphorylation of HER2 and EGFR as well as their downstream signaling, and induced an antiproliferative effect through G(1) arrest and apoptotic cell death. In contrast, HER2- or EGFR-non-dependent NSCLC cells were insensitive to afatinib. In addition, these effects were confirmed in vivo by using a xenograft mouse model of HER2-altered lung cancer cells. Our results suggest that afatinib is a therapeutic option as a HER2-targeted therapy for NSCLC harboring HER2 amplification or mutations.

    DOI: 10.1111/cas.12845

    Web of Science

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  • MDP環境モデルを使った心不全臨床データの分析

    城 真範, 森田 瑞樹, 神嶌 敏弘, 橋田 浩一, 赤穂 昭太郎, 麻生 英樹, 荒牧 英治, 興梠 貴英, 合原 一幸, 小室 一成, 永井 良三

    生産研究   67 ( 3 )   281 - 285   2015年5月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.11188/seisankenkyu.67.281

    J-GLOBAL

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  • Implementation of linked data in the life sciences at BioHackathon 2011 査読

    Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Akira R. Kinjo, Mizuki Morita, Yoshinobu Igarashi, Yi-an Chen, Yasumasa Shigemoto, Takatomo Fujisawa, Yukie Akune, Takeo Katoda, Anna Kokubu, Takaaki Mori, Mitsuteru Nakao, Shuichi Kawashima, Shinobu Okamoto, Toshiaki Katayama, Soichi Ogishima

    Journal of Biomedical Semantics   6   3   2015年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BMC  

    Background: Linked Data has gained some attention recently in the life sciences as an effective way to provide and share data. As a part of the Semantic Web, data are linked so that a person or machine can explore the web of data. Resource Description Framework (RDF) is the standard means of implementing Linked Data. In the process of generating RDF data, not only are data simply linked to one another, the links themselves are characterized by ontologies, thereby allowing the types of links to be distinguished. Although there is a high labor cost to define an ontology for data providers, the merit lies in the higher level of interoperability with data analysis and visualization software. This increase in interoperability facilitates the multi-faceted retrieval of data, and the appropriate data can be quickly extracted and visualized. Such retrieval is usually performed using the SPARQL (SPARQL Protocol and RDF Query Language) query language, which is used to query RDF data stores. For the database provider, such interoperability will surely lead to an increase in the number of users.Results: This manuscript describes the experiences and discussions shared among participants of the week-long BioHackathon 2011 who went through the development of RDF representations of their own data and developed specific RDF and SPARQL use cases. Advice regarding considerations to take when developing RDF representations of their data are provided for bioinformaticians considering making data available and interoperable.Conclusions: Participants of the BioHackathon 2011 were able to produce RDF representations of their data and gain a better understanding of the requirements for producing such data in a period of just five days. We summarize the work accomplished with the hope that it will be useful for researchers involved in developing laboratory databases or data analysis, and those who are considering such technologies as RDF and Linked Data.

    DOI: 10.1186/2041-1480-6-3

    Web of Science

    PubMed

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  • 患者/クライエント/当事者による記録を活かす意見交換会の活動報告 査読

    荒牧 英治, 荒木 健治, 石井 保志, 上松 幸一, 北嶋 志保, 熊谷 晋一郎, 櫻井 公恵, 瀬戸山 陽子, 高橋 由光, 冨井 美子, 堀 里子, 西舘 澄人, 森田 瑞樹, 矢島 弘士, 和田 恵美子, 則 のぞみ, 島本 裕美子

    医療情報学   34 ( 4 )   197 - 200   2014年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • 患者中心の情報管理とそれを可能にする新しいインフォームドコンセント 招待

    森田 瑞樹

    情報管理   57 ( 1 )   3 - 11   2014年4月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:科学技術振興機構  

    遺伝情報をはじめとした私たちの医療・健康情報は,利活用することで個人および公共の双方にとって利益をもたらすものであると同時に,機微性の高い情報でありその扱いには慎重さが求められる。そのため,それらは医療機関や研究機関において厳重に管理されている。しかし近年,医療・健康情報を取り巻く状況には大きな変化が起こっており,新しい考え方が必要である。これはまた,患者や一般市民が自分自身の個人情報をコントロールできる範囲を広げ,同時に,患者や一般市民による医学研究への関与を深める可能性を秘めている。こうした状況の変化を踏まえつつ,ダイナミックコンセントと呼ばれる比較的新しいインフォームドコンセントの方法を中心に,患者・一般市民による医療・健康情報の管理について概観する。

    DOI: 10.1241/johokanri.57.3

    CiNii Article

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  • BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains. 査読

    Toshiaki Katayama, Mark D Wilkinson, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, Shinobu Okamoto, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Yue Wang, Hongyan Wu, Yoshinobu Kano, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, Simon Kocbek, Jan Aerts, Yukie Akune, Erick Antezana, Kazuharu Arakawa, Bruno Aranda, Joachim Baran, Jerven Bolleman, Raoul JP Bonnal, Pier Luigi Buttigieg, Matthew P Campbell, Yi-an Chen, Hirokazu Chiba, Peter JA Cock, K Bretonnel Cohen, Alexandru Constantin, Geraint Duck, Michel Dumontier, Takatomo Fujisawa, Toyofumi Fujiwara, Naohisa Goto, Robert Hoehndorf, Yoshinobu Igarashi, Hidetoshi Itaya, Maori Ito, Wataru Iwasaki, Matúš Kalaš, Takeo Katoda, Taehong Kim, Anna Kokubu, Yusuke Komiyama, Masaaki Kotera, Camille Laibe, Hilmar Lapp, Thomas Lütteke, M Scott Marshall, Takaaki Mori, Hiroshi Mori, Mizuki Morita, Katsuhiko Murakami, Mitsuteru Nakao, Hisashi Narimatsu, Hiroyo Nishide, Yosuke Nishimura, Johan Nystrom-Persson, Soichi Ogishima, Yasunobu Okamura, Shujiro Okuda, Kazuki Oshita, Nicki H Packer, Pjotr Prins, Rene Ranzinger, Philippe Rocca-Serra, Susanna Sansone, Hiromichi Sawaki, Sung-Ho Shin, Andrea Splendiani, Francesco Strozzi, Shu Tadaka, Philip Toukach, Ikuo Uchiyama, Masahito Umezaki, Rutger Vos, Patricia L Whetzel, Issaku Yamada, Chisato Yamasaki, Riu Yamashita, William S York, Christian M Zmasek, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi

    Journal of Biomedical Semantics   5   5   2014年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/2041-1480-5-5

    PubMed

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  • Arresting Treatment Patterns for Individual Patients in Clinical Big Data: An Exploratory Procedure.

    Mizuki Morita, Masanori Shiro, Shotaro Akaho, Hideki Asoh, Toshihiro Kamishima, Eiji Aramaki, Kôiti Hasida, Takahide Kohro

    2014 AAAI Spring Symposia   2014年

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    掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)   出版者・発行元:AAAI Press  

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    その他リンク: https://dblp.uni-trier.de/conf/aaaiss/2014

  • Comparing Social Media and Search Activity as Social Sensors for the Detection of Influenza 査読

    Mizuki Morita, Sachiko Maskawa, Eiji Aramaki

    Proceedings of the 5th International Symposium on Language in Biology and Medicine (LBM2013)   75 - 79   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

    添付ファイル: Twitflu-LBM.pdf

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  • 患者と医師が使う言葉の違い : 闘病記の医学的な応用に向けて(<特集>パーソナルデータに基づく気付きの創発)

    荒牧 英治, 増川 佐知子, 宮部 真衣, 森田 瑞樹

    人工知能学会誌   28 ( 6 )   857 - 861   2013年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:社団法人人工知能学会  

    CiNii Article

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  • 使いやすい言語処理のための実装例の提案

    荒牧 英治, 森田 瑞樹, 仲村 哲明, 島本 裕美子, 宮部 真衣

    医療情報学連合大会論文集   33回   836 - 839   2013年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • 医療テキストを対象とした言語処理実装システムとそのデータ構造

    宮部 真衣, 森田 瑞樹, 荒牧 英治

    医療情報学連合大会論文集   33回   1312 - 1315   2013年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • A Word in a Dictionary is used by Numerous Users 査読

    Eiji Aramaki, Sachiko Maskawa, Mai Miyabe, Mizuki Morita, Sachi Yasuda

    Proceedings of the 6th International Joint Conference on Natural Language Processing (IJCNLP 2013)   874 - 877   2013年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

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  • Toxygates: interactive toxicity analysis on a hybrid microarray and linked data platform 査読 国際誌

    Johan Nystroem-Persson, Yoshinobu Igarashi, Maori Ito, Mizuki Morita, Noriyuki Nakatsu, Hiroshi Yamada, Kenji Mizuguchi

    Bioinformatics   29 ( 23 )   3080 - 3086   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS  

    Motivation: In early stage drug development, it is desirable to assess the toxicity of compounds as quickly as possible. Biomarker genes can help predict whether a candidate drug will adversely affect a given individual, but they are often difficult to discover. In addition, the mechanism of toxicity of many drugs and common compounds is not yet well understood. The Japanese Toxicogenomics Project provides a large database of systematically collected microarray samples from rats (liver, kidney and primary hepatocytes) and human cells (primary hepatocytes) after exposure to 170 different compounds in different dosages and at different time intervals. However, until now, no intuitive user interface has been publically available, making it time consuming and difficult for individual researchers to explore the data.
    Results: We present Toxygates, a user-friendly integrated analysis platform for this database. Toxygates combines a large microarray dataset with the ability to fetch semantic linked data, such as pathways, compound-protein interactions and orthologs, on demand. It can also perform pattern-based compound ranking with respect to the expression values of a set of relevant candidate genes. By using Toxygates, users can freely interrogate the transcriptome's response to particular compounds and conditions, which enables deep exploration of toxicity mechanisms.

    DOI: 10.1093/bioinformatics/btt531

    Web of Science

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  • マイノリティのための情報処理 -難病支援を題材に- 招待

    森田 瑞樹, 荒牧 英治

    情報処理   54 ( 8 )   834 - 840   2013年7月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:一般社団法人情報処理学会  

    インターネットと情報処理技術によって人間社会におけるロングテールである社会的マイノリティの支援のあり方が変わりつつある.本稿では,社会的マイノリティのひとつとして難病を取り上げ,本邦における難病患者が,現在どのような問題を抱えているかを概観する.同時に,難病患者を取りまず状況を改善するために,現在,どのような情報処理の取り組みがなされ,また,今後,どのような支援が望まれているかを解説する.

    CiNii Article

    CiNii Books

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  • Online population-based patient registry to collect and share health-related data of rare disease patients

    Mizuki Morita, Soichi Ogishima, Kunihiro Nishimura, Eiji Aramaki, Tateo Ito

    AAAI Spring Symposium - Technical Report   SS-13-03   65 - 66   2013年

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    掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

    Rare diseases, those affecting few patients, are in fact neglected diseases that demand special concern and care. We are constructing an online system to collect health-related data and complaints from rare-disease patients to share that information with stakeholders, thereby facilitating the development of new or improved drugs, treatments, and policies and enhancing the quality of life (QOL) for patients with such diseases. The system will also track and monitor the physical states and conditions of patients, which will facilitate the management of their QOL and improve communication with health professionals. Copyright © 2013 Association for the Advancement of Artificial Intelligence.

    Scopus

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  • 文章分類と疾患モデルの融合によるソーシャルメディアからの感染症把握 査読

    荒牧 英治, 増川 佐知子, 森田 瑞樹

    自然言語処理   19 ( 5 )   419 - 435   2012年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    近年,ウェブの情報を用いて,感染症などの疾病状態を監視するシステムに注目が集まっている.本研究では,ソーシャルメディアを用いたインフルエンザ・サーベイランスに注目する. これまでの多くのシステムは,単純な単語の頻度情報をもとに患者の状態を調査するというものであった.しかし,この方法では,実際に疾患にかかっていない場合の発言を収集してしまう恐れがある.また,そもそも,医療者でない個人の自発的な発言の集計が,必ずしもインフルエンザの流行と一致するとは限らない.本研究では,前者の問題に対応するため, 発言者が実際にインフルエンザにかかっているもののみを抽出し集計を行う.後者の問題に対して,発言と流行の時間的なずれを吸収するための感染症モデルを提案する.実験においては,Twitter の発言を材料にしたインフルエンザ流行の推定値は,感染症情報センターの患者数と相関係数 0.910 という高い相関を示し,その有効性を示した.本研究により,ソーシャルメディア上の情報をそのまま用いるのではなく,文章分類や疾患モデルと組み合わせて用いることで,さらに精度を向上できることが示された.

    DOI: 10.5715/jnlp.19.419

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  • 受診理由のコーディング支援ツールの開発 査読

    森田 瑞樹, 篠原(山田) 恵美子, 宮部 真衣, 荒牧 英治

    医療情報学連合大会論文集   32nd   286 - 287   2012年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(研究会,シンポジウム資料等)   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates 査読

    Morita M, Kakuta M, Shimizu K, Nakamura S

    Journal of Proteome Science & Computational Biology   1   1   2012年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan 査読

    Mizuki Morita, Yoshinobu Igarashi, Maori Ito, Yi-An Chen, Chioko Nagao, Yuki Sakaguchi, Ryuichi Sakate, Tohru Masui, Kenji Mizuguchi

    BMC Research Notes   5   604   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Background: In the big data era, biomedical research continues to generate a large amount of data, and the generated information is often stored in a database and made publicly available. Although combining data from multiple databases should accelerate further studies, the current number of life sciences databases is too large to grasp features and contents of each database. Findings. We have developed Sagace, a web-based search engine that enables users to retrieve information from a range of biological databases (such as gene expression profiles and proteomics data) and biological resource banks (such as mouse models of disease and cell lines). With Sagace, users can search more than 300 databases in Japan. Sagace offers features tailored to biomedical research, including manually tuned ranking, a faceted navigation to refine search results, and rich snippets constructed with retrieved metadata for each database entry. Conclusions: Sagace will be valuable for experts who are involved in biomedical research and drug development in both academia and industry. Sagace is freely available at. © 2012 Morita et al.
    licensee BioMed Central Ltd.

    DOI: 10.1186/1756-0500-5-604

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  • 2PT101 アミノ酸保存度と相互作用エネルギーを組み合わせたタンパク質-リガンド結合部位予測手法の開発(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

    Tsujikawa Hiroto, Umeda Yusuke, Morita Mizuki, Nakamura Shugo, Shimizu Kentaro

    生物物理   52   S121   2012年

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    記述言語:英語   出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI: 10.2142/biophys.52.S121_4

    CiNii Article

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  • Influenza patients are invisible in the web: Traditional model still improves the state-of-the-art web based influenza surveillance

    Eiji Aramaki, Sachiko Maskawa, Mizuki Morita

    AAAI Spring Symposium - Technical Report   SS-12-05   5 - 8   2012年

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    掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

    Although web-based information extraction systems draw much attention, most of such systems assume that the web directly reflects the real world. For instance, Google flu trend, which is one of the-state-of-the-art influenza surveillance systems, relies on the basic idea that the amount of the influenza related search queries directly correlates with the number of the influenza patients. However, the real patients suffering from influenza symptoms are invisible in the web, because they do not use Internet. Considering this gap, this paper employs an infectious model, assuming that a potential patient utilizes Internet at the first sign of flu. The proposed model improves two types of the state-of-the-art systems, Google based system (from 0.837 correlation to 0.928) and Twitter based system (from 0.898 correlation to 0.918). This study demonstrated that a simple model could easily improve the web-based surveillance. Copyright © 2012, Association for the Advancement of Artificial Intelligence. All rights reserved.

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  • Lipid recognition propensities of amino acids in membrane proteins from atomic resolution data 査読

    Mizuki Morita, AVSK M. Katta, Shandar Ahmad, Takaharu Mori, Yuji Sugita, Kenji Mizuguchi

    BMC Biophysics   4 ( 1 )   21   2011年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Background: Protein-lipid interactions play essential roles in the conformational stability and biological functions of membrane proteins. However, few of the previous computational studies have taken into account the atomic details of protein-lipid interactions explicitly.Results: To gain an insight into the molecular mechanisms of the recognition of lipid molecules by membrane proteins, we investigated amino acid propensities in membrane proteins for interacting with the head and tail groups of lipid molecules. We observed a common pattern of lipid tail-amino acid interactions in two different data sources, crystal structures and molecular dynamics simulations. These interactions are largely explained by general lipophilicity, whereas the preferences for lipid head groups vary among individual proteins. We also found that membrane and water-soluble proteins utilize essentially an identical set of amino acids for interacting with lipid head and tail groups.Conclusions: We showed that the lipophilicity of amino acid residues determines the amino acid preferences for lipid tail groups in both membrane and water-soluble proteins, suggesting that tightly-bound lipid molecules and lipids in the annular shell interact with membrane proteins in a similar manner. In contrast, interactions between lipid head groups and amino acids showed a more variable pattern, apparently constrained by each protein's specific molecular function. © 2011 Morita et al
    licensee BioMed Central Ltd.

    DOI: 10.1186/2046-1682-4-21

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  • Twitter Catches The Flu: Detecting Influenza Epidemics using Twitter Streams 査読

    Eiji Aramaki, Sachiko Maskawa, Mizuki Morita

    Proceedings of the 2011 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing (EMNLP 2011)   1568 - 1576   2011年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

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  • ウェブからの疾病情報の大規模かつ即時的な抽出手法

    荒牧 英治, 森田 瑞樹, 篠原(山田) 恵美子, 岡 瑞起

    言語処理学会年次大会発表論文集   17th (CD-ROM)   ROMBUNNO.E3-4   2011年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(研究会,シンポジウム資料等)  

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  • BUDDY-system: A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states 査読

    Mizuki Morita, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    BMC Research Notes   4   143   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Background: Elucidating molecular recognition by proteins, such as in enzyme-substrate and receptor-ligand interactions, is a key to understanding biological phenomena. To delineate these protein interactions, it is important to perform structural bioinformatics studies relevant to molecular recognition. Such studies require a dataset of protein structure pairs between ligand-bound and unbound states. In many studies, the same well-designed and high-quality dataset has been used repeatedly, which has spurred the development of subsequent relevant research. Using previously constructed datasets, researchers are able to fairly compare obtained results with those of other studies
    in addition, much effort and time is saved. Therefore, it is important to construct a refined dataset that will appeal to many researchers. However, constructing such datasets is not a trivial task. Findings. We have developed the BUDDY-system, a web site designed to support the building of a dataset comprising pairs of protein structures between ligand-bound and unbound states, which are widely used in various areas associated with molecular recognition. In addition to constructing a dataset, the BUDDY-system also allows the user to search for ligand-bound protein structures by its unbound state or by its ligand
    and to search for ligands by a particular receptor protein. Conclusions: The BUDDY-system receives input from the user as a single entry or a dataset consisting of a list of ligand-bound state protein structures, unbound state protein structures, or ligands and returns to the user a list of protein structure pairs between the ligand-bound and the corresponding unbound states. This web site is designed for researchers who are involved not only in structural bioinformatics but also in experimental studies. The BUDDY-system is freely available on the web. © 2011 Morita et al
    licensee BioMed Central Ltd.

    DOI: 10.1186/1756-0500-4-143

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  • Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines 査読

    Kentaro Shimizu, Seizi Someya, Masanori Kakuta, Mizuki Morita, Kazuya Sumikoshi, Wei Cao, Zhenyi Ge, Osamu Hirose, Shugo Nakamura, Tohru Terada

    Advances in Bioinformatics   2010   289301   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Carbohydrate-binding proteins are proteins that can interact with sugar chains but do not modify them. They are involved in many physiological functions, and we have developed a method for predicting them from their amino acid sequences. Our method is based on support vector machines (SVMs). We first clarified the definition of carbohydrate-binding proteins and then constructed positive and negative datasets with which the SVMs were trained. By applying the leave-one-out test to these datasets, our method delivered 0.92 of the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. We also examined two amino acid grouping methods that enable effective learning of sequence patterns and evaluated the performance of these methods. When we applied our method in combination with the homology-based prediction method to the annotated human genome database, H-invDB, we found that the true positive rate of prediction was improved. © 2010 Seizi Someya et al.

    DOI: 10.1155/2010/289301

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  • Structural bases of GM1 gangliosidosis and Morquio B disease 査読 国際誌

    Mizuki Morita, Seiji Saito, Kazuyoshi Ikeda, Kazuki Ohno, Kanako Sugawara, Toshihiro Suzuki, Tadayasu Togawa, Hitoshi Sakuraba

    Journal of Human Genetics   54 ( 9 )   510 - 515   2009年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nature Publishing Group  

    Allelic mutations of the lysosomal beta-galactosidase gene cause heterogeneous clinical phenotypes, such as GM1 gangliosidosis and Morquio B disease, the former being further classified into three variants, namely infantile, juvenile and adult forms; and heterogeneous biochemical phenotypes were shown in these forms. We tried to elucidate the bases of these diseases from a structural viewpoint. We first constructed a three-dimensional structural model of human beta-galactosidase by means of homology modeling. The human beta-galactosidase consists of three domains, such as, a TIM barrel fold domain, which functions as a catalytic domain, and two galactose-binding domain-like fold domains. We then constructed structural models of representative mutant beta-galactosidase proteins (G123R, R201C, I51T and Y83H) and predicted the structural change associated with each phenotype by calculating the number of affected atoms, determining the root-mean-square deviation and the solvent-accessible surface area, and by color imaging. The results show that there is a good correlation between the structural changes caused by amino-acid substitutions in the beta-galactosidase molecule, as well as biochemical and clinical phenotypes in these representative cases. Protein structural study is useful for elucidating the bases of these diseases. Journal Human Genetics (2009) 54, 510-515; doi:10.1038/jhg.2009.70; published online 31 July 2009

    DOI: 10.1038/jhg.2009.70

    Web of Science

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  • Added mass effect on immobilizations of proteins on a 27 MHz quartz crystal microbalance in aqueous solution 査読

    Hiroyuki Furusawa, Tomomitsu Ozeki, Mizuki Morita, Yoshio Okahata

    Analytical Chemistry   81 ( 6 )   2268 - 2273   2009年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:6  

    During the immobilization process of proteins onto an Au-surface of a 27 MHz quartz crystal microbalance (QCM) in aqueous solutions, apparent large frequency changes (ΔFwater) were observed compared with those in the air phase (ΔFair) due to the interaction with surrounding water of proteins. On the basis of an energy-transfer model for the QCM, the apparent added mass in the aqueous solution [(-ΔF water)/(-ΔFair) - 1] could be explained by frictional forces at the interface of proteins with aqueous solutions. When [(-ΔFwater)/(-ΔFair) -1] values for various proteins were plotted against values relating to the friction (antimobility), such as values of the molecular weight divided by the sedimentation coefficient (Mw/s), the inverse of the diffusion coefficient (1/D), and the volume divided by the surface area (volume/surface area) apparent radius) of proteins, there were good linear correlations. Thus, observations of the larger ΔF water than ΔFair for protein immobilizations on the QCM can be simply explained by the friction effect at the interface between proteins and the aqueous solution. Thus, QCM would be a mass sensor based on mechanical oscillation motion even in aqueous solutions.

    DOI: 10.1021/ac802412t

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  • Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures 査読 国際誌

    Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics   73 ( 2 )   468 - 479   2008年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley-Liss  

    This article describes a new method for predicting ligand-binding sites of proteins. The method involves calculating the van der Waals interaction energy between a protein and probes placed on the protein surface, and then clustering the probes with attractive interaction to find the energetically most favorable locus. In 80% (28/35) of the test cases, the ligand-binding site was successfully predicted on a ligand-bound protein structure, and in 77% (27/35) was successfully predicted on an unbound structure. Our method was used to successfully predict ligand-binding sites unaffected by induced-fit as long as its scales were not very large, and it contributed to a significant improvement in prediction with unbound state protein structures. This represents a significant advance over conventional methods in detecting ligand-binding sites on uncharacterized proteins. Moreover, our method can predict ligand-binding sites with a narrower locus than those achieved using conventional methods.

    DOI: 10.1002/prot.22067

    Web of Science

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  • Hydration and energy dissipation measurements of biomolecules on a piezoelectric quartz oscillator by admittance analyses 査読 国際誌

    Tomomitsu Ozeki, Mizuki Morita, Hiroshi Yoshimine, Hiroyuki Furusawa, Yoshio Okahata

    Analytical Chemistry   79 ( 1 )   79 - 88   2007年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society  

    By using a 27-MHz piezoelectric quartz oscillator connected with a vector network analyzer, we obtained resonance frequency decreases (-Delta F-water) and energy dissipation increases (Delta D-water) during binding of biotinylated bovine serum albumin, biotinylated ssDNA, biotinylated dsDNA, and biotinylated pullulan to a NeutrAvidin-immobilized 27-MHz quartz crystal microbalance (QCM) plate in aqueous solution, as well as in the wet air phase (98% humidity, -Delta F-wet and Delta D-wet) and in the dry air phase (-Delta F-air and Delta D-air). -Delta F-water indicates the total mass of the molecule, bound water, and vibrated water in aqueous solutions. -Delta F-wet indicates the total mass of the molecule and bound water. -Delta F-air simply shows the real mass of the molecule on the QCM. In terms of results, (-Delta F-wet)/(-Delta F-air) values indicated the bound water ratios per unit biomolecular mass were on the order of pullulan (2.1-2.2) &gt; DNAs = proteins (1.4-1.6) &gt; polystyrene (1.0). The (-Delta F-water)/(-Delta F-air) values indicated the hydrodynamic water (bound and vibrated water) ratios per unit biomolecular mass were on the order of dsDNA (6.5) &gt; ssDNA = pullulan (3.5-4.4) &gt; proteins (2.4-2.5) &gt; polystyrene (1.0). Energy dissipation parameters per unit mass in water (Delta D-water/(-Delta F-air)) were on the order of pullulan &gt; dsDNA &gt; ssDNA &gt; proteins &gt; polystyrene. Energy dissipation in the wet and dry air phases (Delta D-wet and Delta D-air) were negligibly small, which indicates even these biomolecules act as elastic membranes in the air phase (without aqueous solution). We obtained a good linear relationship between [(-Delta F-water)/(-Delta F-air) - 1], which is indicative of hydration and Delta D-water/(-Delta F-air) of proteins. The aforementioned values suggest that the energy dissipation of proteins was mainly caused by hydration and that proteins themselves are elastic molecules without energy dissipation in aqueous solutions. On the contrary, plots in cases of denatured proteins, DNAs, and pullulans were relatively deviant toward the large hydration and energy dissipation from the theoretical line as perfect elastic materials, meaning that the large energy dissipation occurs because of viscoelastic properties of denatured proteins, linear DNAs, and pullulans in the water phase, in addition to energy dissipation due to the hydration of molecules. These two parameters could characterize various biomolecules with structural properties in aqueous solutions.

    DOI: 10.1021/ac060873x

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書籍等出版物

  • 光るクラゲがノーベル賞をとった理由 – 蛍光タンパク質GFPの発見物語

    生化学若い研究者の会( 担当: 共著 ,  範囲: 第1部)

    日本評論社  2009年4月  ( ISBN:9784535786288

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    総ページ数:210   担当ページ:11-41   記述言語:日本語 著書種別:一般書・啓蒙書

    オワンクラゲで知られるノーベル化学賞を紹介する一冊。主役となる蛍光たんぱく質の発見から,最先端での利用までを気鋭の大学院生たちが執筆。

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MISC

  • 2021年度における「先進病院実習」の取り組み

    森田瑞樹, 兵藤好美, 日笠晴香, 堺健司, 金山直樹, 吉葉恭行

    統合科学   2   40 - 48   2022年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(大学,研究機関紀要)  

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  • 投薬・服薬の管理のためのバイオマーカーおよびデジタルバイオマーカー 招待

    森田 瑞樹

    Drug Delivery System   37 ( 1 )   17 - 24   2022年1月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    治療薬を患者の体内に最適なタイミングで最適な量を投入することができれば、あるいはそうすることによって至適濃度を維持し続けることができれば、現在よりも高い質の治療を提供できるはずである。そのための戦略はいくつか考えられるが、1つの方法は、患者の状態や治療薬の体内濃度をモニタリングし、そこから投薬あるいは服薬のタイミングと量を推定することである。本稿では、治療の最適化に向けて実施されているデジタル技術を活用したバイオマーカーおよびデジタルバイオマーカーの研究および開発を、いくつかの疾患と症状(糖尿病、パーキンソン病、喘息・COPD、痛み・かゆみ、高血圧)について紹介する。

    DOI: 10.2745/dds.37.17

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  • バイオバンク横断検索

    永家 聖, 森田 瑞樹, 平田 真

    実験医学増刊   39 ( 7 )   1058 - 1065   2021年4月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:羊土社  

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  • バイオバンクをもっと利用しやすく

    森田 瑞樹

    Precision Medicine   4 ( 2 )   132 - 137   2021年2月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:北隆館  

    疾患の原因究明や医薬品・医療機器の研究開発などにおいて,ヒト由来の生体試料は重要な役割を果たす。しかし,生体試料の取得には同意説明などの手間や採血・組織採取などの医療行為を伴うため,誰もが自由に入手できるわけではない。そこで,民間企業も含めた幅広い研究者がヒト生体試料を入手しやすいようにするためのインフラがバイオバンクである。本稿では,バイオバンクを通じた生体試料の入手を促進するための取り組みを,日本医療研究開発機構(AMED)の4つの研究班を中心に紹介する。

    添付ファイル: PM_2021_02_055_森田瑞樹先生_amed_2.pdf

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  • ゲノム医療におけるデータサイエンティストの役割と育成

    冨田 秀太, 森田 瑞樹, 山下 範之, 平沢 晃, 豊岡 伸一

    YAKUGAKU ZASSHI   140 ( 5 )   657 - 661   2020年5月

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    記述言語:日本語   掲載種別:会議報告等  

    DOI: 10.1248/yakushi.19-00217-2

    PubMed

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  • バイオバンクを介した臨床検体の研究利用 招待

    森田 瑞樹

    検査と技術   47 ( 10 )   1178 - 1180   2019年10月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

    DOI: 10.11477/mf.1543207770

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  • 岡大バイオバンク:産官学の基礎研究と創薬研究を支援する基盤 招待

    森田 瑞樹

    産学官連携ジャーナル   15 ( 9 )   6 - 10   2019年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)  

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  • がんゲノム医療におけるプライバシー保護 招待

    森田 瑞樹, 荻島 創一

    実験医学増刊   36 ( 15 )   2605 - 2610   2018年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

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  • Overview of the NTCIR-13 MedWeb Task.

    Shoko Wakamiya, Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma, Eiji Aramaki

    NTCIR-13 conference   (vol) ( (num) )   (xxx) - (zzz)   2017年12月

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  • バイオバンク 招待

    森田 瑞樹, 豊岡 伸一

    岡山医学会雑誌   128 ( 3 )   237 - 239   2016年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    DOI: 10.4044/joma.128.237

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  • バイオリソースと診療情報との結合:収集から連携へ

    美代 賢吾, 小南 亮太, 渡辺 浩, 森田 瑞樹, 荻島 創一, 島貫 秀之

    医療情報学   36 ( Supplement 1 )   232‐234   2016年11月

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    記述言語:日本語  

    J-GLOBAL

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  • Detection of EGFR mutations in circulating cell-free DNA of non-small cell lung cancer patients by next-generation sequencing

    Ken Suzawa, Shuta Tomida, Takahiro Matsubara, Kadoaki Ohashi, Yuho Maki, Hiromasa Yamamoto, Mizuki Morita, Junichi Soh, Hiroaki Asano, Kazunori Tsukuda, Katuyuki Kiura, Shinichiro Miyoshi, Shinichi Toyooka

    CANCER RESEARCH   76   2016年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER ASSOC CANCER RESEARCH  

    Web of Science

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  • 非ビタミンK阻害経口抗凝固薬の有効性と安全性に関する臨床疫学研究

    大島礼子, 小山敏広, 座間味義人, 小川愛子, 森田瑞樹, 冨田秀太, 樋之津史郎, 狩野光伸

    日本計量生物学会年会講演予稿集   2016   41‐46   2016年

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    記述言語:日本語  

    J-GLOBAL

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  • 診療科横断的周術期管理による,呼吸器外科手術後の合併症対策

    牧佑歩, 宗淳一, 鳥越英次郎, 黒崎毅史, 三好健太郎, 大谷真二, 山本寛斉, 杉本誠一郎, 山根正修, 大藤剛宏, 森田瑞樹, 豊岡伸一, 三好新一郎

    日本外科学会定期学術集会(Web)   116th   PS‐094‐7 (WEB ONLY) - 7   2016年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本外科学会  

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  • 情報登録システムを作るために インターネットを介して発見する患者ニーズについて

    中嶋 容子, 松村 剛, 大平 香織, 高田 博仁, 森田 瑞樹

    日本難病医療ネットワーク学会機関誌   3 ( 1 )   80 - 80   2015年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)   出版者・発行元:日本難病医療ネットワーク学会  

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  • 医療用疑似データ生成器のカオス時系列への応用 (非線形問題)

    城 真範, 森田 瑞樹

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報   114 ( 484 )   17 - 21   2015年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:一般社団法人電子情報通信学会  

    必ずしも実データが必要でない場合に使う疑似データの生成方法を検討し,一部の実装を行った。実装は確率変数付き差分方程式を与えるインタフェースと,時系列生成部分を含む4種類からなり.Perl,C++,フリーのライブラリを使った。今後は,生成したデータに種々の加工を施すためのフィルタ群を制作する。

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  • 国際協調に基づく臨床研究基盤としての神経筋疾患ナショナルレジストリーの活用と希少な難治性疾患への展開を目指した研究

    木村円, 中村治雅, 森まどか, 三橋里美, 南成祐, 水島洋, 森田瑞樹, 山下賢, 足立克仁, 高田博仁, 高橋俊明, 本吉慶史, 小林道雄, 園田至人, 齊藤利雄, 石崎雅俊, 貝谷久宣, 竹内芙実, 小松有希子, 杉本立夏, 鷹羽智子, 米本直裕, 村上てるみ, 松村剛, 白石一浩

    精神・神経疾患研究開発費による研究報告集(2年度班・初年度班) 平成26年度   286 - 309   2015年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者/クライエント/当事者による記録を活かす意見交換会の効果と今後の展開

    島本裕美子, 荒木健治, 石井保志, 上松幸一, 北嶋志保, 熊谷晋一郎, 櫻井公恵, 瀬戸山陽子, 高橋由光, 冨井美子, 堀里子, 西舘澄人, 森田瑞樹, 矢島弘士, 和田恵美子, 則のぞみ, 荒牧英治

    医療情報学連合大会論文集   34th   744 - 746   2014年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • 難病医療ネットワークにおける匿名Webコミュニティ 医療現場で解消しきれなかった難病患者・未病者の悩みをどう捉えるか

    森田 瑞樹, 高祖 麻美, 竹内 芙実, 木村 円

    日本難病医療ネットワーク学会機関誌   2 ( 1 )   134 - 134   2014年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本難病医療ネットワーク学会  

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  • Q&Aサイトの質的内容分析による筋ジストロフィーについて患者・市民が知りたい情報の分析

    森田 瑞樹, 高祖 麻美, 竹内 芙実, 木村 円

    医療情報学連合大会論文集   34回   534 - 537   2014年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本医療情報学会  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者が主体となった患者レジストリJ‐RARE.netの機能

    西村邦裕, 荻島創一, 森田瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   65 - 70   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 JRARE.netの今後の運営についての検討

    荻島創一, 西村邦裕, 森田瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   93 - 95   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者が主体となった患者レジストリJ‐RARE.netの概要

    森田瑞樹, 荻島創一, 西村邦裕, 有馬隆博, 森崎隆幸, 鈴木登, 森まどか, 緒方勤, 平田恭信, 清水潤, 今井靖, 織田友理子, 猪井佳子, 永松勝利, 近藤健一, 谷口佳久

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   57 - 63   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者主導の患者レジストリJ‐RARE.netとWE ARE HEREとの連携に関する研究

    西村邦裕, 荻島創一, 森田瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   101 - 104   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者レジストリの連携のあり方についての検討

    荻島創一, 西村邦裕, 森田瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   97 - 99   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 J‐RARE.netの法的検討・整備

    安念潤司, 森田瑞樹, 西村邦裕, 荻島創一

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   71 - 72   2014年

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    記述言語:日本語  

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  • 日本語カルテをアノテートする

    荒牧英治, 荒牧英治, 四方朱子, 島本裕美子, 久保圭, 宮部真衣, 大熊智子, 狩野芳伸, 狩野芳伸, 森田瑞樹

    言語処理学会年次大会発表論文集(Web)   20th   2014年

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者レジストリにて想定される患者記述文章の解析可能性に関する研究

    荒牧英治, 森田瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成25年度総括・分担研究報告書   2014年

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  • 擬似臨床データ生成器の開発に向けた方法論の提案

    森田瑞樹, 城真範

    医療情報学連合大会論文集   34th   2014年

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  • 患者および患者支援団体等による研究支援体制の構築に関わる研究 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 患者レジストリの連携

    橋本操, 伊藤建雄, 森田瑞樹, 荻原創一, 荻原創一, 西村邦裕, 西村邦裕

    患者および患者支援団体等による研究支援体制の構築に関わる研究 平成25年度 総括・分担研究報告書 平成24-25年度 総合研究報告書   2014年

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  • 患者が主体となった希少疾患の患者レジストリ

    森田瑞樹, 荻島創一, 西村邦裕, 伊藤たてお

    臨床薬理   44 ( Supplement )   S211   2013年11月

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者主体の患者レジストリで収集する項目に関する研究

    森田 瑞樹, 森 まどか, 森崎 隆幸, 鈴木 登, 有馬 隆博, 清水 潤, 織田 友理子, 猪井 佳子, 永松 勝利, 近藤 健一, 花岡 秀樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成24年度総括・分担研究報告書   65 - 72   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者が執筆した闘病記の医学的な利用可能性に関する研究

    荒牧 英治, 森田 瑞樹

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成24年度総括・分担研究報告書   73 - 75   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 患者が主体となった患者レジストリに関する検討

    森田 瑞樹, 西村 邦裕, 荻島 創一, 織田 友理子, 猪井 佳子, 永松 勝利, 近藤 健一, 百瀬 理絵

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成24年度総括・分担研究報告書   51 - 63   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 2.患者レジストリの構築にむけての研究 国内の患者レジストリを対象としたアンケート調査

    森田 瑞樹, 荻島 創一, 西村 邦裕, 花岡 秀樹, 百瀬 理絵

    患者支援団体等が主体的に難病研究支援を実施するための体制構築に向けた研究 平成24年度総括・分担研究報告書   29-37,39-44   2013年

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    記述言語:日本語  

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  • 頻出語ではなく使用者が多い語が自然な日本語である

    荒牧英治, 荒牧英治, 増川佐知子, 宮部真衣, 森田瑞樹, 森田瑞樹, 保田祥

    言語処理学会年次大会発表論文集(Web)   19th   2013年

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  • NTCIR-10“MedNLP”Pilot Task:医療分野の言語処理研究の環境整備に向けて

    森田瑞樹, 森田瑞樹, 狩野芳伸, 狩野芳伸, 大熊智子, 宮部真衣, 荒牧英治, 荒牧英治

    言語処理学会年次大会発表論文集(Web)   19th   2013年

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  • 日本人のオンライン・コミュニケーション上での平均使用語彙数は8,000語である

    荒牧英治, 増川佐知子, 森田瑞樹, 保田祥

    情報処理学会研究報告(CD-ROM)   2012 ( 3 )   ROMBUNNO.NL-208,NO.9   2012年10月

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    記述言語:日本語  

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  • ICPC-2コードの普及を志向した入力支援ツールの開発

    森田瑞樹, 荒牧英治

    日本プライマリ・ケア連合学会学術大会抄録集   3rd   2012年

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  • テキストのk-匿名化

    荒牧英治, 荒牧英治, 増川佐知子, 宮部真衣, 森田瑞樹, 森田瑞樹

    情報処理学会研究報告(CD-ROM)   2012 ( 4 )   2012年

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  • アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測

    中村周吾, 森田瑞樹, 角田将典

    生化学   ROMBUNNO.3S12A-4   2011年

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    記述言語:日本語  

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  • Twitter Catches the Flu:事実性判定を用いたインフルエンザ流行予測

    荒牧英治, 増川佐知子, 森田瑞樹

    情報処理学会研究報告(CD-ROM)   2011 ( 1 )   2011年

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  • CASP8会議参加報告 招待

    中村 周吾, 森田 瑞樹, 本野 千恵

    生物物理   49 ( 3 )   151 - 152   2009年5月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)   出版者・発行元:日本生物物理学会  

    DOI: 10.2142/biophys.49.151

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講演・口頭発表等

  • History of Advanced Practice in a Hospital: a case report in our Graduate School 国際会議

    Yoshimi Hyodo, Mizuki Morita

    The 13th International Symposium for Future Technology Creating Better Human Health and Society  2022年2月3日  Graduate School of Interdisciplinary Science and Engineering in Health Systems

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    開催年月日: 2022年2月3日 - 2022年2月4日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Online  

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  • Challenges in Utilizing Biobanks and Efforts to Solve Them in Japan 国際会議

    Mizuki Morita, Yusukue Inoue, Makoto Iwane, Kamikawa, K, Mayumi Kurata, Arihiro Kohara, Yoshihiro Sumita, Tomoyo Takeuchi, Hiroshi Nishihara, Akiko Hinomura, Takayuki Morisaki, Seiya Imoto, Koichi Matsuda, Makoto Hirata, Hiroshi Yokota, Kichiya Suzuki, Kinuko Ohneda, Fuji Nagami, Satoshi Nagaie, Yoshihiro Miyamoto, Kotaro Hattori, Tsutomu Tomita, Eisei Noiri, Ryo Matsumura, Reiko Miyahara, Koji Kitajima, Kouya Shiraishi, Shin Kawano, Hiroki Nakae, Masayuki Yoshida, Hiroo Terui-Kohbata, Manabu Muto, Shigemi Matumoto, Johji Inazawa, Toshihiro Tanaka, Akira Takemoto, Hiroyuki Nishiyama, Toshihisa Takagi, Yoshinori Murakami, Yuichi Goto, Soichi Ogishima

    Europe Biobank Week 2021 (EBW2021)  2021年11月8日  ESBB, BBMRI-ERIC

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    開催年月日: 2021年11月8日 - 2021年11月10日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン  

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  • 市民マラソンランナーの走行時持続心電図モニタリング 招待

    坂野 紀子, 平野 和也, 山根 卓大, 森田 瑞樹, 逢坂 大樹, 大澤 晋, 佐能 量雄, 笠原 真悟

    日本医療情報学会関西支部 2021年度 第1回講演会(秋の講演会)  2021年9月11日  日本医療情報学会関西支部, 関西医療情報処理懇談会(KMI), 関西医療情報技師会

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    開催年月日: 2021年9月11日

    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:オンライン  

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  • バイオバンク利活用の課題解決に向けたパイロット調査 招待

    森田 瑞樹, 井上 悠輔, 岩根 理, 神川 邦久, 倉田 真由美, 小原 有弘, 住田 能弘, 竹内 朋代, 西原 広史, 樋野村 亜希子

    第6回クリニカルバイオバンク学会シンポジウム  2021年5月29日  クリニカルバイオバンク学会

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    開催年月日: 2021年5月29日 - 2021年5月30日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:オンライン  

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  • Okadai Biobank: Biobank-as-a-Service in a University Hospital in Japan 招待 国際会議

    Mizuki Morita

    ISBER 2021 Annual Meeting  2021年5月11日  The International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER)

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    開催年月日: 2021年5月10日 - 2021年5月14日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:オンライン  

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  • Update of Biobank Network for Promotion of Utilization of Biobank toward Realization of Genomic Medicine in Japan 国際会議

    Soichi Ogishima, Yoshinori Murakami, Yuichi Goto, Takayuki Morisaki, Seiya Imoto, Koichi Matsuda, Makoto Hirata, Hiroshi Yokota, Kichiya Suzuki, Fuji Nagami, Satoshi Nagaie, Yoshihiro Miyamoto, Kotaro Hattori, Tsutomu Tomita, Eisei Noiri, Ryo Matsumura, Reiko Miyahara, Koji Kitajima, Shin Kawano, Mizuki Morita, Hiroshi Nishihara, Hiroki Nakae, Masayuki Yoshida, Hiroo Kohbata, Manabu Muto, Shigemi Matumoto, Johji Inazawa, Toshihiro Tanaka, Akira Takemoto, Hiroyuki Nishiyama, Tomoyo Takeuchi, Toshihisa Takagi

    ISBER 2021 Annual Meeting  2021年5月10日  The International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER)

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    開催年月日: 2021年5月10日 - 2021年5月14日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン  

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  • 活動量計を用いた日常生活動作の識別可能性の検討

    山﨑 由布, 中島 わかな, 山根 卓大, 森田 瑞樹

    第46回中国四国医療情報学研究会  2021年3月6日  日本医療情報学会 中国四国支部

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    開催年月日: 2021年3月6日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

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  • マラソン中の心事故予防に向けた心電モニタリングシステムの開発

    笠原 真悟, 逢坂 大樹, 坂野 紀子, 森田 瑞樹, 珠玖 隆行, 大澤 晋

    第24回日本遠隔医療学会学術大会  2021年2月11日  日本遠隔医療学会

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    開催年月日: 2021年2月11日 - 2021年2月25日

    記述言語:日本語  

    開催地:群馬県,オンライン  

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  • Minimum Common Data Elements of Biospecimen Quality Information for Biobank Network in Japan 国際会議

    Mizuki Morita, Kotaro Hattori, Ryo Matsumura, Koji Kitajima, Reiko Miyahara, Eisei Noiri, Makoto Hirata, Seiya Imoto, Shin Kawano, Satoshi Nagaie, Toshihisa Takagi, Yuichi Goto, Yoshinori Murakami, Soichi Ogishima

    ISBER 2020 Virtual Symposium  2020年10月  ISBER, UHN Biospecimen Services

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    開催年月日: 2020年10月22日 - 2020年10月23日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Online  

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  • Biobank Network for Promotion of Utilization of Biobank toward Realization of Genomic Medicine in Japan 国際会議

    Soichi Ogishima, Yoshinori Murakami, Yuichi Goto, Takayuki Morisaki, Seiya Imoto, Koichi Matsuda, Makoto Hirata, Hiroshi Yokota, Kichiya Suzuki, Fuji Nagami, Satoshi Nagaie, Yoshihiro Miyamoto, Tsutomu Tomita, Eisei Noiri, Ryo Matsumura, Reiko Miyahara, Koji Kitajima, Shin Kawano, Mizuki Morita, Hiroshi Nishihara, Hiroki Nakae, Masayuki Yoshida, Hiroko Kohbata, Manabu Muto, Shigemi Matsumoto, Johji Inazawa, Toshihiro Tanaka, Akira Takemoto, Hiroyuki Nishiyama, Tomoyo Takeuchi, Toshihisa Takagi

    ISBER 2020 Virtual Symposium  2020年10月  ISBER, UHN Biospecimen Services

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    開催年月日: 2020年10月22日 - 2020年10月23日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Online  

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  • Minimum Common Data Elements of Cancer-specific Clinical Information and Consent Information for the Biobank Network in Japan 国際会議

    Satoshi Nagaie, Makoto Hirata, Kotaro Hattori, Ryo Matsumura, Koji Kitajima, Reiko Miyahara, Eisei Noiri, Seiya Imoto, Shin Kawano, Mizuki Morita, Toshihisa Takagi, Yuichi Goto, Yoshinori Murakami, Soichi Ogishima

    ISBER 2020 Virtual Symposium  2020年10月  ISBER, UHN Biospecimen Services

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    開催年月日: 2020年10月22日 - 2020年10月23日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Online  

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  • GA4GH DURI Work Stream in GEM Japan 2020; localizing the Data Use Ontology and Machine-Readable Consent in the local research community 国際会議

    Chisato Yamasaki, Satoshi Nagaie, Minae Kawashima, Chihiro Hata, Shuichi Kawashima, Yuichi Kodama, Mizuki Morita, Natsuko Yamamoto, Akio Nagano, Keiko Katsui, Takako Takai, Soichi Ogishima

    GA4GH 8th Plenary Meeting  2020年9月29日  Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH)

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    開催年月日: 2020年9月29日 - 2020年9月30日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン  

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  • マラソンランナーの心事故予防にむけた心拍モニタリング

    坂野 紀子, 逢坂 大樹, 平野 和也, 山根 卓大, 森田 瑞樹, 珠玖 隆行, 大澤 晋, 佐能 量雄, 笠原 真悟

    第59回日本生体医工学会大会  2020年5月26日  日本生体医工学会

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    開催年月日: 2020年5月25日 - 2020年5月27日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岡山県  

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  • バイオバンク横断検索によるバイオバンク・ネットワークの構築

    長神 風二, 村上 善則, 後藤 雄一, 平田 真, 井元 清哉, 松田 浩一, 森崎 隆幸, 宮本 恵宏, 服部 功太郎, 冨田 努, 森田 瑞樹, 横田 博, 鈴木 吉也, 河野 信, 中江 裕樹, 西原 広史, 武藤 学, 松本 繁巳, 鶴山 竜昭, 稲澤 譲治, 田中 敏博, 竹本 暁, 西山 博之, 竹内 朋代, 高木 利久, 荻島 創一

    第5回クリニカルバイオバンク学会シンポジウム  2019年7月5日  クリニカルバイオバンク学会

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    開催年月日: 2019年7月5日 - 2019年7月7日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:福岡  

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  • Research and Development of Biobank Network and Operational Support for Promotion of Utilization of Biobank toward Realization of Genomic Medicine 招待 国際会議

    Soichi Ogishima, Yoshinori Murakami, Yuichi Goto, Makoto Hirata, Seiya Imoto, Koichi Matsuda, Yoshihiro Miyamoto, Takayuki Morisaki, Mizuki Morita, Fuji Nagami, Hiroki Nakae, Hiroshi Nishihara, Kichiya Suzuki, Hiroshi Yokota, Toshihisa Takagi

    ISBER 2019 Annual Meeting and Exhibits  2019年5月7日  ISBER

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    開催年月日: 2019年5月7日 - 2019年5月10日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:上海  

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  • ゲノム医療におけるデータサイエンティストの役割と育成

    冨田 秀太, 森田 瑞樹, 山下 範之, 平沢 晃, 豊岡 伸一

    日本薬学会第139年会  2019年3月23日  日本薬学会

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    開催年月日: 2019年3月20日 - 2019年3月23日

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:幕張メッセ,ホテルニューオータニ幕張  

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  • 電子カルテのLSTMによる自動匿名化と手法間およびデータセット間の比較

    梶山 晃平, 堀口 裕正, 奥村 貴史, 森田 瑞樹, 狩野 芳伸

    第1回日本メディカルAI学会学術集会  2019年1月25日  日本メディカルAI学会

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    開催年月日: 2019年1月25日 - 2019年1月26日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京  

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  • 退院サマリの自由記載は何を書くことが望ましいのか:文献レビュー

    森田 瑞樹, 奥村 貴史, 狩野 芳伸, 堀口 裕正

    第38回日本医療情報学連合大会  2018年11月24日  日本医療情報学会

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    開催年月日: 2018年11月20日 - 2018年11月25日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:福岡  

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  • 病院併設型の研究基盤(バイオバンク)で経験するELSI課題

    森田 瑞樹

    第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)  2018年9月19日  日本バイオインフォマティクス学会(JSBi), 日本オミックス医療学会

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    開催年月日: 2018年9月19日 - 2018年9月21日

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:鶴岡市(山形県)  

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  • 岡山大学における病院併設型バイオバンクの機能と役割

    森田 瑞樹, 松原 岳大, 冨田 秀太, 宗 淳一, 平沢 晃, 豊岡 伸一, 那須 保友, 藤原 俊義, 金澤 右

    ARO協議会 第6回学術集会  2018年8月30日  ARO協議会

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    開催年月日: 2018年8月30日 - 2018年9月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:福岡市(福岡県)  

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  • センサーマットの時系列バイタルサインに基づく看取り時期の予測

    珠玖 隆行, 坂野 紀子, 森田 瑞樹, 笠原 慎吾

    第37回日本医療情報学連合大会  2017年11月22日  日本医療情報学会

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    開催年月日: 2017年11月20日 - 2017年11月23日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:大阪  

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  • Minimum common data set in cross-biobank search across biobanks in Japan 国際会議

    Mizuki Morita, Makoto Hirata, Shinobu Ikeda, Shuta Tomida, Seiya Imoto, Soichi Ogishima

    Global Biobank Week  2017年9月14日  BBMRI-ERIC, ESBB, ISBER

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年9月13日 - 2017年9月15日

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Stockholm  

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  • ゲノム医療におけるバイオバンクの役割

    森田 瑞樹

    第23回日本遺伝子細胞治療学会学術集会  2017年7月22日  日本遺伝子細胞治療学会

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    開催年月日: 2017年7月20日

    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:岡山  

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  • 岡山大学におけるがんクリニカルシークエンスの臨床実装 -抗がん剤適応遺伝子検査外来

    母里 淑子, 田端 雅弘, 西森 久和, 久保 寿夫, 枝園 和彦, 森田 瑞樹, 冨田 秀太, 江見 裕美, 峠 和美, 豊岡 伸一

    第2回クリニカルバイオバンク研究会シンポジウム  2016年7月24日  クリニカルバイオバンク研究会

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年7月23日 - 2016年7月24日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:北海道  

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  • 岡山大学病院バイオバンクにおけるインシデントレポートの導入

    江見 裕美, 田中 朋子, 森田 瑞樹, 峠 和美, 冨田 秀太, 宗 淳一, 豊岡 伸一

    第2回クリニカルバイオバンク研究会シンポジウム  2016年7月24日  クリニカルバイオバンク研究会

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年7月23日 - 2016年7月24日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:北海道  

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  • 検体検査システムとバイオバンクシステムの連携

    川下 隆二, 岡田 健, 大塚 文男, 江見 裕美, 森田 瑞樹, 宗 淳一, 豊岡 伸一, 森永 裕士, 合地 明

    平成27年度大学病院情報マネジメント部門連絡会議  2016年1月28日 

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    開催年月日: 2016年1月27日 - 2016年1月29日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:長崎  

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  • バイオバンクでの長期保存生体試料の品質管理標準化のための予備的検討

    山本 英喜, 松原 岳大, 森田 瑞樹, 冨田 秀太, 豊岡 伸一, 平沢 晃

    第66回 日本臨床検査医学会学術集会  2019年11月21日  日本臨床検査医学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岡山  

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  • 臨床現場と情報系研究者の間からこんにちは 招待

    森田 瑞樹

    第18回情報科学技術フォーラム(FIT2019)  2019年9月5日  電子情報通信学会, 情報・システムソサイエティ(ISS), ヒューマンコミュニケーショングループ(HCG), 情報処理学会

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

    開催地:岡山大学(岡山)  

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  • がんゲノム医療におけるアノテーションの比較検討 〜N-of-OneとWatson for Genomics~

    與田 夏美, 冨田 秀太, 森田 瑞樹, 豊岡 伸一

    第5回クリニカルバイオバンク学会シンポジウム  2019年7月5日  クリニカルバイオバンク学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 市民マラソンにおける持続心電図モニタリングの可能性

    坂野 紀子, 大澤 晋, 逢坂 大樹, 森田 瑞樹, 珠玖 隆行, 佐能 量雄, 笠原 真悟

    第58回日本生体医工学会大会  2019年6月6日  日本生体医工学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:沖縄コンベンションセンター(沖縄)  

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  • バイオバンクにおける臨床検体の品質管理 招待

    森田 瑞樹

    JKiCセミナー  2019年3月12日  JSR・慶應義塾大学医学化学イノベーションセンター

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:慶應義塾大学  

    医学・生物学の70%以上の論文は結果が再現できないと言われている。原因の1つに臨床検体の品質がある。つまり,臨床検体の採取・処理・保管・輸送などの各工程をどのように管理するかが重要である。臨床検査においては以前より品質管理の取り組みが進められてきたが,近年は遺伝子関連検査における品質管理も注目を集めている。本講演では,臨床検体を大規模に扱うバイオバンクにおける品質管理について紹介する。

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  • 希少疾患における患者レジストリを介した患者と研究の関係性構築

    森田 瑞樹

    第37回日本臨床薬理学会学術総会  2016年12月2日 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

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  • カルテの文章を医療ビッグデータとして活用するために 招待

    森田 瑞樹

    医療科学研究所(第7回)医療経済研究会  2016年11月28日 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • バイオリソースと診療情報との結合:収集から連携へ

    美代 賢吾, 小南 亮太, 渡辺 浩, 森田 瑞樹, 荻島 創一, 島貫 秀之

    第36回医療情報学連合大会  2016年11月24日 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

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  • がんゲノム医療における類似症例および関連臨床試験の検索のための標準的な枠組みの提案

    森田 瑞樹, 五十嵐 芳暢, 河野 信, 長尾 知生子, 水口 賢司

    第36回医療情報学連合大会  2016年11月23日 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 創薬・疾患研究のためのデータベース検索システムSagace

    長尾 知生子, 五十嵐 芳暢, 森田 瑞樹, 陳 怡安, 深川 明子, 坂手 龍一, 水口 賢司

    トーゴーの日シンポジウム2016  2016年10月6日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • がん個別化医療における診療支援のための情報共有に向けた提案

    森田 瑞樹, 五十嵐 芳暢, 河野 信, 長尾 知生子, 水口 賢司

    トーゴーの日シンポジウム2016  2016年10月5日 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • クリニカルバイオバンク

    森田 瑞樹, 豊岡 伸一, 冨田 秀太, 宗 淳一, 那須 保友, 尾崎 敏文, 槇野 博史

    ARO協議会 第4回学術集会  2016年8月29日  ARO協議会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:豊中市(大阪府)  

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  • Overview of the NTCIR-12 MedNLPDoc Task

    Eiji Aramaki, Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma

    The 12th NTCIR Conference (NTCIR-12)  2016年6月10日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 情報登録システムを作るために:インターネットを介して発見する患者ニーズについて

    中嶋 容子, 松村 剛, 大平 香織, 高田 博仁, 森田 瑞樹

    第3回日本難病医療ネットワーク学会学術集会  2015年11月13日  日本難病医療ネットワーク学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:仙台国際センター(宮城県)  

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  • 創薬・疾患研究のためのデータベース検索システムSagace & Toxygates

    長尾 知生子, 五十嵐 芳暢, 森田 瑞樹, 陳 怡安, 深川 明子, 坂手 龍一, 水口 賢司

    トーゴーの日シンポジウム2015  2015年10月6日 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • 利用者がバイオバンクに求めるもの:調査報告のレビューより

    森田 瑞樹

    第1回クリニカルバイオバンク研究会シンポジウム  2015年10月4日 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:岡山  

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  • 岡山大学病院バイオバンクにおける取り組み

    豊岡 伸一, 森田 瑞樹, 冨田 秀太, 那須 保友, 槇野 博史

    ARO協議会 第3回学術集会  2015年9月19日  ARO協議会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:文京区(東京都)  

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  • 適切な患者レジストリーの運営および現在の課題 招待

    森田 瑞樹

    第15回CRCと臨臨床試験のあり⽅方を考える会議2015 in KOBE  2015年9月12日 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:神戸  

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  • がん患者による治療の記録は何の役に立っているか

    森田 瑞樹, 冨井 美子, 矢島 弘士

    日本ヘルスコミュニケーション学会第7回学術集会  2015年9月6日  日本ヘルスコミュニケーション学会

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:西南学院大学(福岡)  

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  • Overview of the NTCIR-11 MedNLP-2 Task

    The 11th NTCIR Conference (NTCIR-11)  2014年12月12日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • BARY at the NTCIR-11 MedNLP-2 Task for complaints and diagnosis recognition

    Yusuke Matsubara, Mizuki Morita, Hasida Kôiti

    The 11th NTCIR Conference (NTCIR-11)  2014年12月12日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 難病医療ネットワークにおける匿名Webコミュニティ:医療現場で解消しきれなかった難病患者・未病者の悩みをどう捉えるか

    森田 瑞樹, 高祖 麻美, 竹内 芙実, 木村 円

    第2回日本難病医療ネットワーク学会学術集会  2014年11月14日  日本難病医療ネットワーク学会

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:かごしま県民交流センター(鹿児島)  

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  • Q&Aサイトの質的内容分析による筋ジストロフィーについて患者・市民が知りたい情報の分析

    森田 瑞樹, 高祖 麻美, 竹内 芙実, 木村 円

    第34回医療情報学連合大会(JCMI34)  2014年11月7日  日本医療情報学会

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Toxygates: トキシコゲノミクスデータ解析プラットフォームの実装

    五十嵐 芳暢, Johan T, NYSTROM-PERSSON, 森田 瑞樹, 伊藤 真和吏, 中津 則之, 山田 弘, 水口 賢司

    第41回日本毒性学会学術年会  2014年7月2日  日本毒性学会

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神戸コンベンションセンター(兵庫県)  

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  • Arresting Treatment Patterns for Individual Patients in Clinical Big Data: An Exploratory Procedure

    Mizuki Morita, Masanori Shiro, Shotaro Akaho, Toshihiro Kamishima, Hideki Asoh, Eiji Aramaki, Koiti Hasida, Takahide Kohro

    AAAI Spring Symposium 2014  2014年3月24日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:サンフランシスコ(アメリカ)  

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  • 医療テキストを対象とした言語処理実装システムとそのデータ構造

    宮部 真衣, 森田 瑞樹, 荒牧 英治

    第33回医療情報学連合大会  2013年11月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:神戸(日本)  

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  • 使いやすい言語処理のための実装例の提案

    荒牧 英治, 森田 瑞樹, 仲村 哲明, 島本 裕美子, 宮部 真衣

    第33回医療情報学連合大会  2013年11月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸(日本)  

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  • 患者中心の患者情報登録の設計と課題

    森田 瑞樹

    第2回生命医薬情報学連合大会  2013年10月30日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京(日本)  

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  • MedNLP Track at NII Test Collection for Information Retrieval (NTCIR) 2012-13 and 2013-14 招待

    Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma, Eiji Aramaki

    ShARe/CLEFeHealth2013  2013年9月24日 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:バレンシア(スペイン)  

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  • Overview of the NTCIR-10 MedNLP Task

    Mizuki Morita, Yoshinobu Kano, Tomoko Ohkuma, Mai Miyabe, Eiji Aramaki

    The 10th NTCIR Conference (NTCIR-10)  2013年6月20日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • Online Population-based Patient Registry to Collect and Share Health-related Data of Rare Disease Patients

    Mizuki Morita, Soichi Ogishima, Kunihiro Nishimura, Eiji Aramaki, Tateo Ito

    AAAI Spring Symposium 2013  2013年3月27日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:サンフランシスコ(アメリカ)  

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  • 患者の研究参加のあり方を考える –患者レジストリを例に

    森田 瑞樹, 荻島 創一, 西村 邦裕, 荒牧 英治, 百瀬 理絵, 安念 潤司

    全国難病センター研究会 第19回研究大会  2013年3月3日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:鹿児島(日本)  

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  • テキストのk-匿名化

    荒牧 英治, 増川 佐知子, 宮部 真衣, 森田 瑞樹

    情報処理学会研究報告. データベース・システム研究会報告  2012年11月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    近年大量のデータが集まりつつある.これにともない,テキストを匿名化したいという需要も高まっている.従来の匿名化は個人名,施設名などの固有表現を削除するものが多い.しかし,固有表現以外の部分から個人を特定できてしまうという可能性があり,十分な匿名化でない場合がある.そこで,本研究では,どのような文字列で検索しても,ヒットする件数は k 件以上となるように,テキストの一部を削除し,テキストを一意に特定できないようにするという新しい匿名化手法を提案する.実験の結果,カルテ文章の 84% の文字,論文の文章の 37% の単語を保存しつつ, k 匿名化 (k=2) を達成できた.また,この保存率を小規模なデータから推定する方法もあわせて提案する.

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  • アミノ酸保存度と相互作用エネルギーを組み合わせたタンパク質-リガンド結合部位予測手法の開発

    Hiroto Tsujikawa, Yusuke Umeda, Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    生物物理  2012年8月 

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    記述言語:英語  

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  • Influenza Patients are Invisible in the Web

    Eiji Aramaki, Sachiko Maskawa, Mizuki Morita

    AAAI Spring Symposium 2012  2012年3月 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:サンフランシスコ(アメリカ)  

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  • Linked Rare Disease Data (LRDD): linking rare disease data for open innovations

    Soichi Ogishima, Satoshi Mizuno, Mizuki Morita, Masataka Kikuchi, Hiroshi Tanaka

    The 7th International Conference on Rare Disease and Orphan Drugs (ICORD 2012)  2012年2月5日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • Data integration on rare disease and orphan drug with open source drug discovery database

    Kazuyoshi Ikeda, Mizuki Morita, Kazuki Ono, Yo Terada, Yukiko Nishimura

    The 7th International Conference on Rare Disease and Orphan Drugs (ICORD 2012)  2012年2月5日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • Orphan drug and medical device development promotion system in Japan

    Mizuki Morita, Akane Hashimoto, Kazuyoshi Ikeda, Masasumi Shida, Hirofumi Kusunoki, Takako Kitamado

    The 7th International Conference on Rare Disease and Orphan Drugs (ICORD 2012)  2012年2月5日 

     詳細を見る

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • Twitter Catches the Flu:事実性判定を用いたインフルエンザ流行予測

    荒牧 英治, 増川 佐知子, 森田 瑞樹

    情報処理学会研究報告. SLP, 音声言語情報処理  2011年5月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    近年のTwitterの普及とともに,そこから有益な情報を抽出する研究の需要が高まっている.本研究ではインフルエンザ流行予測の問題に焦点をあてる.まず,Twitterからインフルエンザに関連した発言を抽出する.次に,SVMを用いた分類器で,その発言者が実際にインフルエンザにかかっているかどうかを判定する.実験では,厚労省報告の症例数と比較し相関係数0.89の精度で流行予測することができ,提案手法の有効性を示した.特に,流行の開始時期においては,相関係数は0.97と高く,最先端の手法であるGoogle Fluトレンドと同等の精度が得られた.本研究によって,Twitter上のテキストが現実の疾病状態を反映していること,また,言語処理技術によって,その情報が抽出可能であることを示した.

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  • ウェブからの疾病情報の大規模かつ即時的な抽出手法

    荒牧 英治, 森田 瑞樹, 篠原(山田, 恵美子, 岡 瑞起

    言語処理学会 第17回年次大会(NLP2011)  2011年3月10日 

     詳細を見る

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:豊橋技術科学大学(愛知県)  

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  • Development of a database for exploring membrane protein conformations

    Mizuki Morita, A. V. S, K. Mohan Katta, Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi

    Biochemical Society Annual Symposium - Recent advances in membrane biochemistry  2011年1月6日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:ケンブリッジ(イギリス)  

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  • タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発

    中村 周吾, 森田 瑞樹, 角田 将典, 清水 謙多郎

    生物物理  2010年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語  

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  • 膜タンパク質系の分子動力学シミュレーションのための精密な構造モデリング法の開発

    森 貴治, 森田 瑞樹, Shander Ahmad, 水口 賢司, 杉田 有治

    生物物理  2010年8月 

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    記述言語:英語  

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  • バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築

    池澤 弘貴, 森田 瑞樹, 清水 謙多郎

    生物物理  2009年9月 

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    記述言語:英語  

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  • 水晶発振子上で振動させられるタンパク質の水中での挙動と物性比較

    古澤 宏幸, 小関 智光, 森田 瑞樹, 岡畑 恵雄

    第89回日本化学会春季年会  2009年3月30日  日本化学会

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:日本大学理工学部船橋キャンパス(千葉県)  

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  • タンパク質立体構造を用いたリガンド結合部位の予測 招待

    森田 瑞樹

    第43回 CBRCセミナー  2008年12月18日 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

    開催地:産総研臨海副都心センター(東京都)  

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  • High Accuracy Prediction of Ligand-binding Sites on Protein Structures with i-SITE

    Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology  2008年11月4日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • i-SITE: Energy-based Method for Predicting Ligand-binding Sites on Protein Structures

    Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    The 16th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2008)  2008年7月20日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:トロント(カナダ)  

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  • Prediction and analysis of protein interactions

    Masanori Kakuta, Kazuya Sumikoshi, Mizuki Morita, Satoshi Yamasaki, Ryuchiro Ishitani, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    Frontier of Microbial and Plant Biotechnology in Environmental and Life Science  2007年12月6日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東京(日本)  

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  • Predicting Ligand Binding Sites of Uncharacterized Protein structure

    Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW 2006)  2006年12月18日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:横浜(日本)  

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  • Development of a Protein Tertiary Structure Prediction Server

    Shugo Nakamura, Mizuki Morita, Masanori Kakuta, Kentaro Shimizu

    The 5th EABS & BSJ East Asian Biophysics Symposium (EABS & BSJ 2006) and the 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan  2006年11月14日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:沖縄(日本)  

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  • Predicting Ligand Binding Sites of Uncharacterized Protein Structure

    Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu

    The 5th EABS & BSJ East Asian Biophysics Symposium (EABS & BSJ 2006) and the 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan  2006年11月13日 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:沖縄(日本)  

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  • Predicting ligand binding sites of uncharacterized protein structure

    森田 瑞樹, 中村 周吾, 清水 謙多郎

    生物物理  2006年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Development of a protein tertiary structure prediction server

    中村 周吾, 森田 瑞樹, 角田 将典, 清水 謙多郎

    生物物理  2006年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • マンノース6-リン酸受容体の発現調製と水晶発振子上での結合挙動の観察

    森田 瑞樹, 重松 秀樹, 千葉 靖典, 岡畑 恵雄

    第85回日本化学会春季年会  2005年3月28日  日本化学会

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神奈川大学横浜キャンパス(横浜県)  

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  • マンノース6-リン酸受容体の発現調製と分子認識

    森田 瑞樹, 重松 秀樹, 岡畑 恵雄

    第84回日本化学会春季年会  2004年3月28日  日本化学会

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)  

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  • 水晶発振子を用いた生体分子の粘弾性測定

    森田 瑞樹, 古澤 宏幸, 岡畑 恵雄

    第18回生体機能関連化学部会・第7回バイオテクノロジー部会合同シンポジウム  2003年10月13日  日本化学会 生体機能関連化学部会・バイオテクノロジー部会

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:熊本大学工学部(熊本県)  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • COPDの病態解明・新規治療開発のための空間解析を含むマルチオミックスデータベース構築

    研究課題/領域番号:21tm0724603h0001  2021年12月 - 2022年03月

    日本医療研究開発機構  ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム 

    遠西 大輔, 冨田 秀太, 冨樫 庸介, 宮原 信明, 枝園 和彦, 森田 瑞樹, 小賀 徹

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

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  • ウェアラブル機器を用いた低強度運動での運動耐容能の評価

    研究課題/領域番号:21K12787  2021年04月 - 2024年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    森田 瑞樹, 頼 冠名, 森本 美智子

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

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  • マラソン心事故予防に向けたAI解析による致死性不整脈の予知アルゴリズム構築

    研究課題/領域番号:21K08107  2021年04月 - 2024年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    笠原 真悟, 森田 瑞樹, 藤井 泰宏, 平井 健太, 逢坂 大樹, 諸岡 健一, 坂野 紀子

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    配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )

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  • バイオバンク利活用推進のための調査研究

    2020年08月 - 2023年03月

    日本医療研究開発機構  ゲノム創薬基盤推進研究事業 

    森田 瑞樹, 井上 悠輔, 神川 邦久, 倉田 真由美, 小原 有弘, 竹内 朋代, 西原 広史

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 人工知能による深層学習を応用した運動障害性咀嚼障害の多軸診断支援システムの開発

    研究課題/領域番号:20K10071  2020年04月 - 2023年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    大野 彩, 窪木 拓男, 森田 瑞樹, 菊谷 武, 百田 龍輔

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    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

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  • ゲノム医療実現推進のためのバイオバンク利活用促進に向けたバイオバンク・ネットワーク構築と運用支援に関する研究開発

    2018年10月 - 2023年03月

    日本医療研究開発機構  ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業(ゲノム研究プラットフォーム利活用システム) 

    荻島 創一, 横田 博, 鈴木 吉也, 長神 風二, 村上 善則, 松田 浩一, 森崎 隆幸, 井元 清哉, 後藤 雄一, 宮本 恵宏, 野入 英世, 高木 利久, 森田 瑞樹, 西原 広史, 中江 裕樹

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

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担当授業科目

  • ヒューマンイノベーション・ヘルスケア科学概論 (2021年度) 前期  - その他

  • ヘルスケアサイエンス概論 (2021年度) 前期  - 金7~8

  • ヘルスシステム統合科学専門英語 (2021年度) 後期  - その他

  • ヘルスシステム統合科学特別研究 (2021年度) 通年  - その他

  • ヘルスシステム統合科学特別研究 (2021年度) 通年  - その他

  • ヘルスシステム統合科学特論 (2021年度) 前期  - その他

  • ヘルスシステム統合科学総論 (2021年度) 前期  - 火7~8

  • 先進病院実習 (2021年度) 前期  - その他

  • 医用工学入門 (2021年度) 第2学期  - 水1~4

  • 医用工学入門 (2021年度) 第2学期  - 水1~4

  • 医用工学入門 (2021年度) 第2学期  - 水1~4

  • 医用物理学 (2021年度) 第1学期  - 水1~4

  • 医用物理学 (2021年度) 第1学期  - 水1~4

  • 医用物理学 (2021年度) 第1学期  - 水1~4

  • 医用電子工学実習 (2021年度) 特別  - その他

  • 医用電子工学実習 (2021年度) 第4学期  - 水1~6

  • 医療人のための教養 (2021年度) 第4学期  - 金7~8

  • 医療情報管理学 (2021年度) 第1学期  - 火7~8

  • 卒業研究 (2021年度) 1~4学期  - その他

  • 技術表現発表学 (2021年度) 後期  - その他

  • 技術表現発表学 (2021年度) 後期  - その他

  • 生体情報解析学演習 (2021年度) 後期  - 金1

  • 生体情報解析学演習 (2021年度) 後期  - 水5~6

  • 生体情報解析学特論 (2021年度) 前期  - 火2

  • 生体情報解析学特論 (2021年度) 前期  - その他

  • 生体情報解析学特論 (2021年度) 前期  - 水5~6

  • 生体機能情報学演習 (2021年度) 後期  - 金7

  • 生体機能情報学特講 (2021年度) 前期  - 金7

  • 生体機能情報学特講 (2021年度) 前期  - その他

  • 科学研究 (2021年度) 特別  - その他

  • 臨床検査科学演習 (2021年度) 2・3学期  - [第2学期]火7, [第3学期]月7

  • ヒューマンイノベーション・ヘルスケア科学概論 (2020年度) 前期  - 金5,金6

  • ヘルスシステム統合科学専門英語 (2020年度) 後期  - その他

  • ヘルスシステム統合科学特別研究 (2020年度) 通年  - その他

  • ヘルスシステム統合科学特論 (2020年度) 前期  - その他

  • ヘルスシステム統合科学総合演習 (2020年度) 後期  - その他

  • 医用工学入門 (2020年度) 第2学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用工学入門 (2020年度) 第2学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用工学入門 (2020年度) 第2学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用工学入門 (2020年度) 第2学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用物理学 (2020年度) 第1学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用物理学 (2020年度) 第1学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用物理学 (2020年度) 第1学期  - 水1,水2,水3,水4

  • 医用電子工学実習 (2020年度) 特別  - その他

  • 医用電子工学実習 (2020年度) 第4学期  - 水1,水2,水3,水4,水5,水6

  • 医療人のための教養 (2020年度) 第4学期  - 金7,金8

  • 医療情報管理学 (2020年度) 第1学期  - 火7,火8

  • 卒業研究 (2020年度) 1~4学期  - その他

  • 技術表現発表学 (2020年度) 後期  - その他

  • 生体情報解析学演習 (2020年度) 後期  - 金1

  • 生体情報解析学演習 (2020年度) 後期  - 水5,水6

  • 生体情報解析学特論 (2020年度) 前期  - 火2

  • 生体情報解析学特論 (2020年度) 前期  - 水5,水6

  • 生体機能情報学演習 (2020年度) 後期  - 金7

  • 生体機能情報学特講 (2020年度) 前期  - 金7

  • 生体機能情報学特講 (2020年度) 前期  - その他

  • 科学研究 (2020年度) 特別  - その他

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社会貢献活動

  • ソフトウェア「TakeCARE」によるICPC自動コーディング

    役割:講師

    日本プライマリ・ケア連合学会 診療データベース委員会  ICPC(プライマリ・ケア国際分類)オンラインセミナー  オンライン  2021年3月21日

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    種別:セミナー・ワークショップ

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  • 技術の森

    役割:出演

    RSKラジオ  朝耳らじお5.5  2021年3月3日

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    種別:テレビ・ラジオ番組

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  • 明日の医療をつくるひと

    役割:講師

    岡山大学大学院ヘルスシステム統合科学研究科  2020年度市民講演会 私の/私たちのいのちとヘルス(健康)  オンライン  2021年2月21日

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    対象: 社会人・一般

    種別:講演会

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  • COVID-19研究における日本国内バイオバンクの活動と今後

    役割:パネリスト

    日本生物資源産業利用協議会(CIBER)  COVID-19研究における日本国内バイオバンクの活動と今後  オンライン  2020年9月18日

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    対象: 研究者, 社会人・一般, 学術団体, 企業, 行政機関

    種別:セミナー・ワークショップ

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  • 世界を変える「バイオバンク」 –「岡大バイオバンク」と医学・創薬研究を支える基盤の明日–

    役割:講師

    岡山大学研究推進機構  第74回SDGs岡大サイエンスカフェ  2019年11月8日

     詳細を見る

    対象: 高校生, 大学生, 大学院生, 社会人・一般

    種別:サイエンスカフェ

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  • バイオマーカー(ゲノム、分子・細胞)とデジタルバイオマーカー等(画像、デジタル等)の解説

    役割:助言・指導

    中外製薬株式会社  中外メディカルアフェアーズ  2011年11月15日 - 現在

     詳細を見る

    種別:インターネット

    バイオマーカーは診断、治療方針の決定から予防まで幅広い目的で用いられます。「目的から知るバイオマーカー」では、8種類の用途に大別されるバイオマーカーを医学研究の目的にそって解説します。「解析対象から知るバイオマーカー」では、ゲノムや分子・細胞に関連するバイオマーカーと、Artificial intelligenceやウェアラブルデバイス等のデジタルテクノロジーを用いたバイオマーカー(画像バイオマーカー、デジタルバイオマーカー)を解説します。

    researchmap

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