研究者詳細 - 篠田　渉

CECAM workshop: Ions, membrane and channels: Multiscale simulations from quantum to coarse-grain. A symposium in honor of Mike Klein. 2022年10月29日 CECAM

補助溶媒希釈スルホラン系濃厚Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構の解析

池田周平，都築誠二，上野和英，渡邉正義，篠田渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月28日溶液化学研究会

分子動力学計算による抗菌ペプチドの膜選択性解析

川端一正，宮崎裕介，篠田　渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月28日溶液化学研究会

脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出の分子動力学

柴田果奈，Akhil Pratap Singh，宮崎裕介，篠田渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月27日溶液化学研究会

生体膜・脂質膜の分子シミュレーション招待

篠田渉

「計算生命科学の基礎９」 2022年11月16日神戸大学大学院システム情報学研究科計算科学教育研究センター

分子動力学シミュレーションを用いた脂質膜におけるメリチンの抗菌作用の研究

宮崎裕介，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月30日一般社団法人日本生物物理学会

エンベロープ型ウイルス粒子の粗視化シミュレーション: B型肝炎ウイルス

浦野諒，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

分子動力学シミュレーションによるエンドソーム脱出分子機構の解明

柴田果奈, Akhil Pratap Singh, 篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

環境変化によるタンパク質の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデル

山田哲平，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

抗菌ペプチドによる膜細孔形成の分子シミュレーション研究

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

分子動力学法を用いた脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出機構の解明

柴田果奈, Pratap Singh Akhil, 宮崎裕介 , 篠田渉

第 73 回コロイドおよび界面化学討論会 2022年9月20日公益社団法人日本化学会コロイドおよび界面化学部会

環境依存の構造変化を取り入れた粗視化タンパク質モデルの開発

山田哲平，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月21日分子科学会

ウイルス粒子の粗視化分子動力学シミュレーション：B型肝炎ウイルス粒子構造

浦野諒，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月20日分子科学会

粗視化分子力場SPICAのタンパク質系への拡張と応用

宮崎裕介，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月19日分子科学会

ドナー性の異なる溶媒を用いた高濃度Li塩溶液における溶液構造とLiイオン輸送の関係性

重信圭佑、都築誠二、篠田渉、獨古薫、渡邉正義、上野和英

2022年電気化学秋季大会 2022年9月9日公益社団法人電気化学会

アンフォテリシンBが脂質膜中で形成するイオンチャネル複合体の構造と活性発現機構

梅川雄一、山本智也、 Mayank Dixit、中川泰男、土川博史、花島慎弥、松森信明、篠田　渉、村田道雄

第64回天然有機化合物討論会 2022年9月8日第64回天然有機化合物討論会

粗視化分子モデルとその応用

篠田渉

第16回分子シミュレーションスクール 2022年9月6日計算科学研究センター

固体 NMR による脂質二重膜におけるリン脂質不飽和脂肪鎖の配座・配向解析

安田貴也・梅川雄・篠田渉・村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月26日公益社団法人日本化学会

アンフォテリシン B 会合体と構造化したリン脂質の相互作用の解明

片山綾人・梅川雄・篠田渉・村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月25日公益社団法人日本化学会

2H-13C二重標識体を用いた固体 NMRによる飽和リン脂質sn-1、sn-2アシル鎖の配座配向解析

○齋藤宣樹、梅川雄、篠田渉、村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月23日公益社団法人日本化学会

マルチスケール分子シミュレーションによる電解質系の物性解析：高分子電解質の物性解析とリチウムイオン電池系のイオン伝導機構招待

篠田渉

第410回電池技術委員会 2022年2月4日公益社団法人電気化学会　電池技術委員会

生体膜・脂質膜の分子シミュレーション招待

篠田渉

高分子計算機科学研究会 2022年1月13日公益社団法人高分子学会

生体高分子自己集合系の分子シミュレーション招待

篠田渉

スーパーコンピュータワークショップ2021 「生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」 2022年1月12日自然科学研究機構　岡崎共通研究施設　計算科学研究センター

MDシミュレーションによるスルホラン系Li塩高濃度電解液中のLiイオン拡散機構の調査

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

粗視化力場 pSPICA による抗菌ペプチドの細菌膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

全原子分子動力学計算による PMMA の溶剤破壊の分子論

下岡稔，篠田渉，三宅大輝，原光生，河原聡平，眞弓皓一，藤本和士

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

分子動力学法を用いたエタノール混合によるベシクル構造転移機構の解明

柴田果奈，真栄城正寿，渡慶次学，篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids 招待

Wataru Shinoda

Pacifichem2021 2021年12月21日 The Chemical Society of Japan

生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション招待

篠田渉

第16回理研「バイオものづくり」シンポジウム 2021年12月9日国立研究開発法人理化学研究所

分子動力学法を用いたスルホラン系 Li 塩濃厚電解液における Li イオンダイナミクスの解析

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

B型肝炎ウイルスのカプシド含有エンベロープの分子モデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊の分子論

下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構

柴田果奈、真栄城正寿、渡慶次学、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

B型肝炎ウイルスのエンベロープのモデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第59回日本生物物理学会年会 2021年11月日本生物物理学会

スルホラン系高濃度Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

第43回溶液化学シンポジウム 2021年10月溶液化学研究会

分子シミュレーションによる界面活性剤/脂質の自己集合構造と安定性評価招待

篠田渉

日本油化学会2021年若手の会交流会 2021年10月8日日本油化学会若手の会

全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊シミュレーション

下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士

第15回分子科学討論会 2021年9月分子科学会

2H,13C-二重標識POPCを用いた脂質二重膜における不飽和アシル鎖の配座・配向の固体NMR解析

安田貴也、梅川雄一、今井茅希、村田道雄、篠田渉

日本化学会第101春季大会 2021年3月21日日本化学会

Elucidation of inter-leaflet coupling in asymmetric membranes induced by very long chain sphingomyelin based on solid-state NMR

Tanatchphong Keeratisakulsith, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Michio Murata, Wataru Shinoda

2021年3月19日

Seipin Accumulates and Traps Diacylglycerols and Tryglycerides in Its Ring-Like Structure 国際共著国際会議

Valeria Zoni, Wataru Shinoda, Stefano Vanni

65th Biophysical Society Annual Meeting 2021年2月 Biophysical Society

Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model 招待

Wataru Shinoda

The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations 2021年1月6日

粗視化分⼦動⼒学法による脂質膜相分離、抗菌ペプチド作⽤の研究招待

篠田渉、宮﨑裕介、Sangjae Seo

物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開2020」 2020年12月東大物性研

気液界面における半フッ化炭素のヘミミセル形成

原田昌吾、Hari O. S. Yadav、篠田渉

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

薬剤分子の B 型肝炎ウイルスへの透過機構の探索

弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

定量的粗視化力場SPICA のDNA モデルヘの拡張: 脂質ナノ粒子の構造予測

田中裕貴、宮崎裕介、Akhil Pratap Singh、篠田渉

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

不均一系における位置に依存した拡散係数の新規手法の提案

永井哲郎、弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第34回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

高精度量子化学計算を用いた電極中の硫黄の還元反応の解析

都築誠二，金子智昭，袖山慶太郎，梅林泰宏，篠田渉，関志朗，上野和英，獨古薫，渡邉正義

第61回電池討論会 2020年11月電気化学会

濃厚電解質溶液中のイオンダイナミクス：分子動力学法による検討

篠田　渉

2020年度イオン液体研究会 2020年7月16日イオン液体研究会

All-Atomistic Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy Polymers:Molecular Mechanism of Brittleness and Ductility

Z. Tang, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki

Materials Research Meeting 2019 2019年12月 MRM2019

粗視化分子力場pSPICAを用いたペプチドによる細孔形成過程の解析

宮﨑裕介、岡崎進、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

Effects of Packing Density and Chain Length on the Surface Hydrophobicity of Thin Films Composed of Perfluoroalkyl Acrylate Chains: A Molecular Dynamics Study

H. Yadav,An-Tsung Kuo, S. Urata, W.Shinoda

2019年12月

Coarse-Grained MD Study of Entecavir Drug Insertion into Hepatitis B Virus (HBV) Capsid

M. Dixit,H. Liu, Y. Miyazaki, R. Urano,S. Okazaki, W. Shinoda

2019年12月

Molecular view of lipid-based nanoparticles as drug delivery system revealed by coarse grained simulation

A. P. Singh, H. Tanaka, Y. Miyazaki, W. Shinoda

2019年12月

分子動力学シミュレーションによるAm-photericinB チャネルの構造安定性の解析

舟橋康佑、 Sang-jae Seo、岡崎進、　梅川雄一、村田道雄、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

定量的粗視化力場SPICAのDNA/RNAモデルへの拡張

田中裕貴、宮崎裕介、 Akhil Pratap Singh、岡崎進、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

B 型肝炎ウイルス(HBV) への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

分子動力学計算による界面活性剤含水ラメラの構造決定および分子挙動に関する研究

武田康助、安藤嘉倫、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

不均一系での物質輸送を評価の際に利用する位置に依存した拡散係数の新規評価方法

永井哲郎、弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

tSPICA: Introducing Temperature- and Pressure- Dependence for the SPICA Coarse-Grained Force Field

M. Griffiths，W. Shinoda

2019年12月

電荷を置いたグラフェン近傍のイオンの配向

都築誠二、森下徹也、中村壮伸、篠田渉、関志朗、梅林泰宏、上野和英、獨古薫、渡邉正義

第10回イオン溶液討論会 2019年11月イオン液体研究会

ポリスルフィドアニオン、多硫化リチウムの構造と安定性

都築誠二、森下徹也、篠田渉、袖山慶太朗、梅林泰宏、関志朗、上野和英、獨古薫、渡邉正義

第60回電池討論会 2019年11月電気化学会

A new coarse-grained force field to perform molecular dynamics simulations for lipid bilayer systems using a polar water model

Y. Miyazaki, S. Okazaki, W. Shinoda

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

Coarse-Grained Molecular Dynamics Study of Lipid-Protein Complex 招待

W. Shinoda, S. Seo, K. Funahashi

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

Introducing Temperature- and Pressure- Dependence to a Coarse-Grained Model for Organic Molecules: The tSPICA Force Field

Mark Z. Griffiths, Wataru Shinoda

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

膜透過・相分離の分子シミュレーションによる研究招待

篠田渉、徐相宰、田村美侑

第42回溶液化学シンポジウムプレシンポジウム 2019年10月29日溶液化学研究会

非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究:ミクロの視点における降伏現象の解明

湯之也、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第68回高分子討論会 2019年9月高分子学会

P-SPICA: A coarse-grained force field for biological systems with a polar coarse-grained water model

Y.Miyazaki, S.Okazaki, W.Shinoda

2019年9月

Calculation of free energy of transfer of a reverse transcription inhibitor to the inside of HepatitisB Virus (HBV) capsid

R.Urano, K. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, W. Shinoda, S. Okazaki

2019年9月

B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

分子動力学シミュレーションによるAmphotericin Bチャネルの構造安定性の解析　

舟橋康佑、サンジェセオ、岡崎進、梅川雄一、村田道雄、篠田渉　　　

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

極性を持つ粗視化水モデルを基礎とした生体分子系のための新規粗視化分子力場の開発

宮崎裕介、岡崎進、篠田渉

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution by all-atom molecular dynamics calculation

K. Fujimoto,Y. Yamaguchi,R. Urano, 　W. Shinoda,T. Ishikawa, K. Omagari,　 Y. Tanaka,A. Nakagawa,S. Okazaki

Joint EMLG/JMLG conference 2019 2019年9月 European Molecular Liquids Group(EMLG)

Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution

K. Fujimoto, Y. Yamaguchi, R. Urano, W. Shinoda, T.Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka, A. Nakagawa, S. Okazaki

the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019年8月

Novel method to evaluate position-dependent diffusion constant of small molecules in heterogeneous systems

T. Nagai, S. Tsurumaki, R. Urano, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki

the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019年8月

Coarse-grained molecular dynamics study for protein-lipid complexes 招待国際共著国際会議

S. Seo, H. Liu, W. Shinoda　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

2019年6月

非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 I：延性と脆性

藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月高分子学会

全原子分子動力学計算による純ブタジエンゴム破壊の分子機構の研究

パヤルラジディープ、藤本和士、ジャンチャンウーン、篠田渉、武井祐樹、島広志、角田克彦、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月高分子学会

非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 II：分子論的解釈

湯之也、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月

抗B型肝炎ウイルス(HBV)薬剤分子のカプシド内部への吸収の自由エネルギー

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

不均一系の物質輸送の理解に向けた小分子の位置に依存する自己拡散係数評価方法の確立

弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、　岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

ガラス状高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究

藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

Multiscale Molecular Modeling for Polymer Electrolyte Membrane for Fuel Cell 招待

Wataru Shinoda

235th ECS Meeting The Electrochemical Society

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<篠田 渉>

講演・口頭発表等 - 篠田 渉

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講演・口頭発表等 - 篠田　渉