Presentations -
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Simulating Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles Invited
Wataru Shinoda
The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023) 2023.10.7
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Coarse Grained Molecular Dynamics Study on Endosomal Escape of dsDNA Encapsulated in Lipid Nanoparticles using the SPICA Force Field Invited
Wataru Shinoda
CECAM workshop: Macromolecular complexes: from ab initio and integrative modelling to functional dynamics 2023.9.7
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梅川雄、齋藤宣樹、花島慎弥、篠田渉、村田道雄
ケミカルバイオロジー学会 第17回年会 2023.5.29 日本ケミカルバイオロジー学会
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Exploring the Mechanism of Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles: A Coarse-Grained Molecular Dynamics Study Invited International conference
Wataru Shinoda
Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry APATCC-10 2023.2.19
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分子動力学計算による Li 伝導機構解明に立脚した高 Li 輸率のための 電解液設計と最適化
篠田 渉
JST-ALCA SPRING Li-S電池チームミーティング 2023.1.8 JST
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川端一正, 宮崎裕介, 山田哲平, 篠田渉
第36回分子シミュレーション討論会 2022.12.6 分子シミュレーション学会
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エンベロープ型ウイルス粒子の粗視化シ ミュレーション: B 型肝炎ウイルスのビリ オン構造とエンベロープ膜
浦野諒, 篠田渉
第36回分子シミュレーション討論会 2022.12.6 分子シミュレーション学会
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スルホラン系濃厚電解液における Li イオン伝導における溶媒効果
池田周平, 都築誠二, 上野和英, 渡邉正義, 篠田渉
第36回分子シミュレーション討論会 2022.12.5 分子シミュレーション学会
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環境依存の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデルの開発と脂質膜吸着現象への応用
山田哲平, 篠田渉
第36回分子シミュレーション討論会 2022.12.5 分子シミュレーション学会
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分子動力学計算による脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出機構の解明
柴田果奈, Akhil Pratap Singh, 宮崎裕介, 篠田渉
第36回分子シミュレーション討論会 2022.12.5 分子シミュレーション学会
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高濃度Li塩溶液に用いる溶媒のドナー性と溶液構造・Liイオン輸送の関係
重信 圭佑、 都築 誠二、 篠田 渉、 獨古 薫、 渡邉 正義、 上野 和英
第63回 電池討論会 2022.11.10 （公社）電気化学会 電池技術委員会
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石川 遼、 重信 圭佑、 須藤 拓、 都築 誠二、 篠田 渉、 獨古 薫、 渡邉 正義、 上野 和英
第63回 電池討論会 2022.11.8 （公社）電気化学会 電池技術委員会
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都築 誠二、 篠田 渉、 池田 周平、 重信 圭佑、 関 志朗、 上野 和英、 獨古 薫、 渡邉 正義
第63回 電池討論会 2022.11.8 （公社）電気化学会 電池技術委員会
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Coarse-grained molecular dynamics of lipid self-assembly. Invited International conference
CECAM workshop: Ions, membrane and channels: Multiscale simulations from quantum to coarse-grain. A symposium in honor of Mike Klein. 2022.10.29 CECAM
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補助溶媒希釈スルホラン系濃厚Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構の解析
池田周平，都築誠二， 上野和英，渡邉正義， 篠田 渉
第44回溶液化学シンポジウム 2022.10.28 溶液化学研究会
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川端一正，宮崎裕介，篠田 渉
第44回溶液化学シンポジウム 2022.10.28 溶液化学研究会
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柴田果奈，Akhil Pratap Singh，宮崎裕介，篠田 渉
第44回溶液化学シンポジウム 2022.10.27 溶液化学研究会
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生体膜・脂質膜の分子シミュレーション Invited
篠田渉
「計算生命科学の基礎９」 2022.11.16 神戸大学大学院システム情報学研究科 計算科学教育研究センター
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分子動力学シミュレーションを用いた脂質膜におけるメリチンの抗菌作用の研究
宮崎 裕介，篠田 渉
第60回生物物理学会年会 2022.9.30 一般社団法人日本生物物理学会
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エンベロープ型ウイルス粒子の粗視化シミュレーション: B型肝炎ウイルス
浦野 諒，篠田 渉
第60回生物物理学会年会 2022.9.29 一般社団法人日本生物物理学会
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分子動力学シミュレーションによるエンドソーム脱出分子機構の解明
柴田果奈, Akhil Pratap Singh, 篠田渉
第60回生物物理学会年会 2022.9.29 一般社団法人日本生物物理学会
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環境変化によるタンパク質の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデル
山田 哲平，篠田 渉
第60回生物物理学会年会 2022.9.29 一般社団法人日本生物物理学会
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川端一正、宮﨑裕介、篠田渉
第60回生物物理学会年会 2022.9.29 一般社団法人日本生物物理学会
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分子動力学法を用いた脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出機構の解明
柴田 果奈, Pratap Singh Akhil, 宮崎 裕介 , 篠田 渉
第 73 回コロイドおよび界面化学討論会 2022.9.20 公益社団法人 日本化学会 コロイドおよび界面化学部会
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山田 哲平，篠田 渉
第16回分子科学会 2022.9.21 分子科学会
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ウイルス粒子の粗視化分子動力学シミュレーション：B型肝炎ウイルス粒子構造
浦野諒，篠田 渉
第16回分子科学会 2022.9.20 分子科学会
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宮崎 裕介，篠田 渉
第16回分子科学会 2022.9.19 分子科学会
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ドナー性の異なる溶媒を用いた高濃度Li塩溶液における溶液構造とLiイオン輸送の関係性
重信 圭佑、 都築 誠二、 篠田 渉、 獨古 薫、 渡邉 正義、 上野 和英
2022年電気化学秋季大会 2022.9.9 公益社団法人 電気化学会
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アンフォテリシンBが脂質膜中で形成するイオンチャネル複合体の構造と活性発現機構
梅川雄一、 山本智也、 Mayank Dixit、 中川泰男、 土川博史、 花島慎弥、 松森信明、 篠田 渉、 村田道雄
第64回天然有機化合物討論会 2022.9.8 第64回天然有機化合物討論会
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篠田渉
第16回分子シミュレーションスクール 2022.9.6 計算科学研究センター
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固体 NMR による脂質二重膜におけるリン脂質不飽和脂肪鎖の配 座・配向解析
安田 貴也 ・ 梅川 雄・ 篠田 渉 ・ 村田 道雄
日本化学会 第102春季年会(2022) 2022.3.26 公益社団法人日本化学会
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アンフォテリシン B 会合体と構造化した リン脂質の相互作用の解明
片山 綾人 ・ 梅川 雄・ 篠田 渉 ・ 村田 道雄
日本化学会 第102春季年会(2022) 2022.3.25 公益社団法人日本化学会
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2H-13C二重標識体を用いた固体 NMRによる飽 和リン脂質sn-1、sn-2アシル鎖の配座配向解析
○齋藤 宣樹、 梅川 雄、 篠田 渉、 村田 道雄
日本化学会 第102春季年会(2022) 2022.3.23 公益社団法人日本化学会
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マルチスケール分子シミュレーションによる電解質系 の物性解析：高分子電解質の物性解析とリチウムイオ ン電池系のイオン伝導機構 Invited
篠田渉
第410回電池技術委員会 2022.2.4 公益社団法人 電気化学会 電池技術委員会
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生体膜・脂質膜の分子シミュレーション Invited
篠田渉
高分子計算機科学研究会 2022.1.13 公益社団法人 高分子学会
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生体高分子自己集合系の分子シミュレーション Invited
篠田渉
スーパーコンピュータワークショップ2021 「 生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」 2022.1.12 自然科学研究機構 岡崎共通研究施設 計算科学研究センター
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MDシミュレーションによるスルホラン系Li塩高濃度電解液中のLiイオン拡散機構の調査
池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉
溶液化学研究会若手の会 第1回冬季発表会 2021.12 溶液化学研究会若手の会
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粗視化力場 pSPICA による抗菌ペプチドの細菌膜選択性の解明
川端一正、宮﨑裕介、篠田渉
溶液化学研究会若手の会 第1回冬季発表会 2021.12 溶液化学研究会若手の会
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全原子分子動力学計算による PMMA の溶剤破壊の分子論
下岡稔，篠田渉，三宅大輝，原光生，河原聡平，眞弓皓一，藤本和士
溶液化学研究会若手の会 第1回冬季発表会 2021.12 溶液化学研究会若手の会
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分子動力学法を用いたエタノール混合によるベシクル構造転移機構の解明
柴田果奈，真栄城正寿，渡慶次学，篠田渉
溶液化学研究会若手の会 第1回冬季発表会 2021.12 溶液化学研究会若手の会
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Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids Invited International conference
Wataru Shinoda
Pacifichem2021 2021.12.21 The Chemical Society of Japan
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生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション Invited
篠田渉
第16回理研「バイオものづくり」シンポジウム 2021.12.9 国立研究開発法人理化学研究所
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分子動力学法を用いたスルホラン系 Li 塩濃厚電解液 における Li イオンダイナミクスの解析
池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉
第35回分子シミュレーション討論会 2021.11 分子シミュレーション学会
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B型肝炎ウイルスのカプシド含有エンベロープの分子モデリングとシミュレーション
浦野諒、篠田渉
第35回分子シミュレーション討論会 2021.11 分子シミュレーション学会
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全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊の分子論
下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士
第35回分子シミュレーション討論会 2021.11 分子シミュレーション学会
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エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構
柴田果奈、真栄城正寿、渡慶次学、篠田渉
第35回分子シミュレーション討論会 2021.11 分子シミュレーション学会
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分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明
川端一正、宮﨑裕介、篠田渉
第35回分子シミュレーション討論会 2021.11 分子シミュレーション学会
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B型肝炎ウイルスのエンベロープのモデリングとシミュレーション
浦野諒、篠田渉
第59回日本生物物理学会年会 2021.11 日本生物物理学会
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スルホラン系高濃度Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構
池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉
第43回溶液化学シンポジウム 2021.10 溶液化学研究会
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分子シミュレーションによる界面活性剤/脂質の自己集合構造と安定性評価 Invited
篠田 渉
日本油化学会2021年若手の会交流会 2021.10.8 日本油化学会若手の会
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全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊シミュレーション
下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士
第15回分子科学討論会 2021.9 分子科学会
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2H,13C-二重標識POPCを用いた脂質二重膜における不飽和アシル鎖の配座・配向の固体NMR解析
安田 貴也、梅川 雄一、今井 茅希、村田 道雄、篠田 渉
日本化学会第101春季大会 2021.3.21 日本化学会
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Elucidation of inter-leaflet coupling in asymmetric membranes induced by very long chain sphingomyelin based on solid-state NMR
Tanatchphong Keeratisakulsith, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Michio Murata, Wataru Shinoda
2021.3.19
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Seipin Accumulates and Traps Diacylglycerols and Tryglycerides in Its Ring-Like Structure International coauthorship International conference
Valeria Zoni, Wataru Shinoda, Stefano Vanni
65th Biophysical Society Annual Meeting 2021.2 Biophysical Society
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Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model Invited International conference
Wataru Shinoda
The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations 2021.1.6
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粗視化分⼦動⼒学法による脂質膜相分離、抗菌ペプチド作⽤の研究 Invited
篠田 渉、宮﨑 裕介、Sangjae Seo
物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開2020」 2020.12 東大物性研
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気液界面における半フッ化炭素のヘミミセル形成
原田 昌吾、Hari O. S. Yadav、篠田 渉
第34回分子シミュレーション討論会 2020.12.5 分子シミュレーション学会
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薬剤分子の B 型肝炎ウイルスへの透過機構の探索
弦巻 周平、浦野 諒、藤本 和士、篠田 渉、岡崎 進
第34回分子シミュレーション討論会 2020.12.5 分子シミュレーション学会
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定量的粗視化力場SPICA のDNA モデルヘの拡張: 脂質ナノ粒子の構造予測
田中 裕貴、宮崎 裕介、Akhil Pratap Singh、篠田 渉
第34回分子シミュレーション討論会 2020.12.5 分子シミュレーション学会
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不均一系における位置に依存した拡散係数の新規手法の提案
永井 哲郎、弦巻 周平、浦野 諒、藤本 和士、篠田 渉、岡崎 進
第34回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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高精度量子化学計算を用いた電極中の硫黄の還元反応の解析
都築 誠二，金子 智昭，袖山 慶太郎，梅林 泰宏，篠田 渉，関 志朗，上野 和英，獨古 薫，渡邉 正義
第61回電池討論会 2020.11 電気化学会
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濃厚電解質溶液中のイオンダイナミクス：分子動力学法による検討
篠田 渉
2020年度イオン液体研究会 2020.7.16 イオン液体研究会
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All-Atomistic Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy Polymers:Molecular Mechanism of Brittleness and Ductility International conference
Z. Tang, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki
Materials Research Meeting 2019 2019.12 MRM2019
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粗視化分子力場pSPICAを用いたペプチドによる細孔形成過程の解析
宮﨑裕介、岡崎進、 篠田渉
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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Effects of Packing Density and Chain Length on the Surface Hydrophobicity of Thin Films Composed of Perfluoroalkyl Acrylate Chains: A Molecular Dynamics Study
H. Yadav,An-Tsung Kuo, S. Urata, W.Shinoda
2019.12
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Coarse-Grained MD Study of Entecavir Drug Insertion into Hepatitis B Virus (HBV) Capsid
M. Dixit,H. Liu, Y. Miyazaki, R. Urano,S. Okazaki, W. Shinoda
2019.12
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Molecular view of lipid-based nanoparticles as drug delivery system revealed by coarse grained simulation
A. P. Singh, H. Tanaka, Y. Miyazaki, W. Shinoda
2019.12
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分子動力学シミュレーションによるAm-photericinB チャネルの構造安定性の解析
舟橋康佑、 Sang-jae Seo、 岡崎進、 梅川雄一、 村田道雄、篠田渉
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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定量的粗視化力場SPICAのDNA/RNAモデルへの拡張
田中裕貴、 宮崎裕介、 Akhil Pratap Singh、岡崎進、 篠田渉
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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B 型肝炎ウイルス(HBV) への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明
浦野諒、藤本和士、 安藤嘉倫、吉井範行、 篠田渉、岡崎進
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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分子動力学計算による界面活性剤含水ラメラの構造決定および分子挙動に関する研究
武田康助、 安藤嘉倫、 篠田渉、 岡崎進
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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不均一系での物質輸送を評価の際に利用する位置に依存した拡散係数の新規評価方法
永井哲郎、弦巻周平、 浦野諒、 藤本和士、 篠田渉、 岡崎進
第33回分子シミュレーション討論会 2019.12 分子シミュレーション学会
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tSPICA: Introducing Temperature- and Pressure- Dependence for the SPICA Coarse-Grained Force Field
M. Griffiths，W. Shinoda
2019.12
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電荷を置いたグラフェン近傍のイオンの配向
都築誠二、森下徹也、中村壮伸、篠田渉、関志朗、梅林泰宏、上野和英、獨古薫、渡邉正義
第10回イオン溶液討論会 2019.11 イオン液体研究会
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ポリスルフィドアニオン、多硫化リチウムの構造と安定性
都築誠二、森下徹也、篠田渉、袖山慶太朗、梅林泰宏、関志朗、上野和英、獨古薫、渡邉正義
第60回電池討論会 2019.11 電気化学会
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A new coarse-grained force field to perform molecular dynamics simulations for lipid bilayer systems using a polar water model International conference
Y. Miyazaki, S. Okazaki, W. Shinoda
The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019.11
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Coarse-Grained Molecular Dynamics Study of Lipid-Protein Complex Invited International conference
W. Shinoda, S. Seo, K. Funahashi
The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019.11
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Introducing Temperature- and Pressure- Dependence to a Coarse-Grained Model for Organic Molecules: The tSPICA Force Field International conference
Mark Z. Griffiths, Wataru Shinoda
The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019.11
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膜透過・相分離の分子シミュレーションによる研究 Invited
篠田渉、徐相宰、田村美侑
第42回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム 2019.10.29 溶液化学研究会
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非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究:ミクロの視点における降伏現象の解明
湯 之也、藤本 和士、篠田 渉、岡崎 進
第68回高分子討論会 2019.9 高分子学会
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P-SPICA: A coarse-grained force field for biological systems with a polar coarse-grained water model
Y.Miyazaki, S.Okazaki, W.Shinoda
2019.9
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Calculation of free energy of transfer of a reverse transcription inhibitor to the inside of HepatitisB Virus (HBV) capsid
R.Urano, K. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, W. Shinoda, S. Okazaki
2019.9
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B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算
浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進
第13回分子科学討論会 2019.9 分子科学会
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分子動力学シミュレーションによるAmphotericin Bチャネルの構造安定性の解析
舟橋康佑、サンジェ セオ、岡崎進、 梅川雄一、村田道雄、 篠田渉
第13回分子科学討論会 2019.9 分子科学会
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極性を持つ粗視化水モデルを基礎とした生体分子系のための新規粗視化分子力場の開発
宮崎裕介、岡崎進、篠田渉
第13回分子科学討論会 2019.9 分子科学会
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Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution by all-atom molecular dynamics calculation International conference
K. Fujimoto,Y. Yamaguchi,R. Urano, W. Shinoda,T. Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka,A. Nakagawa,S. Okazaki
Joint EMLG/JMLG conference 2019 2019.9 European Molecular Liquids Group(EMLG)
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Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution
K. Fujimoto, Y. Yamaguchi, R. Urano, W. Shinoda, T.Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka, A. Nakagawa, S. Okazaki
the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019.8
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Novel method to evaluate position-dependent diffusion constant of small molecules in heterogeneous systems International conference
T. Nagai, S. Tsurumaki, R. Urano, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki
the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019.8
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Coarse-grained molecular dynamics study for protein-lipid complexes Invited International coauthorship International conference
S. Seo, H. Liu, W. Shinoda
2019.6
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非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 I：延性と脆性
藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進
第68回高分子学会年次大会 2019.5 高分子学会
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全原子分子動力学計算による純ブタジエンゴム破壊の分子機構の研究
パヤル ラジディープ 、藤本和士、ジャン チャンウーン、篠田渉、武井祐樹、島広志、角田克彦、岡崎進
第68回高分子学会年次大会 2019.5 高分子学会
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非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 II：分子論的解釈
湯之也、藤本和士、篠田渉、岡崎進
第68回高分子学会年次大会 2019.5
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抗B型肝炎ウイルス(HBV)薬剤分子のカプシド内部への吸収の自由エネルギー
浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進
第22回理論化学討論会 2019.5 理論化学会
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不均一系の物質輸送の理解に向けた小分子の位置に依存する自己拡散係数評価方法の確立
弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、 岡崎進
第22回理論化学討論会 2019.5 理論化学会
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ガラス状高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究
藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進
第22回理論化学討論会 2019.5 理論化学会
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Multiscale Molecular Modeling for Polymer Electrolyte Membrane for Fuel Cell Invited International conference
Wataru Shinoda
235th ECS Meeting The Electrochemical Society