研究者詳細 - 篠田　渉

2025/06/13 更新

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シノダ　ワタル

篠田　渉

Shinoda Wataru

所属

学術研究院先鋭研究領域（異分野基礎）教授

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学位

博士(理学) （東京工業大学）

研究キーワード

分子シミュレーション、マルチスケールモデリング、脂質膜、生体膜、自己組織化、リポソーム、脂質ナノ粒子、DDSキャリア、ウイルス、高分子材料、高分子電解質膜、電解液

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理
ナノテク・材料 / 基礎物理化学

学歴

東京工業大学

1995年4月 - 1998年3月

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国名：日本国

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経歴

岡山大学異分野基礎科学研究所教授

2021年10月 - 現在

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名古屋大学大学院工学研究科准教授

2014年1月 - 2021年9月

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国名：日本国

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ペンシルバニア大学化学科客員研究員

2005年4月 - 2007年3月

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国名：アメリカ合衆国

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国立研究開発法人産業技術総合研究所

2001年4月 - 2013年12月

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通商産業省工業技術院物質工学工業技術研究所

2000年4月 - 2001年3月

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三菱化学株式会社

1998年4月 - 2000年3月

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独立行政法人日本学術振興会特別研究員 (DC1)

1995年4月 - 1998年3月

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所属学協会

アメリカ化学会

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理論化学会

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日本化学会

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分子シミュレーション学会

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日本生物物理学会

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高分子学会

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分子科学会

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溶液化学研究会

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論文

Amphotericin B assembles into seven-molecule ion channels: An NMR and molecular dynamics study. 査読国際誌

Yuichi Umegawa, Tomoya Yamamoto, Mayank Dixit, Kosuke Funahashi, Sangjae Seo, Yasuo Nakagawa, Taiga Suzuki, Shigeru Matsuoka, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Tohru Oishi, Nobuaki Matsumori, Wataru Shinoda, Michio Murata

Science advances 8 ( 24 ) eabo2658 2022年6月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Amphotericin B, an antifungal drug with a long history of use, forms fungicidal ion-permeable channels across cell membranes. Using solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy and molecular dynamics simulations, we experimentally elucidated the three-dimensional structure of the molecular assemblies formed by this drug in membranes in the presence of the fungal sterol ergosterol. A stable assembly consisting of seven drug molecules was observed to form an ion conductive channel. The structure is somewhat similar to the upper half of the barrel-stave model proposed in the 1970s but substantially different in the number of molecules and in their arrangement. The present structure explains many previous findings, including structure-activity relationships of the drug, which will be useful for improving drug efficacy and reducing adverse effects.

DOI： 10.1126/sciadv.abo2658

PubMed

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In Silico Study of Ionizable Lipid Nanoparticles Using the SPICA Force Field

Akhil Pratap Singh, Hiroki Tanaka, Yusuke Miyazaki, Shusaku Nagano, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Theory and Computation 2025年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jctc.5c00498

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Unraveling the Molecular Mechanism of Transient Multilamellar Formation in Ethanol-Modified Vesicle Solutions 査読

Kana Shibata, Masatoshi Maeki, Manabu Tokeshi, Wataru Shinoda

Langmuir 2025年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.langmuir.5c01139

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Selective adsorption of unmethylated DNA on ZnO nanowires for separation of methylated DNA 査読

Marina Musa, Zetao Zhu, Hiromi Takahashi, Wataru Shinoda, Yoshinobu Baba, Takao Yasui

Lab on a Chip 25 ( 7 ) 1637 - 1646 2025年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4LC00893F

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Asymmetry and Heterogeneity in the Plasma Membrane

Teppei Yamada, Wataru Shinoda

2025年3月

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出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

Plasma membranes (PMs) exhibit asymmetry between their two leaflets in terms of phospholipid headgroups, unsaturation, and resulting membrane properties such as packing and fluidity. Lateral heterogeneity, including the formation of lipid domains, is another crucial aspect of PMs with significant biological implications. However, the nature and even the existence of lipid domains in the two leaflets of PMs remain elusive, hindering a complete understanding of the significance of lipid asymmetry. Using coarse-grained molecular dynamics simulation of the asymmetric PM, we find that the outer leaflet predominantly adopts a liquid-ordered state, whereas the inner leaflet separates into nanoscale (≈10 nm) liquid-ordered and liquid-disordered domains, exhibiting highly dynamic fusion and fission events. This structural asymmetry is further reinforced by asymmetric lateral stress resulting from a cholesterol bias toward the outer leaflet. These findings suggest distinct functional roles for the two leaflets, modulated by asymmetric lateral stress. Additionally, comparing the phase behavior of asymmetric and fully scrambled PMs reveals a key determinant of domain size: intact PMs maintain nanoscale domains, while cell-derived giant PM vesicles, which have lost the strict lipid asymmetry, exhibit microscale domains.

DOI： 10.1101/2025.03.03.641122

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NMR and molecular simulation studies on the structure elucidation of the amphotericin B ion channel using 13C and 19F labelling 招待査読

Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Wataru Shinoda, Michio Murata

Organic & Biomolecular Chemistry 2025年

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4OB01468E

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Fully atomistic molecular dynamics modeling of photoswitchable azo-PC lipid bilayers: structure, mechanical properties, and drug permeation 査読

Kevin A. Alberto, M. N. Hasna Begam, Hejian Xiong, Wataru Shinoda, Paul A. Slesinger, Zhenpeng Qin, Steven O. Nielsen

Nanoscale 2025年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4NR02509A

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Linear ether-based highly concentrated electrolytes for Li–sulfur batteries 査読

Toru Ishikawa, Shohei Haga, Keisuke Shigenobu, Taku Sudoh, Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Kazuhide Ueno

Faraday Discussions 253 385 - 406 2024年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4FD00024B

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Evolving better solvate electrolytes for lithium secondary batteries 査読国際共著国際誌

Frederik Philippi, Maleen Middendorf, Keisuke Shigenobu, Yuna Matsuyama, Oriele Palumbo, David Pugh, Taku Sudoh, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Monika Schönhoff, Wataru Shinoda, Kazuhide Ueno

Chemical Science 15 ( 19 ) 7342 - 7358 2024年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/d4sc01492h

Scopus

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Discrimination of extracellular miRNA sources for the identification of tumor-related functions based on nanowire thermofluidics 査読

Kunanon Chattrairat, Akira Yokoi, Min Zhang, Mikiko Iida, Kosuke Yoshida, Masami Kitagawa, Ayuka Niwa, Masatoshi Maeki, Takeshi Hasegawa, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Manabu Tokeshi, Kazuki Nagashima, Takeshi Yanagida, Hiroaki Kajiyama, Yoshinobu Baba, Takao Yasui

Device 12 100363 - 100363 2024年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.device.2024.100363

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Light-controllable cell-membrane disturbance for intracellular delivery. 査読国際誌

Wenting Huo, Koji Miki, Huiying Mu, Takashi Osawa, Harumi Yamaguma, Yuuya Kasahara, Satoshi Obika, Yoshimasa Kawaguchi, Hisaaki Hirose, Shiroh Futaki, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Shuji Akai, Kouichi Ohe

Journal of Materials Chemistry. B 12 ( 17 ) 4138 - 4147 2024年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Highly polar and charged molecules, such as oligonucleotides, face significant barriers in crossing the cell membrane to access the cytoplasm. To address this problem, we developed a light-triggered twistable tetraphenylethene (TPE) derivative, TPE-C-N, to facilitate the intracellular delivery of charged molecules through an endocytosis-independent pathway. The central double bond of TPE in TPE-C-N is planar in the ground state but becomes twisted in the excited state. Under light irradiation, this planar-to-twisted structural change induces continuous cell membrane disturbances. Such disturbance does not lead to permanent damage to the cell membrane. TPE-C-N significantly enhanced the intracellular delivery of negatively charged molecules under light irradiation when endocytosis was inhibited through low-temperature treatment, confirming the endocytosis-independent nature of this delivery method. We have successfully demonstrated that the TPE-C-N-mediated light-controllable method can efficiently promote the intracellular delivery of charged molecules, such as peptides and oligonucleotides, with molecular weights ranging from 1000 to 5000 Da.

DOI： 10.1039/d3tb02956e

PubMed

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Protein-lipid acyl chain interactions: Depth-dependent changes of segmental mobility of phospholipid in contact with bacteriorhodopsin. 査読国際誌

Yuichi Umegawa, Sho Kato, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Satoshi Kawatake, Shigeru Matsuoka, Michio Murata

Biophysical chemistry 308 107204 - 107204 2024年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Boundary lipids surrounding membrane proteins play an essential role in protein function and structure. These protein-lipid interactions are mainly divided into electrostatic interactions between the polar amino acids of proteins and polar heads of phospholipids, and hydrophobic interactions between protein transmembrane sites and phospholipid acyl chains. Our previous report (Kawatake et al., Biochim. Biophys. Acta 1858 [2016] 2106-2115) covered a method for selectively analyzing boundary lipid interactions and showed differences in membrane protein-peripheral lipid interactions due to differences in their head group. Interactions in the hydrophobic acyl chains of phospholipids are relatively consistent among proteins, but the details of these interactions have not been elucidated. In this study, we reconstituted bacteriorhodopsin as a model protein into phospholipid membranes labeled with 2H and 13C for solid-state NMR measurement to investigate the depth-dependent effect of the head group structure on the lipid bilayer. The results showed that the position of the phospholipid near the carbonyl carbon was affected by the head group in terms of selectivity for protein surfaces, whereas in the deep interior of the bilayer near the leaflet interface, there was little difference between the head groups, indicating that the dependence of their interactions on the head group was much reduced.

DOI： 10.1016/j.bpc.2024.107204

PubMed

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pSPICA Force Field Extended for Proteins and Peptides 査読

Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Information and Modeling 64 ( 2 ) 532 - 542 2024年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/acs.jcim.3c01611

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Understanding the effects of ethanol on the liposome bilayer structure using microfluidic-based time-resolved small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations 査読国際誌

Masatoshi Maeki, Niko Kimura, Yuto Okada, Kazuki Shimizu, Kana Shibata, Yusuke Miyazaki, Akihiko Ishida, Kento Yonezawa, Nobutaka Shimizu, Wataru Shinoda, Manabu Tokeshi

Nanoscale Advances 6 ( 8 ) 2166 - 2176 2024年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)

We investigated ethanol-induced structural changes in liposomes on a time scale from microseconds to tens of seconds using a microfluidic-based small-angle X-ray scattering (SAXS) measurement system coupled with molecular dynamics (MD) simulations.

DOI： 10.1039/d3na01073b

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Molecular Level Origin of Ion Dynamics in Highly Concentrated Electrolytes 招待査読

Keisuke Shigenobu, Seiji Tsuzuki, Frederik Philippi, Taku Sudoh, Yosuke Ugata, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Kazuhide Ueno, Wataru Shinoda

The Journal of Physical Chemistry B 127 ( 48 ) 10422 - 10433 2023年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcb.3c05864

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Improved Protein Model in SPICA Force Field 査読

Teppei Yamada, Yusuke Miyazaki, Shogo Harada, Ashutosh Kumar, Stefano Vanni, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Theory and Computation 19 ( 23 ) 8967 - 8977 2023年11月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/acs.jctc.3c01016

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Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications 査読

Luís Borges-Araújo, Ilias Patmanidis, Akhil P. Singh, Lucianna H. S. Santos, Adam K. Sieradzan, Stefano Vanni, Cezary Czaplewski, Sergio Pantano, Wataru Shinoda, Luca Monticelli, Adam Liwo, Siewert J. Marrink, Paulo C. T. Souza

Journal of Chemical Theory and Computation 19 ( 20 ) 7112 - 7135 2023年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jctc.3c00733

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HER-2-targeted Boron Neutron Capture Therapy with Carborane-integrated Immunoliposomes Prepared via an Exchanging Reaction. 査読国際誌

Riku Kawasaki, Ayano Oshige, Keita Yamana, Hidetoshi Hirano, Kotaro Nishimura, Yamato Miura, Ryuji Yorioka, Yu Sanada, Kaori Bando, Anri Tabata, Kazuma Yasuhara, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Tomoki Nishimura, Hideki Azuma, Takushi Takata, Yoshinori Sakurai, Hiroki Tanaka, Minoru Suzuki, Takeshi Nagasaki, Atsushi Ikeda

Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 29 ( 72 ) e202302486 2023年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Boron neutron capture therapy (BNCT) is a promising modality for cancer treatment because of its minimal invasiveness. To maximize the therapeutic benefits of BNCT, the development of efficient platforms for the delivery of boron agents is indispensable. Here, we prepared carborane-integrated immunoliposomes via an exchanging reaction to achieve HER-2-targeted BNCT. The conjugation of an anti-HER-2 antibody to carborane-integrated liposomes successfully endowed these liposome with targeting properties toward HER-2-overexpressing human ovarian cancer cells (SK-OV3); the resulting BNCT activity toward SK-OV3 cells obtained using the current immunoliposomal system was 14-fold that of the l-BPA/fructose complex, which is a clinically available boron agent. Moreover, the growth of spheroids treated with our system followed by thermal neutron irradiation was significantly suppressed compared with treatment with the l-BPA/fructose complex.

DOI： 10.1002/chem.202302486

PubMed

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Elucidation of Ion Channel Structure and Mechanism of Action of Amphotericin B, an Antifungal Agent 招待査読

Yuichi UMEGAWA, Wataru SHINODA, Michio MURATA

KAGAKU TO SEIBUTSU 61 ( 9 ) 419 - 431 2023年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.61.419

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Complex Energy Landscapes of Self-Assembled Vesicles 査読

Jiabin Luan, Danni Wang, Shaohua Zhang, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Daniela A. Wilson

Journal of the American Chemical Society 145 ( 28 ) 15496 - 15506 2023年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/jacs.3c04285

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Molecular Dynamics Simulations of High-Concentration Li[TFSA] Sulfone Solution: Effect of Easy Conformation Change of Sulfolane on Fast Diffusion of Li Ion 招待査読

Seiji Tsuzuki, Shuhei Ikeda, Wataru Shinoda, Keisuke Shigenobu, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 127 ( 28 ) 6333 - 6341 2023年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcb.3c02009

Web of Science

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Lithium-Ion Dynamics in Sulfolane-Based Highly Concentrated Electrolytes 招待査読

Shuhei Ikeda, Seiji Tsuzuki, Taku Sudoh, Keisuke Shigenobu, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Wataru Shinoda

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 127 ( 28 ) 13837 - 13845 2023年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcc.3c02155

Web of Science

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Li-Ion Transport and Solution Structure in Sulfolane-Based Localized High-Concentration Electrolytes 招待査読

Taku Sudoh, Shuhei Ikeda, Keisuke Shigenobu, Seiji Tsuzuki, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Wataru Shinoda, Kazuhide Ueno

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 127 ( 25 ) 12295 - 12303 2023年6月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcc.3c02112

Web of Science

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Mutation detection of urinary cell-free DNA via catch-and-release isolation on nanowires for liquid biopsy 査読

Hiromi Takahashi, Takao Yasui, Masaki Hirano, Keiko Shinjo, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Takeshi Hasegawa, Atsushi Natsume, Yotaro Kitano, Mikiko Ida, Min Zhang, Taisuke Shimada, Piyawan Paisrisarn, Zetao Zhu, Fumiharu Ohka, Kosuke Aoki, Sakon Rahong, Kazuki Nagashima, Takeshi Yanagida, Yoshinobu Baba

Biosensors and Bioelectronics 234 115318 - 115318 2023年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.bios.2023.115318

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Fluorescence Turn‐on of Tetraphenylethylene Derivative by Transfer from Cyclodextrin to Liposomes, HeLa Cells, and E. coli 査読

Kosuke Masuda, Riku Omokawa, Riku Kawasaki, Yuta Mise, Yousuke Ooyama, Shogo Harada, Wataru Shinoda, Atsushi Ikeda

Chemistry – A European Journal 29 ( 10 ) e202203071 2023年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1002/chem.202203071

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Self-Assembly of Glycerol-Amphiphilic Janus Dendrimers Amplifies and Indicates Principles for the Selection of Stereochemistry by Biological Membranes 査読

Dapeng Zhang, Qi Xiao, Mehrnoush Rahimzadeh, Matthew Liu, Cesar Rodriguez-Emmenegger, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Virgil Percec

Journal of the American Chemical Society 145 ( 7 ) 4311 - 4323 2023年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/jacs.3c00389

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Liquid Structures and Ion Dynamics of Ionic Liquids viewed from Intermolecular Interactions 招待査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda

CHEMICAL RECORD 23 ( 8 ) e202200272 2023年2月

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/tcr.202200272

Web of Science

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Liquid Structures and Ion Dynamics of Ionic Liquids viewed from Intermolecular Interactions 招待査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda

THE CHEMICAL RECORD Chem.Rec.2023 e202200272 2023年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Fluorescence Turn-on of Tetraphenylethylene Derivative by Transfer from Cyclodextrin to Liposomes, HeLa cells, and E. coli 査読

Kosuke Masuda, Riku Omokawa, Riku Kawasaki, Yuta Mise, Yousuke Ooyama, Shogo Harada, Wataru Shinoda, Atsushi Ikeda

Chemistry - A European Journal 2022年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/chem.202203071
SPICA Force Field for Proteins and Peptides 査読

Shuhei Kawamoto, Huihui Liu, Yusuke Miyazaki, Sangjae Seo, Mayank Dixit, Russell DeVane, Christopher MacDermaid, Giacomo Fiorin, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Theory and Computation 18 ( 5 ) 3204 - 3217 2022年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jctc.1c01207

Scopus

PubMed

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Cooperative antimicrobial action of melittin on lipid membranes: A coarse-grained molecular dynamics study. 査読国際誌

Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda

Biochimica et biophysica acta. Biomembranes 1864 ( 9 ) 183955 - 183955 2022年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

We conducted a series of coarse-grained molecular dynamics (CG-MD) simulations to investigate the complicated actions of melittin, which is an antimicrobial peptide (AMP) derived from honey bee venom, on a lipid membrane. To accurately simulate the AMP action, we developed and used a protein CG model as an extension of the pSPICA force field (FF), which was designed to reproduce several thermodynamic quantities and structural properties. At a low peptide-to-lipid (P/L) ratio (1/102), no defect was detected. At P/L = 1/51, toroidal pore formation was observed due to collective insertion of multiple melittin peptides from the N-termini. The pore formation was initiated by a local increase in membrane curvature in the vicinity of the peptide aggregate. At a higher P/L ratio (1/26), two more modes were detected, seemingly not controlled by the P/L ratio but by a local arrangement of melittin peptides: 1. Pore formation accompanied by lipid extraction by melittin peptides:a detergent-like mechanism. 2. A rapidly formed large pore in a significantly curved membrane: bursting. Thus, we observed three pore formation modes (toroidal pore formation, lipid extraction, and bursting) depending on the peptide concentration and local arrangement. These observations were consistent with experimental observations and hypothesized melittin modes. Through this study, we found that the local arrangements and population of melittin peptides and the area expansion rate by membrane deformation were key to the initiation of and competition among the multiple pore formation mechanisms.

DOI： 10.1016/j.bbamem.2022.183955

PubMed

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Adsorption characteristics of peptides on ω-functionalized self-assembled monolayers: a molecular dynamics study 査読

Hari O. S. Yadav, An-Tsung Kuo, Shingo Urata, Kosuke Funahashi, Yutaka Imamura, Wataru Shinoda

Physical Chemistry Chemical Physics 24 14805 - 14815 2022年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

DOI： 10.1039/D2CP01348G

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Effects of Li ion-solvent interaction on ionic transport and electrochemical properties in highly concentrated cyclic carbonate electrolytes 査読

Keisuke Shigenobu, Taku Sudoh, Mayu Tabuchi, Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe, Kazuhide Ueno

Journal of Non-Crystalline Solids: X 11-12 100071 2021年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Domain Formation in Charged Polymer Vesicles 査読国際共著

Kaushik Chakraborty, Prabir Khatua, Wataru Shinoda, Sharon M. Loverde

Macromolecules 54 ( 20 ) 9258 - 9267 2021年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.macromol.1c00762

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Hemimicelle formation of semi-fluorocarbon chains at air–water interface: coarse-grained molecular dynamics study with an extension of the SPICA force field 査読

Hari O. S. Yadav, Shogo Harada, An-Tsung Kuo, Shingo Urata, Wataru Shinoda

Molecular Physics 119 ( 19-20 ) e1910355 2021年10月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Informa {UK} Limited

DOI： 10.1080/00268976.2021.1910355

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All-atom molecular dynamics study of hepatitis B virus containing pregenome RNA in solution 査読

Kazushi Fujimoto, Youhei Yamaguchi, Ryo Urano, Wataru Shinoda, Tetsuya Ishikawa, Katsumi Omagari, Yasuhito Tanaka, Atsushi Nakagawa, Susumu Okazaki

The Journal of Chemical Physics 155 ( 14 ) 145101 2021年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/5.0065765

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Analyzing the Role of Surfactants in the Colloidal Stability of Nanoparticles in Oil through Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations 査読

Mark Z. Griffiths, Wataru Shinoda

The Journal of Physical Chemistry B 125 ( 23 ) 6315 - 6321 2021年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.1c01148

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Chain-End Modification: A Starting Point for Controlling Polymer Crystal Nucleation 査読

Kyle Wm. Hall, Simona Percec, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

Macromolecules 54 ( 4 ) 1599 - 1610 2021年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.macromol.0c02398

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Thermodynamic aspect of sulfur, polysulfide anion and lithium polysulfide: plausible reaction path during discharge of lithium–sulfur battery 査読

Seiji Tsuzuki, Tomoaki Kaneko, Keitaro Sodeyama, Yasuhiro Umebayashi, Wataru Shinoda, Shiro Seki, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

Physical Chemistry Chemical Physics 23 ( 11 ) 6832 - 6840 2021年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

DOI： 10.1039/D0CP04898D

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GLASS MICROFLUIDIC PLATFORM FOR NANOWIRE-ASSISTED URINARY CELL-FREE DNA ISOLATION

Hiromi Takahashi, Takao Yasui, Keiko Shinjo, Yusuke Miyazaki, Wataru Shinoda, Takeshi Hasegawa, Yotaro Kitano, Yoshinobu Baba

MicroTAS 2021 - 25th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences 1401 - 1402 2021年

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

Scopus

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Position-Dependent Diffusion Constant of Molecules in Heterogeneous Systems as Evaluated by the Local Mean Squared Displacement 査読

Tetsuro Nagai, Shuhei Tsurumaki, Ryo Urano, Kazushi Fujimoto, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

Journal of Chemical Theory and Computation 16 ( 12 ) 7239 - 7254 2020年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jctc.0c00448

Web of Science

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Seipin accumulates and traps diacylglycerols and triglycerides in its ring-like structure 査読

Valeria Zoni, Wataru Shinoda, Stefano Vanni

Proceedings of the National Academy of Sciences 118 ( 10 ) e2017205118 2020年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences

DOI： 10.1101/2020.10.27.357079

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Conformation and Orientation of Branched Acyl Chains Responsible for the Physical Stability of Diphytanoylphosphatidylcholine 査読国際誌

Hiroshi Tsuchikawa, Takuya Ono, Masaki Yamagami, Yuichi Umegawa, Wataru Shinoda, Michio Murata

Biochemistry 59 ( 40 ) 3929 - 3938 2020年10月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

Diphytanoylphosphatidylcholine (DPhPC) is a synthetic phospholipid in which two methyl-branched acyl chains are introduced into the glycerol moiety, mimicking phospholipids of eukaryotic and eubacterial origins. The lipid bilayers of DPhPC reproduce the outstanding physical properties of methyl-branched lipids that occur in archaeal membranes. DPhPC is commonly used as the base lipid in biophysical experiments, particularly for recording ion-channel currents. However, the dynamics of lipid molecules that induces their useful physical properties is still unclear. In this study, we examined the conformation and orientation of the methyl-branched acyl chain of DPhPC in a membrane using 2H nuclear magnetic resonance (NMR) measurements of the synthetic lipid with a high stereochemical purity and molecular dynamics (MD) simulations. Deuterium-labeled 3',3'-CD3,D-DPhPC (2) and 7',7'-CD3,D-DPhPC (3) showed the characteristic quadrupole splitting width in the 2H NMR spectra, which corresponded to the bent orientation reported for the archaeal lipid PGP-Me [Yamagami, M., et al. (2019) Biochemistry58, 3869-3879]. However, MD simulations, which reproduced the 2H NMR results well, unveiled the unknown features of DPhPC in the membrane; DPhPC has a chain-specific average orientation, where two bent orientations with upward and downward methyl groups occur at positions C3 and C7 of the sn-1 and sn-2 chains of DPhPC, respectively. These MD and NMR results reveal that these two bent orientations define the average orientation of DPhPC for the shallow part of the acyl chains, which is considered to be an important factor in the stability of DPhPC membranes.

DOI： 10.1021/acs.biochem.0c00589

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Effect of the Packing Density on the Surface Hydrophobicity of ω-Functionalized (−CF3, −CH3, −OCH3, and −OH) Self-Assembled Monolayers: A Molecular Dynamics Study 査読

Hari O. S. Yadav, An-Tsung Kuo, Shingo Urata, Wataru Shinoda

The Journal of Physical Chemistry C 124 ( 26 ) 14237 - 14244 2020年7月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcc.0c03485

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Pivotal Role of Interdigitation in Interleaflet Interactions: Implications from Molecular Dynamics Simulations 査読国際誌

Sangjae Seo, Michio Murata, Wataru Shinoda

The Journal of Physical Chemistry Letters 11 ( 13 ) 5171 - 5176 2020年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

The asymmetric lipid composition in plasma membranes within the inner leaflet is not typically suitable for domain formation. Thus elucidation of the likelihood of the formation or stability of a raft-like domain in the inner leaflet is necessary. Herein we investigated the phase behavior of asymmetric membranes using coarse-grained molecular dynamics simulations. The lipid leaflet comprising dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) and cholesterol (Chol) does not typically show well-developed domains in symmetric bilayer membranes; however, it does separate into liquid ordered (Lo) and liquid disordered (Ld) phases when the opposing leaflet containing sphingomyelin (SM), DOPC, and Chol demonstrates domain formation. We determine that interdigitated acyl chains modulated the partitioning of Chol in the opposing leaflet, resulting in phase separation. Similarly, the acyl chain length of SM within the opposing leaflet affected the phase behavior of the leaflet. Our results reveal the crucial role of interdigitation in determining the phase status in asymmetric membranes.

DOI： 10.1021/acs.jpclett.0c01317

PubMed

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Effects of Anion on Liquid Structures of Ionic Liquids at Graphene Electrode Interface Analyzed by Molecular Dynamics Simulations 査読

Seiji Tsuzuki, Takenobu Nakamura, Tetsuya Morishita, Wataru Shinoda, Shiro Seki, Yasuhiro Umebayashi, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

Batteries & Supercaps 3 ( 7 ) 658 - 667 2020年7月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1002/batt.201900197

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その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/batt.201900197
Exact long-range Coulombic energy calculation for net charged systems neutralized by uniformly distributed background charge using fast multipole method and its application to efficient free energy calculation 査読

Ryo Urano, Wataru Shinoda, Noriyuki Yoshii, Susumu Okazaki

The Journal of Chemical Physics 152 ( 24 ) 244115 2020年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/5.0007957

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Property Decoupling across the Embryonic Nucleus–Melt Interface during Polymer Crystal Nucleation 査読

Kyle Wm. Hall, Simona Percec, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

The Journal of Physical Chemistry B 124 ( 23 ) 4793 - 4804 2020年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.0c01972

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Monodisperse Polymer Melts Crystallize via Structurally Polydisperse Nanoscale Clusters: Insights from Polyethylene 査読

Kyle Wm. Hall, Timothy W. Sirk, Simona Percec, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

Polymers 12 ( 2 ) 447 2020年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3390/polym12020447

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pSPICA: A Coarse-Grained Force Field for Lipid Membranes Based on a Polar Water Model 査読

Yusuke Miyazaki, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Theory and Computation 16 ( 1 ) 782 - 793 2020年1月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jctc.9b00946

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Free energy profile of permeation of Entecavir through Hepatitis B virus capsid studied by molecular dynamics calculation 査読

Kazushi Fujimoto, Motohiro Fukai, Ryo Urano, Wataru Shinoda, Tetsuya Ishikawa, Katsumi Omagari, Yasuhito Tanaka, Atsushi Nakagawa, Susumu Okazaki

Pure and Applied Chemistry 92 ( 10 ) 1584 - 1594 2020年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1515/pac-2020-0109

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Molecular simulation of the shape deformation of a polymersome 査読

Kaushik Chakraborty, Wataru Shinoda, Sharon M. Loverde

Soft Matter 16 ( 13 ) 3234 - 3244 2020年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

DOI： 10.1039/C9SM02165E

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The Amphotericin B–Ergosterol Complex Spans a Lipid Bilayer as a Single-Length Assembly 査読

Tomoya Yamamoto, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Nobuaki Matsumori, Kosuke Funahashi, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata

Biochemistry 58 ( 51 ) 5188 - 5196 2019年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.biochem.9b00835

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Heteroaryldihydropyrimidines Alter Capsid Assembly By Adjusting the Binding Affinity and Pattern of the Hepatitis B Virus Core Protein 査読

Huihui Liu, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Information and Modeling 59 ( 12 ) 5104 - 5110 2019年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jcim.9b01010

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Effects of Packing Density and Chain Length on the Surface Hydrophobicity of Thin Films Composed of Perfluoroalkyl Acrylate Chains: A Molecular Dynamics Study 査読

Hari O. S. Yadav, An-Tsung Kuo, Shingo Urata, Wataru Shinoda

Langmuir 35 ( 44 ) 14316 - 14323 2019年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.langmuir.9b02656

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Development of dissociative force field for all-atomistic molecular dynamics calculation of fracture of polymers 査読

Kazushi Fujimoto, Rajdeep Singh Payal, Tomonori Hattori, Wataru Shinoda, Masayuki Nakagaki, Sigeyoshi Sakaki, Susumu Okazaki

Journal of Computational Chemistry 40 2571-2576 2019年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Divining the shape of nascent polymer crystal nuclei 査読

Kyle Wm. Hall, Timothy W. Sirk, Simona Percec, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

The Journal of Chemical Physics 151 ( 14 ) 144901 2019年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.5123983

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Large-scale molecular dynamics simulation of perfluorosulfonic acid membranes: Remapping coarse-grained to all-atomistic simulations 査読

An-Tsung Kuo, Yusuke Miyazaki, Changwoon Jang, Tatsuya Miyajima, Shingo Urata, Steven O. Nielsen, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

Polymer 181 121766 - 121766 2019年10月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.polymer.2019.121766

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tSPICA: Temperature- and Pressure-Dependent Coarse-Grained Force Field for Organic Molecules 査読

Mark Z. Griffiths, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Information and Modeling 59 ( 9 ) 3829 - 3838 2019年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jcim.9b00480

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Average Conformation of Branched Chain Lipid PGP-Me That Accounts for the Thermal Stability and High-Salinity Resistance of Archaeal Membranes 査読

Masaki Yamagami, Hiroshi Tsuchikawa, Jin Cui, Yuichi Umegawa, Yusuke Miyazaki, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata

Biochemistry 58 ( 37 ) 3869 - 3879 2019年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.biochem.9b00469

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All-atom molecular dynamics study of impact fracture of glassy polymers. I: Molecular mechanism of brittleness of PMMA and ductility of PC 査読

Kazushi Fujimoto, Zhiye Tang, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

Polymer 178 121570 - 121570 2019年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.polymer.2019.121570

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Hydrogen Permeation in Hydrated Perfluorosulfonic Acid Polymer Membranes: Effect of Polymer Crystallinity and Equivalent Weight 査読

Kotono Takeuchi, An-Tsung Kuo, Takeshi Hirai, Tatsuya Miyajima, Shingo Urata, Shinji Terazono, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

The Journal of Physical Chemistry C 123 ( 33 ) 20628 - 20638 2019年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcc.9b05502

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Molecular Behavior of Linear Alkylbenzene Sulfonate in Hydrated Crystal, Tilted Gel, and Liquid Crystal Phases Studied by Molecular Dynamics Simulation 査読

Kosuke Takeda, Yoshimichi Andoh, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

Langmuir 35 ( 33 ) 10877 - 10884 2019年8月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.langmuir.9b01607

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Structure of Hydrated Crystal (Lc), Tilted Gel (Lβ′), and Liquid Crystal (Lα) Phases of Linear Alkylbenzene Sulfonate (LAS) Studied by X-ray Diffraction and Molecular Dynamics Simulation 査読

Kosuke Takeda, Yoshimichi Andoh, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

Langmuir 35 ( 27 ) 9011 - 9019 2019年7月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.langmuir.9b01199

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Free energy analysis of membrane pore formation process in the presence of multiple melittin peptides 査読

Y. Miyazaki, S. Okazaki, W. Shinoda

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES 1861 ( 7 ) 1409-1419 - 1419 2019年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbamem.2019.03.002

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Cholesterol-Induced Conformational Change in the Sphingomyelin Headgroup 査読

Shinya Hanashima, Kazuhiro Murakami, Michihiro Yura, Yo Yano, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Nobuaki Matsumori, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata

Biophysical Journal 117 ( 2 ) 307 - 318 2019年7月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.bpj.2019.06.019

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A coarse-grain model for entangled polyethylene melts and polyethylene crystallization 査読

Kyle Wm. Hall, Timothy W. Sirk, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

The Journal of Chemical Physics 150 ( 24 ) 244901 - 244901 2019年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：{AIP} Publishing

DOI： 10.1063/1.5092229

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Molecular mechanism of material deformation and failure in butadiene rubber: Insight from all-atom molecular dynamics simulation using a bond breaking potential model 査読

Rajdeep Singh Payal, Kazushi Fujimoto, Changwoon Jang, Wataru Shinoda, Yuki Takei, Hiroshi Shima, Katsuhiko Tsunoda, Susumu Okazaki

Polymer 170 113 - 119 2019年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.polymer.2019.03.006

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SPICA Force Field for Lipid Membranes: Domain Formation Induced by Cholesterol 査読

Sangjae Seo, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Theory and Computation 151 ( 10 ) 762 - 774 2019年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jctc.8b00987

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Direct Evidence for Li Ion Hopping Conduction in Highly Concentrated Sulfolane-Based Liquid Electrolytes 査読

Kaoru Dokko, Daiki Watanabe, Yosuke Ugata, Morgan L. Thomas, Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Kei Hashimoto, Kazuhide Ueno, Yasuhiro Umebayashi, Masayoshi Watanabe

The Journal of Physical Chemistry B 122 ( 47 ) 10736 - 10745 2018年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b09439

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Molecular dynamics study of thermodynamic stability and dynamics of [Li(glyme)]+ complex in lithium-glyme solvate ionic liquids 査読

Wataru Shinoda, Yuta Hatanaka, Masashi Hirakawa, Susumu Okazaki, Seiji Tsuzuki, Kazuhide Ueno, Masayoshi Watanabe

The Journal of Chemical Physics 148 ( 19 ) 193809 - 193809 2018年5月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：{AIP} Publishing

DOI： 10.1063/1.5009814

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Identification of Factors Promoting HBV Capsid Self-Assembly by Assembly-Promoting Antivirals 査読

Soumya Lipsa Rath, Huihui Liu, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Information and Modeling 58 ( 2 ) 328 - 337 2018年2月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society

DOI： 10.1021/acs.jcim.7b00471

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Polymer Electrolytes Containing Solvate Ionic Liquids: A New Approach to Achieve High Ionic Conductivity, Thermal Stability, and a Wide Potential Window 査読

Yuzo Kitazawa, Kaori Iwata, Ryosuke Kido, Satoru Imaizumi, Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Kazuhide Ueno, Toshihiko Mandai, Hisashi Kokubo, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

Chemistry of Materials 30 ( 1 ) 252 - 261 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society

DOI： 10.1021/acs.chemmater.7b04274

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Exploring the effect of pendent side chain length on the structural and mechanical properties of hydrated perfluorosulfonic acid polymer membranes by molecular dynamics simulation 査読

An-Tsung Kuo, Kotono Takeuchi, Atsushi Tanaka, Shingo Urata, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

Polymer 146 53 - 62 2018年

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.polymer.2018.05.033

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Isokinetic approach in logarithmic mean-force dynamics for on-the-fly free energy reconstruction 査読

Morishita, T., Nakamura, T., Shinoda, W., Ito, A.M.

Chemical Physics Letters 706 633 - 640 2018年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2018.07.011

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Study on the Mechanical Deformation of Hydrated Perfluorosulfonic Acid Polymer Membranes 査読

An-Tsung Kuo, Atsushi Tanaka, Jun Irisawa, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 121 ( 39 ) 21374 - 21382 2017年10月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcc.7b05719

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Transferable coarse-grained model for perfluorosulfonic acid polymer membranes 査読

An-Tsung Kuo, Susumu Okazaki, Wataru Shinoda

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 147 ( 9 ) 2017年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4986287

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Janus dendrimersomes coassembled from fluorinated, hydrogenated, and hybrid Janus dendrimers as models for cell fusion and fission 査読

Qi Xiao, Samuel E. Sherman, Samantha E. Wilner, Xuhao Zhou, Cody Dazen, Tobias Baumgart, Ellen H. Reed, Daniel A. Hammer, Wataru Shinoda, Michael L. Klein, Virgil Percec

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 114 ( 34 ) E7045 - E7053 2017年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1708380114

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effect of the cation on the stability of cation-glyme complexes and their interactions with the [TFSA](-) anion 査読

Seiji Tsuzuki, Toshihiko Mandai, Soma Suzuki, Wataru Shinoda, Takenobu Nakamura, Tetsuya Morishita, Kazuhide Ueno, Shiro Seki, Yasuhiro Umebayashi, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 19 ( 28 ) 18262 - 18272 2017年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c7cp02779f

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Study of the Morphology of Hydrated Perfluorosulfonic Acid Polymer Membranes 査読

An-Tsung Kuo, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 120 ( 45 ) 25832 - 25842 2016年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcc.6b08015

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Permeability across lipid membranes 招待査読

Wataru Shinoda

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES 1858 ( 10 ) 2254 - 2265 2016年10月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbamem.2016.03.032

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Coarse-grained molecular dynamics study of membrane fusion: Curvature effects on free energy barriers along the stalk mechanism 査読

Shuhei Kawamoto, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 143 ( 24 ) 2015年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4933087

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics simulations of cholesterol-rich membranes using a coarse-grained force field for cyclic alkanes 査読

Christopher M. MacDermaid, Hemant K. Kashyap, Russell H. DeVane, Wataru Shinoda, Jeffery B. Klauda, Michael L. Klein, Giacomo Fiorin

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 143 ( 24 ) 2015年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4937153

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Precise calculation of the local pressure tensor in Cartesian and spherical coordinates in LAMMPS 査読

Takenobu Nakamura, Shuhei Kawamoto, Wataru Shinoda

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 190 120 - 128 2015年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cpc.2014.11.017

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Structures of [Li(glyme)](+) complexes and their interactions with anions in equimolar mixtures of glymes and Li[TFSA]: analysis by molecular dynamics simulations 査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Masaru Matsugami, Yasuhiro Umebayashi, Kazuhide Ueno, Toshihiko Mandai, Shiro Seki, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 17 ( 1 ) 126 - 129 2015年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c4cp04718d

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
[70]Fullerenes Assist the Formation of Phospholipid Bice Iles at Low Lipid Concentrations 査読

Atsushi Ikeda, Kazuya Kiguchi, Tomohiro Hida, Kazuma Yasuhara, Kazuyuki Nobusawa, Motofusa Akiyama, Wataru Shinoda

LANGMUIR 30 ( 41 ) 12315 - 12320 2014年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/la503732q

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Thermodynamic stability of [60]Fullerene and γ-cyclodextrin complex in aqueous solution: Free energy simulation 査読

Mieda S, Ikeda A, Shigeri Y, Shinoda W

Journal of Physical Chemistry C 118 ( 23 ) 12555 - 12561 2014年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp5029905

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effective interaction between small unilamellar vesicles as probed by coarse-grained molecular dynamics simulations 査読

Wataru Shinoda, Michael L. Klein

PURE AND APPLIED CHEMISTRY 86 ( 2 ) 215 - 222 2014年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1515/pac-2014-5023

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Free energy analysis along the stalk mechanism of membrane fusion 査読

Shuhei Kawamoto, Wataru Shinoda

SOFT MATTER 10 ( 17 ) 3048 - 3054 2014年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c3sm52344f

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effect of different substituents on the water-solubility and stability properties of 1:2 [60]fullerene derivative·gamma-cyclodextrin complexes 査読

Ikeda A, Hirata A, Ishikawa M, Kikuchi J.-I, Mieda S, Shinoda W

Organic and Biomolecular Chemistry 11 ( 45 ) 7843 - 7851 2013年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c3ob41513a

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Interactions in ion pairs of protic ionic liquids: Comparison with aprotic ionic liquids 査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Md. Shah Miran, Hiroshi Kinoshita, Tomohiro Yasuda, Masayoshi Watanabe

Journal of Chemical Physics 139 ( 17 ) 2013年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4827519

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Intermolecular interactions in Li+-glyme and Li +-glyme-TFSA- complexes: Relationship with physicochemical properties of [Li(glyme)][TFSA] ionic liquids 査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Shiro Seki, Yasuhiro Umebayashi, Kazuki Yoshida, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

ChemPhysChem 14 ( 9 ) 1993 - 2001 2013年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/cphc.201200843

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Regioselective recognition of a [60]fullerene-bisadduct by cyclodextrin 査読

Atsushi Ikeda, Michiko Ishikawa, Ryota Aono, Jun-Ichi Kikuchi, Motofusa Akiyama, Wataru Shinoda

Journal of Organic Chemistry 78 ( 6 ) 2534 - 2541 2013年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jo3027609

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Method of evaluating curvature-dependent elastic parameters for small unilamellar vesicles using molecular dynamics trajectory 査読

Takenobu Nakamura, Wataru Shinoda

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 138 ( 12 ) 124903 2013年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4795579

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Computer Simulation of Self-Assembling Macromolecules 査読

Giacomo Fiorin, Michael L. Klein, Russell DeVane, Wataru Shinoda

HIERARCHICAL MACROMOLECULAR STRUCTURES: 60 YEARS AFTER THE STAUDINGER NOBEL PRIZE II 262 93 - 107 2013年

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記述言語：英語掲載種別：論文集(書籍)内論文

DOI： 10.1007/12_2013_262

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Probing the structure of PEGylated-lipid assemblies by coarse-grained molecular dynamics 査読

Wataru Shinoda, Dennis E. Discher, Michael L. Klein, Sharon M. Loverde

SOFT MATTER 9 ( 48 ) 11549 - 11556 2013年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c3sm52290c

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
A guiding potential method for evaluating the bending rigidity of tensionless lipid membranes from molecular simulation 査読

Shuhei Kawamoto, Takenobu Nakamura, Steven O. Nielsen, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Physics 139 ( 3 ) 2013年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4811677

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effect of Carboxylation on Carbon Nanotube Aqueous Dispersibility: A Predictive Coarse-Grained Molecular Dynamics Approach 査読

Chi-cheng Chiu, Russell H. DeVane, Michael L. Klein, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 116 ( 43 ) 23102 - 23106 2012年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp307545m

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Study of Catanionic Bilayers Composed of Ion Pair Amphiphile with Double-Tailed Cationic Surfactant 査読

An-Tsung Kuo, Chien-Hsiang Chang, Wataru Shinoda

LANGMUIR 28 ( 21 ) 8156 - 8164 2012年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/la300651u

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Computer simulation studies of self-assembling macromolecules 査読

Wataru Shinoda, Russell DeVane, Michael L. Klein

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 22 ( 2 ) 175 - 186 2012年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.sbi.2012.01.011

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Premicelles and monomer exchange in aqueous surfactant solutions above and below the critical micelle concentration 査読

David N. LeBard, Benjamin G. Levine, Russell DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 522 38 - 42 2012年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.11.075

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effects of spherical fullerene nanoparticles on a dipalmitoyl phosphatidylcholine lipid monolayer: a coarse grain molecular dynamics approach 査読

Chi-cheng Chiu, Wataru Shinoda, Russell H. DeVane, Steven O. Nielsen

SOFT MATTER 8 ( 37 ) 9610 - 9616 2012年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c2sm26357b

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Free energy of cell-penetrating peptide through lipid bilayer membrane: coarse-grained model simulation 査読

S. Kawamoto, M. Takasu, T. Miyakawa, T. Oda, H. Saito, S. Futaki, H. Nagao, W. Shinoda

Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26 503 - 511 2012年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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Micellization Studied by GPU-Accelerated Coarse-Grained Molecular Dynamics 査読

Benjamin G. Levine, David N. LeBard, Russell DeVane, Wataru Shinoda, Axel Kohlmeyer, Michael L. Klein

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 7 ( 12 ) 4135 - 4145 2011年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ct2005193

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Cholesterol Effect on Water Permeability through DPPC and PSM Lipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study 査読

Hiroaki Saito, Wataru Shinoda

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 115 ( 51 ) 15241 - 15250 2011年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp201611p

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Novel numerical method for calculating the pressure tensor in spherical coordinates for molecular systems 査読

Takenobu Nakamura, Wataru Shinoda, Tamio Ikeshoji

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 135 ( 9 ) 2011年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.3626410

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
脂質膜・リポソームの分子シミュレーション : 粗視化分子モデリングによる研究

篠田渉

膜 36 ( 1 ) 31 - 37 2011年1月

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記述言語：日本語出版者・発行元：THE MEMBRANE SOCIETY OF JAPAN

We developed a coarse-grained (CG) molecular model, which is useful to investigate a self-assembling process of lipids and surfactants in an aqueous solution or a phase transition process at the molecular resolution. The CG model is designed to reproduce the interfacial properties, solvation free energy, as well as molecular distribution functions obtained from simulations with the all-atomic detail. The systematic CG modeling enabled us to investigate large molecular assemblies such as liposomes with chemical characterization of molecule, which is not accessible by previous phenomenological models. Several application studies given in this paper will elucidate the power of CG molecular dynamics simulation to shed light on molecular processes in lipid membranes happening on the scale of ‹ 100 nm.

DOI： 10.5360/membrane.36.31

CiNii Article

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00363326984?from=CiNii
Coarse-grained force field for ionic surfactants 査読

Wataru Shinoda, Russell DeVane, Michael L. Klein

SOFT MATTER 7 ( 13 ) 6178 - 6186 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c1sm05173c

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics study of nanoparticles and non-ionic surfactant at an oil-water interface 査読

R. J. K. Udayana Ranatunga, Chuong T. Nguyen, Blake A. Wilson, Wataru Shinoda, Steven O. Nielsen

SOFT MATTER 7 ( 15 ) 6942 - 6952 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c1sm05145h

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Free energy analysis of vesicle-to-bicelle transformation 査読

Wataru Shinoda, Takenobu Nakamura, Steven O. Nielsen

SOFT MATTER 7 ( 19 ) 9012 - 9020 2011年

　詳細を見る

記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c1sm05404j

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Paper supplement: Study on the pan carbon-fiber-innovation for modeling a successful R&D management - An excited-oscillation management model 査読

Nakamura O, Ohana T, Tazawa M, Yokota S, Shinoda W, Nakamura O, Itoh J

Synthesiology 4 ( 2 ) 111 - 114 2011年

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記述言語：日本語出版者・発行元：産業技術総合研究所

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Nanoscale carbon particles and the stability of lipid bilayers 査読

Arben Jusufi, Russell H. DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

SOFT MATTER 7 ( 3 ) 1139 - 1146 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c0sm00963f

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Effects of conformational flexibility of alkyl chains of cations on diffusion of ions in ionic liquids 査読

Seiji Tsuzuki, Hajime Matsumoto, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 13 ( 13 ) 5987 - 5993 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c0cp02087g

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Simulations of Nanoparticles and Surfactants at Oil/Water Interfaces A Qualitative Overview 査読

R. J. K. Udayana Ranatunga, Chuong T. Nguyen, Chi-cheng Chiu, Wataru Shinoda, Steven O. Nielsen

AMPHIPHILES: MOLECULAR ASSEMBLY AND APPLICATIONS 1070 295 - + 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1021/bk-2011-1070.ch018

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Paper supplement: Study on the pan carbon-fiber-innovation for modeling a successful R&D management - An excited-oscillation management model

Osamu Nakamura, Tsuguyori Ohana, Masato Tazawa, Shinji Yokota, Wataru Shinoda, Osamu Nakamura, Junji Itoh

Synthesiology 4 ( 2 ) 111 - 114 2011年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Parametrization and Application of a Coarse Grained Force Field for Benzene/Fullerene Interactions with Lipids 査読

Russell DeVane, Arben Jusufi, Wataru Shinoda, Chi-cheng Chiu, Steven O. Nielsen, Preston B. Moore, Michael L. Klein

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 114 ( 49 ) 16364 - 16372 2010年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp1070264

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Study of Isoprenoid-Chained Lipids: Salient Features of Isoprenoid Chains As Compared with Ordinary Alkyl Chains 査読

Wataru Shinoda, Masakatsu Hato

Self-Organized Surfactant Structures 175 - 194 2010年11月

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記述言語：英語掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：Wiley-VCH

DOI： 10.1002/9783527632633.ch9

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
粗視化モデルによる両親媒性分子の自己組織化構造解析

篠田渉

生物物理 50 ( 5 ) 232 - 235 2010年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

The recently developed coarse-grained (CG) molecular model enables us to investigate meso-scopic morphologies of self-assembly of amphiphilic molecules at the molecular level. The present CG model is designed to well reproduce the interfacial properties, solvation free energy, as well as molecular distribution obtained from simulations at the all-atomic detail. The transferability and versatility is demonstrated by applying the model to the bulk aqueous solution as well as to the air/water interfacial system.<br>

DOI： 10.2142/biophys.50.232

CiNii Article

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00356578628?from=CiNii
Interactions of Perfluoroalkyltrifluoroborate Anions with Li Ion and Imidazolium Cation: Effects of Perfluoroalkyl Chain on Motion of Ions in Ionic Liquids 査読

Seiji Tsuzuki, Tatsuya Umecky, Hajime Matsumoto, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 114 ( 35 ) 11390 - 11396 2010年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp104380s

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Coarse-Grained Potential Models for Phenyl-Based Molecules: I. Parametrization Using Experimental Data 査読

Russell DeVane, Michael L. Klein, Chi-cheng Chiu, Steven O. Nielsen, Wataru Shinoda, Preston B. Moore

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 114 ( 19 ) 6386 - 6393 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp9117369

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Coarse-Grained Potential Models for Phenyl-Based Molecules: II. Application to Fullerenes 査読

Chi-cheng Chiu, Russell DeVane, Michael L. Klein, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 114 ( 19 ) 6394 - 6400 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp9117375

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Zwitterionic Lipid Assemblies: Molecular Dynamics Studies of Monolayers, Bilayers, and Vesicles Using a New Coarse Grain Force Field 査読

Wataru Shinoda, Russell DeVane, Michael L. Klein

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 114 ( 20 ) 6836 - 6849 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp9107206

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
A mean field approach for computing solid-liquid surface tension for nanoscale interfaces 査読

Chi-cheng Chiu, R. J. K. Udayana Ranatunga, David Torres Flores, D. Vladimir Perez, Preston B. Moore, Wataru Shinoda, Steven O. Nielsen

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 132 ( 5 ) 2010年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.3308625

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Paramaterization of a coarse-grained model for linear alkylbenzene sulfonate surfactants and molecular dynamics studies of their self-assembly in aqueous solution 査読

Xibing He, Wataru Shinoda, Russell DeVane, Kelly L. Anderson, Michael L. Klein

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 487 ( 1-3 ) 71 - 76 2010年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2010.01.029

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
The shear hysteresis in lamellar structure of surfactant-water binary system 査読

Takenobu Nakamura, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

CHEMICAL PHYSICS 367 ( 1 ) 20 - 26 2010年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.chemphys.2009.10.009

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Exploring the utility of coarse-grained water models for computational studies of interfacial systems 査読

Xibing He, Wataru Shinoda, Russell DeVane, Michael L. Klein

MOLECULAR PHYSICS 108 ( 15 ) 2007 - 2020 2010年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/00268976.2010.503197

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Size-dependent hydrophobic to hydrophilic transition for nanoparticles: A molecular dynamics study 査読

Chi-cheng Chiu, Preston B. Moore, Wataru Shinoda, Steven O. Nielsen

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 131 ( 24 ) 2009年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.3276915

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular Dynamics Simulations of Ionic Liquids: Cation and Anion Dependence of Self-Diffusion Coefficients of Ions 査読

Seiji Tsuzuki, Wataru Shinoda, Hiroaki Saito, Masuhiro Mikami, Hiroyuki Tokuda, Masayoshi Watanabe

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 113 ( 31 ) 10641 - 10649 2009年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp811128b

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Transferable Coarse Grain Nonbonded Interaction Model for Amino Acids 査読

Russell DeVane, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Michael L. Klein

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 5 ( 8 ) 2115 - 2124 2009年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ct800441u

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Models for Phosphatidylglycerol Lipids Put to a Structural Test 査読

Jerome Henin, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 113 ( 19 ) 6958 - 6963 2009年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp900645z

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Area per Ligand as a Function of Nanoparticle Radius: A Theoretical and Computer Simulation Approach 査読

Robert J. B. Kalescky, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

LANGMUIR 25 ( 3 ) 1352 - 1359 2009年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/la8032918

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Fluorination effects on structure and dynamics of phospholipid bilayer: A molecular dynamics study 査読

Hiroaki Saito, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 468 ( 4-6 ) 260 - 263 2009年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2008.12.001

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Calculating the surface tension between a flat solid and a liquid: a theoretical and computer simulation study of three topologically different methods 査読

Uriel Octavio Moreles Vazquez, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Chi-cheng Chiu, Steven O. Nielsen

JOURNAL OF MATHEMATICAL CHEMISTRY 45 ( 1 ) 161 - 174 2009年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s10910-008-9374-7

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Computational Exploration of Novel Silicon Nanostructures 査読

Kengo Nishio, Taisuke Ozaki, Tetsuya Morishita, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

ULIS 2009: 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON ULTIMATE INTEGRATION OF SILICON 61 - + 2009年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1109/ULIS.2009.4897539

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Study on the PAN carbon-fiber-innovation for modeling a successful R&D management 査読

Osamu Nakamura, Tsuguyori Ohana, Masato Tazawa, Shinji Yokota, Wataru Shinoda, Junji Itoh

Synthesiology 2 ( 2 ) 154 - 164 2009年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Nat. Inst. of Adv. Industrial Science and Technology (AIST)

DOI： 10.5571/syntheng.2.154

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Enhanced hydrophobicity of fluorinated lipid bilayer: A molecular dynamics study 査読

Hiroaki Saito, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 112 ( 36 ) 11305 - 11309 2008年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp801057k

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Efficient free energy calculation of water across lipid membranes 査読

Keiko Shinoda, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 29 ( 12 ) 1912 - 1918 2008年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.20956

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Large-scale molecular dynamics simulations of self-assembling systems 査読

Michael L. Klein, Wataru Shinoda

SCIENCE 321 ( 5890 ) 798 - 800 2008年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1126/science.1157834

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
United-atom acyl chains for CHARMM phospholipids 査読

Jerome Henin, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 112 ( 23 ) 7008 - 7015 2008年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp800687p

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Free-energy analysis of the molecular binding into lipid membrane with the method of energy representation 査読

Nobuyuki Matubayasi, Wataru Shinoda, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 128 ( 19 ) 2008年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.2919117

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Electronic and optical properties of polyicosahedral Si nanostructures: A first-principles study 査読

Kengo Nishio, Taisuke Ozaki, Tetsuya Morishita, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

PHYSICAL REVIEW B 77 ( 7 ) 2008年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.77.075431

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Coarse-grained molecular modeling of non-ionic surfactant self-assembly 査読

Wataru Shinoda, Russell DeVane, Michael L. Klein

SOFT MATTER 4 ( 12 ) 2454 - 2462 2008年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/b808701f

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Multi-property fitting and parameterization of a coarse grained model for aqueous surfactants 査読

W. Shinoda, R. Devane, M. L. Klein

MOLECULAR SIMULATION 33 ( 1-2 ) 27 - 36 2007年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/08927020601054050

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics simulation of an archaeal lipid bilayer with sodium chloride 査読

Keiko Shinoda, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 9 ( 5 ) 643 - 650 2007年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/b611543h

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics study of bipolar tetraether lipid membranes 査読

W Shinoda, K Shinoda, T Baba, M Mikami

BIOPHYSICAL JOURNAL 89 ( 5 ) 3195 - 3202 2005年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1529/biophysj.105.060962

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Calculation of heat capacities of light and heavy water by path-integral molecular dynamics 査読

Motoyuki Shiga, Wataru Shinoda

Journal of Chemical Physics 123 ( 13 ) 134502 2005年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.2035078

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Quantum simulation of the heat capacity of water 査読

Wataru Shinoda, Motoyuki Shiga

Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics 71 ( 4 ) 2005年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevE.71.041204

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Spatial confinement effect on the atomic structure of solid argon 査読

K Nishio, W Shinoda, T Morishita, M Mikami

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 122 ( 12 ) 2005年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1878693

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Can such long time steps really be used in dissipative particle dynamics simulations? 査読

B Hafskjold, CC Liew, W Shinoda

MOLECULAR SIMULATION 30 ( 13-15 ) 879 - 885 2004年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/08927020410001709370

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Comparative molecular dynamics study of ether- and ester-linked phospholipid bilayers 査読

K Shinoda, W Shinoda, T Baba, M Mikami

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 121 ( 19 ) 9648 - 9654 2004年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1806791

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PubMed

CiNii Article

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Stress-assisted grain boundary sliding and migration at finite temperature: A molecular dynamics study 査読

M Shiga, W Shinoda

PHYSICAL REVIEW B 70 ( 5 ) 054102 2004年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.70.054102

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Molecular dynamics study on the effects of chain branching on the physical properties of lipid bilayers: 2. Permeability 査読

W Shinoda, M Mikami, T Baba, M Hato

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 108 ( 26 ) 9346 - 9356 2004年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp035998+

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CiNii Article

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Two-dimensional self-assembled structures of adenine molecules: modeling and simulation 査読

K Shinoda, W Shinoda, CC Liew, S Tsuzuki, Y Morikawa, M Mikami

SURFACE SCIENCE 556 ( 2-3 ) 109 - 120 2004年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.susc.2004.03.022

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Dynamics of a highly branched lipid bilayer: a molecular dynamics study 査読

W Shinoda, M Mikami, T Baba, M Hato

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 390 ( 1-3 ) 35 - 40 2004年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2004.03.145

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Rapid estimation of elastic constants by molecular dynamics simulation under constant stress 査読

W Shinoda, M Shiga, M Mikami

PHYSICAL REVIEW B 69 ( 13 ) 134103 2004年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.69.134103

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Molecular dynamics study of the lipid bilayers: Effects of the chain branching on the structure and dynamics 査読

W Shinoda, M Mikami, T Baba, M Hato

SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS 708 352 - 353 2004年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1063/1.1764171

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
1P108 リン脂質二重膜に埋め込まれたハロロドプシンのダイナミクス(膜蛋白質)

林宗弘, 宮川裕樹, 篠田渉, 櫻井実

生物物理 44 S56 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S56_4

CiNii Article

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Molecular dynamics study on the effect of chain branching on the physical properties of lipid bilayers: Structural stability 査読

W Shinoda, M Mikami, T Baba, M Hato

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 107 ( 50 ) 14030 - 14035 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp035493j

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
A comparison of straight- and branch-chained lipid bilayers for static and dynamic properties: A molecular dynamics study 査読

W Shinoda, M Mikami, T Baba, M Hato

NANOTECH 2003, VOL 3 3 512 - 515 2003年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
1G0930 直鎖及び分岐鎖を持つ脂質二重層膜の構造の比較 : 分子動力学シミュレーションによる研究(13.生体膜・人工膜(A)構造・物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

篠田渉, 三上益弘, 馬場照彦, 羽藤正勝

生物物理 42 ( 2 ) S35 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.42.S35_3

CiNii Article

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Self-guided molecular dynamics in the isothermal-isobaric ensemble 査読

W Shinoda, M Mikami

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 335 ( 3-4 ) 265 - 272 2001年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(01)00054-9

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics study of the dipalmitoyl phosphatidylcholine bilayer in the liquid crystal phase: An effect of the potential force fields on the membrane structure. 査読

W Shinoda, S Okazaki

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 90 ( 1-3 ) 95 - 103 2001年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0167-7322(01)00111-8

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
3P077分子動力学シミュレーションによるアクアポリン-1の選択的水分子透過機構の解析

篠田渉, 舘野賢, 大福裕子, 三上益弘

生物物理 41 S178 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S178_1

CiNii Article

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Molecular dynamics study of structure and dynamics of lipid bilayer in the liquid crystal phase 査読

W Shinoda, S Okazaki

ELECTROCHEMISTRY 68 ( 2 ) 129 - 133 2000年2月

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Parallel molecular dynamics simulation: implementation of PVM for a lipid membrane 査読

ZW Fang, ADJ Haymet, W Shinoda, S Okazaki

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 116 ( 2-3 ) 295 - 310 1999年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics study on electrostatic properties of a lipid bilayer: Polarization, electrostatic potential, and the effects on structure and dynamics of water near the interface 査読

W Shinoda, M Shimizu, S Okazaki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 102 ( 34 ) 6647 - 6654 1998年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
A Voronoi analysis of lipid area fluctuation in a bilayer 査読

W Shinoda, S Okazaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 109 ( 4 ) 1517 - 1521 1998年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.476702

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics study of a lipid bilayer: Convergence, structure, and long-time dynamics 査読

W Shinoda, N Namiki, S Okazaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 106 ( 13 ) 5731 - 5743 1997年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3388-9227
Molecular dynamics simulation of the dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) lipid bilayer in the fluid phase using the Nosé-Parrinello-Rahman NPT ensemble 査読

Shinoda W, Fukada T, Okazaki S, Okada I

Chemical Physics Letters 232 ( 3 ) 308 - 312 1995年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0009-2614(94)01352-V

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MISC

固体状態NMRに基づく超長鎖スフィンゴミエリンにより誘導された非対称膜のリーフレット間のカップリングの解明

KEERATISAKULSITH Tanatchphong, UMEGAWA Yuichi, TSUCHIKAWA Hiroshi, HANASHIMA Shinya, MURATA Michio, SHINODA Wataru

日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 101st 2021年

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B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明

浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 33rd 2019年

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J-GLOBAL

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B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算

浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 13th 2019年

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J-GLOBAL

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分子動力学計算による界面活性剤含水ラメラの構造決定および分子挙動に関する研究

武田康助, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 33rd 2019年

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J-GLOBAL

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アンフォテリシンBとステロールが形成するチャネル複合体の構造研究

山本智也, 山本智也, 梅川雄一, 梅川雄一, 中川泰男, 鈴木大河, 山上正輝, 土川博史, 花島慎弥, 村田道雄, 村田道雄, 松森信明, 松森信明, SEO Sangjae, 篠田渉

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 60th 2018年

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J-GLOBAL

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pgRNAを内包したB型肝炎ウイルスの全原子分子動力学シミュレーション

山口陽平, 今井甫, 藤本和士, 浦野諒, 篠田渉, 尾曲克己, 田中靖人, 石川哲也, 中川敦史, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 31st 2017年

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J-GLOBAL

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分子動力学法による界面活性剤水和結晶の融解挙動に関する研究

武田康助, 武田康助, 田渕友季子, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 31st 2017年

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分子動力学法を用いた生体膜の水透過における自由エネルギーの解析

山崎隼也, 伊藤太一, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 29th 2015年

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全原子分子動力学計算によるポリオウイルスカプシドの溶液内安定性についての研究

安藤嘉倫, 吉井範行, 山田篤志, 藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭佑, 中川敦史, 野本明男, 篠田渉, 岡崎進

日本膜学会年会講演要旨集 37th 2015年

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J-GLOBAL

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分子動力学法を用いた生体膜の水透過における自由エネルギーの解析

山崎隼也, 伊藤太一, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 9th 2015年

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脂質膜間距離による膜の物性変化

井上未知子, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 29th 2015年

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Lipid bilayer energetics, deformations, and interaction with carbon nanoparticles studied by molecular dynamics simulations

Steven O. Nielsen, Wataru Shinoda

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 247 2014年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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スフィンゴ脂質膜の構造とダイナミクス-コレステロール含有による変化-

永山日菜, 安藤嘉倫, 篠田渉, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 28th 2014年

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スフィンゴミエリン/コレステロール/DOPC3成分膜のLo,Ld相の分子動力学計算

柴山総一郎, 篠田渉, 安藤嘉倫, 岡崎進

分子シミュレーション討論会講演要旨集 28th 2014年

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Coarse-grained molecular dynamics of PEGylated assemblies

Sharon M. Loverde, Wataru Shinoda, Dennis E. Discher, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 245 2013年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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26pBJ-8 圧力分布解析によるベシクルの物性評価 : 分子論から弾性論への橋渡しII(26pBJ 膜・ミセル,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉

日本物理学会講演概要集 67 ( 1 ) 416 - 416 2012年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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22pJF-2 圧力分布解析によるリポソームの物性評価 : 分子論から弾性論への橋渡し(22pJF 膜・ミセル,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 319 - 319 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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24aPS-18 球対称な系の圧力分布計算における積分路の選択(24aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 342 - 342 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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21pJF-11 球対称な分子自己集合系の局所圧力の計算方法 : 生体分子系への拡張と適用(21pJF 化学物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 309 - 309 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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23aGN-11 イオンチャネルgramicidin Aに対するオーダーN法大規模第一原理計算II(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

有田通朗, 宮崎剛, Todorovic M., 篠田渉, Bowler D. R.

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 325 - 325 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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28aGV-12 球対称系での圧力分布の計算方法の実装とリポソームの物性(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉

日本物理学会講演概要集 66 ( 1 ) 417 - 417 2011年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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28aGV-3 イオンチャネルgramicidin Aに対するオーダーN法大規模第一原理計算(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

有田通朗, 宮崎剛, Todorovic M., 篠田渉, Bowler D. R.

日本物理学会講演概要集 66 ( 1 ) 416 - 416 2011年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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Advantages of using implicit solid models in the study of nano-scaled interfaces

Udayana Ranatunga, Chi-Cheng Chiu, Preston B. Moore, Wataru Shinoda, Steven Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 241 2011年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Simulating nanoparticles and surfactant in the vicinity of oil/water interfaces

Udayana Ranatunga, Chuong T. Nguyen, Blake A. Wilson, Wataru Shinoda, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 241 2011年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Influence of solvation and interparticle interactions on the aggregation behavior of nanoparticles in membranes

Udayana Ranatunga, Arben Jusufi, Russell H. DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 241 2011年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Aggregation behavior of nanoparticles constrained at oil/water interfaces

Udayana Ranatunga, Wataru Shinoda, Steven Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 241 2011年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Development of a Coarse-Grained Model for the Surfactant Family of Linear Alkylbenzene Sulfonates

Xibing He, Wataru Shinoda, Russell Devane, Olgun Guvench, Kelly L. Anderson, Alexander D. MacKerell, Michael L. Klein

BIOPHYSICAL JOURNAL 100 ( 3 ) 147 - 147 2011年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Graphical processing unit acceleration of coarse grained molecular dynamics and data analysis

David N. LeBard, Benjamin G. Levine, Russell DeVane, Wataru Shinoda, John E. Stone, Axel Kohlmeyer, Klein L. Michael

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 240 2010年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Coarse grained molecular dynamics of biological and soft matter systems

Russell H. DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 240 2010年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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Effect of spherical fullerenes on pulmonary lipid monolayers: Molecular dynamics simulations

Steven O. Nielsen, Chi-cheng Chiu, Preston B. Moore, Russell DeVane, Michael L. Klein, Wataru Shinoda

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 240 2010年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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20pEC-4 ベシクルの分子動力学 : 全原子モデルに基づく粗視化分子シミュレーション(20pEC 領域12,領域11合同シンポジウム:ナノからマイクロスケールまでの生体膜の変形・相分離ダイナミクス,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

篠田渉

日本物理学会講演概要集 65 ( 1 ) 368 - 368 2010年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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20aEF-11 粒子モデルによるベシクルの弾性定数の計算方法(II)(20aEF 液晶,複雑液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中村壮伸, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 65 ( 1 ) 366 - 366 2010年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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Mean field approach for computing solid-liquid surface tension for nanoscale interfaces

Steven O. Nielsen, Chi-cheng Chiu, Udayana Ranatunga, Preston B. Moore, Wataru Shinoda

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 239 2010年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COLL 458-Area per ligand as a function of nanoparticle radius: A theoretical and computer simulation approach

Robert J. B. Kalescky, Wataru Shinoda, Preston Moore, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 238 2009年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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合成脂質膜の分子シミュレーション - フッ素化脂質招待

齋藤大明, 篠田渉

分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 11 ( 4 ) 22 - 25 2009年4月

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記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）出版者・発行元：分子シミュレーション研究会

DOI： 10.11436/mssj.11.4_22

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COMP 2-Coarse grain models for molecular dynamics simulation

Russell DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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PHYS 116-Calculation of the surface tension between water and a flat solid

Uriel Vazquez, Chi-cheng Chiu, Wataru Shinoda, D. Vladimir Perez, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COLL 43-Nanoparticle localization energy at the oil/water interface: Effect of the deformable organic ligand coating

Udayana Ranathunga Jayasekara, Robert J. B. Kalescky, Chi-cheng Chiu, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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PHYS 324-Measurement of the contact angle of a water droplet on a flat surface

Uriel Vazquez, Chi-cheng Chiu, Wataru Shinoda, D. Vladimir Perez, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COLL 378-Correlating surfactant hydrophilic-lipophilic balance and nanoparticle radii via coarse-grained molecular dynamics simulations

Robert J. B. Kaleseky, Wataru Shinoda, Preston B. Moore, Steven O. Nielsen

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 235 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COLL 372-Theory of nanoparticle self-assembly at oil/water interfaces: The role of curvature

Steven O. Nielsen, Preston B. Moore, Wataru Shinoda, Robert J. B. Kalescky, Chi-cheng Chiu

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 235 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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23pTG-4 第一原理電子状態計算によるポリ20面体Siナノ構造のSi_<20>ケージへのドーピング効果の研究(クラスレート1,領域7,分子性固体・有機導体)

西尾憲吾, 尾崎泰助, 森下徹也, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 63 ( 1 ) 804 - 804 2008年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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22aRL-1 散逸分子動力学法によるシア条件下の膜のヒステリシス現象(エマルジョン・膜,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

中村壮伸, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 62 ( 2 ) 366 - 366 2007年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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COLL 26-Coarse-grained molecular simulation of surfactant self-assembly

Wataru Shinoda, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COMP 384-Multiproperty parametrization of a coarse grained model for proteins

Russell DeVane, Wataru Shinoda, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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COMP 258-Multi-terascale molecular modeling of biological systems

Russell DeVane, Wataru Shinoda, Jerome Henin, Matteo Dal Peraro, Axel Kohlmeyer, Michael L. Klein

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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21aTG-5 新奇ポリ20面体Siナノワイヤーの自己組織化シミュレーション(ナノチューブ・ナノワイヤー,表面界面構造,領域9,表面・界面,結晶成長)

西尾憲吾, 森下徹也, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 62 ( 1 ) 919 - 919 2007年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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ナノとバイオ領域における膜科学高度含フッ素リン脂質液晶膜の創製と特性化

馬場照彦, 高井克毅, 高木俊之, 金森敏幸, 篠田渉, 齋藤大明, 三上益弘

膜シンポジウム ( 18 ) 41 - 44 2006年10月

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記述言語：日本語

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Molecular dynamics simulations of self-organized polyicosahedral Si nanowire

Kengo Nishio, Tetsuya Morishita, Wataru Shinoda, Masuhiro Mikami

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 125 ( 7 ) 074712-1-074712-4 2006年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1063/1.2337291

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28aXJ-5 20面体Siナノクラスターの形成シミュレーション(28aXJ 微粒子・クラスタ・結晶成長,領域9(表面・界面,結晶成長))

西尾憲吾, 森下徹也, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 61 ( 1 ) 877 - 877 2006年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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28pPSB-39 Overlapping法による膜を透過する水分子の自由エネルギー計算(28pPSB 領域12ポスターセッション(ソフトマター,化学物理,生物物理),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

篠田恵子, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 61 ( 1 ) 370 - 370 2006年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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Molecular dynamics simulation of icosahedral Si quantum dot formation from liquid droplets

K Nishio, T Morishita, W Shinoda, M Mikami

PHYSICAL REVIEW B 72 ( 24 ) 245321-1-4 2005年12月

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記述言語：英語

DOI： 10.1103/PhysRevB.72.245321

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Intermolecular interaction between the pendant chain of perfluorinated ionomer and methanol

S Urata, J Irisawa, A Takada, S Tsuzuki, W Shinoda, M Mikami

JOURNAL OF FLUORINE CHEMISTRY 126 ( 9-10 ) 1312 - 1320 2005年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.jfluchem.2005.07.004

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Molecular dynamics study of the methanol effect on the membrane morphology of perfluorosulfonic ionomers

S Urata, J Irisawa, A Takada, W Shinoda, S Tsuzuki, M Mikami

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109 ( 36 ) 17274 - 17280 2005年9月

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記述言語：英語

DOI： 10.1021/jp052647h

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24aYW-5 分子動力学シミュレーションによるナノ細孔内Arの凝固過程の研究(過冷却液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

西尾憲吾, 篠田渉, 森下徹也, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 60 ( 1 ) 347 - 347 2005年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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Molecular dynamics simulation of swollen membrane of perfluorinated ionomer

S Urata, J Irisawa, A Takada, W Shinoda, S Tsuzuki, M Mikami

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109 ( 9 ) 4269 - 4278 2005年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1021/jp046434o

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15aTA-13 古細菌膜モデルとしてのエーテル型脂質二重層膜の分子動力学シミュレーション(生物物理, 領域 12)

篠田恵子, 篠田渉, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 59 ( 2 ) 311 - 311 2004年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

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Intermolecular interaction between the pendant chain of perfluorinated ionomer and water

S Urata, J Irisawa, A Takada, S Tsuzuki, W Shinoda, M Mikami

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 6 ( 13 ) 3325 - 3332 2004年7月

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記述言語：英語

DOI： 10.1039/b316395d

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水の比熱:経路積分分子動力学法による研究

篠田渉, 志賀基之

分子シミュレーション討論会講演要旨集 18th 2004年

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経路積分分子動力学法による比熱の精密計算

志賀基之, 篠田渉

分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM) 2004 2004年

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J-GLOBAL

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温度と応力を制御した分子動力学法による粒界すべりの研究

志賀基之, 篠田渉

分子シミュレーション討論会講演要旨集 18th 2004年

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J-GLOBAL

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Rigid-body dynamics in the isothermal-isobaric ensemble: A test on the accuracy and computational efficiency

W Shinoda, M Mikami

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 24 ( 8 ) 920 - 930 2003年6月

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記述言語：英語

DOI： 10.1002/jcc.10249

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分子動力学法による温度とストレスの制御とその応用

志賀基之, 篠田渉, 三上益弘, 蕪木英雄

分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM) 2003 2003年

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大規模系のための汎用分子動力学統合システムTACPACK2000の開発その3 システム化技術

南多善, 森川良忠, 小川浩, 田中真悟, 寺倉清之, 増田裕寿, 三井崇志, 佐々木幹夫, 三上益弘, 篠田渉, 劉子敬, 川田正晃, 池庄司民夫

情報化学討論会講演要旨集 0 ( 0 ) J25 - J25 2001年

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出版者・発行元：公益社団法人日本化学会・情報化学部会

The TACPACK2000 system consists of general purpose molecular dynamics simulators for large scale system of complicated materials such as biopolymer, organic crystal, liquid crystal, polymers, semiconductor, metal and alloy and ceramics and integration system for the simulators. In this presentation, the systematization technologies of the integration system are described. In the database management technology, we have developed the new technology using XML(eXtensible Markup Language) to control uniformly the data composed of molecular structure, crystal structure , potential and pseudopotential function etc. Also in the plug-in function, we have developed the software technologies for program restoration / deletion function to this system, compilation linkage functions of the program and automatic generation function of parameters input screen.

DOI： 10.11547/ciqs2001.tokusi.0.J25.0

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分子動力学シミュレーションによる脂質二重層膜の構造と動力学

篠田渉, 岡崎進

電気化学および工業物理化学 : denki kagaku 68 ( 2 ) 129 - 133 2000年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：電気化学会

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講演・口頭発表等

Simulating Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles 招待

Wataru Shinoda

The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023) 2023年10月7日

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開催年月日： 2023年10月6日 - 2023年10月9日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（基調）

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Coarse Grained Molecular Dynamics Study on Endosomal Escape of dsDNA Encapsulated in Lipid Nanoparticles using the SPICA Force Field 招待

Wataru Shinoda

CECAM workshop: Macromolecular complexes: from ab initio and integrative modelling to functional dynamics 2023年9月7日

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開催年月日： 2023年9月5日 - 2023年9月8日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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固体NMRを用いたリン脂質アシル鎖の平均配向解析

梅川雄、齋藤宣樹、花島慎弥、篠田渉、村田道雄

ケミカルバイオロジー学会第17回年会 2023年5月29日日本ケミカルバイオロジー学会

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開催年月日： 2023年5月29日 - 2023年5月31日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：⼤阪⼤学会館（⼤阪⼤学豊中キャンパス）国名：日本国
Exploring the Mechanism of Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles: A Coarse-Grained Molecular Dynamics Study 招待

Wataru Shinoda

Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry APATCC-10 2023年2月19日

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開催年月日： 2023年2月19日 - 2023年2月23日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：The International Centre for Interdisciplinary Science and Education (ICISE) 国名：ベトナム社会主義共和国
分子動力学計算による Li 伝導機構解明に立脚した高 Li 輸率のための電解液設計と最適化

篠田渉

JST-ALCA SPRING Li-S電池チームミーティング 2023年1月8日 JST

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開催年月日： 2023年1月8日 - 2023年1月9日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：静岡県国名：日本国
抗菌ペプチドがもつ膜選択性の分子論的研究

川端一正, 宮崎裕介, 山田哲平, 篠田渉

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月6日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2022年12月5日 - 2022年12月7日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京工業大学国名：日本国
エンベロープ型ウイルス粒子の粗視化シミュレーション: B 型肝炎ウイルスのビリオン構造とエンベロープ膜

浦野諒, 篠田渉

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月6日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2022年12月5日 - 2022年12月7日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京工業大学国名：日本国
スルホラン系濃厚電解液における Li イオン伝導における溶媒効果

池田周平, 都築誠二, 上野和英, 渡邉正義, 篠田渉

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2022年12月5日 - 2022年12月7日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：東京工業大学国名：日本国
環境依存の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデルの開発と脂質膜吸着現象への応用

山田哲平, 篠田渉

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2022年12月5日 - 2022年12月7日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：東京工業大学国名：日本国
分子動力学計算による脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出機構の解明

柴田果奈, Akhil Pratap Singh, 宮崎裕介, 篠田渉

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2022年12月5日 - 2022年12月7日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：東京工業大学国名：日本国
高濃度Li塩溶液に用いる溶媒のドナー性と溶液構造・Liイオン輸送の関係

重信圭佑、都築誠二、篠田渉、獨古薫、渡邉正義、上野和英

第63回電池討論会 2022年11月10日（公社）電気化学会電池技術委員会

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開催年月日： 2022年11月8日 - 2022年11月10日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：福岡国際会議場国名：日本国
鎖状エーテル系電解液の基礎物性とリチウム硫黄電池への適用

石川遼、重信圭佑、須藤拓、都築誠二、篠田渉、獨古薫、渡邉正義、上野和英

第63回電池討論会 2022年11月8日（公社）電気化学会電池技術委員会

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開催年月日： 2022年11月8日 - 2022年11月10日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：福岡国際会議場国名：日本国
分極力場を用いたスルホラン系濃厚電解液の輸送物性の解析

都築誠二、篠田渉、池田周平、重信圭佑、関志朗、上野和英、獨古薫、渡邉正義

第63回電池討論会 2022年11月8日（公社）電気化学会電池技術委員会

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開催年月日： 2022年11月8日 - 2022年11月10日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：福岡国際会議場国名：日本国
Coarse-grained molecular dynamics of lipid self-assembly. 招待

CECAM workshop: Ions, membrane and channels: Multiscale simulations from quantum to coarse-grain. A symposium in honor of Mike Klein. 2022年10月29日 CECAM

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開催年月日： 2022年10月27日 - 2022年10月29日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：Rome, Italy 国名：イタリア共和国
補助溶媒希釈スルホラン系濃厚Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構の解析

池田周平，都築誠二，上野和英，渡邉正義，篠田渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月28日溶液化学研究会

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開催年月日： 2022年10月27日 - 2022年10月29日

会議種別：ポスター発表

開催地：鹿児島大学国名：日本国
分子動力学計算による抗菌ペプチドの膜選択性解析

川端一正，宮崎裕介，篠田　渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月28日溶液化学研究会

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開催年月日： 2022年10月27日 - 2022年10月29日

会議種別：ポスター発表

開催地：鹿児島大学国名：日本国
脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出の分子動力学

柴田果奈，Akhil Pratap Singh，宮崎裕介，篠田渉

第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月27日溶液化学研究会

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開催年月日： 2022年10月27日 - 2022年10月29日

会議種別：ポスター発表

開催地：鹿児島大学国名：日本国
生体膜・脂質膜の分子シミュレーション招待

篠田渉

「計算生命科学の基礎９」 2022年11月16日神戸大学大学院システム情報学研究科計算科学教育研究センター

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開催年月日： 2022年10月5日 - 2023年2月1日

会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

開催地：オンライン開催国名：日本国
分子動力学シミュレーションを用いた脂質膜におけるメリチンの抗菌作用の研究

宮崎裕介，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月30日一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2022年9月28日 - 2022年9月30日

会議種別：ポスター発表

開催地：北海道函館市国名：日本国
エンベロープ型ウイルス粒子の粗視化シミュレーション: B型肝炎ウイルス

浦野諒，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2022年9月28日 - 2022年9月30日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：北海道函館市国名：日本国
分子動力学シミュレーションによるエンドソーム脱出分子機構の解明

柴田果奈, Akhil Pratap Singh, 篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2022年9月28日 - 2022年9月30日

会議種別：ポスター発表

開催地：北海道函館市国名：日本国
環境変化によるタンパク質の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデル

山田哲平，篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2022年9月28日 - 2022年9月30日

会議種別：ポスター発表

開催地：北海道函館市国名：日本国
抗菌ペプチドによる膜細孔形成の分子シミュレーション研究

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

第60回生物物理学会年会 2022年9月29日一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2022年9月28日 - 2022年9月30日

会議種別：ポスター発表

開催地：北海道函館市国名：日本国
分子動力学法を用いた脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出機構の解明

柴田果奈, Pratap Singh Akhil, 宮崎裕介 , 篠田渉

第 73 回コロイドおよび界面化学討論会 2022年9月20日公益社団法人日本化学会コロイドおよび界面化学部会

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開催年月日： 2022年9月20日 - 2022年9月22日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：広島大学国名：日本国
環境依存の構造変化を取り入れた粗視化タンパク質モデルの開発

山田哲平，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月21日分子科学会

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開催年月日： 2022年9月19日 - 2022年9月22日

会議種別：ポスター発表

開催地：慶應義塾大学矢上キャンパス国名：日本国
ウイルス粒子の粗視化分子動力学シミュレーション：B型肝炎ウイルス粒子構造

浦野諒，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月20日分子科学会

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開催年月日： 2022年9月19日 - 2022年9月22日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：慶應義塾大学矢上キャンパス国名：日本国
粗視化分子力場SPICAのタンパク質系への拡張と応用

宮崎裕介，篠田渉

第16回分子科学会 2022年9月19日分子科学会

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開催年月日： 2022年9月19日 - 2022年9月22日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：慶應義塾大学矢上キャンパス国名：日本国
ドナー性の異なる溶媒を用いた高濃度Li塩溶液における溶液構造とLiイオン輸送の関係性

重信圭佑、都築誠二、篠田渉、獨古薫、渡邉正義、上野和英

2022年電気化学秋季大会 2022年9月9日公益社団法人電気化学会

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開催年月日： 2022年9月8日 - 2022年9月9日

会議種別：口頭発表（一般）

開催地：神奈川大学みなとみらいキャンパス国名：日本国
アンフォテリシンBが脂質膜中で形成するイオンチャネル複合体の構造と活性発現機構

梅川雄一、山本智也、 Mayank Dixit、中川泰男、土川博史、花島慎弥、松森信明、篠田　渉、村田道雄

第64回天然有機化合物討論会 2022年9月8日第64回天然有機化合物討論会

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開催年月日： 2022年9月7日 - 2022年9月9日

開催地：静岡市清水文化会館マリナート国名：日本国
粗視化分子モデルとその応用

篠田渉

第16回分子シミュレーションスクール 2022年9月6日計算科学研究センター

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開催年月日： 2022年9月5日 - 2022年9月7日

記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

開催地：岡崎コンファレンスセンター国名：日本国
固体 NMR による脂質二重膜におけるリン脂質不飽和脂肪鎖の配座・配向解析

安田貴也・梅川雄・篠田渉・村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月26日公益社団法人日本化学会

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開催年月日： 2022年3月23日 - 2022年3月26日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
アンフォテリシン B 会合体と構造化したリン脂質の相互作用の解明

片山綾人・梅川雄・篠田渉・村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月25日公益社団法人日本化学会

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開催年月日： 2022年3月23日 - 2022年3月26日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
2H-13C二重標識体を用いた固体 NMRによる飽和リン脂質sn-1、sn-2アシル鎖の配座配向解析

○齋藤宣樹、梅川雄、篠田渉、村田道雄

日本化学会第102春季年会(2022) 2022年3月23日公益社団法人日本化学会

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開催年月日： 2022年3月23日 - 2022年3月26日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
マルチスケール分子シミュレーションによる電解質系の物性解析：高分子電解質の物性解析とリチウムイオン電池系のイオン伝導機構招待

篠田渉

第410回電池技術委員会 2022年2月4日公益社団法人電気化学会　電池技術委員会

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開催年月日： 2022年2月4日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン開催国名：日本国
生体膜・脂質膜の分子シミュレーション招待

篠田渉

高分子計算機科学研究会 2022年1月13日公益社団法人高分子学会

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開催年月日： 2022年1月13日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン国名：日本国
生体高分子自己集合系の分子シミュレーション招待

篠田渉

スーパーコンピュータワークショップ2021 「生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」 2022年1月12日自然科学研究機構　岡崎共通研究施設　計算科学研究センター

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開催年月日： 2022年1月11日 - 2022年1月12日

会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン開催国名：日本国
MDシミュレーションによるスルホラン系Li塩高濃度電解液中のLiイオン拡散機構の調査

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

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開催年月日： 2021年12月22日 - 2021年12月23日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
粗視化力場 pSPICA による抗菌ペプチドの細菌膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

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開催年月日： 2021年12月22日 - 2021年12月23日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
全原子分子動力学計算による PMMA の溶剤破壊の分子論

下岡稔，篠田渉，三宅大輝，原光生，河原聡平，眞弓皓一，藤本和士

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

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開催年月日： 2021年12月22日 - 2021年12月23日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
分子動力学法を用いたエタノール混合によるベシクル構造転移機構の解明

柴田果奈，真栄城正寿，渡慶次学，篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会 2021年12月溶液化学研究会若手の会

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開催年月日： 2021年12月22日 - 2021年12月23日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids 招待

Wataru Shinoda

Pacifichem2021 2021年12月21日 The Chemical Society of Japan

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開催年月日： 2021年12月16日 - 2021年12月21日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：online
生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション招待

篠田渉

第16回理研「バイオものづくり」シンポジウム 2021年12月9日国立研究開発法人理化学研究所

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開催年月日： 2021年12月9日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン国名：日本国
分子動力学法を用いたスルホラン系 Li 塩濃厚電解液における Li イオンダイナミクスの解析

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2021年11月29日 - 2021年12月1日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：岡山国名：日本国
B型肝炎ウイルスのカプシド含有エンベロープの分子モデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2021年11月29日 - 2021年12月1日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：岡山
全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊の分子論

下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2021年11月29日 - 2021年12月1日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：岡山国名：日本国
エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構

柴田果奈、真栄城正寿、渡慶次学、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2021年11月29日 - 2021年12月1日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：岡山国名：日本国
分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会 2021年11月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2021年11月29日 - 2021年12月1日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：岡山国名：日本国
B型肝炎ウイルスのエンベロープのモデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第59回日本生物物理学会年会 2021年11月日本生物物理学会

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開催年月日： 2021年11月25日 - 2021年11月27日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン国名：日本国
スルホラン系高濃度Li塩電解液におけるLiイオン拡散機構

池田周平、都築誠二、上野和英、渡邉正義、篠田渉

第43回溶液化学シンポジウム 2021年10月溶液化学研究会

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開催年月日： 2021年10月28日 - 2021年10月29日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
分子シミュレーションによる界面活性剤/脂質の自己集合構造と安定性評価招待

篠田渉

日本油化学会2021年若手の会交流会 2021年10月8日日本油化学会若手の会

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開催年月日： 2021年10月8日

記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

開催地：オンライン国名：日本国
全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊シミュレーション

下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士

第15回分子科学討論会 2021年9月分子科学会

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開催年月日： 2021年9月18日 - 2021年9月21日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
2H,13C-二重標識POPCを用いた脂質二重膜における不飽和アシル鎖の配座・配向の固体NMR解析

安田貴也、梅川雄一、今井茅希、村田道雄、篠田渉

日本化学会第101春季大会 2021年3月21日日本化学会

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開催年月日： 2021年3月19日 - 2021年3月22日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
Elucidation of inter-leaflet coupling in asymmetric membranes induced by very long chain sphingomyelin based on solid-state NMR

Tanatchphong Keeratisakulsith, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Michio Murata, Wataru Shinoda

2021年3月19日

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開催年月日： 2021年3月19日 - 2021年3月22日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
Seipin Accumulates and Traps Diacylglycerols and Tryglycerides in Its Ring-Like Structure 国際共著国際会議

Valeria Zoni, Wataru Shinoda, Stefano Vanni

65th Biophysical Society Annual Meeting 2021年2月 Biophysical Society

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開催年月日： 2021年2月22日 - 2021年2月26日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：online
Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model 招待

Wataru Shinoda

The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations 2021年1月6日

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開催年月日： 2021年1月6日 - 2021年1月7日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）
粗視化分⼦動⼒学法による脂質膜相分離、抗菌ペプチド作⽤の研究招待

篠田渉、宮﨑裕介、Sangjae Seo

物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の新展開2020」 2020年12月東大物性研

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開催年月日： 2020年12月21日 - 2020年12月22日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン国名：日本国
気液界面における半フッ化炭素のヘミミセル形成

原田昌吾、Hari O. S. Yadav、篠田渉

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2020年12月5日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン
薬剤分子の B 型肝炎ウイルスへの透過機構の探索

弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2020年12月5日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
定量的粗視化力場SPICA のDNA モデルヘの拡張: 脂質ナノ粒子の構造予測

田中裕貴、宮崎裕介、Akhil Pratap Singh、篠田渉

第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月5日分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2020年12月5日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン国名：日本国
不均一系における位置に依存した拡散係数の新規手法の提案

永井哲郎、弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第34回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2020年12月5日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：オンライン
高精度量子化学計算を用いた電極中の硫黄の還元反応の解析

都築誠二，金子智昭，袖山慶太郎，梅林泰宏，篠田渉，関志朗，上野和英，獨古薫，渡邉正義

第61回電池討論会 2020年11月電気化学会

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開催年月日： 2020年11月18日 - 2020年11月20日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：オンライン
濃厚電解質溶液中のイオンダイナミクス：分子動力学法による検討

篠田　渉

2020年度イオン液体研究会 2020年7月16日イオン液体研究会

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開催年月日： 2020年7月16日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：オンライン
All-Atomistic Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy Polymers:Molecular Mechanism of Brittleness and Ductility

Z. Tang, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki

Materials Research Meeting 2019 2019年12月 MRM2019

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開催年月日： 2019年12月10日 - 2019年12月14日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Yokohama 国名：日本国
粗視化分子力場pSPICAを用いたペプチドによる細孔形成過程の解析

宮﨑裕介、岡崎進、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋国名：日本国
Molecular view of lipid-based nanoparticles as drug delivery system revealed by coarse grained simulation

A. P. Singh, H. Tanaka, Y. Miyazaki, W. Shinoda

2019年12月

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
分子動力学シミュレーションによるAm-photericinB チャネルの構造安定性の解析

舟橋康佑、 Sang-jae Seo、岡崎進、　梅川雄一、村田道雄、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋国名：日本国
定量的粗視化力場SPICAのDNA/RNAモデルへの拡張

田中裕貴、宮崎裕介、 Akhil Pratap Singh、岡崎進、篠田渉

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋国名：日本国
B 型肝炎ウイルス(HBV) への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
分子動力学計算による界面活性剤含水ラメラの構造決定および分子挙動に関する研究

武田康助、安藤嘉倫、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
不均一系での物質輸送を評価の際に利用する位置に依存した拡散係数の新規評価方法

永井哲郎、弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月分子シミュレーション学会

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
tSPICA: Introducing Temperature- and Pressure- Dependence for the SPICA Coarse-Grained Force Field

M. Griffiths，W. Shinoda

2019年12月

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
Coarse-Grained MD Study of Entecavir Drug Insertion into Hepatitis B Virus (HBV) Capsid

M. Dixit,H. Liu, Y. Miyazaki, R. Urano,S. Okazaki, W. Shinoda

2019年12月

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
Effects of Packing Density and Chain Length on the Surface Hydrophobicity of Thin Films Composed of Perfluoroalkyl Acrylate Chains: A Molecular Dynamics Study

H. Yadav,An-Tsung Kuo, S. Urata, W.Shinoda

2019年12月

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開催年月日： 2019年12月9日 - 2019年12月11日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
電荷を置いたグラフェン近傍のイオンの配向

都築誠二、森下徹也、中村壮伸、篠田渉、関志朗、梅林泰宏、上野和英、獨古薫、渡邉正義

第10回イオン溶液討論会 2019年11月イオン液体研究会

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開催年月日： 2019年11月21日 - 2019年11月22日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：大阪国名：日本国
ポリスルフィドアニオン、多硫化リチウムの構造と安定性

都築誠二、森下徹也、篠田渉、袖山慶太朗、梅林泰宏、関志朗、上野和英、獨古薫、渡邉正義

第60回電池討論会 2019年11月電気化学会

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開催年月日： 2019年11月13日 - 2019年11月15日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：京都国名：日本国
A new coarse-grained force field to perform molecular dynamics simulations for lipid bilayer systems using a polar water model

Y. Miyazaki, S. Okazaki, W. Shinoda

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

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開催年月日： 2019年11月3日 - 2019年11月6日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Jeju 国名：大韓民国
Coarse-Grained Molecular Dynamics Study of Lipid-Protein Complex 招待

W. Shinoda, S. Seo, K. Funahashi

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

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開催年月日： 2019年11月3日 - 2019年11月6日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：Jeju 国名：大韓民国
Introducing Temperature- and Pressure- Dependence to a Coarse-Grained Model for Organic Molecules: The tSPICA Force Field

Mark Z. Griffiths, Wataru Shinoda

The 5th International Conference on Molecular Simulation 2019年11月

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開催年月日： 2019年11月3日 - 2019年11月6日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Jeju 国名：大韓民国
膜透過・相分離の分子シミュレーションによる研究招待

篠田渉、徐相宰、田村美侑

第42回溶液化学シンポジウムプレシンポジウム 2019年10月29日溶液化学研究会

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開催年月日： 2019年10月29日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：仙台国名：日本国
非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究:ミクロの視点における降伏現象の解明

湯之也、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第68回高分子討論会 2019年9月高分子学会

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開催年月日： 2019年9月25日 - 2019年9月27日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：福井国名：日本国
P-SPICA: A coarse-grained force field for biological systems with a polar coarse-grained water model

Y.Miyazaki, S.Okazaki, W.Shinoda

2019年9月

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開催年月日： 2019年9月24日 - 2019年9月26日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
Calculation of free energy of transfer of a reverse transcription inhibitor to the inside of HepatitisB Virus (HBV) capsid

R.Urano, K. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, W. Shinoda, S. Okazaki

2019年9月

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開催年月日： 2019年9月24日 - 2019年9月26日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：日本国
B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

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開催年月日： 2019年9月17日 - 2019年9月20日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
分子動力学シミュレーションによるAmphotericin Bチャネルの構造安定性の解析　

舟橋康佑、サンジェセオ、岡崎進、梅川雄一、村田道雄、篠田渉　　　

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

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開催年月日： 2019年9月17日 - 2019年9月20日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋国名：日本国
極性を持つ粗視化水モデルを基礎とした生体分子系のための新規粗視化分子力場の開発

宮崎裕介、岡崎進、篠田渉

第13回分子科学討論会 2019年9月分子科学会

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開催年月日： 2019年9月17日 - 2019年9月20日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋国名：日本国
Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution by all-atom molecular dynamics calculation

K. Fujimoto,Y. Yamaguchi,R. Urano, 　W. Shinoda,T. Ishikawa, K. Omagari,　 Y. Tanaka,A. Nakagawa,S. Okazaki

Joint EMLG/JMLG conference 2019 2019年9月 European Molecular Liquids Group(EMLG)

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開催年月日： 2019年9月8日 - 2019年9月13日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Kutna Hora 国名：チェコ共和国
Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution

K. Fujimoto, Y. Yamaguchi, R. Urano, W. Shinoda, T.Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka, A. Nakagawa, S. Okazaki

the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019年8月

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開催年月日： 2019年8月4日 - 2019年8月8日

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

国名：中華人民共和国
Novel method to evaluate position-dependent diffusion constant of small molecules in heterogeneous systems

T. Nagai, S. Tsurumaki, R. Urano, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazaki

the 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019) 2019年8月

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開催年月日： 2019年8月4日 - 2019年8月8日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：中華人民共和国
Coarse-grained molecular dynamics study for protein-lipid complexes 招待国際共著国際会議

S. Seo, H. Liu, W. Shinoda　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

2019年6月

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開催年月日： 2019年6月24日 - 2019年6月26日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 I：延性と脆性

藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月高分子学会

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開催年月日： 2019年5月29日 - 2019年5月31日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：大阪国名：日本国
全原子分子動力学計算による純ブタジエンゴム破壊の分子機構の研究

パヤルラジディープ、藤本和士、ジャンチャンウーン、篠田渉、武井祐樹、島広志、角田克彦、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月高分子学会

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開催年月日： 2019年5月29日 - 2019年5月31日

開催地：大阪
非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 II：分子論的解釈

湯之也、藤本和士、篠田渉、岡崎進

第68回高分子学会年次大会 2019年5月

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開催年月日： 2019年5月29日 - 2019年5月31日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：大阪国名：日本国
抗B型肝炎ウイルス(HBV)薬剤分子のカプシド内部への吸収の自由エネルギー

浦野諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田渉、岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

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開催年月日： 2019年5月27日 - 2019年5月29日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：北海道
不均一系の物質輸送の理解に向けた小分子の位置に依存する自己拡散係数評価方法の確立

弦巻周平、浦野諒、藤本和士、篠田渉、　岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

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開催年月日： 2019年5月27日 - 2019年5月29日

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：北海道国名：日本国
ガラス状高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究

藤本和士、湯之也、篠田渉、岡崎進

第22回理論化学討論会 2019年5月理論化学会

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開催年月日： 2019年5月27日 - 2019年5月29日

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：北海道
Multiscale Molecular Modeling for Polymer Electrolyte Membrane for Fuel Cell 招待

Wataru Shinoda

235th ECS Meeting The Electrochemical Society

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開催年月日： 2019年5月26日 - 2019年5月31日

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：Dallas 国名：アメリカ合衆国

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共同研究・競争的資金等の研究

生体膜の非対称性と不均一性が引き起こす物質輸送制御の分子機構の探求

研究課題/領域番号：25K01729 2025年04月 - 2028年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

篠田渉

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配分額：18850000円（直接経費：14500000円、間接経費：4350000円）

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エンジニアード脂質粒子の創成とその応用

研究課題/領域番号：24H00038 2024年04月 - 2029年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S)

渡慶次学, 真栄城正寿, 篠田渉

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配分額：205400000円（直接経費：158000000円、間接経費：47400000円）

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膜透過の計算科学：膜モジュレータの作用と核酸透過機構の解明

研究課題/領域番号：24H00843 2024年04月 - 2027年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B)

篠田渉

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配分額：28340000円（直接経費：21800000円、間接経費：6540000円）

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細胞膜をゆらす核酸医薬の膜透過機構の総合理解と膜透過学の創成

研究課題/領域番号：24H00839 2024年04月 - 2027年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B)

大澤昂志, 三木康嗣, 篠田渉, 川口祥正

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配分額：8320000円（直接経費：6400000円、間接経費：1920000円）

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生体膜に現れる脂質ドメイン構造を司る脂質アシル鎖の平均配向

研究課題/領域番号：23K17373 2023年06月 - 2026年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓)

村田道雄, 篠田渉, 花島慎弥, 杉山成

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配分額：25740000円（直接経費：19800000円、間接経費：5940000円）

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脂質ナノ粒子の細胞内輸送の分子動力学：核酸エンドソーム脱出の分子機構

研究課題/領域番号：21H01880 2021年04月 - 2025年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B)

篠田渉, 浦野諒

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配分額：17420000円（直接経費：13400000円、間接経費：4020000円）

脂質ナノ粒子(LNP)のエンドソーム脱出を分子動力学(MD)シミュレーションで解析し、その分子機構を明らかにすることを目的としており、当該年度においては、まず、核酸と脂質の複合構造であるLNPとエンドソーム膜の分子モデリングを中心に行った。dsDNAに標準系の脂質(1,2-dilinoleyloxy-3-dimethylaminopropane (DLin-MC3-DMA),コレステロール(Chol), ホスファチジルコリン(PC)脂質)を混合してできたLNPのMD計算を行った。カチオン性脂質(DLin-MC3-DMA)のpH変化に伴うイオン化状態の変化を考慮した粗視化(SPICA)力場を作成し、約30nmの直径のLNPのMD計算を実行した。DLin-MC3-DMAのイオン化状態の変化は、LNP構造を大きく変化させ、特にdsDNAのLNP内包状態が変化することがわかった。また、エンドソーム膜のモデリングを行い、実験情報に合わせた脂質組成を持つエンドソーム膜モデルをSPICA力場で作成した。コレステロールを含む5種の異なる脂質の混合膜としてモデルを作成し、大きなドメイン構造を持たないことを確認した。さらに、LNPとエンドソーム膜の相互作用を確認する分子動力学(MD)シミュレーションを行った。LNPは中性条件ではエンドソーム膜と積極的な相互作用を示さなかったが、酸性条件においては静電相互作用によってエンドソーム膜に強く吸着することがわかった。吸着後の融合プロセスは非常に長時間を要するため、律速段階であるLNPとエンドソーム膜間の吸着表面の脱水和を人工的にさせ、その後の融合の進展を観測した。現在、融合シミュレーションの途中であるが、数µs以上かけて構造緩和をしながら融合が進む様子が見られた。次年度以降にも継続して融合MD計算を実行する必要がある。

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全原子・粗視化分子動力学による細胞内分子動態の解明

研究課題/領域番号：JPMXP102020010 2020年04月 - 2023年03月

文部科学省スーパーコンピュータ「富岳」成果創出加速プログラム受託研究

篠田　渉

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担当区分：研究分担者資金種別：競争的資金

配分額：21450000円（直接経費：19500000円、間接経費：1950000円）
次世代高性能リチウム硫黄電池の開発

2018年04月 - 現在

国立研究開発法人科学技術振興機構 ALCA 先端的低炭素化技術開発重点課題

篠田　渉

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担当区分：研究分担者資金種別：競争的資金

配分額：32942000円（直接経費：25340000円、間接経費：7602000円）
生体モデル膜における脂質分子の動的配座とドメイン構造

研究課題/領域番号：16H06315 2016年05月 - 2021年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S)

村田道雄, 花島慎弥, 梅川雄一, 篠田渉, 土川博史, 三浦薫, 櫻井香里

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配分額：182780000円（直接経費：140600000円、間接経費：42180000円）

細胞膜に形成される脂質ラフトのモデル系としてスフィンゴミエリン(SM)の膜中での立体構造について、NMR実験およびMDによって詳細に解析した。特に、ラフト形成時のSMの構造的特徴として重要なアシル鎖の配座・配向を解析するために、2Hと13Cで標識したSMを化学合成し、固体NMR(REDOR法)測定に供した。その結果、アルキル鎖の立体配座として知られるアンチとゴーシュ形を選択的に観測することに成功し、コレステロール(Cho)を含有する脂質ラフト系の二重膜においてSMのアシル鎖の中心付近(C10位)の結合は約90%以上アンチ配座を取っており、また、この部分のゆらぎは極めて低いことを明らかにした。
次に、ラフト系における脂質分子の分子間相互作用に関する知見を得るために、モデル脂質二重膜を用いて、SMが形成するナノドメインの性状を調べる実験を行った。すなわち、SMの誘導体を用いて、ChoがなくてもSMナノドメインが形成されること、SM分子間の立体配置が重要な役割を果たすことを明らかした。また、粗視化MDを改良してナノドメインの形成のシミュレーションを行った。これらの成果を３編の論文として発表した。
さらに、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）法によってSMの天然体と鏡像体の混合膜を精査することによって、ラフトモデル膜におけるSMナノドメインの大きさを測定することに成功し、平均半径が約６ナノメータ―であることを明らかにした。非対称膜を用いた外膜脂質と内膜脂質の相互作用解析については、より生体膜に近づけるために二重膜の内葉と外葉で脂質組成が細胞膜に類似した非対称膜を調製して、重水素NMRとMD計算を行い、ラフト形成時におけるSM分子の挙動を解明した。これら成果についても現在論文を作成している。

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生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築

2014年04月 - 2020年03月

文部科学省ポスト「京」重点課題アプリケーション開発重点課題(1) 委託研究

篠田　渉

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担当区分：研究分担者資金種別：競争的資金

配分額：79577300円（直接経費：72343000円、間接経費：7234300円）
超大規模第一原理計算に基づいた複雑生体系の環境依存力場の作成

研究課題/領域番号：26610120 2014年04月 - 2016年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究

宮崎剛, 篠田渉, 大塚教雄

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配分額：3770000円（直接経費：2900000円、間接経費：870000円）

本研究では、我々が開発している大規模第一原理計算プログラムを用いて、水溶媒中にある脂質２重層中に埋め込まれたイオンチャネルgramicidin Aという複雑生体系の複数の構造に対してセルフコンシステント第一原理計算を実現することに成功した。この結果と生体系に対する理論研究で通常用いられている古典力場の結果を比較することにより複雑生体系における古典力場の問題点を明らかにした。また、数万原子を含むような複雑生体系に対して精度の高い第一原理計算に基づく分子動力学法法を実現することを可能とする計算手法を開発した。

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階層的分子モデリングによる生体膜融合過程の研究

研究課題/領域番号：23350014 2011年04月 - 2015年03月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B)

篠田渉, 都築誠二, KLEIN Michael L.

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配分額：19110000円（直接経費：14700000円、間接経費：4410000円）

生体膜融合の分子プロセスの解明のため、全原子モデルを元に定量的粗視化分子モデルを作成し、ベシクルなどの曲率を持った膜間の相互作用や膜融合の解析を分子シミュレーションによって行い、さらに自由エネルギー障壁を解析した。膜を構成する脂質分子種やペプチドによる膜融合への影響を明らかにすると同時に、膜の線張力、曲げ弾性係数などを分子系から定量的に測定する手法開発を行い、これによって連続体モデルと分子シミュレーションの結果の比較を行い、膜弾性理論は融合エネルギーを定性的に説明できるが、定量性はなく分子のコンフォメーションの変化による影響が大きいことを示唆された。

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担当授業科目

分子化学特別講義Ⅰ （2024年度）集中 - その他
分子科学ゼミナール（2024年度）前期 - その他
分子科学ゼミナール（2024年度）通年 - その他
分子科学演習（理論計算化学）（2024年度）その他 - その他
分子科学演習（理論計算化学）（2024年度）通年 - その他
分子科学特別研究（2024年度）前期 - その他
分子科学特別研究（2024年度）通年 - その他
分子計算化学特論（2024年度）前期 - その他
創成化学特論（2024年度）前期 - その他
化学ゼミナール（2024年度）特別 - その他
化学ゼミナール（2024年度）その他 - その他
化学実験法１（2024年度）第１学期 - 月5,木5,金5
化学実験法２（2024年度）第２学期 - 月5,木5,金5
化学実験法３（2024年度）第３学期 - 月5,木5,金5
化学実験法４（2024年度）第４学期 - 月5,木5,金5
化学実験１（2024年度）第１学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験２（2024年度）第２学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験３（2024年度）第３学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験４（2024年度）第４学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験Ｉ（2024年度）１・２学期 - 月5～8,木5～8,金5～8
化学実験ＩＩ（2024年度）３・４学期 - 月5～8,木5～8,金5～8
基礎物質化学（2024年度）１・２学期 - 金3～4
基礎物質化学１（2024年度）第１学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2024年度）第２学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2024年度）第２学期 - 金3～4
物理化学ＩＶ（2024年度）３・４学期 - 金1～2
特別研究（2024年度）前期 - その他
特別研究（2024年度）その他 - その他
特別研究（2024年度）その他 - その他
理論計算化学特別演習（2024年度）通年 - その他
理論計算化学特論（2024年度）前期 - 木5～6
課題研究（2024年度）特別 - その他
課題研究１（2024年度）特別 - その他
課題研究１（2024年度）その他 - その他
課題研究２（2024年度）特別 - その他
課題研究２（2024年度）その他 - その他
量子化学３（2024年度）第３学期 - 木3～4
量子化学４（2024年度）第４学期 - 木3～4
量子化学７（2024年度）第４学期 - 金1～2
量子化学ＩＩ（2024年度）３・４学期 - 木3～4
分子科学ゼミナール（2023年度）その他 - その他
分子科学演習（理論計算化学）（2023年度）通年 - その他
分子科学特別研究（2023年度）その他 - その他
分子計算化学特論（2023年度）前期 - その他
分子計算化学特論（2023年度）前期 - その他
創成化学とSDGs （2023年度）前期 - 金1～2
創成化学とSDGs （2023年度）前期 - 金1～2
創成化学概論（2023年度）前期 - 水3～4
化学ゼミナール（2023年度）特別 - その他
化学実験法１（2023年度）第１学期 - 月5,木5,金5
化学実験法２（2023年度）第２学期 - 月5,木5,金5
化学実験法３（2023年度）第３学期 - 月5,木5,金5
化学実験法４（2023年度）第４学期 - 月5,木5,金5
化学実験１（2023年度）第１学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験２（2023年度）第２学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験３（2023年度）第３学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験４（2023年度）第４学期 - 月6～8,木6～8,金6～8
化学実験Ｉ（2023年度）１・２学期 - 月5～8,木5～8,金5～8
化学実験ＩＩ（2023年度）３・４学期 - 月5～8,木5～8,金5～8
基礎物質化学（2023年度）１・２学期 - 金3～4
基礎物質化学１（2023年度）第１学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2023年度）第２学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2023年度）第２学期 - 金3～4
応用化学基礎（2023年度）前期 - その他
物理化学ＩＶ（2023年度）３・４学期 - 金1～2
特別研究（2023年度）その他 - その他
特別研究（2023年度）その他 - その他
特別研究（2023年度）その他 - その他
理論計算化学演習（2023年度）通年 - その他
理論計算化学特別演習（2023年度）通年 - その他
理論計算化学特論（2023年度）前期 - 木5～6
理論計算化学特論（2023年度）前期 - 木5～6
自然・環境科学教養・実践論（2023年度）後期 - 木7～8
課題研究１（2023年度）特別 - その他
課題研究２（2023年度）１・２学期 - その他
課題研究２（2023年度）特別 - その他
量子化学３（2023年度）第３学期 - 木3～4
量子化学４（2023年度）第４学期 - 木3～4
量子化学７（2023年度）第４学期 - 金1～2
量子化学ＩＩ（2023年度）３・４学期 - 木3～4
分子化学特論（2022年度）前期 - 月5～6
分子計算化学特論（2022年度）前期 - その他
基礎物質化学（2022年度）１・２学期 - 金3～4
基礎物質化学１（2022年度）第１学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2022年度）第２学期 - 金3～4
基礎物質化学２（2022年度）第２学期 - 金3～4
理論化学特論（2022年度）前期 - 木5～6
理論計算化学演習（2022年度）通年 - その他
理論計算化学特論（2022年度）前期 - 木5～6
自然・環境科学教養・実践論（2022年度）後期 - 木7～8
自然・環境科学教養・実践論（2022年度）後期 - 木7～8
自然・環境科学教養・実践論（2022年度）後期 - 木7,木8
量子化学３（2022年度）第３学期 - 木3～4
量子化学４（2022年度）第４学期 - 木3～4
量子化学７（2022年度）第４学期 - 金1～2
量子化学ＩＩ（2022年度）３・４学期 - 木3～4

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