2025/07/17 更新

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ヌモト　ノブタカ
沼本　修孝
Numoto Nobutaka
所属
学術研究院先鋭研究領域（異分野基礎） 准教授（特任）
職名
准教授（特任）
外部リンク

学位

  • 博士（理学） （ 京都大学 ）

研究分野

  • ライフサイエンス / 構造生物化学

学歴

  • 京都大学   Graduate School, Division of Natural Science  

    2001年4月 - 2004年3月

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  • 京都大学   Graduate School, Division of Natural Science  

    1999年4月 - 2001年3月

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  • 京都大学   Faculty of Science  

    1995年4月 - 1999年3月

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経歴

  • 岡山大学   異分野基礎科学研究所 国際構造生物学研究センター   准教授（特任）

    2024年1月 - 現在

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  • 東京医科歯科大学   難治疾患研究所 先端分子医学研究部門 分子構造情報学   准教授

    2021年6月 - 2023年12月

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  • 東京医科歯科大学   難治疾患研究所 先端分子医学研究部門 分子構造情報学   助教

    2012年10月 - 2021年5月

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  • 東京医科歯科大学   大学院医歯学総合研究科 生命理工学系専攻 生命理工学講座 分子構造情報学   助教

    2012年10月 - 2021年5月

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  • 京都大学   原子炉実験所   特定助教

    2010年2月 - 2012年9月

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  • 金沢大学   理工研究域自然システム学系   博士研究員

    2008年4月 - 2010年1月

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  • 金沢大学   理学部生物学科   博士研究員

    2007年4月 - 2008年3月

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  • 京都大学   大学院理学研究科化学専攻   産学官連携研究員

    2004年4月 - 2007年3月

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委員歴

  • 日本学術振興会   産学協力委員会 R022 量子構造生物学委員会 個人会員（学界委員）  

    2020年4月 - 2022年4月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本結晶学会   編集幹事  

    2020年4月 - 2022年3月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本結晶学会   2018年度年会実行委員会プログラム委員  

    2018年8月 - 2018年11月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本結晶学会   編集委員  

    2018年4月 - 2020年3月   

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  • 日本生物物理学会   分野別専門委員  

    2018年1月 - 2019年1月   

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    団体区分：学協会

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  • SPring-8ユーザー協同体（SPRUC）放射光構造生物学研究会   幹事  

    2016年9月 - 現在   

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    団体区分：学協会

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論文

  • Crystal structures reveal how the multispecific antibody G2 achieves binding to different peptides. 査読 国際誌

    Yuya Hanazono, Saaya Yabuno, Takahiro Hayashi, Nobutaka Numoto, Yuji O Kamatari, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    FEBS letters   2025年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Monoclonal antibody G2, obtained via immunization with the chicken prion protein (ChPrP), has unique antigen-binding specificity. G2 specifically binds to the ChPrP-derived peptide (Pep18mer) as expected, but also to three other peptides. In this study, we determined the crystal structures of G2 single-chain Fv antibodies covalently linked to Pep18mer and another peptide, PepH4P6. Both bound peptides formed similar U-shaped structures that stuck into the G2 antigen-binding pocket. Their three-dimensional structures were stabilized by interactions within the peptides, and the structure of the bound Pep18mer was similar to that of the corresponding ChPrP region. G2 acquired the binding ability to both Pep18mer and PepH4P6 via deletion of the 95th residue of the light chain during affinity maturation, consistent with our structural analysis.

    DOI： 10.1002/1873-3468.70095

    PubMed

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  • Structure-guided engineering of a mutation-tolerant inhibitor peptide against variable SARS-CoV-2 spikes. 査読 国際誌

    Shun Nakamura, Yukihiro Tanimura, Risa Nomura, Hiroshi Suzuki, Kouki Nishikawa, Akiko Kamegawa, Nobutaka Numoto, Atsushi Tanaka, Shigeru Kawabata, Shoichi Sakaguchi, Akino Emi, Youichi Suzuki, Yoshinori Fujiyoshi

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   122 ( 4 )   e2413465122   2025年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Pathogen mutations present an inevitable and challenging problem for therapeutics and the development of mutation-tolerant anti-infective drugs to strengthen global health and combat evolving pathogens is urgently needed. While spike proteins on viral surfaces are attractive targets for preventing viral entry, they mutate frequently, making it difficult to develop effective therapeutics. Here, we used a structure-guided strategy to engineer an inhibitor peptide against the SARS-CoV-2 spike, called CeSPIACE, with mutation-tolerant and potent binding ability against all variants to enhance affinity for the invariant architecture of the receptor-binding domain (RBD). High-resolution structures of the peptide complexed with mutant RBDs revealed a mechanism of mutation-tolerant inhibition. CeSPIACE bound major mutant RBDs with picomolar affinity and inhibited infection by SARS-CoV-2 variants in VeroE6/TMPRSS2 cells (IC50 4 pM to 13 nM) and demonstrated potent in vivo efficacy by inhalation administration in hamsters. Mutagenesis analyses to address mutation risks confirmed tolerance against existing and/or potential future mutations of the RBD. Our strategy of engineering mutation-tolerant inhibitors may be applicable to other infectious diseases.

    DOI： 10.1073/pnas.2413465122

    PubMed

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  • Structure-activity relationship of PET-degrading cutinase regulated by weak Ca2+ binding and temperature. 査読

    Fumiya Kondo, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Satoshi Nagao, Nobutaka Numoto, Hiroshi Sekiguchi, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    Biophysics and physicobiology   22 ( 2 )   e220009   2025年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Enzyme function is often regulated by weak metal-ion binding, which results from conformational changes while maintaining conformational fluctuations. We analyzed the structure and function of cutinase-like enzyme, Cut190, using biophysical methods such as X-ray crystallography and molecular dynamics (MD) simulations, showing that its structure and function are finely regulated by weak Ca2+ binding and release. We succeeded to stabilize the enzyme by introducing a disulfide-bond which can degrade polyethylene terephthalate (PET) to PET monomers at the glass transition temperature of PET, ≈70°C. In this study, using the stabilized Cut190 mutants, Cut190**SS and Cut190**SS_F77L, we evaluated the requirement of Ca2+ for catalytic activity at 70°C, showing that the enzyme expressed the activity even in the absence of Ca2+, in contrast to that at 37°C. These results were supported by multicanonical MD analysis, which showed that the respective forms of the enzyme, such as closed, open, and engaged forms, were exchangeable, possibly because the potential energy barriers between the respective forms were lowered. Taken together, the conformational equilibrium to express the catalytic activity was regulated by weak Ca2+ binding at 37°C, and was also regulated by increasing temperature. The respective conformational states of Cut190**SS and Cut190**SS_F77L correlated well with their different catalytic activities for PET.

    DOI： 10.2142/biophysico.bppb-v22.0009

    PubMed

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  • Structural basis for the full and partial agonist activities of retinoid X receptor α ligands with an iso-butoxy and an isopropyl group. 査読 国際誌

    Daisuke Imai, Nobutaka Numoto, Hiroaki Tokiwa, Hiroki Kakuta, Nobutoshi Ito

    Biochemical and biophysical research communications   734   150617 - 150617   2024年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Retinoid X receptors (RXRs) belong to a retinoid-binding subgroup of the nuclear receptor family, and their synthetic agonists have been developed as therapeutics for glucose and lipid metabolism, inflammation, and inflammatory bowel disease, although RXR agonists could cause side effects such as hypothyroidism, hypertriglyceridemia, and hepatomegaly. We previously reported novel full and partial agonists, NEt-3IB and NEt-4IB, which reduce the side effects, but the molecular basis of their different activity was not clear. In this study, we report the crystal structures of the ligand-binding domain of human RXRα complexed with NEt-3IB and NEt-4IB. Detailed comparisons of the two structures showed that the full agonist, NEt-3IB, is more stably accommodated in the ligand-binding pocket due to the interactions of the bulky iso-butoxy group with helices 5 and 7. The stabilization of these helices led to the stabilization of helix 12, which is important for formation of the coactivator-binding site. The structures shed light on the novel mechanism of the regulation of RXR activity through the interaction between the bound agonist and helix 7, an interaction that was not previously considered important.

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2024.150617

    PubMed

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  • Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity 査読

    Nobutaka Numoto, Fumiya Kondo, Gert-Jan Bekker, Zengwei Liao, Mitsuaki Yamashita, Akira Iida, Nobutoshi Ito, Narutoshi Kamiya, Masayuki Oda

    International Journal of Biological Macromolecules   281   136597 - 136597   2024年11月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.ijbiomac.2024.136597

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  • Open and closed structures of L-arginine oxidase by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography 査読

    Hiroki Yamaguchi, Kazutoshi Takahashi, Nobutaka Numoto, Hiroshi Suzuki, Moemi Tatsumi, Akiko Kamegawa, Kouki Nishikawa, Yasuhisa Asano, Toshimi Mizukoshi, Hiroshi Miyano, Yoshinori Fujiyoshi, Masayuki Sugiki

    The Journal of Biochemistry   2024年10月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    L-arginine oxidase (AROD, EC 1.4.3.25) is an oxidoreductase that catalyses the deamination of L-arginine, with flavin adenine dinucleotide (FAD) as a cofactor. Recently identified AROD from Pseudomonas sp. TPU 7192 (PT-AROD) demonstrates high selectivity for L-arginine. This enzyme is useful for accurate assays of L-arginine in biological samples. The structural characteristics of the FAD-dependent AROD, however, remain unknown. Here, we report the structure of PT-AROD at a resolution of 2.3 Å by cryo-electron microscopy. PT-AROD adopts an octameric structure with D4 symmetry, which is consistent with its molecular weight in solution, estimated by mass photometry. Comparative analysis of this structure with that determined using X-ray crystallography reveals open and closed forms of the lid-like loop at the entrance to the substrate pocket. Furthermore, mutation of Glu493, located at the substrate binding site, diminishes substrate selectivity, suggesting that this residue contributes significantly to the high selectivity of PT-AROD.

    DOI： 10.1093/jb/mvae070

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  • Affinity-matured antibody with a disulfide bond in H-CDR3 loop 査読

    Mutsumi Yoshida, Yuya Hanazono, Nobutaka Numoto, Satoshi Nagao, Saaya Yabuno, Yumi Kitagawa, Hiroshi Sekiguchi, Nobutoshi Ito, Takachika Azuma, Masayuki Oda

    Archives of Biochemistry and Biophysics   758   110068 - 110068   2024年8月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.abb.2024.110068

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  • CD72 is an inhibitory pattern recognition receptor that recognizes ribosomes and suppresses production of anti-ribosome autoantibody. 査読 国際誌

    Chizuru Akatsu, Takahiro Tsuneshige, Nobutaka Numoto, Wang Long, Toshio Uchiumi, Yoshikatsu Kaneko, Masatake Asano, Nobutoshi Ito, Takeshi Tsubata

    Journal of autoimmunity   146   103245 - 103245   2024年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    B cell responses to nucleic acid-containing self-antigens that involve intracellular nucleic acid sensors play a crucial role in autoantibody production in SLE. CD72 is an inhibitory B cell co-receptor that down-regulates BCR signaling, and prevents the development of SLE. We previously showed that CD72 recognizes the RNA-containing self-antigen Sm/RNP, a target of SLE-specific autoantibodies, and induces B cell tolerance to Sm/RNP by specifically inhibiting B cell response to this self-antigen. Here, we address whether CD72 inhibits B cell response to ribosomes because the ribosome is an RNA-containing self-antigen and is a target of SLE-specific autoantibodies as well as Sm/RNP. We demonstrate that CD72 recognizes ribosomes as a ligand, and specifically inhibits BCR signaling induced by ribosomes. Although conventional protein antigens by themselves do not induce proliferation of specific B cells, ribosomes induce proliferation of B cells reactive to ribosomes in a manner dependent on RNA. This proliferative response is down-regulated by CD72. These results suggest that ribosomes activate B cells by inducing dual signaling through BCR and intracellular RNA sensors and that CD72 inhibits B cell response to ribosomes. Moreover, CD72-/- but not CD72+/+ mice spontaneously produce anti-ribosome autoantibodies. Taken together, CD72 induces B cell self-tolerance to ribosomes by recognizing ribosomes and inhibiting RNA-dependent B cell response to this self-antigen. CD72 appears to prevent development of SLE by inhibiting autoimmune B cell responses to multiple RNA-containing self-antigens. Because these self-antigens but not protein self-antigens induce RNA-dependent B cell activation, self-tolerance to RNA-containing self-antigens may require a distinct tolerance mechanism mediated by CD72.

    DOI： 10.1016/j.jaut.2024.103245

    PubMed

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  • Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02 査読

    Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda, Narutoshi Kamiya

    Protein Science   2023年9月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    Abstract

    We have applied our advanced computational and experimental methodologies to investigate the complex structure and binding mechanism of a modified Wilms’ Tumor 1 (mWT1) protein epitope to the understudied Asian‐dominant allele HLA‐A*24:02 (HLA‐A24) in aqueous solution. We have applied our developed multicanonical molecular dynamics (McMD)‐based dynamic docking method to analyze the binding pathway and mechanism, which we verified by comparing the highest probability structures from simulation with our experimentally solved X‐ray crystal structure. Subsequent path sampling MD simulations elucidated the atomic details of the binding process and indicated that first an encounter complex is formed between the N‐terminal's positive charge of the 9‐residue mWT1 fragment peptide and a cluster of negative residues on the surface of HLA‐A24, with the MHC molecule preferring a predominantly closed conformation. The peptide first binds to this closed MHC conformation, forming an encounter complex, after which the binding site opens due to increased entropy of the binding site, allowing the peptide to bind to form the native complex structure. Further sequence and structure analyses also suggest that although the peptide loading complex would help with stabilizing the MHC molecule, the binding depends in a large part on the intrinsic affinity between the MHC molecule and the antigen peptide. Finally, our computational tools and analyses can be of great benefit to study the binding mechanism of different MHC types to their antigens, where it could also be useful in the development of higher affinity variant peptides and for personalized medicine.

    This article is protected by copyright. All rights reserved.

    DOI： 10.1002/pro.4775

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  • Structural analysis of the water channel AQP2 by single-particle cryo-EM. 査読 国際誌

    Akiko Kamegawa, Shota Suzuki, Hiroshi Suzuki, Kouki Nishikawa, Nobutaka Numoto, Yoshinori Fujiyoshi

    Journal of structural biology   215 ( 3 )   107984 - 107984   2023年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Water channels, which are small membrane proteins almost entirely buried in lipid membranes, are challenging research targets for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), a powerful technique routinely used to determine the structures of membrane proteins. Because the single-particle method enables structural analysis of a whole protein with flexible parts that interfere with crystallization, we have focused our efforts on analyzing water channel structures. Here, utilizing this system, we analyzed the structure of full-length aquaporin-2 (AQP2), a primary regulator of vasopressin-dependent reabsorption of water at the renal collecting ducts. The 2.9 Å resolution map revealed a cytoplasmic extension of the cryo-EM density that was presumed to be the highly flexible C-terminus at which the localization of AQP2 is regulated in the renal collecting duct cells. We also observed a continuous density along the common water pathway inside the channel pore and lipid-like molecules at the membrane interface. Observations of these constructions in the AQP2 structure analyzed without any fiducial markers (e.g., a rigidly bound antibody) indicate that single-particle cryo-EM will be useful for investigating water channels in native states as well as in complexes with chemical compounds.

    DOI： 10.1016/j.jsb.2023.107984

    PubMed

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  • Recognition Mechanism of a Novel Gabapentinoid Drug, Mirogabalin, for Recombinant Human α2δ1, a Voltage-Gated Calcium Channel Subunit. 査読 国際誌

    Daisuke Kozai, Nobutaka Numoto, Kouki Nishikawa, Akiko Kamegawa, Shohei Kawasaki, Yoko Hiroaki, Katsumasa Irie, Atsunori Oshima, Hiroyuki Hanzawa, Kousei Shimada, Yutaka Kitano, Yoshinori Fujiyoshi

    Journal of molecular biology   435 ( 10 )   168049 - 168049   2023年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Mirogabalin is a novel gabapentinoid drug with a hydrophobic bicyclo substituent on the γ-aminobutyric acid moiety that targets the voltage-gated calcium channel subunit α2δ1. Here, to reveal the mirogabalin recognition mechanisms of α2δ1, we present structures of recombinant human α2δ1 with and without mirogabalin analyzed by cryo-electron microscopy. These structures show the binding of mirogabalin to the previously reported gabapentinoid binding site, which is the extracellular dCache_1 domain containing a conserved amino acid binding motif. A slight conformational change occurs around the residues positioned close to the hydrophobic group of mirogabalin. Mutagenesis binding assays identified that residues in the hydrophobic interaction region, in addition to several amino acid binding motif residues around the amino and carboxyl groups of mirogabalin, are critical for mirogabalin binding. The A215L mutation introduced to decrease the hydrophobic pocket volume predictably suppressed mirogabalin binding and promoted the binding of another ligand, L-Leu, with a smaller hydrophobic substituent than mirogabalin. Alterations of residues in the hydrophobic interaction region of α2δ1 to those of the α2δ2, α2δ3, and α2δ4 isoforms, of which α2δ3 and α2δ4 are gabapentin-insensitive, suppressed the binding of mirogabalin. These results support the importance of hydrophobic interactions in α2δ1 ligand recognition.

    DOI： 10.1016/j.jmb.2023.168049

    PubMed

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  • Varying the Directionality of Protein Catalysts for Aldol and Retro‐Aldol Reactions 査読

    Toshifumi Fujioka, Nobutaka Numoto, Hiroyuki Akama, Kola Shilpa, Michiko Oka, Prodip K. Roy, Yarkali Krishna, Nobutoshi Ito, David Baker, Masayuki Oda, Fujie Tanaka

    ChemBioChem   23 ( 2 )   2022年1月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    DOI： 10.1002/cbic.202100435

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/cbic.202100435

  • Lithocholic acid amides as potent vitamin D receptor agonists 査読 国際誌

    Ayana Yoshihara, Haru Kawasaki, Hiroyuki Masuno, Koki Takada, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Naoya Hirata, Yasunari Kanda, Michiyasu Ishizawa, Makoto Makishima, Hiroyuki Kagechika, and Aya Tanatani

    Biomolecules   12 ( 1 )   130   2022年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3390/biom12010130

    PubMed

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  • Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery 査読

    Nobutaka Numoto, Seiko Onoda, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

    Biophysics and Physicobiology   19   n/a - n/a   2022年

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Biophysical Society of Japan  

    DOI： 10.2142/biophysico.bppb-v19.0019

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  • Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state 査読

    Nobutaka Numoto, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

    IUCrJ   8 ( 6 )   954 - 962   2021年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：International Union of Crystallography (IUCr)  

    Cooperative oxygen binding of hemoglobin (Hb) has been studied for over half a century as a representative example of the allostericity of proteins. The most important problem remaining to be solved is the lack of structural information on the intermediates between the oxygenated and deoxygenated forms. In order to characterize the intermediate structures, it is necessary to obtain intermediate-state crystals, determine their oxygen saturations and then determine the oxygen saturations of each of their constituent subunits, all of which are challenging issues even now. Here, intermediate forms of the 400 kDa giant Hb from the tubeworm <italic>Oligobrachia mashikoi</italic> are reported. To overcome the above problems without any artificial modifications to the protein or prosthetic groups, intermediate crystals of the giant Hb were prepared from fully oxygenated crystals by a soaking method. The oxygen saturation of the crystals was measured by <italic>in situ</italic> observation with a microspectrophotometer using thin plate crystals processed by an ultraviolet laser to avoid saturation of absorption. The oxygen saturation of each subunit was determined by occupancy refinement of the bound oxygen based on ambient temperature factors. The obtained structures reveal the detailed relationship between the structural transition and oxygen dissociation. The dimer subassembly of the giant Hb shows strong correlation with the local structural changes at the heme pockets. Although some local ternary-structural changes occur in the early stages of the structural transition, the associated global ternary-structural and quaternary-structural changes might arise at about 50% oxygen saturation. The models based on coarse snapshots of the allosteric transition support the conventional two-state model of Hbs and provide the missing pieces of the intermediate structures that are required for full understanding of the allosteric nature of Hbs in detail.

    DOI： 10.1107/s2052252521009386

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  • A Guillain-Barré syndrome-associated SIGLEC10 rare variant impairs its recognition of gangliosides. 査読 国際誌

    Alborzian Deh Sheikh A, Gomaa S, Li X, Routledge M, Saigoh K, Numoto N, Angata T, Hitomi Y, Takematsu H, Tsuiji M, Ito N, Kusunoki S, Tsubata T

    Journal of autoimmunity   116   102571 - 102571   2021年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jaut.2020.102571

    PubMed

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  • Lithocholic Acid Derivatives as Potent Vitamin D Receptor Agonists. 査読

    Sasaki H, Masuno H, Kawasaki H, Yoshihara A, Numoto N, Ito N, Ishida H, Yamamoto K, Hirata N, Kanda Y, Kawachi E, Kagechika H, Tanatani A

    Journal of medicinal chemistry   64 ( 1 )   516 - 526   2020年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.0c01420

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  • Molecular interactions of the CTLA-4 cytoplasmic region with the phosphoinositide 3-kinase SH2 domains. 査読

    Iiyama M, Numoto N, Ogawa S, Kuroda M, Morii H, Abe R, Ito N, Oda M

    Molecular immunology   2020年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molimm.2020.12.002

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  • Structural basis of mutants of PET-degrading enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 with high activity and thermal stability 査読

    Emori Miho, Numoto Nobutaka, Senga Akane, Bekker Gert-Jan, Kamiya Narutoshi, Kobayashi Yuma, Ito Nobutoshi, Kawai Fusako, Oda Masayuki

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS   89 ( 5 )   502 - 511   2020年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/prot.26034

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/prot.26034

  • Multiple structural states of Ca2+ regulated PET hydrolase, Cut190, and its correlation with activity and stability. 査読

    Senga A, Numoto N, Yamashita M, Iida A, Ito N, Kawai F, Oda M

    Journal of biochemistry   2020年9月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/jb/mvaa102

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  • Three-dimensional structure of a high affinity anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibody possessing a glycine residue at position 95 of the heavy chain. 査読 国際誌

    Akihiro Nishiguchi, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Takachika Azuma, Masayuki Oda

    Mol. Immunol.   114   545 - 552   2019年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    gene segments during gene-recombination, as well as those replaced by SHM contribute to increasing the affinity by comparing the C6 structure with that of a germline low affinity antibody, N1G9, possessing Tyr at position 95.

    DOI： 10.1016/j.molimm.2019.09.001

    PubMed

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  • Structural and functional properties of Grb2 SH2 dimer in CD28 binding. 査読

    Yuhi Hosoe, Nobutaka Numoto, Satomi Inaba, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    Biophys Physicobiol   16   80 - 88   2019年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Growth factor receptor-bound protein 2 (Grb2) is an adaptor protein that plays a critical role in cellular signal transduction. It contains a central Src homology 2 (SH2) domain flanked by two Src homology 3 (SH3) domains. Binding of Grb2 SH2 to the cytoplasmic region of CD28, phosphorylated Tyr (pY) containing the peptide motif pY-X-N-X, is required for costimulatory signaling in T cells. In this study, we purified the dimer and monomer forms of Grb2 SH2, respectively, and analyzed their structural and functional properties. Size exclusion chromatography analysis showed that both dimer and monomer exist as stable states. Thermal stability analysis using circular dichroism showed that the dimer mostly dissociates into the monomer around 50°C. CD28 binding experiments showed that the affinity of the dimer to the phosphopeptide was about three fold higher than that of the monomer, possibly due to the avidity effect. The present crystal structure analysis of Grb2 SH2 showed two forms; one is monomer at 1.15 Å resolution, which is currently the highest resolution analysis, and another is dimer at 2.00 Å resolution. In the dimer structure, the C-terminal region, comprising residues 123-152, was extended towards the adjacent molecule, in which Trp121 was the hinge residue. The stable dimer purified using size exclusion chromatography would be due to the C-terminal helix "swapping". In cases where a mutation caused Trp121 to be replaced by Ser in Grb2 SH2, this protein still formed dimers, but lost the ability to bind CD28.

    DOI： 10.2142/biophysico.16.0_80

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  • Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor α (RXRα). 査読 国際誌

    Yurina Miyashita, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Nakano, Naoya Matsuo, Kanade Shimizu, Osamu Shibahara, Michiko Fujihara, Hiroki Kakuta, Sohei Ito, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa

    FEBS Lett.   593 ( 2 )   242 - 250   2019年1月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    1-[(3,5,5,8,8-pentamethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)amino]benzotriazole-5-carboxylic acid (CBt-PMN), a partial agonist of retinoid X receptor (RXR), has attracted attention due to its potential to treat type 2 diabetes and central nervous system diseases with reduced adverse effects of existing full agonists. Herein, we report the crystal structure of CBt-PMN-bound ligand-binding domain of human RXRα (hRXRα) and its biochemical characterization. Interestingly, the structure is a tetramer in nature, in which CBt-PMNs are clearly found binding in two different conformations. The dynamics of the hRXRα/CBt-PMN complex examined using molecular dynamics simulations suggest that the flexibility of the AF-2 interface depends on the conformation of the ligand. These facts reveal that the dual conformation of CBt-PMN in the complex is probably the reason behind its partial agonistic activity.

    DOI： 10.1002/1873-3468.13301

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  • Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle 査読

    Nobutaka Numoto, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Yuri Yamagami, Satomi Inaba, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Fusako Kawai, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    Biochemistry   57 ( 36 )   5289 - 5300   2018年9月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})  

    DOI： 10.1021/acs.biochem.8b00624

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  • 25 S-Adamantyl-23-yne-26,27-dinor-1α,25-dihydroxyvitamin D3: Synthesis, Tissue Selective Biological Activities, and X-ray Crystal Structural Analysis of Its Vitamin D Receptor Complex. 査読 国際誌

    Rocio Otero, Michiyasu Ishizawa, Nobutaka Numoto, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa, Antonio Mouriño, Makoto Makishima, Sachiko Yamada

    J. Med. Chem.   61 ( 15 )   6658 - 6673   2018年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    , 1) and transactivation potency (kidney HEK293, 90%). In endogenous gene expression, it showed high cell-type selectivity for kidney cells (HEK293, CYP24A1 160% of 1), bone cells (MG63, osteocalcin 64%), and monocytes (U937, CAMP 96%) over intestine (SW480, CYP24A1 8%) and skin (HaCaT, CYP24A1 7%) cells. The X-ray crystal structural analysis of 4b in complex with rat VDR-ligand binding domain (LBD) showed the highest Cα positional shift from the 1/VDR-LBD complex at helix 11. Helix 11 of the 4b and 1 VDR-LBD complexes also showed significant differences in surface properties. These results suggest that 4b should be examined further as another candidate for a mild preventive osteoporosis agent.

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.8b00427

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  • CD22-binding synthetic sialosides regulate B lymphocyte proliferation through CD22 ligand-dependent and independent pathways, and enhance antibody production in mice 査読

    Naoko Matsubara, Akihiro Imamura, Tatsuya Yonemizu, Chizuru Akatsu, Hongrui Yang, Akiharu Ueki, Natsuki Watanabe, Hajjaj Abdu-Allah, Nobutaka Numoto, Hiromu Takematsu, Shinobu Kitazume, Thomas F. Tedder, Jamey D. Marth, Nobutoshi Ito, Hiromune Ando, Hideharu Ishida, Makoto Kiso, Takeshi Tsubata

    Frontiers in Immunology   9   820 - 820   2018年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Frontiers Media S.A.  

    DOI： 10.3389/fimmu.2018.00820

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  • Crystal structures and thermodynamic analysis reveal distinct mechanisms of CD28 phosphopeptide binding to the Src homology 2 (SH2) domains of three adaptor proteins 査読

    Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Shuhei Ogawa, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    Journal of Biological Chemistry   292 ( 3 )   1052 - 1060   2017年1月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.  

    DOI： 10.1074/jbc.M116.755173

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  • CD72 negatively regulates B lymphocyte responses to the lupus-related endogenous toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP 査読

    Chizuru Akatsu, Kenro Shinagawa, Nobutaka Numoto, Zhihong Liu, Ayse Konuskan Ucar, Mohammad Aslam, Shirly Phoon, Takahiro Adachi, Koji Furukawa, Nobutoshi Ito, Takeshi Tsubata

    JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE   213 ( 12 )   2691 - 2706   2016年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1084/jem.20160560

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  • Modeling and experimental assessment of a buried Leu-Ile mutation in dengue envelope domain III 査読

    Manjiri R. Kulkarni, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   471 ( 1 )   163 - 168   2016年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2016.01.159

    Web of Science

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  • In-situ and real-time growth observation of high-quality protein crystals under quasi-microgravity on earth 査読

    Akira Nakamura, Jun Ohtsuka, Tatsuki Kashiwagi, Nobutaka Numoto, Noriyuki Hirota, Takahiro Ode, Hidehiko Okada, Koji Nagata, Motosuke Kiyohara, Ei-ichiro Suzuki, Akiko Kita, Hitoshi Wada, Masaru Tanokura

    SCIENTIFIC REPORTS   6   22127 - 22127   2016年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/srep22127

    Web of Science

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  • Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants 査読

    Manjiri R. Kulkarni, Monirul M. Islam, Nobutaka Numoto, Montasir Elahi, Mamunur R. Mahib, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS   1854 ( 10 )   1438 - 1443   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbapap.2015.07.004

    Web of Science

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  • The structure of a deoxygenated 400 kDa haemoglobin reveals ternary- and quaternary-structural changes of giant haemoglobins 査読

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Ryota Ohara, Tomoyo Hasegawa, Akiko Kita, Takao Yoshida, Tadashi Maruyama, Kiyohiro Imai, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY   70 ( 7 )   1823 - 1831   2014年7月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1107/S1399004714008475

    Web of Science

    J-GLOBAL

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  • Origin of Asymmetry at the Intersubunit Interfaces of V-1-ATPase from Thermus thermophilus 査読

    Yumemi Nagamatsu, Kazuki Takeda, Takeshi Kuranaga, Nobutaka Numoto, Kunio Miki

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY   425 ( 15 )   2699 - 2708   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2013.04.022

    Web of Science

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  • Observation of the orientation of membrane protein crystals grown in high magnetic force fields 査読

    Nobutaka Numoto, Ken-ichi Shimizu, Kazuya Matsumoto, Kunio Miki, Akiko Kita

    JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH   367   53 - 56   2013年3月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jcrysgro.2013.01.003

    Web of Science

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  • A P39R mutation at the N-terminal domain of human alpha B-crystallin regulates its oligomeric state and chaperone-like activity 査読

    Nobutaka Numoto, Akiko Kita, Noriko Fujii, Kunio Miki

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   425 ( 3 )   601 - 606   2012年8月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2012.07.138

    Web of Science

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  • Inter-subunit interaction and quaternary rearrangement defined by the central stalk of prokaryotic V-1-ATPase 査読

    Nobutaka Numoto, Yu Hasegawa, Kazuki Takeda, Kunio Miki

    EMBO REPORTS   10 ( 11 )   1228 - 1234   2009年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/embor.2009.202

    Web of Science

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  • Structural Basis for the Heterotropic and Homotropic Interactions of Invertebrate Giant Hemoglobin 査読

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Yuichi Sasayama, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    BIOCHEMISTRY   47 ( 43 )   11231 - 11238   2008年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/bi8012609

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  • Structure of the partially unliganded met state of 400 kDa hemoglobin: Insights into ligand-induced structural changes of giant hemoglobins 査読

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Yuichi Sasayama, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS   73 ( 1 )   113 - 125   2008年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/prot.22040

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  • Crystal structure of archaeal photolyase from Sulfolobus tokodaii with two FAD Molecules: Implication of a novel light-harvesting cofactor 査読

    M. Fujihashi, N. Numoto, Y. Kobayashi, A. Mizushima, M. Tsujimura, A. Nakamura, Y. Kawarabayasi, K. Miki

    Journal of Molecular Biology   365 ( 4 )   903 - 910   2007年1月

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  • Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi 査読

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Sasayama, Y. Fukumori, K. Miki

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   102 ( 41 )   14521 - 14526   2005年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

    DOI： 10.1073/pnas.0501541102

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  • Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of extracellular giant hemoglobin from pogonophoran Oligobrachia mashikoi 査読

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Sasayama, Y. Fukumori, K. Miki

    Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics   1750 ( 2 )   173 - 176   2005年6月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

    DOI： 10.1016/j.bbapap.2005.05.009

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  • Crystal structure of the co-chaperonin Cpn10 from Thermus thermophilus HB8 査読

    N. Numoto, A. Kita, K. Miki

    Proteins: Structure, Function and Genetics   58 ( 2 )   498 - 500   2005年2月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

    DOI： 10.1002/prot.20317

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  • Structure of the C subunit of V-type ATPase from Thermus thermophilus at 1.85 Å resolution 査読

    N. Numoto, A. Kita, K. Miki

    Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography   60 ( 5 )   810 - 815   2004年

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

    DOI： 10.1107/S0907444904003257

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書籍等出版物

  • 日本の結晶学（II）

    沼本 修孝（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 第5章 ２．回転する分子V型ATPase）

    日本結晶学会  2014年7月  （ ISBN:9784990386122 ）

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    担当ページ：302   記述言語：日本語

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  • 入門構造生物学 : 放射光X線と中性子で最新の生命現象を読み解く

    高エネルギー加速器研究機構構造科学研究所構造生物学研究センター, 加藤, 龍一（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 4.4 分子シャペロンとタンパク質のフォールディング）

    共立出版  2010年4月  （ ISBN:9784320057043 ）

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    総ページ数：viii, 203p, 図版 [10] p   記述言語：日本語

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MISC

  • 全自動測定による高難度結晶からの構造解析 招待 査読

    沼本 修孝

    日本結晶学会誌   63 ( 3 )   2021年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）  

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  • Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): from identification to functional & structural characterization 査読

    Oda M, Numoto N, Bekker GJ, Kamiya N, Kawai F

    Methods Enzymol   159 - 185   2021年

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    記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/bs.mie.2020.12.031

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  • Crystal Structures of Polyethylene Terephthalate-Degrading Enzyme Cut190 in Substrate-Bound States Reveal the Enzymatic Reaction Cycle Accelerated by Calcium Ion 招待 査読

    Numoto N, Kamiya N, Kawai F, Oda M

    ACS Symposium Series "Green Polymer Chemistry and Sustainability."   2021年

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    記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（国際会議プロシーディングズ）  

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  • hRXRαリガンドCBt-PMNのパーシャルアゴニスト活性の起源は何か?

    清水 奏, 宮下 由里奈, 松尾 直也, 中野 祥吾, 伊藤 創平, 沼本 修孝, 伊倉 貞吉, 伊藤 暢聡, 加来田 博貴, 常盤 広明

    日本薬学会年会要旨集   138年会 ( 2 )   111 - 111   2018年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：(公社)日本薬学会  

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  • アミノ酸配列を基盤としたNAD依存型代謝センサー分子の解析

    宮下由里奈, 宮下由里奈, 中野祥吾, 中野祥吾, 伊藤創平, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博, 関谷元博, 島野仁, 島野仁, 常盤広明, 常盤広明

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集   62nd   2018年

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  • 核内受容体転写因子複合体におけるRXRαパーシャルアゴニストのPPI制御能に関する構造生物学,熱化学,および理論化学的解析

    清水奏, 宮下由里奈, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

    創薬懇話会講演要旨集   2018   2018年

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  • 新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価

    宮下由里奈, 宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博, 島野仁, 常盤広明, 常盤広明

    メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集   36th   2018年

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  • PET分解活性を有する酵素クチナーゼの基質結合型構造

    沼本修孝, 神谷成敏, 神谷成敏, BEKKER Gert-Jan, 山上由莉, 稲葉理美, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    日本結晶学会年会講演要旨集   2018   2018年

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  • シグナル伝達分子Grb2 SH2ドメインとCD28由来ペプチド複合体の水素原子の可視化を目指した高分解能結晶構造解析

    沼本修孝, 細江雄飛, 稲葉理美, 稲葉理美, 小川修平, 森井尚之, 安部良, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集   36th   2018年

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  • 生活習慣病標的タンパク質複合体に対する結合解析

    小山実穂, 宮下由里奈, 宮下由里奈, SLADEK Vladimir, SLADEK Vladimir, 山本雄大, 松尾直也, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 島野仁, 島野仁, 常盤広明, 常盤広明, 常盤広明

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集   61st   2017年

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  • Structural and thermodynamic analysis of co-stimulation receptor CD28 phosphopeptide interactions with Grb2, Gads, and PI3-kinese SH2 domains

    Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    PROTEIN SCIENCE   24   287 - 287   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • 無脊椎動物巨大ヘモグロビンのdeoxy型構造 招待 査読

    沼本 修孝, 中川 太郎, 福森 義宏, 三木 邦夫

    生物物理   55 ( 5 )   266 - 268   2015年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan = 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.55.266

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    その他リンク： http://hdl.handle.net/2297/43918

  • 巨大ヘモグロビン結晶中での酸素解離に伴う構造変化

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会平成２６年度年会   2014年11月

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  • Transition from oxy to deoxy state in crystalline giant hemoglobin

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, N. Ito, Y. Fukumoti, K. Miki

    The 52th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan   2014年9月

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    記述言語：英語  

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  • Partial oxygen-dissociation of crystalline giant hemoglobin.

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, N. Ito, Y. Fukumori, K. Miki

    The 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography   2014年8月

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    記述言語：英語  

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  • 巨大ヘモグロビン結晶内における酸素解離過程

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    第１４回日本蛋白質科学会年会   2014年6月

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  • 1P008 B 細胞共受容体CD72 のC 型レクチン様ドメインのX 線結晶構造解析(蛋白質 : 構造,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

    Kenro Shinagawa, Nobutaka Numoto, Takeshi Tsubata, Nobutoshi Ito

    生物物理   54 ( 1 )   S142   2014年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.54.S142_2

    CiNii Article

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  • 1P036 巨大ヘモグロビン結晶内でのoxy 型からdeoxy 型への移行(蛋白質: 構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Nobutoshi Ito, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    生物物理   54 ( 1 )   S146   2014年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.54.S146_6

    CiNii Article

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  • 巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合状態の操作

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    平成２５年度日本結晶学会年会   2013年10月

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  • Observations of the protein crystal growth in high magnetic forces fields.

    A. Kita, N. Numoto, K. Shimizu, K. Matsumoto, K. Miki

    Structural Life Science International Conference on Structural Genomics 2013 (ICSG2013)   2013年8月

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    記述言語：英語  

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  • 高品質結晶生成を目指した、磁気力場中でのタンパク質結晶化

    沼本修孝, 喜田昭子

    第４７回京都大学原子炉実験所学術講演会   2013年1月

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  • 1P010 CD72の構造解析に向けて(01A. 蛋白質:構造,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

    Shinagawa Kenro, Numoto Nobutaka, Tsubata Takeshi, Ito Nobutoshi

    生物物理   53 ( 1 )   S107   2013年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.53.S107_4

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  • Development of the system for high throughput high quality protein crystal growth using high magnetic forces.

    N. Hirota, H. Wada, M. Kiyohara, M. Tanokura, A. Kita, E. Suzuki, H. Okada, T. Ode, A. Nakamura, J. Ohtsuka, N. Numoto, T. Kashiwagi

    International Conference of the Asian Union of Magnetics Societies   2012年10月

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    記述言語：英語  

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  • Crystallization behaviors of protein molecules in high magnetic forces fields

    N. Numoto, A. Kita

    The 27 th European Crystallographic Meeting (ECM27)   0 - 0   2012年8月

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    記述言語：英語  

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  • ヒトαBクリスタリンP39R変異体の会合状態および凝集抑制活性に与える効果

    沼本修孝, 喜田昭子, 藤井紀子

    第12回日本蛋白質科学会年会   2012年6月

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  • Development of he device for high throughput high quality protein crystal growth using high magnetic forces with the aid of optical microscope

    N. Hirota, H. Wada, M. Kiyohara, M. Tanokura, A. Kita, E. Suzuki, H. Okada, T. Ode, A. Nakamura, J. Ohtsuka, N. Numoto, T. Kashiwagi

    5th International Workshop on Material Analysis and Proceeding in Magnetic Fields   0 - 0   2012年5月

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    記述言語：英語  

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  • αBクリスタリンの構造生物学的研究

    沼本修孝, 喜田昭子, 藤井紀子, 三木邦夫

    京都大学原子炉実験所第４６回学術講演会   2012年2月

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  • ヒトαBクリスタリンP39R変異体の会合状態および凝集抑制活性 (京都大学原子炉実験所第46回学術講演会報文集)

    沼本 修孝, 喜田 昭子, 藤井 紀子

    京都大学原子炉実験所学術講演会報文集   46   213 - 217   2012年1月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：京都大学原子炉実験所  

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  • LL Application of High-Field Superconducting Magnet to Protein Crystallization

    Hitoshi Wada, Noriyuki Hirota, Shinji Matsumoto, Hidehiko Okada, Motosuke Kiyohara, Takahiro Ode, Masaru Tanokura, Akira Nakamura, Jun Ohtsuka, Akiko Kita, Nobutaka Numoto, Tatsuki Kashiwagi, Ei-ichiro Suzuki

    SUPERCONDUCTIVITY CENTENNIAL CONFERENCE 2011   36   953 - 957   2012年

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  • サツマハオリムシ400 kDaヘモグロビンのoxy型とdeoxy型構造の比較

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会2011年度年会（札幌）   2011年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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  • Crystal structure and nucleotide bound states of V1-ATPase.

    N. Numoto, T. Kuranaga, Y. Nagamatsu, Y. Hasegawa, A. Kita, K. Takeda, K. Miki

    XXII Congress of the International Union of Crystallography   2011年8月

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    記述言語：英語  

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  • αBクリスタリンN末端ドメインの構造とシャペロン活性および会合状態

    沼本修孝, 喜田昭子, 藤井紀子, 三木邦夫

    第84回日本生化学会大会   2011年

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    記述言語：日本語  

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  • 磁気力場中でのタンパク質結晶化

    沼本修孝, 喜田昭子

    日本磁気科学会第６回年会   2011年

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    記述言語：日本語  

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  • 磁気力浮揚を利用したタンパク質結晶化

    沼本修孝, 喜田昭子

    日本磁気科学会第5回年会   2010年10月

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    記述言語：日本語  

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  • 1P040 1G1450 サツマハオリムシV2ヘモグロビンのoxy-deoxy状態での構造変化(蛋白質-構造機能相関,口頭発表,第48回日本生物物理学会年会)

    Numoto Nobutaka, Nakagawa Taro, Kita Akiko, Fukumori Yoshihiro, Miki Kunio

    生物物理   50 ( 2 )   S25 - S26   2010年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.50.S25_6

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  • Crystal structure of V1-ATPase from Thermus thermophilus

    Nobutaka Numoto, Yu Hasegawa, Kazuki Takeda, Kunio Miki

    第48回日本生物物理学会年会   2010年

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    記述言語：英語  

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  • Structure transition between oxy and deoxy states of V2 hemoglobin from Lamellibrachia Satsuma

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    第48回日本生物物理学会年会   2010年

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    記述言語：英語  

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  • サツマハオリムシV2ヘモグロビンのdeoxy型結晶構造

    沼本修孝, 中川太郎, 福森義宏, 三木邦夫

    第10回日本蛋白質科学会年会   2010年

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    記述言語：日本語  

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  • V1-ATPaseの結晶構造から示される回転触媒機構の本質

    沼本修孝, 長谷川裕, 竹田一旗, 三木邦夫

    第10回日本蛋白質科学会年会   2010年

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    記述言語：日本語  

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  • Crystal structure and rotation mechanism of V1-ATPase

    Nobutaka Numoto, Yu Hasegawa, Kazuki Takeda, Kunio Miki

    The 10th Conference of the Asian Crystallographic Association   2010年

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    記述言語：英語  

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  • 2P006 1F1520 高度好熱菌由来V_1-ATPaseの結晶構造(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)

    Numoto Nobutaka, Hasegawa Yu, Takeda Kazuki, MIki Kunio

    生物物理   50 ( 2 )   S82 - S83   2010年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.50.S82_6

    CiNii Article

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  • Crystal structures of 400 kDa V2 hemoglobin from a tube worm Lamellibrachia Satsuma in oxy and deoxy forms.

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Fukumori, K. Miki

    O2BiP XVIth conference   34 - 0   2010年

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    記述言語：英語  

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  • 環形動物巨大ヘモグロビンのoxy型とdeoxy型の立体構造

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 福森義宏, 三木邦夫

    第33回分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会（BMB2010）   2010年

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    記述言語：日本語  

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  • 環形動物巨大ヘモグロビンの酸素協同性

    福森義宏, 沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 笹山雄一, 三木邦夫

    生体超分子構造第５回公開シンポジウム   2008年12月

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    記述言語：日本語  

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  • 1P-016 サツマハオリムシ巨大ヘモグロビン(分子量360万)の5.6Å分解能結晶構造(蛋白質・構造(1),第46回日本生物物理学会年会)

    Numoto Nobutaka, Nakagawa Taro, Fukumori Yoshihiro, Miki Kunio

    生物物理   48   S23   2008年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.48.S23_2

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  • Ligand-induced structural changes of giant hemoglobin.

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Sasayama, Y. Fukumori, K. Miki

    XXI Congress of the International Union of Crystallography   0 - 0   2008年

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    記述言語：英語  

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  • 無脊椎動物巨大ヘモグロビンの高分解能結晶構造

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 笹山雄一, 福森義宏, 三木邦夫

    第２１回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム   2008年

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    記述言語：日本語  

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  • 3P357 マシコヒゲムシ巨大ヘモグロビンの硫化水素結合サイトの理論的研究とエネルギー表示法による自由エネルギー計算(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

    山本 哲徳, 西川 佳吾, 杉山 歩, 長尾 秀実, 杉森 公一, 沼本 修考, 三木 邦夫, 福森 義宏

    生物物理   47 ( 0 )   S292   2007年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.47.S292_2

    CiNii Article

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  • Crystal structure of Extracellular Giant Hemoglobin of Pogonophoran Oligobrachia mashikoi

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Sasayama, Y. Fukumori, K. Miki

    Joint Conference of Asian Crystallographic Association and the Crystallographyc Society of Japan   0 - 0   2006年11月

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    記述言語：英語  

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  • マシコヒゲムシ巨大ヘモグロビンの結晶構造

    沼本 修孝, 三木 邦夫

    京都大学低温物質科学研究センター誌   ( 8 )   20 - 25   2006年4月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：京都大学低温物質科学研究センター  

    DOI： 10.14989/153171

    CiNii Article

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    その他リンク： http://hdl.handle.net/2433/153171

  • Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of extracellular giant hemoglobin from pogonophoran Oligobrachia mashikoi (vol 1750, pg 173, 2005)

    N Numoto, T Nakagawa, A Kita, Y Sasayama, Y Fukumori, K Miki

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS   1764 ( 2 )   327 - 327   2006年2月

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  • 巨大ヘモグロビンの謎に迫る−Ｘ線結晶解析で構造と機能を解き明かせ！

    沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫

    化学   61 ( 3 )   30 - 34   2006年

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    記述言語：日本語  

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  • 巨大ヘモグロビンの構造的組織化と機能

    福森義宏, 沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 笹山雄一, 三木邦夫

    第６回蛋白質科学会年会   2006年

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    記述言語：日本語  

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  • 1P568 The theoretical study of sulfide-binding mechanism of the giant hemoglobin of Oligobrachia mashikoi(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

    Yamamoto Tetsunori, Sugiyama Ayumu, Nishikawa Keigo, Nagao Hidemi, Sugimori Kimikazu, Numoto Nobutaka, Miki Kunio, Fukumori Yoshirio

    生物物理   46 ( 2 )   S288   2006年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.46.S288_4

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  • 3P095 シミュレーションによるマシコビゲムシ巨大ヘモグロビンの構造研究(ヘム蛋白質))

    長尾 秀実, 杉山 歩, 山本 哲徳, 高松 佑一郎, 福森 義宏, 沼本 修孝, 三木 邦夫

    生物物理   45   S227   2005年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.45.S227_3

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  • 3SE53 巨大ヘモグロビンの分子会合機構(生体超分子の形態形成と機能発現)

    沼本 修孝, 中川 太郎, 喜田 昭子, 笹山 雄一, 福森 義宏, 三木 邦夫

    生物物理   45   S29   2005年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.45.S29_2

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  • 微小重力下でのタンパク質結晶化と放射光による構造解析

    北野 健, 沼本修孝, 三木邦夫

    日本マイクログラビティ応用学会誌 (JASMA)   22   78 - 85   2005年

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    記述言語：日本語  

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  • Crystallographic Study of Multi Hemoglobin System from Oligobarachia mashikoi.

    N. Numoto, T. Nakagawa, A. Kita, Y. Fukumori, K. Miki

    The 1st Pasific-Rim International Conference on Protein Science and the 4th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan   0 - 0   2004年

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    記述言語：英語  

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講演・口頭発表等

  • Molecular mechanism of self-antigen recognition by the ligand binding domain of B cell inhibitory co-receptor CD72

    Nobutaka Numoto, Kunio Hirata, Chizuru Akatsu, Takeshi Tsubata, Nobutoshi Ito

    25th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2021年8月20日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Prague / on-line hybrid meeting  

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  • SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記 招待

    沼本 修孝

    第59回SPring-8 先端利用技術ワークショップ / 大阪大学蛋白質研究所セミナー  2021年3月23日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：オンライン開催  

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  • SPring-8の自動測定/遠隔測定使用記 招待

    沼本修孝

    日本結晶学会令和2年度年会Webinar  2020年11月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • B細胞抑制因子CD72のクラスター結晶からの構造決定

    沼本修孝, 平田邦生, 鍔田武志, 伊藤暢聡

    日本結晶学会令和2年度年会  2020年11月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 細胞内シグナル伝達タンパク質PI3K SH2の構造機能物性解析

    飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

    第56回熱測定討論会  2020年10月26日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • PET分解活性を有する酵素クチナーゼの反応機構と高機能化 招待

    沼本修孝, 神谷成敏, 河合富佐子, 織田昌幸

    第93回日本生化学会大会  2020年9月16日 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • PET分解酵素Cut190高機能化変異体の機能・構造解析

    恵守未歩, 千賀明香音, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 河合富佐子, 織田昌幸

    第93回日本生化学会大会  2020年9月15日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • T細胞受容体CTLA-4とアダプター分子PI3K SH2との分子間相互作用解析

    飯山桃樺, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

    第93回日本生化学会大会  2020年9月15日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • B細胞抑制性因子の自己免疫疾患感受性アリルCD72cの結晶構造解析

    沼本修孝, 鍔田武志, 伊藤暢聡

    第20回日本蛋白質科学会年会  2020年7月15日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Structural analysis of NEt-3IB/NEt-4IB-bound Retinoid X Receptor α

    Daisuke Imai, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Masuda, Hiroki Kakuta, Hiroaki Tokiwa, Nobutoshi Ito

    16th Conference of the Asian Crystallographic Association  2019年12月18日 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Singapore  

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  • 巨大ヘモグロビンのアロステリック構造変化

    沼本修孝, 福森義宏, 三木邦夫, 伊藤暢聡

    日本結晶学会令和元年度年会  2019年11月20日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：金沢  

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  • 巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体の時分割構造解析

    沼本 修孝, 福森 義宏, 三木 邦夫, 伊藤 暢聡

    第57回日本生物物理学会年会  2019年9月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮崎  

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  • Crystal structure of human Dishevelled1 PDZ with its inhibitor

    安河内 章太郎, 沼本 修孝, 堀 公法, 天野 名都子, 天野 剛志, 伊藤 暢聡, 廣明 秀一

    第57回日本生物物理学会年会  2019年9月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮崎  

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  • 抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟型一本鎖Fv抗体の抗原認識機構

    西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

    第92回日本生化学会大会  2019年9月18日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：横浜  

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  • 抑制性B細胞共受容体CD72によるSLE関連自己抗原への自己免疫応答の抑制

    赤津ちづる, 遠藤萌恵, 沼本修孝, Quan-Zhen Li, 関根英治, 藤田禎三, 伊藤暢聡, 鍔田武志

    第34回自己免疫研究会  2019年7月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • 巨大ヘモグロビンのアロステリック中間体における酸素占有率のサブユニットごとの推移

    沼本修孝, 福森義, 三木邦夫, 伊藤暢聡

    第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会  2019年6月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

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  • 抗ニトロフェニル抗体の親和性成熟過程における抗原認識変化の構造基盤

    西口明宏, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 東隆親, 織田昌幸

    日本農芸化学会関西支部第508回講演会  2019年6月1日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：京都  

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  • クチナーゼの基質結合型結晶構造からわかった酵素反応前後の構造変化 招待

    沼本修孝

    日本農芸化学会2019年度大会  2019年3月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：東京  

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  • hDvl1 PDZの結晶構造に見られた新しい相互作用

    安河内章太郎, 沼本修孝, 天野名都子, 天野剛志, 伊藤暢聡, 廣明 秀一

    Wnt研究会 2018-2019  2019年2月2日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪  

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  • 新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価

    宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関屋元博, 島野仁, 常磐広明

    第36回メディシナルケミストリーシンポジウム  2018年11月29日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • シグナル伝達分子Grb2 SH2ドメインとCD28由来ペプチド複合体の水素原子の可視化を目指した高分解能結晶構造解析

    沼本修孝, 細江雄飛, 稲葉理美, 小川修平, 森井尚之, 安部良, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    第36回メディシナルケミストリーシンポジウム  2018年11月29日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • PET分解活性を有する酵素クチナーゼの基質結合型構造

    沼本修孝, 神谷成敏, Gert-Jan Bekker, 山上由莉, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    日本結晶学会2018年度年会  2018年11月11日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • B細胞抑制性因子CD72とSm/RNPの複合体形成様式の推測

    沼本 修孝, 赤津 ちづる, 品川 健朗, 鍔田 武志, 伊藤 暢聡

    第91回日本生化学会大会  2018年9月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

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  • SH2ドメインスワップダイマーが与える安定性と機能への影響評価

    細江 雄飛, 稲葉 理美, 沼本 修孝, 伊藤 暢聡, 織田 昌幸

    第91回日本生化学会大会  2018年9月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：京都  

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  • PET分解酵素クチナーゼのCa2+結合に伴う立体構造と熱安定性の変化

    千賀 明香音, 稲葉 理美, 沼本 修孝, 宮ノ入 洋平, 山上 由莉, 伊藤 暢聡, 河合 富佐子, 織田 昌幸

    第91回日本生化学会大会  2018年9月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：京都  

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  • RXRαリガンド結合ドメイン四量体と新規合成パーシャルアゴニストとの複合体結晶構造

    宮下由里奈, 沼本修孝, ラジャサンダラム, 中野祥吾, 松尾直也, 清水奏, 芝原理, 藤原美智子, 加来田博貴, 伊藤創平, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 常盤広明

    第56回日本生物物理学会年会  2018年9月15日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 25位アダマンチルビタミンD誘導体の構造と活性

    石澤通康, Rocio Otero, 沼本 修孝, 伊倉 貞吉, 伊藤 暢聡, 常盤 広明, Antonio Maurino, 槇島 誠, 山田 幸子

    Neo Vitamin D Workshop  2018年8月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素Cut190基質複合体の結晶構造

    沼本修孝, 山上由莉, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    第18回日本蛋白質科学会年会  2018年6月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：新潟  

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  • 免疫系シグナル伝達分子SH2と補助刺激受容体との分子間相互作用解析 招待

    稲葉理美, 沼本修孝, 伊藤暢聡, 織田昌幸

    第18回日本蛋白質科学会年会  2018年6月26日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：新潟  

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  • 25-Adamantyl-1α,25-dihydroxyvitamin D3誘導体の組織選択的活性

    石澤通康, Rocio Otero, 沼本 修孝, 伊倉 貞吉, 伊藤 暢聡, 常盤 広明, Antonio Maurino, 槇島 誠, 山田 幸子

    日本ビタミン学会第70回大会  2018年6月23日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Molecular recognition mechanism of proteins revealed by X-ray crystallography 招待

    Nobutaka Numoto

    2018年5月18日 

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    記述言語：英語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University  

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  • Computational design and molecular mechanism in oligomerization of C-terminal binding protein 2

    Yurina Miyashita, Naoya Matsuo, Yuta Yamamoto, Shogo Nakano, Sohei Ito, Nobutaka Numoto, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Motohiro Sekiya, Hitoshi Shimano, Hiroaki Tokiwa

    Experimental biology 2018  2018年4月24日 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：USA  

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  • What is the origin of partial agonist activity of CBt-PMN for hRXRα?

    Kanade Shimizu, Yurina Miyashita, Yuta Yamamoto, Naoya Matsuo, Shogo Nakano, Sohei Ito, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Hiroki Kakuta, Hiroaki Tokiwa

    Experimental biology 2018  2018年4月24日 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：USA  

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  • NADH依存型脂質代謝関連蛋白質の新規分子設計に基づく分子基盤

    宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 関谷元博, 島野仁, 常盤広明

    日本薬学会第138回年会  2018年3月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：石川  

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  • hRXRαリガンドCBt-PMNのパーシャルアゴニスト活性の起源は何か？

    清水奏, 宮下由里奈, 松尾直也, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

    日本薬学会第138回年会  2018年3月27日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：石川  

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  • デングウイルス由来ED3におけるPro331のシストランス異性化がフォールディングとミスフォールディングに与える影響の探求

    山本裕子, 早乙女友規, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 黒田裕

    第7回日本生物物理学会関東支部会  2018年3月14日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • 顕微分光とX線回折を併用した構造解析 招待

    沼本修孝

    SPring-8研修会 -タンパク質構造解析の新手法-  2017年11月29日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：兵庫  

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  • パーシャルアゴニストが結合したhRXRα受容体複合体に関する構造生物学および計算化学的解析

    清水奏, 宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 常盤広明

    第28回日本レチノイド研究会学術集会  2017年11月19日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：兵庫  

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  • hRXRα/パーシャルアゴニスト複合体に対する構造生物学および理論化学の融合解析

    清水奏, 宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 島野仁, 常盤広明

    第35回メディシナルケミストリーシンポジウム  2017年10月26日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：愛知  

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  • B細胞抑制性因子CD72の分子表面電荷分布によるリガンド結合制御機構

    沼本修孝, 赤津ちづる, 品川健朗, 鍔田武志, 伊藤暢聡

    第55回日本生物物理学会年会  2017年9月20日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：熊本  

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  • レチノイドX受容体とパーシャルアゴニストに関する相互作用解析

    清水奏, 宮下由里奈, 山本雄大, 中野祥吾, 伊藤創平, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 加来田博貴, 島野仁, 常盤広明

    第61回日本薬学会関東支部大会  2017年9月16日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

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  • Structural and mutational analysis of PET-hydolyzing enzyme, Cut190, based on the 3D docking structure with model compounds of PET

    Takeshi Kawabata, Masayuki Oda, Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Fusako Kawai

    254th American Chemical Society National Meeting & Exposition  2017年8月20日 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Washington, DC, USA  

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  • 抑制性受容体CD72によるRNA関連自己抗原への自己免疫応答の制御

    赤津 ちづる, 沼本 修孝, 伊藤 暢聡, 鍔田 武志

    第32回自己免疫研究会  2017年7月15日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • 結晶構造によるB細胞抑制性因子CD72のリガンド結合部位の推測

    沼本修孝, 赤津ちづる, 品川健朗, 鍔田武志, 伊藤暢聡

    第17回日本蛋白質科学会年会  2017年6月22日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

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  • CD72はSLE関連自己抗原によるB細胞活性化を特異的に抑制する

    赤津ちづる, 品川健朗, 沼本修孝, 劉志紅, Aslam Mohammad, 伊藤暢聡, 鍔田武志

    免疫学・病態生化学領域合同シンポジウム  2017年3月8日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • X線結晶構造解析でみるタンパク質の分子認識と機能制御機構 招待

    沼本修孝

    京都府立大学生命物理化学研究室セミナー  2017年1月16日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：京都  

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  • マシコヒゲムシ巨大ヘモグロビンの酸素解離中間体

    沼本修孝, 中川太郎, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会2016年度年会  2016年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：茨城  

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  • 巨大ヘモグロビン酸素解離中間体のX線結晶構造と分光学的解析

    沼本修孝, 中川太郎, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    第54回日本生物物理学会年会  2016年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：茨城  

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  • CD28とSH2ドメインとの相互作用における構造熱力学的解析

    稲葉理美, 沼本修孝, 小川修平, 森井尚之, 伊倉貞吉, 安部良, 伊藤暢聡, 織田昌幸

    第54回日本生物物理学会年会  2016年11月  日本生物物理学会

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：茨城  

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  • B cells reactive to Sm/RNP, a lupus-related self-antigen 招待

    Chizuru Akatsu, Kenro Shinagawa, Nobutaka Numoto, Zhihong Liu, Mohommad Aslam, Nobutoshi Ito, Takeshi Tsubata

    12th International Conference on Protein Phosphatase (ICPP12)  2016年10月28日 

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    記述言語：英語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

    開催地：OSAKA  

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  • CD72は自己免疫疾患に関わる内因性TLRリガンドへの免疫応答を抑制する

    赤津ちづる, 品川健朗, 沼本修孝, 劉志紅, Aslam Mohammad, 伊藤暢聡, 鍔田武志

    第89回日本生化学会大会  2016年9月26日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮城  

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  • CD72は内因性TLRリガンドに対するB細胞応答を抑制し、自己免疫疾患の発症を抑制する

    赤津ちづる, 品川健朗, 沼本修孝, 劉志紅, Aslam Mohammad, 伊藤暢聡, 鍔田武志

    第25回日本Cell Death学会学術集会  2016年9月9日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

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  • 生物系BL利用と最近の成果について -BL38B1での on line 顕微分光測定- 招待

    沼本修孝

    SPRUC放射光構造生物学研究会第6回研究会  2016年8月29日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：兵庫  

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  • リモート実験の準備と実演・X線による結晶センタリング 招待

    藤橋雅宏, 沼本修孝

    第1回タンパク質結晶構造解析ビームライン中級者向け講習会  2016年6月24日 

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    記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：東京  

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  • B細胞に発現する抑制性分子CD72による自己免疫疾患発症抑制メカニズム

    赤津ちづる, 品川健朗, 沼本修孝, 劉志紅, Aslam Mohammad, 伊藤暢聡, 鍔田武志

    平成28年度 日本生化学会関東支部例会  2016年6月11日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：栃木  

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  • 巨大ヘモグロビン酸素解離中間状態の解析

    沼本修孝, 中川太郎, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    第16回日本蛋白質科学会年会  2016年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

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  • マシコヒゲムシ巨大ヘモグロビンのリガンド解離型構造

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会2015年度年会  2015年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：大阪  

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  • Structural and thermodynamic analysis of co-stimulation receptor CD28 phosphopeptide interactions with Grb2, Gads, and PI3-kinese SH2 domains

    Inaba S, Numoto N, Morii H, Ikura T, Abe R, Ito N, Oda M

    The 29th Annual Symposium of The Protein Society  2015年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Palau de Congressos de Barcelona, Barcelona (Spain)  

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  • シグナル伝達分子PI3-kinaseと補助刺激受容体ICOSとの分子間相互作用解析

    稲葉理美, 沼本修孝, 森井尚之, 伊倉貞吉, 安部良, 伊藤暢聡, 織田昌幸

    第15回日本蛋白質科学会年会  2015年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：徳島  

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  • T細胞活性化因子CD28とGadsおよびPI3-kinaseの分子認識機構

    沼本修孝, 稲葉理美, 森井尚之, 伊倉貞吉, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    第15回日本蛋白質科学会年会  2015年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：徳島  

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  • ヘモグロビン分子の多様性 -巨大ヘモグロビンの構造と協同性機構- 招待

    沼本修孝

    宮崎大学テニュアトラック推進機構医学系物質科学分野セミナー  2015年3月23日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：宮崎  

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  • 巨大ヘモグロビン結晶中での酸素解離に伴う構造変化

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会2014年度年会  2014年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

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  • 巨大ヘモグロビン結晶内での oxy 型から deoxy 型への移行

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Nobutoshi Ito, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    第５２回日本生物物理学会年会  2014年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

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  • B 細胞共受容体 CD72 の C 型レクチン様ドメインの X 線結晶構造解析

    Kenro Shinagawa, Nobutaka Numoto, Takeshi Tsubata, Nobutoshi Ito

    第５２回日本生物物理学会年会  2014年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

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  • Partial oxygen-dissociation of crystalline giant hemoglobin

    Nobutaka Numoto, Taro Nakagawa, Akiko Kita, Nobutoshi Ito, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki

    Twenty-Third Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography  2014年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Montreal (Canada)  

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  • 巨大ヘモグロビン結晶内における酸素解離過程

    沼本 修孝, 中川 太郎, 喜田 昭子, 伊藤 暢聡, 福森 義宏, 三木 邦夫

    第１４回日本蛋白質科学会年会  2014年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

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  • Epitope-grafted mutants provide molecular insights into sero-specifc interactions of Dengue's ED3 with its monoclonal antibody

    Manjiri Rabindoura Kurukaruni, Montasiru Elahi、Monirul M Islamu, Nobutoshi Ito, Nobutaka Numoto, Yutaka Kuroda

    第１４回日本蛋白質科学会年会  2014年6月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

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  • 巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合状態の操作

    沼本修孝, 中川太郎, 喜田昭子, 伊藤暢聡, 福森義宏, 三木邦夫

    日本結晶学会2013年度年会  2013年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：熊本  

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  • CD72の構造解析に向けて

    品川健朗, 沼本修孝, 鍔田武志, 伊藤暢聡

    第51回日本生物物理学会年会  2013年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

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  • 膜タンパク質結晶化における強磁気力場の効果

    沼本修孝, 清水健一, 松本和也, 三木邦夫, 喜田昭子

    第13回日本蛋白質科学会年会  2013年6月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：鳥取  

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  • 構造生物学ビームラインへのユーザーからの要望 招待

    沼本修孝, 中村顕

    第30回PFシンポジウム タンパク質結晶構造解析UGユーザーグループミーティング  2013年3月13日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：つくば  

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受賞

  • 平成28年度難治疾患研究所最優秀論文賞

    2017年3月   CD72 negatively regulates B lymphocyte responses to the lupus-related endogenous Toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP

    赤津 ちづる, 沼本 修孝

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  • 日本磁気科学会研究奨励賞

    2011年9月   日本磁気科学会   磁気力場中でのタンパク質結晶化

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    受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞 

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  • 日本結晶学会進歩賞

    2010年12月   日本結晶学会   巨大ヘモグロビンとV型ATPaseの構造と機能に関する結晶学的研究

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    受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞 

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共同研究・競争的資金等の研究

  • B細胞抑制性因子CD72による自己抗原の特異的認識機構の解明

    2018年 - 2020年

    文部科学省/日本学術振興会  基盤研究(C)

    沼本 修孝, 沼本 修孝

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 巨大ヘモグロビン結晶中での酸素結合飽和度の同定と時分割構造解析

    2015年 - 2016年

    文部科学省/日本学術振興会  若手研究(B)

    沼本 修孝, 沼本 修孝

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 巨大ヘモグロビンにおける協同的酸素結合過程の逐次構造解析

    2013年 - 2014年

    文部科学省/日本学術振興会  若手研究(B)

    沼本 修孝, 沼本 修孝

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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  • 超分子ヘモグロビンの構造とナノ組織化機構の解明

    研究課題/領域番号：16087205  2004年 - 2009年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特定領域研究

    福森 義宏, 沼本 修孝, 金森 正明

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    配分額：76000000円 （ 直接経費：76000000円 ）

    海産無脊椎動物Oligobrachia mashikoi は酸素と硫化水素を同時に運搬するという特徴的な生物学的機能を有する細胞外巨大ヘモグロビンを持つ。本研究では,分子量約45万の細胞外巨大ヘモグロビンの酸素結合型の立体構造をX線結晶構造解析により決定した.さらに,同巨大ヘモグロビンの酸素非結合型の立体構造も決定し,酸素結合型立体構造との比較により,哺乳類ヘモグロビンとは異なる酸素協同性の分子機構を提案した.

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  • クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

    文部科学省/日本学術振興会  基盤研究(B)

    織田 昌幸, 沼本 修孝

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    資金種別：競争的資金

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  • クライオ電子顕微鏡法の開発によるチャネルの構造生理学研究

    文部科学省/日本学術振興会  基盤研究(A)

    藤吉 好則, 沼本 修孝, 亀川 亜希子, 藤吉 好則, 谷村 幸宏

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    資金種別：競争的資金

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  • B細胞共受容体の自己抗原認識機構と自己免疫疾患抑制の構造相関

    文部科学省/日本学術振興会  基盤研究(C)

    沼本 修孝, 沼本 修孝

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    資金種別：競争的資金

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その他研究活動

  • The Journal of Experimental Medeicine 記者会見実施

    2016年10月

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    The Journal of Experimental Medeicine
    記者会見実施

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  • 「自己免疫疾患全身性エリテマトーデス（SLE）の発症制御メカニズムの解明」-副作用の少ない新規治療法開発に道-

    2016年10月

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    The Journal of Experimental Medeicine
    記者会見実施

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社会貢献活動

  • 高大連携プログラム

    役割：実演

    2017年7月18日

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    対象： 高校生

    種別：その他

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