Organization
Faculty of Environmental, Life, Natural Science and Technology Special-Appointment Assistant Professor
Position
Special-Appointment Assistant Professor
External link
Nakamura Ryo
Research Interests
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神経発生、進化
Education
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The University of Tokyo 大学院理学系研究科大学院博士課程
2013.4 - 2016.5
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Rikkyo University 理学部生命理学科
2007.4 - 2011.3
Research History
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岡山大学学術研究院環境生命自然科学学域／理学部 研究助教
2023.10
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沖縄科学技術大学院大学進化神経生物学ユニット ポストドクトラルスカラー
2018.10 - 2023.9
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Kyoto University Researcher
2017.1 - 2018.10
Papers
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The gut contractile organoid for studying the gut motility regulated by coordinating signals between interstitial cells of Cajal and smooth muscles Reviewed
Rei Yagasaki, Ryo Nakamura, Yuuki Shikaya, Ryosuke Tadokoro, Ruolin Hao, Zhe Wang, Mototsugu Eiraku, Masafumi Inaba, Yoshiko Takahashi
eLife 2025.8
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Emergent Chemical Reactivity and Complexity of RNA Condensates
Samuel Hauf, Ryo Nakamura, Barbara Cellini, Yohei Yokobayashi, Mirco Dindo
bioRxiv 2025.4
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Model systems for discovering evolutionary singularity of bilaterian physiological regulation: lessons from studies on simple/primitive flatworms Reviewed
Shunsuke Mori, Aoshi Kobayashi, Hirotaka Sakamoto, Mayuko Hamada, Tatsuya Sakamoto, Ryo Nakamura
Biophysics and Physicobiology 2024
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Cnidarian pharyngeal nervous system illustrates prebilaterian neurosecretory regulation of feeding
Ryo Nakamura, Ryotaro Nakamura, Hiroshi Watanabe
bioRxiv 2023.4
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Mass spectrometry of short peptides reveals common features of metazoan peptidergic neurons Reviewed
Eisuke Hayakawa, Christine Guzman, Osamu Horiguchi, Chihiro Kawano, Akira Shiraishi, Kurato Mohri, Mei-Fang Lin, Ryotaro Nakamura, Ryo Nakamura, Erina Kawai, Shinya Komoto, Kei Jokura, Kogiku Shiba, Shuji Shigenobu, Honoo Satake, Kazuo Inaba, Hiroshi Watanabe
Nature Ecology & Evolution 2022.8
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Distribution Map of Peristaltic Waves in the Chicken Embryonic Gut Reveals Importance of Enteric Nervous System and Inter-Region Cross Talks Along the Gut Axis Reviewed
Yuuki Shikaya, Yuta Takase, Ryosuke Tadokoro, Ryo Nakamura, Masafumi Inaba, Yoshiko Takahashi
Frontiers in Cell and Developmental Biology 10 2022.2
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Comparison of the 3-D patterns of the parasympathetic nervous system in the lung at late developmental stages between mouse and chicken Reviewed
Tadayoshi Watanabe, Ryo Nakamura, Yuta Takase, Etsuo A. Susaki, Hiroki R. Ueda, Ryosuke Tadokoro, Yoshiko Takahashi
Developmental Biology 444 S325 - S336 2018.12
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Kazuko Koshiba-Takeuchi, Yuika Morita, Ryo Nakamura, Jun K. Takeuchi
Etiology and Morphogenesis of Congenital Heart Disease 295 - 303 2016.6
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Expression analysis of Baf60c during heart regeneration in axolotls and neonatal mice Reviewed
Ryo Nakamura, Kazuko Koshiba-Takeuchi, Megumi Tsuchiya, Mizuyo Kojima, Asuka Miyazawa, Kohei Ito, Hidesato Ogawa, Jun K. Takeuchi
Development, Growth & Differentiation 58 ( 4 ) 367 - 382 2016.5
Books
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イラストで徹底理解するエピジェネティクスキーワード事典 : 分子機構から疾患・解析技術まで
堀優太郎,森下環,中村遼,小柴和子,竹内純（ Role： Contributor , エピジェネティック因子と心臓発生・心疾患）
羊土社 2013.12 （ ISBN:9784758120463 ）
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特集 受精卵から多様な組織を造り出す発生のエピジェネティクス
中村遼, 塚原由布子, 竹内純（ Role： Contributor , 心臓発生と心疾患のエピジェネティクス –クロマチンモデリング因子・ヒストン修飾因子が織りなす複雑な臓器発生機構のモデルとして–）
実験医学・洋土社 2012.11
MISC
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Frontier Approaches for Cardiovascular Research in murine system.
Takeuchi, J. K., Koshiba, K., Tsukahara, Y., Morita, Y., Nakamura, R., Yamada, S., Yokota, N.
Genes & Genetic Systems 86 ( 6 ) 2011
Presentations
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Cnidarian neurosecretory regulation by Otp :insight into the CNS evolution Invited
Ryo Nakamura
Invited seminar, University of Vienna 2024.10.24
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動物は如何にして中枢神経系を獲得したのか？ ― 脳獲得前後の動物の解析からの考察を今後の展望 ― Invited
中村遼
東京大学三崎臨海実験所, 第305回三崎談話会 2024.7.2
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Cnidarian pharyngeal nervous system illustrates prebilaterian neurosecretory regulation of feeding.
Nakamura, R., Nakamura, R., Watanabe, H.
International Workshop, Evolution of resilience, regeneration, and animal complexity – insights from basal metazoans 2023.9
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The origin of Central Nervous System（CNS）: study on the developmental mechanism in Cnidaria semi-CNS.
2019.9
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Neural centralization in early animal evolution; lessons from cnidarian studies.
21st of Annual Meeting of the Society of Evolutionary Studies, Japan 2019.8
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Comparison of the 3-D patterns of the parasympathetic nervous system in the lung between mouse and chicken Invited
Ryo Nakamura
Frontline in Developmental Biology 2018.3.23
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Functional roles of the epigenetic factors in mammalian heart regeneration.
Nakamura, R., Koshiba-Takeuchi, K., Tsukahara, Y., Sasano, T., Kojima, M., Furukawa, T., Sadek, H. A., Takeuchi, J. K.
Weinstein Cardiovascular Development Conference 2014.5
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The epigenetic regulation in heart regeneration.
Nakamura, R., Koshiba-Takeuchi, K., Tsukahara, Y., Sasano, T., Hori, Y., Ando, Y., Kojima, M., Furukawa, T., Sadek, H. A., Takeuchi, J. K.
2014 CDB symposium, Regeneration of Organs: Programming and Self-Organization 2014.3
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The functional roles of epigenetic factors in mammalian heart regeneration.
Nakamura, R., Koshiba-Takeuchi, K., Tsukahara, Y., Sasano, T., Kojima, M., Furukawa, T., Sadek, H. A., Takeuchi, J. K.
International Society for Heart Research (ISHR) XXI World Congress 2013.6
Awards
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生物学研究奨励賞
2024.10 公益財団法人両備檉園記念財団
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Travel & Registration Award
2014 Weinstein Cardiovascular Development Conference
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内藤記念若手研究者海外派遣助成
2013 公益財団法人 内藤記念科学振興財団
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Early Career Investigator Travel Award
2013 International Society for Heart Research World Congress
Research Projects
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The evolutionary origin(s) of the central nervous system: a comprehensive comparative study of neurodevelopment with a focus on Xenacoelomorpha and its "Primitive Brain"
Grant number：25K09811 2025.04 - 2028.03
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
中村 遼, 濱田 麻友子
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\4680000 （ Direct expense: \3600000 、 Indirect expense：\1080000 ）
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2025年度先進ゲノム支援課題採択
2025.04 - 2026.03
文部科学省（科学研究費助成事業 新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』）
中村遼
Authorship：Principal investigator
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緑藻類を体内に共生する原始左右相称動物の光共生系カーボンニュートラル分子基盤の解明
2024.10 - 2026.03
令和6年度岡山大学若手研究者研究着想支援事業
中村遼
Authorship：Principal investigator
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文部科学省女性リーダー育成海外派遣事業
2024.04 - 2026.03
文部科学省 ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ
中村遼
Authorship：Principal investigator
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新モデル「ナイカイムチョウウズムシ」を用いた原始脳の分子基盤と神経発生解析
2024.04 - 2025.03
NARISHIGEグループ 公益信託成茂神経科学研究助成基金
中村遼
Authorship：Principal investigator
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脳獲得直後の左右相称動物「珍無腸動物」に着目した原始脳の分子基盤の解明
2024.04 - 2025.03
公益財団法人 両備檉（てい）園記念財団 2024年度生物学研究奨励賞
中村遼
Authorship：Principal investigator
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基盤的な左右相称動物、無腸類の胚発生解析 /原始脳の分子基盤解明に向けて
2024.04 - 2025.03
公益財団法人ウエスコ学術振興財団 令和6年度研究費助成
中村遼
Authorship：Principal investigator
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令和5年度文部科学省ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ （女性リーダー育成型）
2023.10 - 2024.03
文部科学省 ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ
中村遼
Authorship：Principal investigator
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広塩性の扁形動物を原点に探る淡水進出における体液調節能獲得の動物界を跨ぐ新概念
Grant number：23K21320 2021.04 - 2025.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
坂本 竜哉, 坂本 浩隆, 関口 俊男, 濱田 麻友子, 中村 遼, 田中 祥貴, 片山 侑駿, 前嶋 翔
Authorship：Coinvestigator(s)
Grant amount：\17290000 （ Direct expense: \13300000 、 Indirect expense：\3990000 ）
当初計画は順調に進み、研究目的は達成されつつあるが、その過程で、ヒラムシのGnRHの神経回路等、進化的に保存され普遍的な神経ペプチド群に関する新発見もしている。これら普遍的なペプチド系分子は、前に分岐した散在神経系の動物には見出せない。また我々は、原始的な後口動物の珍無腸動物ムチョウウズムシのシンプルな中枢神経系でも、祖先型GnRHを発見している。その中枢神経系でのTRP群の発現も見出している（Sakagami, Hamada, Sakamoto T ら Cell Tissue Res 2023等）。
以上の興味深い成果から、解析対象にムチョウウズムシも加え、数百の細胞からなる中枢神経系の原型に、１細胞/空間トランスクリプトーム／コネクトーム解析を駆使すれば、構成細胞の浸透圧センサーのような固有特性や神経ネットワークなど細胞・分子基盤を包括的に解明できる。マウス、ショウジョウバエでの知見とも包括的に比較でき、原始左右相称動物に共通な“シン原始脳”の神経ネットワークが、前口・後口動物で、いかに保存/分化されたかに迫れる。そこで、空間トランスクリプトームも始めた。また、原始海産無脊椎動物の神経系の本技術等に優れる分担者の中村（Hayakawa, Nakamura ら Nature Ecol Evol 2022 他等）を、当実験所に採用した。非モデル生物でも１細胞トランスクリプトーム、遺伝子編集による機能解析が急速に行われている。実際、中村は前左右相称動物の有櫛動物や刺胞動物で成果を挙げている（Nakamura ら Nature Commun リバイズ中等）。研究の舵を切り、このビッグチャンスを掴みたい。 -
心筋再生を担うクロマチンーヒストン複合体の新規分子メカニズム
Grant number：13J04208 2013.04 - 2016.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
中村 遼
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\3600000 （ Direct expense: \3600000 ）
魚類や有尾両生類の心臓は高い再生能力をもつ。一方、哺乳類の心臓は、生後直後の新生仔マウスならば再生可能だが、成体の心臓は再生することができない。本研究では、哺乳類における再生能が低下する原因を解明するために、先行研究により心臓発生に重要であることが報告されているクロマチンリモデリング因子Baf60cに着目し、心臓再生機構の解明を目指してきた。
25年度から27年度までの取り組みにより、心臓再生可能な有尾両生類アホロートルおよび新生仔マウスの心臓再生時にBaf60cが細胞増殖を伴いながら一過的に発現上昇することが明らかとなった。心臓再生におけるBaf60cの機能を調べるために新生仔マウスの心臓再生時におけるBaf60cの阻害実験を行った結果、本来再生可能である新生仔マウスの心臓においても、繊維化が進行し、再生に寄与する遺伝子群(転写因子Gata4, サルコメア因子Tnnt2など)の転写が抑制され、再生能が障害されることが明らかとなった。現在、Baf60cを心臓に過剰発現させることで心臓損傷後の心機能がレスキューされるかどうかについて、詳細な解析を行っている。
27年度は、今までの内容を投稿論文としてまとめることに集中した。その結果、心臓再生におけるBaf60cの発現解析と細胞増殖能との関連性に関するデータを論文として投稿し、今年3月にDevelopment, Growth & Differentiation雑誌に受理された。現在は、新生仔マウスの心臓再生時におけるBaf60cの阻害実験および成体マウスの心臓再生時におけるBaf60cの過剰発現実験のデータ解析・追加実験に取り組んでおり、これらの内容に関しても今年中に論文として投稿することを目指している。
エピジェネティック因子が心臓再生能力と関与する可能性を示した本研究は、器官再生におけるエピジェネティクス制御を理解する上で重要であると考える。