Updated on 2025/04/25

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Nakamura Ryo
 
Organization
Faculty of Environmental, Life, Natural Science and Technology Special-Appointment Assistant Professor
Position
Special-Appointment Assistant Professor
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Research Interests

  • 神経発生、進化

Education

  • The University of Tokyo   大学院理学系研究科大学院博士課程  

    2013.4 - 2016.5

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  • Rikkyo University   理学部生命理学科  

    2007.4 - 2011.3

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Research History

  • 岡山大学学術研究院環境生命自然科学学域/理学部   研究助教

    2023.10

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  • 沖縄科学技術大学院大学進化神経生物学ユニット   ポストドクトラルスカラー

    2018.10 - 2023.9

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  • Kyoto University   Researcher

    2017.1 - 2018.10

      More details

 

Papers

  • RNA condensates as platforms for prebiotic chemistry

    Samuel Hauf, Ryo Nakamura, Barbara Cellini, Yohei Yokobayashi, Mirco Dindo

    2025.4

  • The gut contractile organoid: a novel model for studying the gut motility regulated by coordinating signals between interstitial cells of Cajal and smooth muscles

    Rei Yagasaki, Ryo Nakamura, Yuuki Shikaya, Ryosuke Tadokoro, Ruolin Hao, Zhe Wang, Mototsugu Eiraku, Masafumi Inaba, Yoshiko Takahashi

    2024.7

  • Model systems for discovering evolutionary singularity of bilaterian physiological regulation: lessons from studies on simple/primitive flatworms

    Shunsuke Mori, Aoshi Kobayashi, Hirotaka Sakamoto, Mayuko Hamada, Tatsuya Sakamoto, Ryo Nakamura

    Biophysics and Physicobiology   2024

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    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v21.s012

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  • Cnidarian pharyngeal nervous system illustrates prebilaterian neurosecretory regulation of feeding

    Ryo Nakamura, Ryotaro Nakamura, Hiroshi Watanabe

    2023.4

  • Mass spectrometry of short peptides reveals common features of metazoan peptidergic neurons

    Eisuke Hayakawa, Christine Guzman, Osamu Horiguchi, Chihiro Kawano, Akira Shiraishi, Kurato Mohri, Mei-Fang Lin, Ryotaro Nakamura, Ryo Nakamura, Erina Kawai, Shinya Komoto, Kei Jokura, Kogiku Shiba, Shuji Shigenobu, Honoo Satake, Kazuo Inaba, Hiroshi Watanabe

    Nature Ecology & Evolution   2022.8

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    Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/s41559-022-01835-7

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  • Distribution Map of Peristaltic Waves in the Chicken Embryonic Gut Reveals Importance of Enteric Nervous System and Inter-Region Cross Talks Along the Gut Axis

    Yuuki Shikaya, Yuta Takase, Ryosuke Tadokoro, Ryo Nakamura, Masafumi Inaba, Yoshiko Takahashi

    Frontiers in Cell and Developmental Biology   10   2022.2

     More details

    Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Frontiers Media {SA}  

    <jats:p>Gut peristaltic movements recognized as the wave-like propagation of a local contraction are crucial for effective transportation and digestion/absorption of ingested materials. Although the physiology of gut peristalsis has been well studied in adults, it remains largely unexplored how the cellular functions underlying these coordinated tissue movements are established along the rostral-caudal gut axis during development. The chicken embryonic gut serves as an excellent experimental model for elucidating the endogenous potential and regulation of these cells since peristalsis occurs even though no ingested material is present in the moving gut. By combining video-recordings and kymography, we provide a spatial map of peristaltic movements along the entire gut posterior to the duodenum: midgut (jejunum and ileum), hindgut, caecum, and cloaca. Since the majority of waves propagate bidirectionally at least until embryonic day 12 (E12), the sites of origin of peristaltic waves (OPWs) can unambiguously be detected in the kymograph. The spatial distribution map of OPWs has revealed that OPWs become progressively confined to specific regions/zones along the gut axis during development by E12. Ablating the enteric nervous system (ENS) or blocking its activity by tetrodotoxin perturb the distribution patterns of OPWs along the gut tract. These manipulations have also resulted in a failure of transportation of inter-luminally injected ink. Finally, we have discovered a functional coupling of the endpoint of hindgut with the cloaca. When surgically separated, the cloaca ceases its acute contractions that would normally occur concomitantly with the peristaltic rhythm of the hindgut. Our findings shed light on the intrinsic regulations of gut peristalsis, including unprecedented ENS contribution and inter-region cross talk along the gut axis.</jats:p>

    DOI: 10.3389/fcell.2022.827079

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  • Comparison of the 3-D patterns of the parasympathetic nervous system in the lung at late developmental stages between mouse and chicken

    Tadayoshi Watanabe, Ryo Nakamura, Yuta Takase, Etsuo A. Susaki, Hiroki R. Ueda, Ryosuke Tadokoro, Yoshiko Takahashi

    Developmental Biology   444   S325 - S336   2018.12

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    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Elsevier {BV}  

    DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.05.014

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  • Expression analysis of Baf60c during heart regeneration in axolotls and neonatal mice

    Ryo Nakamura, Kazuko Koshiba-Takeuchi, Megumi Tsuchiya, Mizuyo Kojima, Asuka Miyazawa, Kohei Ito, Hidesato Ogawa, Jun K. Takeuchi

    Development, Growth &amp; Differentiation   58 ( 4 )   367 - 382   2016.5

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    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Wiley  

    DOI: 10.1111/dgd.12281

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  • Combinatorial Functions of Transcription Factors and Epigenetic Factors in Heart Development and Disease

    Kazuko Koshiba-Takeuchi, Yuika Morita, Ryo Nakamura, Jun K. Takeuchi

    Etiology and Morphogenesis of Congenital Heart Disease   295 - 303   2016

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    Publisher:Springer Japan  

    DOI: 10.1007/978-4-431-54628-3_42

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Awards

  • Travel & Registration Award

    2014   Weinstein Cardiovascular Development Conference  

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  • 内藤記念若手研究者海外派遣助成

    2013   公益財団法人 内藤記念科学振興財団  

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  • Early Career Investigator Travel Award

    2013   International Society for Heart Research World Congress  

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Research Projects

  • 緑藻類を体内に共生する原始左右相称動物の光共生系カーボンニュートラル分子基盤の解明

    2024 - 2025

    令和6年度岡山大学若手研究者研究着想支援事業 

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    Authorship:Principal investigator 

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  • 新モデル「ナイカイムチョウウズムシ」を用いた原始脳の分子基盤と神経発生解析

    2024

    NARISHIGEグループ  公益信託成茂神経科学研究助成基金 

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  • 令和6年度文部科学省女性リーダー育成海外派遣事業

    2024

    文部科学省  ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ 

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    Authorship:Principal investigator 

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  • 脳獲得直後の左右相称動物「珍無腸動物」に着目した原始脳の分子基盤の解明

    2024

    公益財団法人 両備檉(てい)園記念財団  2024年度生物学研究奨励賞 

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    Authorship:Principal investigator 

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  • 基盤的な左右相称動物、無腸類の胚発生解析 /原始脳の分子基盤解明に向けて

    2024

    公益財団法人ウエスコ学術振興財団  令和6年度研究費助成 

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    Authorship:Principal investigator 

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  • 令和5年度文部科学省ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ (女性リーダー育成型)

    2023

    文部科学省  ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ 

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    Authorship:Principal investigator 

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  • 広塩性の扁形動物を原点に探る淡水進出における体液調節能獲得の動物界を跨ぐ新概念

    Grant number:23K21320  2021.04 - 2025.03

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    坂本 竜哉, 坂本 浩隆, 関口 俊男, 濱田 麻友子, 中村 遼, 田中 祥貴, 片山 侑駿, 前嶋 翔

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    Grant amount:\17290000 ( Direct expense: \13300000 、 Indirect expense:\3990000 )

    当初計画は順調に進み、研究目的は達成されつつあるが、その過程で、ヒラムシのGnRHの神経回路等、進化的に保存され普遍的な神経ペプチド群に関する新発見もしている。これら普遍的なペプチド系分子は、前に分岐した散在神経系の動物には見出せない。また我々は、原始的な後口動物の珍無腸動物ムチョウウズムシのシンプルな中枢神経系でも、祖先型GnRHを発見している。その中枢神経系でのTRP群の発現も見出している(Sakagami, Hamada, Sakamoto T ら Cell Tissue Res 2023等)。
    以上の興味深い成果から、解析対象にムチョウウズムシも加え、数百の細胞からなる中枢神経系の原型に、1細胞/空間トランスクリプトーム/コネクトーム解析を駆使すれば、構成細胞の浸透圧センサーのような固有特性や神経ネットワークなど細胞・分子基盤を包括的に解明できる。マウス、ショウジョウバエでの知見とも包括的に比較でき、原始左右相称動物に共通な“シン原始脳”の神経ネットワークが、前口・後口動物で、いかに保存/分化されたかに迫れる。そこで、空間トランスクリプトームも始めた。また、原始海産無脊椎動物の神経系の本技術等に優れる分担者の中村(Hayakawa, Nakamura ら Nature Ecol Evol 2022 他等)を、当実験所に採用した。非モデル生物でも1細胞トランスクリプトーム、遺伝子編集による機能解析が急速に行われている。実際、中村は前左右相称動物の有櫛動物や刺胞動物で成果を挙げている(Nakamura ら Nature Commun リバイズ中等)。研究の舵を切り、このビッグチャンスを掴みたい。

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  • 心筋再生を担うクロマチンーヒストン複合体の新規分子メカニズム

    Grant number:13J04208  2013.04 - 2016.03

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    中村 遼

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    Grant amount:\3600000 ( Direct expense: \3600000 )

    魚類や有尾両生類の心臓は高い再生能力をもつ。一方、哺乳類の心臓は、生後直後の新生仔マウスならば再生可能だが、成体の心臓は再生することができない。本研究では、哺乳類における再生能が低下する原因を解明するために、先行研究により心臓発生に重要であることが報告されているクロマチンリモデリング因子Baf60cに着目し、心臓再生機構の解明を目指してきた。
    25年度から27年度までの取り組みにより、心臓再生可能な有尾両生類アホロートルおよび新生仔マウスの心臓再生時にBaf60cが細胞増殖を伴いながら一過的に発現上昇することが明らかとなった。心臓再生におけるBaf60cの機能を調べるために新生仔マウスの心臓再生時におけるBaf60cの阻害実験を行った結果、本来再生可能である新生仔マウスの心臓においても、繊維化が進行し、再生に寄与する遺伝子群(転写因子Gata4, サルコメア因子Tnnt2など)の転写が抑制され、再生能が障害されることが明らかとなった。現在、Baf60cを心臓に過剰発現させることで心臓損傷後の心機能がレスキューされるかどうかについて、詳細な解析を行っている。
    27年度は、今までの内容を投稿論文としてまとめることに集中した。その結果、心臓再生におけるBaf60cの発現解析と細胞増殖能との関連性に関するデータを論文として投稿し、今年3月にDevelopment, Growth & Differentiation雑誌に受理された。現在は、新生仔マウスの心臓再生時におけるBaf60cの阻害実験および成体マウスの心臓再生時におけるBaf60cの過剰発現実験のデータ解析・追加実験に取り組んでおり、これらの内容に関しても今年中に論文として投稿することを目指している。
    エピジェネティック因子が心臓再生能力と関与する可能性を示した本研究は、器官再生におけるエピジェネティクス制御を理解する上で重要であると考える。

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