2026/09/25 更新

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クロダ　シュンヤ
黒田　春也
Kuroda Shunya
所属
環境生命自然科学学域 助教（特任）
職名
助教（特任）
プロフィール

上皮と間葉のゆくえを追いかけて動物の体制の進化について考えます。

・上皮の細胞系譜解析 Kuroda et al., 2021
・上皮性小胞の成長則と進化 Kuroda & Horiguchi et al., 2026
・間葉の細胞系譜解析 Kuroda et al., 2023; Kuroda & Lalonde et al., 2023; Kuroda & Adachi 2027

外部リンク

学位

  • 博士（理学） （ 2022年3月   神戸大学 ）

研究キーワード

  • 進化形態学

  • 比較発生学

学歴

  • 神戸大学   Graduate School of Science   Department of Biology

    2019年4月 - 2022年3月

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    国名： 日本国

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  • 神戸大学   Graduate School of Science   Department of Biology

    2017年4月 - 2019年3月

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    国名： 日本国

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  • 早稲田大学   School of Education   Department of Biology

    2013年4月 - 2017年3月

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    国名： 日本国

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  • 千葉県立千葉高等学校    

    2009年4月 - 2012年3月

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    国名： 日本国

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経歴

  • 岡山大学   学術研究院環境生命自然科学学域（理）   研究助教（特任）

    2026年5月 - 現在

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    国名：日本国

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  • 金沢大学   ナノ生命科学研究所   特任研究員（日本学術振興会特別研究員-PD）

    2025年4月 - 2026年4月

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  • 金沢大学   新学術創成研究機構   博士研究員

    2023年4月 - 2025年3月

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    国名：日本国

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  • ラトガース大学   Department of Genetics   博士研究員

    2022年4月 - 2023年3月

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    国名：アメリカ合衆国

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  • 特定国立研究開発法人理化学研究所   形態進化研究チーム   大学院生リサーチアソシエイト

    2019年4月 - 2022年3月

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    国名：日本国

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所属学協会

  • 日本動物学会

    2024年 - 現在

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  • 日本進化学会

    2018年 - 現在

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  • 日本発生生物学会

    2018年 - 現在

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委員歴

  • Evo-Devoの集い   第一回Evo-Devo若手研究会実行委員  

    2025年3月   

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    団体区分：その他

    https://sites.google.com/view/evo-devo-wakate/1st-meeting?authuser=0

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  • 進化学若手の会   運営委員  

    2019年 - 2022年   

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    団体区分：その他

    https://evowakate.wixsite.com/website

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論文

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書籍等出版物

  • Evolution of the Vertebrate Skull: Cell Types, Tissues, and Morphology 査読

    Shunya Kuroda, Noritaka Adachi（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: Chapter 5: Evolution of the Head Skeleton in Jawed Vertebrates with Special Reference to Embryonic Origins）

    CRC Press  2027年1月  （ ISBN:9781032935928 ）

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    著書種別：学術書

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  • 生物の科学遺伝Vol.78 No.1 (2024)

    黒田春也（ 担当： 分担執筆 ,  範囲: 脊椎動物の陸上進出前後における肩の進化 ─発生由来が光を当てる擬鎖骨の新旧進化シナリオ）

    NTS  2024年1月  （ ISBN:9784860438647 ）

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MISC

  • Divergent mechanics of inner ear morphogenesis are coupled to developmental tempo over vertebrate evolution

    Shunya Kuroda, Shuhei A. Horiguchi, Soichiro Kato, Oki Hayasaka, Hiroyasu Kamei, Wataru Takagi, Shinnosuke Higuchi, Tatsuya Hirasawa, Koji Fujimura, Kiyoshi Hiraoka, Nanoka Suzuki, Makoto Suzuki, Hajime Ogino, Anna Yasunaga, Hiroshi Kiyonari, Shigeru Kuratani, Satoru Okuda

    bioRxiv   2026年2月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等   出版者・発行元：openRxiv  

    Vertebrate embryos vary in size and developmental tempo based on reproductive strategies; however, organs of ancient origin, such as the eye and inner ear, remain highly conserved in structure and function. How both diverse embryonic traits and conserved organ development occur remains unclear. Here, we identify divergent morphogenetic mechanics of inner ear development, particularly in vesicular primordium expansion, in 12 species representing the major vertebrate lineages. Differences in cell volume regulation determine tissue growth mechanics, which diversify the expansion process but yield a conserved morphological outcome. Heterochronic shifts in organogenesis allow this regulation to evolve in coordination with a prolonged developmental period. These findings suggest that alternative morphogenetic mechanics mitigate the effects of diversified embryonic traits, thereby ensuring consistent morphological outcomes for highly conserved organs.

    DOI： 10.64898/2026.02.27.706697

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  • Meeting Report: The First Evo‐Devo Young Researchers Meeting 査読

    Yui Uchida, Tasuku Ishida, Satomi Ono, Shunya Kuroda, Aimi Kobayashi, Naoki Konno, Yoshitaka Tanaka, Tetsuro Nishizawa, Junki Yoshida, Ken‐ichiro Yoshimoto, Mizuho Yoneda

    Development, Growth & Differentiation   1 - 5   2025年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：会議報告等  

    DOI： 10.1111/dgd.70016

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  • Making a map: exploring the origins of the shoulder and neck

    Shunya Kuroda

    2024年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）   出版者・発行元：The Node  

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  • Distinct ossification trade-offs illuminate the shoulder girdle reconfiguration at the water-to-land transition

    Janet Wei, Thomas W.P. Wood, Kathleen Flaherty, Alyssa Enny, Ali Andrescavage, Danielle Brazer, Dina Navon, Thomas A. Stewar, Hannah Cohen, Anusha Shanabag, Shunya Kuroda, Ingo Braasch, Tetsuya Nakamura

    bioRxiv   2023年7月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1101/2023.07.17.547998

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  • Multiple embryonic sources converge to form the pectoral girdle skeleton in zebrafish

    Shunya Kuroda, Robert L. Lalonde, Thomas A. Mansour, Christian Mosimann, Tetsuya Nakamura

    bioRxiv   2023年7月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    The morphological transformation of the pectoral/shoulder girdle is fundamental to the water-to-land transition in vertebrate evolution. Although previous studies have resolved the embryonic origins of the tetrapod shoulder girdle, those of the fish pectoral girdle remain uncharacterized, creating a gap in the understanding of girdle transformation mechanisms from fish to modern tetrapods. Here, we identified the embryonic origins of the pectoral girdle of zebrafish (Danio rerio), including the cleithrum as an ancestral pectoral girdle element lost in extant tetrapods. Our combinatorial approach of photoconversion and genetic cell lineage tracing mapped that cleithrum development combines three adjoining embryonic populations: cranial neural crest cells and lateral plate mesoderm-derivatives (trunk lateral plate mesoderm and cardiopharyngeal mesoderm-associated cells). The topographical position of the cleithrum at the head/trunk interface is a shared characteristic among cleithrum-bearing fish, thus its multiple embryonic origins are likely a conserved feature. Moreover, a comparison of the pectoral girdle progenitors between aquatic fish and extant amniotes suggests that cleithrum loss is associated with the disappearance of its unique developmental environment by the insertion of the neck lateral plate mesoderm into the head/trunk interface. Overall, our study establishes an embryological framework for pectoral/shoulder girdle formation and their evolutionary trajectories from their origin in water to diversification on land.

    DOI： 10.1101/2023.07.14.548949

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  • 有顎脊椎動物における眼窩側頭域の発生と進化

    黒田春也

    博士学位論文   2022年3月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語  

    https://hdl.handle.net/20.500.14094/D1008288

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講演・口頭発表等

  • Heterochrony diversifies accessibility to tissue volumetric growth across species during homologous organ morphogenesis

    Shunya Kuroda, Shuhei A. Horiguchi, Satoru Okuda

    10th European Society for Evolutionary Developmental Biology Meeting 2026  2026年6月9日 

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    開催年月日： 2026年6月8日 - 2026年6月12日

    会議種別：ポスター発表  

    添付ファイル： eed_programme_book_2026_SK.pdf

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  • 胚の発生戦略の進化は保守的な器官の形態形成にも波及する 招待

    黒田春也

    定量生物学の会 福井キャラバン2025  2025年11月22日 

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    開催年月日： 2025年11月22日 - 2025年11月23日

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • チゴイソアワモチ（軟体動物門、腹足綱）の胚発生・後胚発生・再生

    黒田春也

    日本動物学会第97回札幌大会  2026年9月3日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • チゴイソアワモチにおける背眼の発生

    黒田春也

    第309回 三崎談話会  2026年7月13日 

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  • 内耳の二通りのつくり方

    黒田春也, 堀口修平, 加藤壮一郎, 早坂央希, 亀井宏泰, 高木亙, 樋口真之輔, 平沢達矢, 山下未来, 藤村衡至, 平岡潔, 鈴木菜花, 鈴木誠, 清成寛, 倉谷滋, 奥田覚

    日本動物学会第96回名古屋大会  2025年9月5日 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    添付ファイル： 2025zsj_symposium.pdf

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  • 相同な半規管形態を生み出す非相同な力学的形態形成機構

    黒田春也, 奥田覚

    12th Tokyo Vertebrate Morphology Meeting (TVMM)  2024年9月28日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 3H1500 脊椎動物胚における相同な管腔構造の種間で異なる成長の力学

    黒田春也, 奥田覚

    日本動物学会第95回長崎大会  2024年9月14日 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • OP05-1-01: 相同な⽿胞にみられる異なる成⻑機構：⼒学的な視点から

    Shunya Kuroda, Satoru Okuda

    57th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists  2024年6月22日 

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    記述言語：英語  

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  • P222-1: 魚類の「肩」の骨は羊膜類ではどこへいったのか？

    黒田 春也, 中村 哲也

    日本機械学会第35回バイオエンジニアリング講演会  2023年6月3日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    添付ファイル： 230523_バイオエンジポスターkuroda230523.pdf

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  • #251: A pan-amniote configuration of chondrocranium revealed by genetic cell lineage analysis

    黒田春也, 足立礼孝, 倉谷滋

    Joint SDB-PASEDB Meeting  2022年7月18日 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：バンクーバー  

    添付ファイル： SDB-PASEDB_Poster251_220706.pdf

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  • D-09: 哺乳類胚頭部における中胚葉・神経堤細胞境界の再検討

    黒田春也, 足立礼孝, 倉谷滋

    第92回日本動物学会オンライン大会  2021年9月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：オンライン  

    添付ファイル： D-09・黒田春也.jpg

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  • 脊椎動物における頭蓋側壁の一次構築、シンポジウムNo. 10 「発生から見る形態の変わりやすさと変わりにくさ」

    黒田春也

    日本進化学会第23回オンライン東京大会  2021年8月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：オンライン  

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  • OP08-2: Lineage tracing of premandibular mesoderm: studies on zebra finch and shark

    黒田春也, 足立礼孝, 日下部りえ, 倉谷滋

    53rd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists  2020年5月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Kumamoto-jo Hall, Kumamoto  

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  • PA-089: 頭部顔面発生における外眼筋の位置づけ：板鰓類胚の場合

    黒田春也, 足立礼孝, 日下部りえ, 倉谷滋

    日本進化学会第21会大会  2019年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：北海道大学札幌キャンパス  

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  • P-38: サメ胚頭腔の発生運命の解析からみえる、頭部の筋骨格系の発生様式

    黒田春也, 足立礼孝, 日下部りえ, 倉谷滋

    日本進化学会第20回大会  2018年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京大学駒場Iキャンパス  

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  • P3-161: Lineage tracing analysis of head cavities in the shark and implications for evolution of orbitotemporal region in vertebrates

    黒田春也, 足立礼孝, 日下部りえ, 倉谷滋

    第70回細胞生物学会第51回発生生物学会合同大会  2018年6月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：タワーホール船堀  

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受賞

  • Wiley Top Cited Article 2022-2023 (Evolution & Development)

    2024年4月   Wiley   A detailed redescription of the mesoderm/neural crest cell boundary in the murine orbitotemporal region integrates the mammalian cranium into a pan-amniote cranial configuration

    Shunya Kuroda, Noritaka Adachi, Shigeru Kuratani

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  • Outstanding Poster Presentation

    2023年6月   日本機械学会バイオエンジニアリング部門   魚類の「肩」の骨は羊膜類ではどこへいったのか？

    黒田 春也

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  • SDB-PASEDB Student/Postdoc Travel Award

    2022年7月   Society for Developmental Biology  

    黒田春也

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 内耳形態形成における発生システム浮動とその進化機構の解明

    研究課題/領域番号：25KJ0149  2025年04月 - 2028年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    黒田 春也

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    配分額：3510000円 （ 直接経費：2700000円 、 間接経費：810000円 ）

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  • 相同な形態における多様な発生過程の理解に基づいたモデル生物再考

    研究課題/領域番号：25K18522  2025年04月 - 2027年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究

    黒田 春也

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    配分額：3250000円 （ 直接経費：2500000円 、 間接経費：750000円 ）

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  • 発生スピードにおける胚の力学応答能の役割

    研究課題/領域番号：23K19363  2023年08月 - 2025年03月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

    黒田 春也

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    配分額：2600000円 （ 直接経費：2000000円 、 間接経費：600000円 ）

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社会貢献活動

  • サイエンスフェア in 兵庫「サイエンスカフェ」

    役割：講師

    兵庫「咲いテク」  2018年1月28日

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    種別：フェスティバル

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学術貢献活動

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