Presentations -
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Atomic level mapping of stoichiometric metabolic network structure of elementary flux mode type metabolic pathways
OHTA Jun
2024.9.6
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Activity ratios of atomic-level pathways in metabolic networks: general calculation method for quantitative activity ratios and three possible types of semi-quantitative activity ratios
OHTA Jun
2024.6.21
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What metabolic maps and metabolic pathway diagrams represent
OHTA Jun
2022.9.12
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Exploring for metabolic pathways based on stoichiometry
OHTA Jun
2022.6.29
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Calvin-Benson回路の反応によるリブロース1,5-ビスリン酸新規生成：Rubiscoを6回利用する原子レベル経路
太田 潤
第16回日本ゲノム微生物学会年会 2022.3.2
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Atomic level pathway for glyceraldehyde 3-phosphate formation through "transaldolase variant" of Calvin-Benson cycle
OHTA Jun
2021.12.2
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Calvin-Benson回路の反応によるCO2からのリブロース1,5-ビスリン酸新規生成の原子レベル経路
太田 潤
第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021.3.4
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Single-atom tracing in metabolic networks with symmetric metabolites
OHTA Jun
2025.3.6
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Activity ratios of atomic-level pathways calculated by single-atom tracing in a model network of carbohydrate metabolism
OHTA Jun
2024.12.4
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Activity ratios of atomic-level pathways in metabolic networks: semi-quantitative activity ratios and quantitative activity ratios
OHTA Jun
2024.3.8
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Activity ratio of metabolic pathways computed by single-atom tracing
OHTA Jun
2023.11.29
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Calculation of balance of metabolic pathways computed by single-atom tracing
OHTA Jun
2023.9.6
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タンパク質の立体構造情報の活用：複数の座標条件のそれぞれを満たすタンパク質構成原子の列挙
太田 潤
第27回オープンバイオ研究会 2023.3.11
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Utilization of protein structure information: Enumeration of protein constituent atoms satisfying complex conditions
OHTA Jun
2023.3.9
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Metabolic fluxes giving atomic level pathways calculated by single-atom tracing
OHTA Jun
2022.11.29
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Non-branched linear substructures in stoichiometric metabolic network structures of elementary flux mode type pathways
OHTA Jun
2022.3.10
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Number of symmetries of stoichiometric metabolic network structure variant of elementary flux mode type pathway
OHTA Jun
2021.11.30
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Enumerating pathways for producing ribose 5-phosphate from glucose through glycolytic reactions and non-oxidative pentose-phosphate-pathway reactions without using atomic level information
OHTA Jun
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COVID-19感染者間の関係のPajekによる可視化
太田 潤
情報処理学会「第67回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」 2021.9.30
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Stoichiometric metabolic network structure as a snapshot of the state of formation and utilization of metabolite molecules in elementary flux mode type pathway
OHTA Jun
2021.6.30
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Pajekを使う
太田 潤
第25回オープンバイオ研究会 2021.3.13
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Calculation of stoichiometric metabolic network structure of elementary flux mode type metabolic pathway: Optimization of algorithm for difference judgement between calculated network structures
OHTA Jun
2021.3.11
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Calculation of stoichiometric metabolic network structure of elementary flux mode type metabolic pathway: Acceleration of difference judgement between calculated network structures
OHTA Jun
2020.12.7
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Complexity of pathways for forming ribose 5-phosphate from glycolytic metabolites through non-oxidative pentose-phosphate-pathway reactions
OHTA Jun
2020.12.2
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Accelerating calculation of stoichiometrically balanced metabolite-level network structure of elementary flux mode type metabolic pathway
OHTA Jun
2020.9.4
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Calculation of stoichiometrically balanced metabolite-level network structure of elementary flux mode type metabolic pathway
OHTA Jun
2020.6.29
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原子レベル情報を用いる化学量論的に釣り合った生合成代謝経路算出
太田 潤
第61回日本生化学会中国・四国支部例会 2020.6.10
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生命科学系公共データベースによる実習を立案した経験
太田 潤
第24回オープンバイオ研究会 2020.3.14
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合流する生合成代謝経路の算出
太田 潤
第７０回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI） 2020.3.13
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Complete atomic-level mapping of elementary flux mode-type metabolic pathways through metabolites with symmetry
OHTA Jun
2020.3.13
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化学量論的に釣り合った生合成代謝経路の原子レベルマッピング：その応用
太田 潤
第14回日本ゲノム微生物学会年会 2020.3.7
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Enumerating pathways for producing ribose 5-phosphate from glucose through glycolytic reactions and non-oxidative pentose-phosphate-pathway reactions using atomic level information
OHTA Jun
2020.9.16
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Acceleration of complete atomic-level mapping of elementary flux mode-type metabolic pathways
OHTA Jun
2019.12.2
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Atomic-level pathways for nonoxidative formation of ribose 5-phosphate by pentose phosphate pathway reactions
OHTA Jun
2019.12
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代謝ネットワークにおけるelementary flux mode型経路の完全原子レベルマッピング
太田 潤
情報処理学会「第59回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」 2019.9.8
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Incorporation of carbon atoms of the acetyl moiety of acetyl-CoA into metabolites in an in silico model network of carbohydrate metabolism
OHTA Jun
2019.9
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Pathways for oxygen atoms of glucose to carbon dioxide in a model network of carbohydrate metabolism
SAWAE Seigo, OHTA Jun
2019.9
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Transketolase-like protein 1の代謝機能に関する13C代謝フラックス解析によるエビデンスの検討
太田 潤
第7回がんと代謝研究会 2019.8.2
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Computation of atomic-level pathways for complete biosynthesis in metabolic networks
2019.6.19
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In silico 糖質代謝モデルネットワークにおける acetyl-CoA の acetyl部分の炭素のグルコースへのグルコース非産生的取込
太田 潤
第60回日本生化学会 中国・四国支部例会 2019.5.18
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ノードの二項関係リストから所属ネットワーク別のノードリストを作成する
太田 潤
第23回オープンバイオ研究会 2019.3.10
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“原子＝人”とみてみることから垣間見える代謝ネットワークと社会的ネットワークの比喩的類似性
太田 潤
第６８回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI） 2019.3.9
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Convergence of isotopomer distribution simulation in metabolic networks
OHTA Jun
2019.3.8
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メタノール利用反応を含む 糖質代謝モデルネットワークにおける メタノールからのグルコース完全合成
太田 潤
第13回日本ゲノム微生物学会年会 2019.3.6
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代謝ネットワーク：特定原料代謝産物からの目的代謝産物完全合成の可能性
太田 潤
JSBi九州地域部会セミナー@福岡市 2018.12.17
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Simulation of time course change of isotope distribution in metabolic networks
OHTA Jun
2018.12.14
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Incorporation of acetyl moiety carbons of acetyl-CoA into glucose through a model network of carbohydrate metabolism
OHTA Jun
2018.11
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EMU tracing: listing all the elementary metabolite units (EMU) which can be formed from source EMUs through a given metabolic network
OHTA Jun
2018.9.18
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Isotopomer tracing approach to investigate pathways for complete glucose synthesis from methanol through a model network of carbohydrate metabolism including reactions for methanol utilization
OHTA Jun
2018.9
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Octave/Matlab上での生化学反応のbrute force生成の試み－4本の結合が切断される場合について
大槻和平, 太田潤
第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018） 2018.9
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Isotopomer tracing: listing all the isotopomers synthesizable from source isotopomers through a given metabolic network
OHTA Jun
2018.6
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代謝ネットワークのsingle-atom tracingにより計算される経路の働きの指標について
太田 潤
JSBi九州地域部会セミナー鹿児島2018 2018.5.25
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Listing atom-level pathways in a model network of carbohydrate metabolism and calculating their stoichiometric balances
OHTA Jun
2018.5
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生物ネットワーク情報の行列表現について
太田 潤
第22回オープンバイオ研究会 2018.3.9
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新代謝経路発見のための仮想代謝ネットワーク生成について
太田 潤
第６５回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI） 2018.3.8
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メタノール利用反応を含む糖質代謝モデルネットワークにおけるメタノールからグルコースへの経路の検討
太田 潤
第12回日本ゲノム微生物学会年会 2018.3
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糖質代謝モデルネットワーク上のsingle-atom tracingによる経路計算と経路選択
太田 潤
情報処理学会「第53回バイオ情報学研究会(SIGBIO)」 2018.3
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Generation of hypothetical reactions from a set of metabolites based on stoichiometry International conference
OHTA Jun
APBC 2018（The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference） 2018.1
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Interconversion between atom mapping matrices and connectivity matrices
OHTA Jun
ConBio2017 2017.12
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代謝ネットワークのsingle-atom tracingにより計算される経路の生化学的意味について
太田 潤
日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)九州地域部会セミナー @宮崎 2017.10
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代謝ネットワーク：原子ネットワーク構造と化学結合間のつながりによるネットワーク構造
太田 潤
JSBi 九州地域部会セミナー2017 2017.3
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Stereochemistry of the propargylglycine moiety in gamma-glutamylpropargylglycine formed from propargylglycine in baker's yeast
OHTA Jun
2016.11
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Classification of hypothetical metabolic networks
OHTA Jun
2015.12
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Atomic tracing between carbon atoms in glucose in a model network of carbohydrate metabolism
OHTA Jun
2014.11
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Toward Manipulating Biochemical Reactions on Octave/Matlab International conference
HYODO Yuki, OHTA Jun
Metabolomics 2014: The 10th International Conference of the Metabolomics Society 2014.6
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IMAC, Inter- And Intra-Metabolite Atom-Level Connectivity Database
太田 潤
第85回日本生化学会大会 2012.12
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Study on generation of hypothetical metabolic networks for prediction of uni
OHTA Jun
2010.12
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Attempt of stoichiometric extension of amino acid metabolism-related model metabolic network International conference
OHTA Jun
11th International Congress on Amino Acids, Peptides and Proteins 2009.8
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代謝ネットワークを原子ネットワークとみる考え方から“合成的”代謝ネットワーク研究へ
太田 潤
第9回日本蛋白質科学会年会 2009.5
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新代謝経路探索のための化学量論的代謝ネットワーク拡張
太田 潤
第3回日本ゲノム微生物学会年会 2009.3
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コンピュータ上での生化学反応生成から代謝ネットワーク研究へ
太田 潤
JSBi システムバイオロジー研究会 2009.1
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Manipulating Biochemical Reactions on Octave/Matlab International conference
HYODO Yuki, OHTA Jun
The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008) 2008.12
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A strategy for generation of hypothetical metabolic networks based on melabolome information and stoichiometry
OHTA Jun
2008.12
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Generation of hypothetical metabolic networks for pathway prediction
OHTA Jun
2008.10
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Atom network view of metabolic networks and its potential
OHTA Jun
2008.9
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Strategy for exploring new metabolic pathways: Generation of hypothetical metabolic networks International conference
OHTA Jun
IECA2008 (International E. Coli allianace) 2008.9
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Concept of metabolic networks as atom networks and generation of metabolic networks by network expansion International conference
OHTA Jun
ICSB2008 (International Conference on Systems Biology) 2008.8
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代謝ネットワークにおけるノードの「機能」とネットワーク内での「位置」の関係に関する研究
太田 潤
第2回日本ゲノム微生物学会年会 2008.3
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Metabolic networks as atom networks and balanced reaction pattern
OHTA Jun
2007.12
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Concept of metabolic networks as atom networks International conference
OHTA Jun
Nishinomiya-Yukawa International & Interdisciplinary Symposium 2007, What is Life? Yukawa Institute for Theoretical Physics, Kyoto University 2007.10
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Visualization of atom network structure of metabolic networks by Pajek
OHTA Jun
2007.10
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A Strategy for Metabolic Pathway Prediction: Generation of Metabolic Networks Using Balanced Reaction Pattern International conference
OHTA Jun
The Seventh International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2007.7
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Connectivity matrix method and atom mapping matrices International conference
OHTA Jun
Second FEBS Advanced Course on Systems Biology: From Molecules To Life 2007.3
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生物ネットワーク情報の行列表現とその代謝ネットワークへの応用
太田 潤
第1回日本ゲノム微生物学会年会 2007.3
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Visualization of Metabolic Networks as Networks of Atoms by Pajek: An Application of Connectivity Matrix Method International conference
OHTA Jun
The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006) 2006.12
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Metabolic Networks: Connectivity Matrix-Based Isotopomer Analysis on Matlab/Octave International conference
OHTA Jun
The 7th International Conference on Systems Biology 2006.10
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Attempt to express topological position of individual metabolites in the whole metabolic network of Escherichia coli. International conference
OHTA Jun
IECA2006, 3rd International E.Coli Alliance Conference on Systems Biology 2006.10
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原子のネットワークとしての代謝ネットワークと社会的ネットワークの類似性について 自分が原子になったと考えてみる
太田 潤
日本ソフトウェア科学会 ネットワークが創発する知能研究会 第2回国内ワークショップ 2006.9
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Connectivity matrix method for analyses of biological networks and its application to atom-level analysis of a model network of carbohydrate metabolism International conference
OHTA Jun
12th BTK meeting, Systems Biology: Redefining Biothermokinetics, International Study Group on Systems Biology 2006.9
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ネットワークを構成するノードの「機能」とネットワーク内での「位置」の関係の研究に向けて
太田 潤
日本バイオインフォマティクス学会 システムバイオロジー研究会サテライトミーティング In 秋田 2006.8.31
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IMAC, Inter- And Intra-Metabolite Atom-Level Connectivity Database International conference
OHTA Jun
World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2006 2006.8
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Connectivity Matrix 法によるネットワーク解析 - 原子レベル代謝ネットワーク解析への応用 -
太田 潤
日本バイオインフォマティクス学会・夏の学校 2006.8
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Application of Connectivity Matrix Method to Atom-level Analysis of Metabolic Networks: Calculation of Paths Connecting Two Metabolites
OHTA Jun
CBI2006, Integration of Chem-Bio-Pharma Informatics for Rational Drug Development and e-ADMET, Chem-Bio Informatics Society 2006.7
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Atom-level and Metabolite-level Analyses of Metabolic Networks using Matlab and Octave International conference
OHTA Jun
20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress 2006.6
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化学構造を含む原子レベル代謝ネットワーク全構造の記述と解析
太田 潤
文部科学省研究費補助金・特定領域研究ゲノム「４領域」第８回ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア 2006.3
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Octave, Matlabを用いる代謝ネットワークの研究
太田 潤
日本バイオインフォマティクス学会 第９回システムバイオロジー研究会 2006.1.18
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Theoretical Analysis of Metabolic Networks: Attempt to Express Topological Position of Individual Atoms in a Given Network International conference
OHTA Jun
The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW2005) 2005.12
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Development of "connectivity matrix" method for theoretical analyses of metabolic networks
OHTA Jun
第78回日本生化学会大会 2005.10
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数値計算ソフトOctave/Matlabを用いる原子レベルでの代謝ネットワークの研究
太田 潤
第一回 プロテイン・インフォマティクスワークショップ in 九州 2005.10
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"Connectivity Matrix" Method: Analysis of Metabolic Networks on GNU Octave/Matlab International conference
OHTA Jun
SYMBIONIC COURSE 2005: Methods, Data Handling and Standards in Neuronal Systems Biology 2005.8
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ネットワーク構造の記述法の開発
太田 潤
日本バイオインフォマティクス学会・夏の学校 2005.8
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Matlab/GNU Octave as a Platform for Analyses of Metabolic Networks
OHTA Jun
CBI学会2005年大会, Chem-Bio Informatics in the Post-Genome Era, Chem-Bio Informatics Society 2005.8
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"Connectivity matrix" method for theoretical analyses of metabolic networks International conference
OHTA Jun
Metabolomics 2005, The First Annual Meeting of the Metabolomics Society 2005.6
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Connectivity matrix for describing all the atom-level connectivities in a given metabolic network and its use for analysis of the network structure International conference
OHTA Jun
First FEBS Advanced Course on Systems Biology: From Molecules & Modeling To Cells 2005.3
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Metabolic Networks: Use of Matrix Expression for Structural Analyses
OHTA Jun
第27回日本分子生物学会年会 2004.12
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Atom-level Analysis of Metabolic Networks Consisting of Multiple Compartments
OHTA Jun
2004.10
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Toward Complete Structural Analyses of Metabolic Networks: Prototype Data Format for Describing Both Inter- and Intra-Metabolite Atom-level Connectivities International conference
OHTA Jun
5th International Conference on Systems Biology 2004.10
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Structural analyses of metabolic networks using GNU Octave
OHTA Jun
CBI学会2004年大会, New Technologies for Drug Design and Discovery in the Post-Genome Era, Chem-Bio Informatics Society 2004.7
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Atom-level Analysis of Metabolic Networks using GNU Octave and IMAC, A Database of Inter-Metabolite Atom-level Connectivity Invited International conference
OHTA Jun
IECA2004, 2nd International E.Coli Alliance Conference on Systems Biology 2004.6
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Intermetabolite atom-level connectivity in metabolic network Pathways from 6 carbon atoms of D-Glucose to CO2 in a model network of carbohydrate metabolism
OHTA Jun
2003.10
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Data Format for Computational Analysis of Intermetabolite Atom-level Connectivity in Metabolic Networks International conference
OHTA Jun
HUPO 2nd Annual & IUBMB XIX World Congress 2003.10
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A Role of Gamma-Glutamylcysteine Synthetase in Propargylglycine Metabolism International conference
OHTA Jun
HUPO 2nd Annual & IUBMB XIX World Congress 2003.10
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代謝ネットワークの構造解析：Intermetabolite atom-level connectivityを表現するformat
太田 潤
CBI2003 情報計算化学生物学会2003年大会 2003.9
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Intermetabolite atom-level connectivity in a model metabolic network of carbohydrate metabolism International conference
OHTA Jun
IECA2003, First IECA Conference on Systems Biology of E. Coli 2003.6
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ラット初代培養肝細胞によるシステイン代謝調節に関する研究
太田 潤, Young Hye Kwon, Martha, H. Stipanuk
第44回日本生化学会中国・四国支部例会 2003.5
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プロパルギルグリシン投与ラット肝臓ミトコンドリア内のγ―グルタミルプロパルギルグリシルグリシン
太田 潤
第75回日本生化学会大会 2002.10
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赤血球による過酸化水素の分解について ８．ヘモグロビンによる分解
益岡典芳, 太田潤, 汪達紘, 竹居孝二, 中野琢, 児玉裕敬
第74回日本生化学会大会 2001.10
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酵母におけるプロパルギルグリシンのγ－グルタミルプロパルギルグリシンへの代謝
太田 潤
第74回日本生化学会大会 2001.10
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Amanita pseudoporphyriaおよびAmanita abruptaに含まれる非タンパク性アミノ酸、プロパルギルグリシンの哺乳動物におけるグルタチオン類似体への代謝
太田 潤
平成13年度日本菌学会関東支部年次大会（日本大学薬学部） 2001.4.21