記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1038/s41598-021-03112-2

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.xgen.2021.100028

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Korean Society of Medical Informatics  

DOI： 10.4258/hir.2021.27.3.231

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その他リンク： https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/WOS:000684600200008

担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）  

感染症の世界的な大流行（パンデミック）が発生すると，マスク，消毒液，個人保護具などの医療資材の需要が平時の生産能力を超えるため，必要量を確保することが一時的に困難になる。このような事態に備えるためには備蓄が必要となる。しかし，パンデミックは発生頻度が低く，いつ発生するか予測できないため，パンデミックの際に備蓄した医療資材が古くなっている可能性がある。本稿では，備蓄した医療資材が消費期限を過ぎることを防ぐ工夫として「循環備蓄（ローリングストック）」を提案し，循環備蓄のモデル化とそれに基づいたシミュレーションを示す。これを，循環備蓄用の倉庫の設計，感染症の流行開始における医療資材の減少のモニタリング，医療資材の生産能力が増強された後の備蓄量の回復過程のモニタリングに適用する例を示す。

DOI： 10.18926/interdisciplinary/61886

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）  

DOI： 10.18926/interdisciplinary/61889

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/s13326-020-00227-9

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Hindawi  

DOI： 10.1155/2020/9349132

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

The survival rate of cardiac arrest patients is less than 10%; therefore, development of a therapeutic strategy that improves their prognosis is necessary. Herein, we searched data collected from medical facilities throughout Japan for drugs that improve the survival rate of cardiac arrest patients. Candidate drugs, which could improve the prognosis of cardiac arrest patients, were extracted using "TargetMine," a drug discovery tool. We investigated whether the candidate drugs were among the drugs administered within 1 month after cardiac arrest in data of cardiac arrest cases obtained from the Japan Medical Data Center. Logistic regression analysis was performed, with the explanatory variables being the presence or absence of the administration of those candidate drugs that were administered to ≥10 patients and the objective variable being the "survival discharge." Adjusted odds ratios for survival discharge were calculated using propensity scores for drugs that significantly improved the proportion of survival discharge; the influence of covariates, such as patient background, medical history, and treatment factors, was excluded by the inverse probability-of-treatment weighted method. Using the search strategy, we extracted 165 drugs with vasodilator activity as candidate drugs. Drugs not approved in Japan, oral medicines, and external medicines were excluded. Then, we investigated whether the candidate drugs were administered to the 2,227 cardiac arrest patients included in this study. The results of the logistic regression analysis showed that three (isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine) of seven drugs that were administered to ≥10 patients showed significant association with improvement in the proportion of survival discharge. Further analyses using propensity scores revealed that the adjusted odds ratios for survival discharge for patients administered isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine were 3.35, 5.44, and 4.58, respectively. Thus, it can be suggested that isosorbide dinitrate, nitroglycerin, and nicardipine could be novel therapeutic agents for improving the prognosis of cardiac arrest patients.

DOI： 10.3389/fphar.2019.01257

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1101/19004770

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.jccase.2019.03.008

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.2196/12783

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.24105/ejbi.2018.14.1.9

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：JAPAN SOC INTERNAL MEDICINE  

Objective This study attempted to clarify the current status of female dystrophinopathy carriers, including the numbers of patients, the status of genetic screening, the status of counseling. physicians' understanding. and barriers to registration.Methods We sent out questionnaires to 402 physicians registered in the Remudy dystrophinopathy registry. The total number of responses received was 130 (response rate: 32%).Result In total, 1,212 cases of Duchenne muscular dystrophy, 365 cases of Becker muscular dystrophy, and 132 cases of female dystrophinopathy with a confirmed genetic mutation were encountered, and genetic testing was performed in the mother in 137, 23, and 12 cases, respectively. With respect to the risk of the onset of health problems, 25% of physicians always explained, 29% usually explained, 29% sometimes explained, and 13% never explained the risk to the mothers and female siblings of dystrophinopathy patients. The most common reason for not explaining the risk was a lack of knowledge/information. Thirty-five percent were familiar with the guidelines for testing the heart function of carriers.Conclusion Fewer mothers of dystrophinopathy patients have undergone genetic testing in Japan than in other countries. A significant portion of doctors did not explain the risks of health problems due to a lack of knowledge. We hope this survey will lead to an increased discussion of female dystrophinopathy patients.

添付ファイル： advpub_0163-17.pdf

DOI： 10.2169/internalmedicine.0163-17

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MARY ANN LIEBERT, INC  

添付ファイル： 17BIO484%組織検体の処理までの時間とRNAの安定性に関する研究（岡大バイオバンク）.pdf

DOI： 10.1089/bio.2017.0076

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

添付ファイル： W16-4203.pdf

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出版者・発行元：National Institute of Informatics (NII)  

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その他リンク： http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ntcir/ntcir2016.html#conf/ntcir/AramakiMKO16

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：WILEY  

Human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) is a member of the HER family of proteins containing four receptor tyrosine kinases. It plays an important role in the pathogenesis of certain human cancers. In non-small-cell lung cancer (NSCLC), HER2 amplification or mutations have been reported. However, little is known about the benefit of HER2-targeted therapy for NSCLCs harboring HER2 alterations. In this study, we investigated the antitumor effect of afatinib, an irreversible epidermal growth factor receptor (EGFR)-HER2 dual inhibitor, in lung cancers harboring HER2 oncogene alterations, including novel HER2 mutations in the transmembrane domain, which we recently identified. Normal bronchial epithelial cells, BEAS-2B, ectopically overexpressing wild-type HER2 or mutants (A775insYVMA, G776VC, G776LC, P780insGSP, V659E, and G660D) showed constitutive autophosphorylation of HER2 and activation of downstream signaling. They were sensitive to afatinib, but insensitive to gefitinib. Furthermore, we examined the antitumor activity of afatinib and gefitinib in several NSCLC cell lines, and investigated the association between their genetic alterations and sensitivity to afatinib treatment. In HER2-altered NSCLC cells (H2170, Calu-3, and H1781), afatinib downregulated the phosphorylation of HER2 and EGFR as well as their downstream signaling, and induced an antiproliferative effect through G(1) arrest and apoptotic cell death. In contrast, HER2- or EGFR-non-dependent NSCLC cells were insensitive to afatinib. In addition, these effects were confirmed in vivo by using a xenograft mouse model of HER2-altered lung cancer cells. Our results suggest that afatinib is a therapeutic option as a HER2-targeted therapy for NSCLC harboring HER2 amplification or mutations.

DOI： 10.1111/cas.12845

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.11188/seisankenkyu.67.281

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：BMC  

Background: Linked Data has gained some attention recently in the life sciences as an effective way to provide and share data. As a part of the Semantic Web, data are linked so that a person or machine can explore the web of data. Resource Description Framework (RDF) is the standard means of implementing Linked Data. In the process of generating RDF data, not only are data simply linked to one another, the links themselves are characterized by ontologies, thereby allowing the types of links to be distinguished. Although there is a high labor cost to define an ontology for data providers, the merit lies in the higher level of interoperability with data analysis and visualization software. This increase in interoperability facilitates the multi-faceted retrieval of data, and the appropriate data can be quickly extracted and visualized. Such retrieval is usually performed using the SPARQL (SPARQL Protocol and RDF Query Language) query language, which is used to query RDF data stores. For the database provider, such interoperability will surely lead to an increase in the number of users.Results: This manuscript describes the experiences and discussions shared among participants of the week-long BioHackathon 2011 who went through the development of RDF representations of their own data and developed specific RDF and SPARQL use cases. Advice regarding considerations to take when developing RDF representations of their data are provided for bioinformaticians considering making data available and interoperable.Conclusions: Participants of the BioHackathon 2011 were able to produce RDF representations of their data and gain a better understanding of the requirements for producing such data in a period of just five days. We summarize the work accomplished with the hope that it will be useful for researchers involved in developing laboratory databases or data analysis, and those who are considering such technologies as RDF and Linked Data.

DOI： 10.1186/2041-1480-6-3

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人 日本医療情報学会  

DOI： 10.14948/jami.34.197

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記述言語：日本語   出版者・発行元：科学技術振興機構  

遺伝情報をはじめとした私たちの医療・健康情報は，利活用することで個人および公共の双方にとって利益をもたらすものであると同時に，機微性の高い情報でありその扱いには慎重さが求められる。そのため，それらは医療機関や研究機関において厳重に管理されている。しかし近年，医療・健康情報を取り巻く状況には大きな変化が起こっており，新しい考え方が必要である。これはまた，患者や一般市民が自分自身の個人情報をコントロールできる範囲を広げ，同時に，患者や一般市民による医学研究への関与を深める可能性を秘めている。こうした状況の変化を踏まえつつ，ダイナミックコンセントと呼ばれる比較的新しいインフォームドコンセントの方法を中心に，患者・一般市民による医療・健康情報の管理について概観する。

DOI： 10.1241/johokanri.57.3

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1186/2041-1480-5-5

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：AAAI Press  

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その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/conf/aaaiss/2014

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

添付ファイル： Twitflu-LBM.pdf

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：社団法人人工知能学会  

CiNii Article

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

Motivation: In early stage drug development, it is desirable to assess the toxicity of compounds as quickly as possible. Biomarker genes can help predict whether a candidate drug will adversely affect a given individual, but they are often difficult to discover. In addition, the mechanism of toxicity of many drugs and common compounds is not yet well understood. The Japanese Toxicogenomics Project provides a large database of systematically collected microarray samples from rats (liver, kidney and primary hepatocytes) and human cells (primary hepatocytes) after exposure to 170 different compounds in different dosages and at different time intervals. However, until now, no intuitive user interface has been publically available, making it time consuming and difficult for individual researchers to explore the data.
Results: We present Toxygates, a user-friendly integrated analysis platform for this database. Toxygates combines a large microarray dataset with the ability to fetch semantic linked data, such as pathways, compound-protein interactions and orthologs, on demand. It can also perform pattern-based compound ranking with respect to the expression values of a set of relevant candidate genes. By using Toxygates, users can freely interrogate the transcriptome's response to particular compounds and conditions, which enables deep exploration of toxicity mechanisms.

DOI： 10.1093/bioinformatics/btt531

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会  

インターネットと情報処理技術によって人間社会におけるロングテールである社会的マイノリティの支援のあり方が変わりつつある.本稿では,社会的マイノリティのひとつとして難病を取り上げ,本邦における難病患者が,現在どのような問題を抱えているかを概観する.同時に,難病患者を取りまず状況を改善するために,現在,どのような情報処理の取り組みがなされ,また,今後,どのような支援が望まれているかを解説する.

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

Rare diseases, those affecting few patients, are in fact neglected diseases that demand special concern and care. We are constructing an online system to collect health-related data and complaints from rare-disease patients to share that information with stakeholders, thereby facilitating the development of new or improved drugs, treatments, and policies and enhancing the quality of life (QOL) for patients with such diseases. The system will also track and monitor the physical states and conditions of patients, which will facilitate the management of their QOL and improve communication with health professionals. Copyright © 2013 Association for the Advancement of Artificial Intelligence.

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出版者・発行元：National Institute of Informatics (NII)  

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その他リンク： http://dblp.uni-trier.de/db/conf/ntcir/ntcir2013.html#conf/ntcir/MoritaKOMA13

記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

近年，ウェブの情報を用いて，感染症などの疾病状態を監視するシステムに注目が集まっている．本研究では，ソーシャルメディアを用いたインフルエンザ・サーベイランスに注目する． これまでの多くのシステムは，単純な単語の頻度情報をもとに患者の状態を調査するというものであった．しかし，この方法では，実際に疾患にかかっていない場合の発言を収集してしまう恐れがある．また，そもそも，医療者でない個人の自発的な発言の集計が，必ずしもインフルエンザの流行と一致するとは限らない．本研究では，前者の問題に対応するため， 発言者が実際にインフルエンザにかかっているもののみを抽出し集計を行う．後者の問題に対して，発言と流行の時間的なずれを吸収するための感染症モデルを提案する．実験においては，Twitter の発言を材料にしたインフルエンザ流行の推定値は，感染症情報センターの患者数と相関係数 0.910 という高い相関を示し，その有効性を示した．本研究により，ソーシャルメディア上の情報をそのまま用いるのではなく，文章分類や疾患モデルと組み合わせて用いることで，さらに精度を向上できることが示された．

DOI： 10.5715/jnlp.19.419

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.7243/2050-2273-1-1

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Background: In the big data era, biomedical research continues to generate a large amount of data, and the generated information is often stored in a database and made publicly available. Although combining data from multiple databases should accelerate further studies, the current number of life sciences databases is too large to grasp features and contents of each database. Findings. We have developed Sagace, a web-based search engine that enables users to retrieve information from a range of biological databases (such as gene expression profiles and proteomics data) and biological resource banks (such as mouse models of disease and cell lines). With Sagace, users can search more than 300 databases in Japan. Sagace offers features tailored to biomedical research, including manually tuned ranking, a faceted navigation to refine search results, and rich snippets constructed with retrieved metadata for each database entry. Conclusions: Sagace will be valuable for experts who are involved in biomedical research and drug development in both academia and industry. Sagace is freely available at. © 2012 Morita et al.
licensee BioMed Central Ltd.

DOI： 10.1186/1756-0500-5-604

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

Although web-based information extraction systems draw much attention, most of such systems assume that the web directly reflects the real world. For instance, Google flu trend, which is one of the-state-of-the-art influenza surveillance systems, relies on the basic idea that the amount of the influenza related search queries directly correlates with the number of the influenza patients. However, the real patients suffering from influenza symptoms are invisible in the web, because they do not use Internet. Considering this gap, this paper employs an infectious model, assuming that a potential patient utilizes Internet at the first sign of flu. The proposed model improves two types of the state-of-the-art systems, Google based system (from 0.837 correlation to 0.928) and Twitter based system (from 0.898 correlation to 0.918). This study demonstrated that a simple model could easily improve the web-based surveillance. Copyright © 2012, Association for the Advancement of Artificial Intelligence. All rights reserved.

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Background: Protein-lipid interactions play essential roles in the conformational stability and biological functions of membrane proteins. However, few of the previous computational studies have taken into account the atomic details of protein-lipid interactions explicitly.Results: To gain an insight into the molecular mechanisms of the recognition of lipid molecules by membrane proteins, we investigated amino acid propensities in membrane proteins for interacting with the head and tail groups of lipid molecules. We observed a common pattern of lipid tail-amino acid interactions in two different data sources, crystal structures and molecular dynamics simulations. These interactions are largely explained by general lipophilicity, whereas the preferences for lipid head groups vary among individual proteins. We also found that membrane and water-soluble proteins utilize essentially an identical set of amino acids for interacting with lipid head and tail groups.Conclusions: We showed that the lipophilicity of amino acid residues determines the amino acid preferences for lipid tail groups in both membrane and water-soluble proteins, suggesting that tightly-bound lipid molecules and lipids in the annular shell interact with membrane proteins in a similar manner. In contrast, interactions between lipid head groups and amino acids showed a more variable pattern, apparently constrained by each protein's specific molecular function. © 2011 Morita et al
licensee BioMed Central Ltd.

DOI： 10.1186/2046-1682-4-21

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Background: Elucidating molecular recognition by proteins, such as in enzyme-substrate and receptor-ligand interactions, is a key to understanding biological phenomena. To delineate these protein interactions, it is important to perform structural bioinformatics studies relevant to molecular recognition. Such studies require a dataset of protein structure pairs between ligand-bound and unbound states. In many studies, the same well-designed and high-quality dataset has been used repeatedly, which has spurred the development of subsequent relevant research. Using previously constructed datasets, researchers are able to fairly compare obtained results with those of other studies
in addition, much effort and time is saved. Therefore, it is important to construct a refined dataset that will appeal to many researchers. However, constructing such datasets is not a trivial task. Findings. We have developed the BUDDY-system, a web site designed to support the building of a dataset comprising pairs of protein structures between ligand-bound and unbound states, which are widely used in various areas associated with molecular recognition. In addition to constructing a dataset, the BUDDY-system also allows the user to search for ligand-bound protein structures by its unbound state or by its ligand
and to search for ligands by a particular receptor protein. Conclusions: The BUDDY-system receives input from the user as a single entry or a dataset consisting of a list of ligand-bound state protein structures, unbound state protein structures, or ligands and returns to the user a list of protein structure pairs between the ligand-bound and the corresponding unbound states. This web site is designed for researchers who are involved not only in structural bioinformatics but also in experimental studies. The BUDDY-system is freely available on the web. © 2011 Morita et al
licensee BioMed Central Ltd.

DOI： 10.1186/1756-0500-4-143

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Carbohydrate-binding proteins are proteins that can interact with sugar chains but do not modify them. They are involved in many physiological functions, and we have developed a method for predicting them from their amino acid sequences. Our method is based on support vector machines (SVMs). We first clarified the definition of carbohydrate-binding proteins and then constructed positive and negative datasets with which the SVMs were trained. By applying the leave-one-out test to these datasets, our method delivered 0.92 of the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. We also examined two amino acid grouping methods that enable effective learning of sequence patterns and evaluated the performance of these methods. When we applied our method in combination with the homology-based prediction method to the annotated human genome database, H-invDB, we found that the true positive rate of prediction was improved. © 2010 Seizi Someya et al.

DOI： 10.1155/2010/289301

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Publishing Group  

Allelic mutations of the lysosomal beta-galactosidase gene cause heterogeneous clinical phenotypes, such as GM1 gangliosidosis and Morquio B disease, the former being further classified into three variants, namely infantile, juvenile and adult forms; and heterogeneous biochemical phenotypes were shown in these forms. We tried to elucidate the bases of these diseases from a structural viewpoint. We first constructed a three-dimensional structural model of human beta-galactosidase by means of homology modeling. The human beta-galactosidase consists of three domains, such as, a TIM barrel fold domain, which functions as a catalytic domain, and two galactose-binding domain-like fold domains. We then constructed structural models of representative mutant beta-galactosidase proteins (G123R, R201C, I51T and Y83H) and predicted the structural change associated with each phenotype by calculating the number of affected atoms, determining the root-mean-square deviation and the solvent-accessible surface area, and by color imaging. The results show that there is a good correlation between the structural changes caused by amino-acid substitutions in the beta-galactosidase molecule, as well as biochemical and clinical phenotypes in these representative cases. Protein structural study is useful for elucidating the bases of these diseases. Journal Human Genetics (2009) 54, 510-515; doi:10.1038/jhg.2009.70; published online 31 July 2009

DOI： 10.1038/jhg.2009.70

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：6  

During the immobilization process of proteins onto an Au-surface of a 27 MHz quartz crystal microbalance (QCM) in aqueous solutions, apparent large frequency changes (ΔFwater) were observed compared with those in the air phase (ΔFair) due to the interaction with surrounding water of proteins. On the basis of an energy-transfer model for the QCM, the apparent added mass in the aqueous solution [(-ΔF water)/(-ΔFair) - 1] could be explained by frictional forces at the interface of proteins with aqueous solutions. When [(-ΔFwater)/(-ΔFair) -1] values for various proteins were plotted against values relating to the friction (antimobility), such as values of the molecular weight divided by the sedimentation coefficient (Mw/s), the inverse of the diffusion coefficient (1/D), and the volume divided by the surface area (volume/surface area) apparent radius) of proteins, there were good linear correlations. Thus, observations of the larger ΔF water than ΔFair for protein immobilizations on the QCM can be simply explained by the friction effect at the interface between proteins and the aqueous solution. Thus, QCM would be a mass sensor based on mechanical oscillation motion even in aqueous solutions.

DOI： 10.1021/ac802412t

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley-Liss  

This article describes a new method for predicting ligand-binding sites of proteins. The method involves calculating the van der Waals interaction energy between a protein and probes placed on the protein surface, and then clustering the probes with attractive interaction to find the energetically most favorable locus. In 80% (28/35) of the test cases, the ligand-binding site was successfully predicted on a ligand-bound protein structure, and in 77% (27/35) was successfully predicted on an unbound structure. Our method was used to successfully predict ligand-binding sites unaffected by induced-fit as long as its scales were not very large, and it contributed to a significant improvement in prediction with unbound state protein structures. This represents a significant advance over conventional methods in detecting ligand-binding sites on uncharacterized proteins. Moreover, our method can predict ligand-binding sites with a narrower locus than those achieved using conventional methods.

DOI： 10.1002/prot.22067

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society  

By using a 27-MHz piezoelectric quartz oscillator connected with a vector network analyzer, we obtained resonance frequency decreases (-Delta F-water) and energy dissipation increases (Delta D-water) during binding of biotinylated bovine serum albumin, biotinylated ssDNA, biotinylated dsDNA, and biotinylated pullulan to a NeutrAvidin-immobilized 27-MHz quartz crystal microbalance (QCM) plate in aqueous solution, as well as in the wet air phase (98% humidity, -Delta F-wet and Delta D-wet) and in the dry air phase (-Delta F-air and Delta D-air). -Delta F-water indicates the total mass of the molecule, bound water, and vibrated water in aqueous solutions. -Delta F-wet indicates the total mass of the molecule and bound water. -Delta F-air simply shows the real mass of the molecule on the QCM. In terms of results, (-Delta F-wet)/(-Delta F-air) values indicated the bound water ratios per unit biomolecular mass were on the order of pullulan (2.1-2.2) > DNAs = proteins (1.4-1.6) > polystyrene (1.0). The (-Delta F-water)/(-Delta F-air) values indicated the hydrodynamic water (bound and vibrated water) ratios per unit biomolecular mass were on the order of dsDNA (6.5) > ssDNA = pullulan (3.5-4.4) > proteins (2.4-2.5) > polystyrene (1.0). Energy dissipation parameters per unit mass in water (Delta D-water/(-Delta F-air)) were on the order of pullulan > dsDNA > ssDNA > proteins > polystyrene. Energy dissipation in the wet and dry air phases (Delta D-wet and Delta D-air) were negligibly small, which indicates even these biomolecules act as elastic membranes in the air phase (without aqueous solution). We obtained a good linear relationship between [(-Delta F-water)/(-Delta F-air) - 1], which is indicative of hydration and Delta D-water/(-Delta F-air) of proteins. The aforementioned values suggest that the energy dissipation of proteins was mainly caused by hydration and that proteins themselves are elastic molecules without energy dissipation in aqueous solutions. On the contrary, plots in cases of denatured proteins, DNAs, and pullulans were relatively deviant toward the large hydration and energy dissipation from the theoretical line as perfect elastic materials, meaning that the large energy dissipation occurs because of viscoelastic properties of denatured proteins, linear DNAs, and pullulans in the water phase, in addition to energy dissipation due to the hydration of molecules. These two parameters could characterize various biomolecules with structural properties in aqueous solutions.

DOI： 10.1021/ac060873x

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）   出版者・発行元：羊土社  

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）   出版者・発行元：北隆館  

疾患の原因究明や医薬品・医療機器の研究開発などにおいて，ヒト由来の生体試料は重要な役割を果たす。しかし，生体試料の取得には同意説明などの手間や採血・組織採取などの医療行為を伴うため，誰もが自由に入手できるわけではない。そこで，民間企業も含めた幅広い研究者がヒト生体試料を入手しやすいようにするためのインフラがバイオバンクである。本稿では，バイオバンクを通じた生体試料の入手を促進するための取り組みを，日本医療研究開発機構（AMED）の４つの研究班を中心に紹介する。

添付ファイル： PM_2021_02_055_森田瑞樹先生_amed_2.pdf

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記述言語：日本語   掲載種別：会議報告等  

DOI： 10.1248/yakushi.19-00217-2

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）  

DOI： 10.11477/mf.1543207770

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）  

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）  

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掲載種別：記事・総説・解説・論説等（国際会議プロシーディングズ）  

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：岡山医学会  

DOI： 10.4044/joma.128.237

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）   出版者・発行元：日本難病医療ネットワーク学会  

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記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会  

必ずしも実データが必要でない場合に使う疑似データの生成方法を検討し,一部の実装を行った。実装は確率変数付き差分方程式を与えるインタフェースと,時系列生成部分を含む4種類からなり.Perl,C++,フリーのライブラリを使った。今後は,生成したデータに種々の加工を施すためのフィルタ群を制作する。

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担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   出版者・発行元：(一社)日本医療情報学会  

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担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）  

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記述言語：日本語   出版者・発行元：日本難病医療ネットワーク学会  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）   出版者・発行元：日本生物物理学会  

DOI： 10.2142/biophys.49.151

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開催年月日： 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年7月28日 - 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年7月28日 - 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年7月28日 - 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年7月28日 - 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年7月28日 - 2023年7月29日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：千葉  

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開催年月日： 2023年3月10日 - 2023年3月11日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Tokyo  

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開催年月日： 2023年2月9日 - 2023年2月10日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：石川県  

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開催年月日： 2022年11月30日 - 2022年12月3日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：横浜（神奈川）  

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開催年月日： 2022年11月11日 - 2022年11月12日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：京都  

岡山大学病院では手術件数が増加する中でも重篤な患者の手術をより安全・安心に行うために，多職種連携のチームによって術前評価・ 術中管理・術後疼痛管理などを行う周術期管理センター（通称PERIO）を2008年に開設した。PERIOによって患者の早期回復や在院日数の短縮などが期待されるが，これまでPERIO導入の評価は十分にできていなかった。そこで本研究では，PERIO導入の効果を定量的に明らかにすることを目的とし，DPCおよびPERIO台帳のデータを利用した後ろ向き観察研究を行なった。2011年から2017年までに脳神経外科（2014年にPERIOを開始）で手術を受けた患者を対象とし，PERIO導入前後の比較を単変量解析および差分の差分法（DID）によって行なった。評価項目は平均在院日数（全体，術前，術後），手術直前中止率，術後合併症発生率（肺炎，肺塞栓症，虚血性心疾患）とした。すべての項目でいずれの方法でも減少傾向が見られた。平均在院日数（全体）と平均在院日数（術前）はいずれの方法でも統計的な有意差が見られ（平均在院日数（全体）は単変量解析で2日減少，DIDで2.5日減少，いずれもP＜0.05），術後合併症発生率はいずれの方法でも有意差が見られなかった。

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開催年月日： 2022年9月16日 - 2022年9月17日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：千葉，オンライン  

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開催年月日： 2022年8月26日

記述言語：日本語  

開催地：東京  

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開催年月日： 2022年7月8日 - 2022年7月9日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：岡山  

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開催年月日： 2022年7月8日 - 2022年7月9日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：岡山  

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開催年月日： 2022年7月8日 - 2022年7月9日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：岡山  

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開催年月日： 2022年7月8日 - 2022年7月9日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：岡山  

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開催年月日： 2022年7月7日 - 2022年7月8日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：大阪  

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開催年月日： 2022年2月3日 - 2022年2月4日

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：Online  

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開催年月日： 2021年11月8日 - 2021年11月10日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年9月11日

記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年5月29日 - 2021年5月30日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年5月10日 - 2021年5月14日

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年5月10日 - 2021年5月14日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年3月6日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2021年2月11日 - 2021年2月25日

記述言語：日本語  

開催地：群馬県，オンライン  

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開催年月日： 2020年10月22日 - 2020年10月23日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Online  

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開催年月日： 2020年10月22日 - 2020年10月23日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Online  

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開催年月日： 2020年10月22日 - 2020年10月23日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Online  

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開催年月日： 2020年9月29日 - 2020年9月30日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：オンライン  

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開催年月日： 2020年5月25日 - 2020年5月27日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：岡山県  

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開催年月日： 2020年1月18日 - 2020年1月19日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：東京  

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開催年月日： 2019年10月

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2019年7月5日 - 2019年7月7日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：福岡  

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開催年月日： 2019年5月7日 - 2019年5月10日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：上海  

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開催年月日： 2019年3月20日 - 2019年3月23日

記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

開催地：幕張メッセ，ホテルニューオータニ幕張  

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開催年月日： 2019年3月

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2019年1月25日 - 2019年1月26日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：東京  

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開催年月日： 2018年11月20日 - 2018年11月25日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：福岡  

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開催年月日： 2018年9月19日 - 2018年9月21日

記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

開催地：鶴岡市（山形県）  

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開催年月日： 2018年8月30日 - 2018年9月1日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：福岡市（福岡県）  

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開催年月日： 2018年7月

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2017年11月20日 - 2017年11月23日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：大阪  

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開催年月日： 2017年9月13日 - 2017年9月15日

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Stockholm  

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開催年月日： 2017年7月20日

記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

開催地：岡山  

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開催年月日： 2016年11月

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2016年7月23日 - 2016年7月24日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：北海道  

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開催年月日： 2016年7月23日 - 2016年7月24日

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：北海道  

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開催年月日： 2016年7月

記述言語：英語  

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開催年月日： 2016年4月14日 - 2016年4月16日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：大阪  

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開催年月日： 2016年1月27日 - 2016年1月29日

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：長崎  

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開催年月日： 2016年

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2016年

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2015年

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2014年11月6日

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2012年11月

記述言語：日本語  

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開催年月日： 2012年

記述言語：英語  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：岡山  

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記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

開催地：岡山大学（岡山）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：沖縄コンベンションセンター（沖縄）  

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記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

開催地：慶應義塾大学  

医学・生物学の70%以上の論文は結果が再現できないと言われている。原因の１つに臨床検体の品質がある。つまり，臨床検体の採取・処理・保管・輸送などの各工程をどのように管理するかが重要である。臨床検査においては以前より品質管理の取り組みが進められてきたが，近年は遺伝子関連検査における品質管理も注目を集めている。本講演では，臨床検体を大規模に扱うバイオバンクにおける品質管理について紹介する。

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記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：豊中市（大阪府）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：仙台国際センター（宮城県）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：岡山  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：文京区（東京都）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：神戸  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：西南学院大学（福岡）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：かごしま県民交流センター（鹿児島）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：神戸コンベンションセンター（兵庫県）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：サンフランシスコ（アメリカ）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：神戸（日本）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：神戸（日本）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：バレンシア（スペイン）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：サンフランシスコ（アメリカ）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：鹿児島（日本）  

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記述言語：日本語  

近年大量のデータが集まりつつある.これにともない,テキストを匿名化したいという需要も高まっている.従来の匿名化は個人名,施設名などの固有表現を削除するものが多い.しかし,固有表現以外の部分から個人を特定できてしまうという可能性があり,十分な匿名化でない場合がある.そこで,本研究では,どのような文字列で検索しても,ヒットする件数は k 件以上となるように,テキストの一部を削除し,テキストを一意に特定できないようにするという新しい匿名化手法を提案する.実験の結果,カルテ文章の 84% の文字,論文の文章の 37% の単語を保存しつつ, k 匿名化 (k=2) を達成できた.また,この保存率を小規模なデータから推定する方法もあわせて提案する.

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記述言語：英語  

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記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：サンフランシスコ（アメリカ）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：日本語  

近年のTwitterの普及とともに,そこから有益な情報を抽出する研究の需要が高まっている.本研究ではインフルエンザ流行予測の問題に焦点をあてる.まず,Twitterからインフルエンザに関連した発言を抽出する.次に,SVMを用いた分類器で,その発言者が実際にインフルエンザにかかっているかどうかを判定する.実験では,厚労省報告の症例数と比較し相関係数0.89の精度で流行予測することができ,提案手法の有効性を示した.特に,流行の開始時期においては,相関係数は0.97と高く,最先端の手法であるGoogle Fluトレンドと同等の精度が得られた.本研究によって,Twitter上のテキストが現実の疾病状態を反映していること,また,言語処理技術によって,その情報が抽出可能であることを示した.

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：豊橋技術科学大学（愛知県）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：ケンブリッジ（イギリス）  

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記述言語：英語  

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記述言語：英語  

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記述言語：英語  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県）  

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記述言語：日本語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

開催地：産総研臨海副都心センター（東京都）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：トロント（カナダ）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：東京（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：横浜（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：沖縄（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：沖縄（日本）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：神奈川大学横浜キャンパス（横浜県）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：関西学院大学西宮上ケ原キャンパス（兵庫県）  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：熊本大学工学部（熊本県）  

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対象： 社会人・一般

種別：講演会

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対象： 研究者,　社会人・一般,　学術団体,　企業,　行政機関

種別：セミナー・ワークショップ

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対象： 高校生,　大学生,　大学院生,　社会人・一般

種別：サイエンスカフェ

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