所属学科・講座など 【 表示 / 非表示

理学部化学科・分子化学大講座

職名 【 表示 / 非表示

准教授

専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

生物物理・化学物理

研究分野・キーワード 【 表示 / 非表示

物理化学,生物物理,ソフトマター物理

 

写真

氏名

墨 智成 (スミ トモナリ)

SUMI Tomonari

所属専攻講座

異分野基礎科学研究所

職名

准教授

性別

男性

研究室住所

(日)岡山市北区津島中3-1-1 理学部 化学科 理論物理化学研究室

(英)Department of Chemistry, Faculty of Science, Okayama University, 3-1-1 Tsushima-Naka, Kita-ku, Okayama 700-8530, Japan

研究分野・キーワード

(日)物理化学,生物物理,ソフトマター物理

(英)Chemical Physics, Biophysics, Soft matter physics

出身学校 【 表示 / 非表示

  • 学校名:山口大学

    学校の種類:大学

    学部名:理学部

    学科名:物理学科

    卒業年月:1990年03月

    卒業区分:卒業

    所在国:日本国

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 大学院名:九州大学

    研究科名:工学研究科

    専攻名:応用物理学専攻

    修了課程:博士課程

    修了年月:1999年03月

    修了区分:修了

    所在国:日本国

  • 大学院名:九州大学

    研究科名:工学研究科

    専攻名:応用物理学専攻

    修了課程:修士課程

    修了年月:1996年03月

    修了区分:修了

    所在国:日本国

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 学位名:博士(工学) (Doctor (Engineering))

    学位の分野名:応用物理学一般 (General applied physics)

    学位授与機関名:九州大学 (Kyushu University)

    取得方法:課程

    取得年月:1999年03月

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 職務遂行組織:異分野基礎科学研究所

    経歴名:准教授 (Associate Professor)

    職務期間:2016年04月 ~ 継続中

  • 職務遂行組織:自然科学研究科 、分子科学専攻

    経歴名:准教授 (Associate Professor)

    職務期間:2013年04月 ~ 2016年03月

学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 所属(勤務)先:豊橋技術科学大学 (Toyohashi University of Technology)

    経歴名:助教 (Assistant Professor)

    経歴期間:2002年04月 ~ 2013年03月

  • 所属(勤務)先:Max-Planck Institute of Colloids and Interfaces, Depart. of Theory and Bio-Systems

    経歴名:研究員

    経歴期間:2011年08月 ~ 2012年02月

  • 所属(勤務)先:自然科学研究機構分子科学研究所 (National Institute of Natural Science, Institute for Molecular Science)

    経歴名:日本学術振興会特別研究員 (Postdoctoral Fellowships of Japan Society for the Promotion of Science)

    経歴期間:1999年04月 ~ 2002年03月

所属学会・委員会 【 表示 / 非表示

  • 日本化学会 (The Chemical Society of Japan)  /  日本国 ( 1994年06月 ~ 継続中 )

  • 日本物理学会 (The Physical Society of Japan)  /  日本国 ( 1998年04月 ~ 継続中 )

  • 分子シミュレーション研究会 /  日本国 ( 2013年06月 ~ 継続中 )

  • 生物物理学会 (Biophysical Society of Japan)  /  日本国 ( 2012年05月 ~ 継続中 )

  • 分子科学会 (Japan Society for Molecular Science)  /  日本国 ( 2007年06月 ~ 継続中 )

専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

  • 生物物理・化学物理 (Living organism physics/chemical physics)

  • 物理化学 (Physical chemistry)

  • 生物物理学 (Biophysics)

専門分野(researchmap分類) 【 表示 / 非表示

  • 統計力学、熱力学

  • 流体論、気体の物理的性質

  • 溶液論

  • 物理化学一般

取得資格 【 表示 / 非表示

  • 衛生管理者(第1種)

 

担当授業科目 【 表示 / 非表示

  • 年度:2019年度

    授業科目:一般化学2

    担当期間:2019年12月 ~ 2020年02月

    授業形式:

  • 年度:2019年度

    授業科目:量子化学IV

    担当期間:2019年10月 ~ 2019年12月

    授業形式:

  • 年度:2019年度

    授業科目:化学数学I

    担当期間:2019年04月 ~ 2020年03月

    授業形式:

  • 年度:2019年度

    授業科目:一般化学

    担当期間:2019年04月 ~ 2020年03月

    授業形式:

  • 年度:2019年度

    授業科目:理論物理化学演習

    担当期間:2019年04月 ~ 2020年03月

    授業形式:

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教育対象学生数 【 表示 / 非表示

  • 年度:2016年度

    卒業論文指導学生: 3人

    修士論文指導学生: 1人

    博士論文指導学生: 1人

    研究生等指導学生: 1人

  • 年度:2015年度

    卒業論文指導学生: 3人

    修士論文指導学生: 1人

    博士論文指導学生: 0人

 

論文(総説以外) 【 表示 / 非表示

  • 論文題目名:Is F1‐ATPase a Rotary Motor with Nearly 100% Efficiency? Quantitative Analysis of Chemomechanical Coupling and Mechanical Slip

    記述言語:英語

    掲載種別:学術雑誌

    掲載誌名:Nano Letters19巻 (頁 3370 ~ 3379)

    発行年月:2019年04月

    著者氏名(共著者含):Tomonari Sumi and Stefan Klumpp

    共著区分:共著

    DOI:10.1021/acs.nanolett.9b01181

  • 論文題目名:Theoretical analysis on thermodynamic stability of chignolin

    記述言語:英語

    掲載種別:学術雑誌

    掲載誌名:Scientific Reports9巻 (頁 5186-1 ~ 5186-9)

    発行年月:2019年03月

    著者氏名(共著者含):Tomonari Sumi and Kenichiro Koga

    共著区分:共著

    DOI:10.1038/s41598-019-41518-1

  • 論文題目名:Tracing whale myoglobin evolution by resurrecting ancient proteins

    記述言語:英語

    掲載種別:学術雑誌

    掲載誌名:Scientific Reports8巻 (頁 16883-1 ~ 16883-14)

    発行年月:2018年11月

    著者氏名(共著者含):4. Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-ichi Takahashi, Taro Nakagawa, Antonio Tsuneshige, and Tsuyoshi Shirai

    共著区分:共著

    DOI:10.1038/s41598-018-34984-6

  • 論文題目名:Application of reference-modified density functional theory: Temperature and Pressure Dependences of Solvation Free Energy

    記述言語:英語

    掲載種別:学術雑誌

    掲載誌名:Journal of Computational Chemistry39巻 (頁 202 ~ 216)

    発行年月:2017年11月

    著者氏名(共著者含):Tomonari Sumi,Yutaka Maruyama,Ayori Mitsutake,Kenji Mochizuki,Kenichiro Koga*

    共著区分:共著

    DOI:10.1002/jcc.25101

  • 論文題目名:Model-Potential-Free Determination of the Interaction Potential between Biological Sensing Nanoparticles

    記述言語:英語

    掲載種別:その他

    掲載誌名:Photon Factory Highlights

    発行年月:2017年11月

    著者氏名(共著者含):T. Morita, N. Uehara, H. Imamura and T. Sumi

    共著区分:共著

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総説・解説記事 【 表示 / 非表示

  • 題目:X 線小角散乱と液体論に基づくコロイド粒子 間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

    記述言語:日本語

    掲載種別:学会誌

    掲載誌名:Colloid and Interface Communication41巻 (頁 1 ~ 3)

    出版機関名:

    発行年月:2016年03月

    著者氏名(共著者含):墨智成

    共著区分:単著

論文査読 【 表示 / 非表示

  • 年度:2017年度

    件数:8件

    学術雑誌名:J. Phys. Soc. Jpn.
    Biophys. Chem.
    J. Chem. Phys.
    J. Comput. Chem.
    J. Comput. Chem. Jpn
    Surf. Sci.

  • 年度:2016年度

    件数:7件

    学術雑誌名:RSC Advances
    Chem Phys. Lett.
    J. Comput. Chem.
    J. Phys. Chem. B
    Journal of Polymer Science, Part B: Polymer Physics
    J. Chem. Phys.

  • 年度:2015年度

    件数:10件

    学術雑誌名:RSC Advances
    J. Comput.. Chem.
    J. Phys. Soc. Jp.
    Soft Matter

学会等における発表 【 表示 / 非表示

  • 会議区分:国内会議

    発表の種類:学会発表

    会議名称:The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2018

    開催場所:Okayama University

    開催期間:2018年09月

    題目又はセッション名:Theoretical analysis of free energy profile for folding of chignolin

  • 会議区分:国内会議

    発表の種類:学会発表

    会議名称:The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2018

    開催場所:Okayama University

    開催期間:2018年09月

    題目又はセッション名:Tracing evolution of aquatic mammal myoglobin: the two adaptation mechanisms

  • 会議区分:国内会議

    発表の種類:学会発表

    会議名称:第12回分子科学討論会2018

    開催場所:福岡国際会議場

    開催期間:2018年09月

    題目又はセッション名:アミン基の異なる高分子を複合化した金ナノ粒子の凝集/分散特性

  • 会議区分:国際会議

    発表の種類:学会発表

    会議名称:The 12th Mini-Symposium on Liquids MSL2018

    開催場所:Kyushu University

    開催期間:2018年06月 ~ 2018年07月

    題目又はセッション名:Theoretical analysis on free energy profile for protein folding

  • 会議区分:国内会議

    発表の種類:学会発表

    会議名称:植物細胞骨格研究会

    開催場所:岡大

    開催期間:2017年11月

    題目又はセッション名:確率的モデリングによるミオシンVの化学-力学共役機構の研究

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科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 研究種目名:基盤研究(C)

    研究題目:タンパク質の構造安定性と分子間相互作用に関する実験と理論による研究

    研究期間:2016年04月 ~ 2019年03月

    資金支給機関:文部科学省

    研究内容:タンパク質が示す多様な物性(変性,凝集,溶解,結晶化)は,基礎科学として幅広い学術分野(化学,構造生物学,医学など)から強い関心を集めているだけでなく,バイオ医薬品の設計や品質管理等の応用とも密接に関係する社会的にも重要な研究課題である.そして,これらのタンパク質物性は全て,水溶液中でのタンパク質の構造安定性およびタンパク質分子間相互作用の問題に帰着する.本研究では,溶媒効果に着目することにより,(1)タンパク質の構造安定性や変性のダイナミクスを特徴付けるエネルギーランドスケープ,および(2)結晶化,溶解,凝集等と直接関係するタンパク質分子間相互作用を,物理化学の立場から統一的に理解することを目的とする.

  • 研究種目名:挑戦的萌芽研究

    研究題目:微小管系分子モーターの化学−力学共役機構と力学的破断特性の統一的解明

    研究期間:2013年04月 ~ 2016年03月

    資金支給機関:文部科学省

    研究内容:アデノシン三リン酸(ATP)の加水分解反応によって駆動される微小管系分子モーター,キネシン及びダイニンのステップ運動及びレール(微小管)からの外力による破断特性を統一的に記述し,ATP加水分解反応エネルギーの真の役割及び力学的ステップ運動の微視的動作機構を解明することを目的とする.本研究は,分子モーターが担う細胞内貨物輸送,例えば小胞輸送に関係する神経変性疾患(アルツハイマー病等)の原因解明の基礎となる重要な研究課題ある.本研究の独創性は,(Top-down的)確率的モデリングと(Bottom-up的)分子モデリングを相補的に連携し,分子モーターが有する類い稀なる力学的破断特性(微小管からの破断速度がある外力以上で逆に減少する)と化学−力学共役ステップ運動を関連付けながら,両者を統一的に解明する点である.

共同研究実施実績 【 表示 / 非表示

  • 研究題目:粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

    共同研究区分:学内共同研究

    研究期間:2016年04月 ~ 2017年03月

    相手先機関名:株式会社豊田中央研究所

    研究内容:微粒子の分散系において、岡山大学のモデルポテンシャルフリー解析技術を、豊田中研の小角X線散乱データに適用し、粒子間相互作用を評価する。

  • 研究題目:粒子間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

    共同研究区分:学内共同研究

    研究期間:2015年07月 ~ 2016年03月

    相手先機関名:株式会社豊田中央研究所

    研究内容:微粒子の分散系において、岡山大学のモデルポテンシャルフリー解析技術を、豊田中研の小角X線散乱データに適用し、粒子間相互作用を評価する。

 
 

全学的な実績(委員等) 【 表示 / 非表示

  • 年度:2015年度

    委員会等の名称:学務委員会

    役職:委員

    任期:2014年04月 ~ 2016年03月

  • 年度:2014年度

    委員会等の名称:学務委員会

    役職:委員

    任期:2014年04月 ~ 2016年03月

所属部局等の実績(委員等) 【 表示 / 非表示

  • 年度:2013年度

    委員会等の名称:自然科学研究科学務委員

    役職:委員

    任期:2014年04月 ~ 継続中